More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3336 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_3336  ABC transporter related  100 
 
 
264 aa  512  1e-144  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.314642  normal  0.191945 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2105  ABC transporter related  86.05 
 
 
263 aa  435  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.617159  normal  0.69001 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2252  ABC transporter related  80.47 
 
 
257 aa  394  1e-109  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.411417  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3243  ABC transporter related  77.39 
 
 
267 aa  385  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.211149  normal  0.876591 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2718  ABC transporter related  73.54 
 
 
263 aa  375  1e-103  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2339  ABC transporter, ATPase subunit  71.32 
 
 
263 aa  362  2e-99  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.749366 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6069  putative glycine betaine/carnitine/choline ABC transporter ATP-binding protein  70.99 
 
 
291 aa  356  1.9999999999999998e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5204  ABC transporter related protein  56.73 
 
 
270 aa  270  1e-71  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.213509  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5139  ABC transporter related  57.09 
 
 
317 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.192374  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3224  ABC transporter related  56.69 
 
 
317 aa  253  3e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5143  ABC transporter related  56.69 
 
 
317 aa  253  3e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.310364  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0497  ABC proline/glycine betaine transporter, ATPase subunit  56.3 
 
 
312 aa  251  8.000000000000001e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.975936  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0223  ABC transporter, ATP-binding protein  54.73 
 
 
312 aa  251  9.000000000000001e-66  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0214  ABC transporter, ATP-binding protein  54.73 
 
 
312 aa  251  9.000000000000001e-66  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0297  ABC transporter related  53.97 
 
 
312 aa  248  8e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4537  ABC transporter related  55.12 
 
 
312 aa  248  8e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.67365  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3511  ABC transporter related  55.91 
 
 
312 aa  247  2e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5061  ABC transporter related  54.72 
 
 
312 aa  246  2e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1069  ABC transporter related  50.57 
 
 
259 aa  246  3e-64  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0686791  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0787  ABC transporter related  54.37 
 
 
281 aa  243  3e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.638665  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2313  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATP-binding protein  44.44 
 
 
315 aa  240  2e-62  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.499344  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1993  amine ABC transporter, ATP-binding protein  54 
 
 
312 aa  240  2e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.780492  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1154  glycine betaine/L-proline transport ATP binding subunit  49 
 
 
318 aa  239  2.9999999999999997e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2380  ABC transporter, ATP-binding protein  54.8 
 
 
312 aa  236  2e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.850605  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1140  ABC transporter, ATP-binding protein  53.6 
 
 
312 aa  236  3e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0408912  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2132  ABC transporter, ATP-binding protein  53.6 
 
 
312 aa  236  3e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.314823  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1974  amine ABC transporter, ATP-binding protein  53.6 
 
 
312 aa  236  3e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0920  amine ABC transporter, ATP-binding protein  53.6 
 
 
312 aa  236  3e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0239  amine ABC transporter, ATP-binding protein  53.6 
 
 
312 aa  236  3e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.46205  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1580  amine ABC transporter, ATP-binding protein  53.6 
 
 
312 aa  236  3e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0268  quaternary amine ABC transporter ATP-binding protein  50 
 
 
252 aa  236  4e-61  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1922  glycine betaine transport ATP-binding protein  50 
 
 
252 aa  236  4e-61  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2389  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATP-binding protein  44.06 
 
 
315 aa  234  1.0000000000000001e-60  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.301455  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1688  glycine betaine/L-proline transport ATP binding subunit  47.52 
 
 
376 aa  234  1.0000000000000001e-60  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.315313  normal  0.421544 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4639  ABC transporter related  51.44 
 
 
312 aa  234  1.0000000000000001e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.493735  normal  0.263146 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2125  glycine betaine/L-proline ABC transporter ATP-binding protein  43.3 
 
 
315 aa  233  2.0000000000000002e-60  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2063  glycine betaine ABC transporter, ATP-binding protein  43.3 
 
 
315 aa  233  2.0000000000000002e-60  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.832322  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2279  glycine betaine/L-proline ABC transporter ATP-binding protein  43.3 
 
 
315 aa  233  2.0000000000000002e-60  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.987599  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2305  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATP-binding protein  43.3 
 
 
315 aa  233  2.0000000000000002e-60  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.264442 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2059  glycine betaine ABC transporter, ATP-binding protein  43.3 
 
 
315 aa  232  4.0000000000000004e-60  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1375  ABC transporter related  55.06 
 
 
254 aa  231  1e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2262  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATP-binding protein  44.06 
 
 
315 aa  229  5e-59  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5180  glycine betaine/L-proline ABC transporter ATPase subunit  54.33 
 
 
392 aa  229  5e-59  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.860702 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3063  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATP-binding protein  44.06 
 
 
315 aa  228  6e-59  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2099  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  43.3 
 
 
321 aa  228  6e-59  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.158223  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1276  ABC transporter related  48.02 
 
 
321 aa  228  7e-59  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4888  ABC transporter related  53.78 
 
 
310 aa  228  8e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.359774  hitchhiker  0.00773492 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0297  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  47.73 
 
 
375 aa  227  2e-58  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1175  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  49.09 
 
 
375 aa  227  2e-58  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2945  ABC transporter related  52.89 
 
 
354 aa  227  2e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00675888  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1033  ABC transporter related protein  50 
 
 
322 aa  226  4e-58  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.117975 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0149  ABC transporter related  48.62 
 
 
314 aa  226  4e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0478  ABC transporter related  50.19 
 
 
333 aa  226  4e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.201964  hitchhiker  0.00297277 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1620  ABC transporter related  55.71 
 
 
317 aa  225  6e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.290952  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0351  ABC transporter related  45.99 
 
 
324 aa  225  7e-58  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0304446  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3117  ABC transporter related  52 
 
 
312 aa  224  1e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0287879  normal  0.0491103 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0143  ABC transporter related  47.83 
 
 
314 aa  224  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0599498 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2981  ABC transporter related  48.76 
 
 
317 aa  223  2e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4962  ABC transporter related  45.8 
 
 
328 aa  223  3e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.113653  normal  0.20317 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2493  glycine betaine/L-proline transport ATP-binding subunit  46.47 
 
 
388 aa  223  3e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.957361  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2051  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  54.15 
 
 
370 aa  223  3e-57  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2804  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  45.45 
 
 
379 aa  223  3e-57  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000395219  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2784  quaternary amine ABC transporter ATP-binding protein  51.26 
 
 
312 aa  222  6e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1856  ABC transporter related  49.12 
 
 
310 aa  221  6e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.500244  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1329  quaternary amine ABC transporter ATP-binding protein  51.26 
 
 
312 aa  222  6e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.371543  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2863  ABC transporter related  51.26 
 
 
312 aa  222  6e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.466149  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15740  ABC-type proline/glycine betaine transport system, ATPase component  54.46 
 
 
335 aa  221  8e-57  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0771  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  47.95 
 
 
380 aa  221  9e-57  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1352  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  50.66 
 
 
369 aa  221  9e-57  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.739461  normal  0.456479 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1622  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  52.61 
 
 
398 aa  221  9.999999999999999e-57  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0118  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  43.8 
 
 
378 aa  219  3e-56  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.435278  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0802  glycine betaine/L-proline transport ATP binding subunit  45.64 
 
 
398 aa  219  3.9999999999999997e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.478782 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2530  ABC transporter related  49.17 
 
 
326 aa  219  5e-56  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.484579  hitchhiker  0.00171141 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2961  ABC transporter-like  49.57 
 
 
254 aa  218  6e-56  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.215204  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2668  ABC transporter related  54.38 
 
 
346 aa  218  6e-56  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.194568  normal  0.0593639 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1921  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  46.05 
 
 
382 aa  218  7e-56  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4291  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  50.84 
 
 
351 aa  218  7.999999999999999e-56  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.603453 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1635  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  51.66 
 
 
397 aa  218  7.999999999999999e-56  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.839045 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2992  ABC glycine betaine/L-proline transporter, ATPase subunit  45.99 
 
 
400 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2397  glycine betaine/carnitine/choline transport ATP-binding protein opuCA  48.7 
 
 
315 aa  218  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2352  glycine betaine/carnitine/choline transport ATP-binding protein opuCA  48.7 
 
 
315 aa  218  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2509  glycine betaine/carnitine/choline transport ATP-binding protein opuCA  48.7 
 
 
315 aa  218  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.280806  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2401  glycine betaine/carnitine/choline transport ATP-binding protein opuCA  48.7 
 
 
315 aa  218  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.584641  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2308  glycine betaine/carnitine/choline transport ATP-binding protein opuCA  48.7 
 
 
315 aa  218  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4151  ABC transporter related protein  52.49 
 
 
389 aa  217  2e-55  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0909  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  48.76 
 
 
335 aa  216  2e-55  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0150426 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2523  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  44.63 
 
 
408 aa  216  2.9999999999999998e-55  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0108992  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2475  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  44.63 
 
 
408 aa  216  2.9999999999999998e-55  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00846223  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4310  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  44.17 
 
 
385 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.944105  normal  0.26992 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6584  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  48.64 
 
 
392 aa  216  4e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00553818  normal  0.0117418 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0172  ABC transporter related  54.63 
 
 
310 aa  216  4e-55  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.319596 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6102  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  48.64 
 
 
392 aa  216  4e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2728  ABC transporter related  49.33 
 
 
316 aa  215  5.9999999999999996e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0186  ABC transporter related  43.67 
 
 
256 aa  214  8e-55  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0912  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  43.75 
 
 
385 aa  214  9e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.195496 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3565  ABC transporter related  49.54 
 
 
333 aa  214  9.999999999999999e-55  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.998829  normal  0.230396 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0868  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  43.75 
 
 
385 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.429182  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0577  ABC transporter related  50.92 
 
 
334 aa  214  9.999999999999999e-55  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00000339076  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0898  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  43.75 
 
 
385 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.706016  normal  0.516388 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0488  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  46.34 
 
 
376 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00399049  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>