More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_4962 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_4962  ABC transporter related  100 
 
 
328 aa  680    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.113653  normal  0.20317 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1276  ABC transporter related  52.84 
 
 
321 aa  310  2.9999999999999997e-83  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1249  ABC transporter related  58.75 
 
 
253 aa  291  7e-78  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.540719  normal  0.443076 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2354  glycine betaine/L-proline transport ATP binding subunit  52.53 
 
 
393 aa  282  5.000000000000001e-75  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0577  ABC transporter related  49.65 
 
 
334 aa  282  6.000000000000001e-75  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00000339076  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0985  ABC transporter related  49.65 
 
 
321 aa  282  7.000000000000001e-75  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.997708  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00640  glycine betaine/L-proline transport ATP binding subunit  54.12 
 
 
386 aa  280  2e-74  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.253633  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0316  ABC transporter related protein  60 
 
 
244 aa  280  3e-74  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.815133 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1848  choline transport ATP-binding protein opuBA  51.52 
 
 
382 aa  276  4e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.607667  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1661  choline transport ATP-binding protein OpuBA  51.52 
 
 
382 aa  276  4e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.853927  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1593  choline transport ATP-binding protein opuBA  51.52 
 
 
382 aa  276  4e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.108629 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1681  choline transport ATP-binding protein opuBA  51.52 
 
 
382 aa  276  4e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.413883  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1602  choline transport ATP-binding protein opuBA  51.52 
 
 
382 aa  276  4e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.844336  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1921  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  47.68 
 
 
382 aa  275  5e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18440  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  45.86 
 
 
377 aa  275  7e-73  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00065366  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1447  ABC transporter-related protein  59.07 
 
 
311 aa  275  8e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.908489  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1329  quaternary amine ABC transporter ATP-binding protein  53.14 
 
 
312 aa  272  6e-72  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.371543  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2863  ABC transporter related  53.14 
 
 
312 aa  272  6e-72  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.466149  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2784  quaternary amine ABC transporter ATP-binding protein  53.14 
 
 
312 aa  272  7e-72  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1154  glycine betaine/L-proline transport ATP binding subunit  49.82 
 
 
318 aa  270  2.9999999999999997e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5180  glycine betaine/L-proline ABC transporter ATPase subunit  52.55 
 
 
392 aa  270  4e-71  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.860702 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0868  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  51.95 
 
 
385 aa  269  5e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.429182  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0898  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  51.95 
 
 
385 aa  269  5e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.706016  normal  0.516388 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1175  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  50.6 
 
 
375 aa  268  5.9999999999999995e-71  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7553  ABC glycine betaine/L-proline transporter, ATPase subunit  52.31 
 
 
391 aa  267  1e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.588989 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1352  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  47.79 
 
 
369 aa  267  1e-70  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.739461  normal  0.456479 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0909  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  48.95 
 
 
335 aa  266  2.9999999999999995e-70  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0150426 
 
 
-
 
NC_004310  BR0223  ABC transporter, ATP-binding protein  48.77 
 
 
312 aa  265  5e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0214  ABC transporter, ATP-binding protein  48.77 
 
 
312 aa  265  5e-70  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0912  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  51.17 
 
 
385 aa  265  7e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.195496 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4151  ABC transporter related protein  49.8 
 
 
389 aa  264  1e-69  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6584  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  51.92 
 
 
392 aa  265  1e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00553818  normal  0.0117418 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6102  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  51.92 
 
 
392 aa  265  1e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1201  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  48.82 
 
 
370 aa  264  1e-69  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2992  ABC glycine betaine/L-proline transporter, ATPase subunit  51.15 
 
 
400 aa  264  2e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4310  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  50.39 
 
 
385 aa  263  3e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.944105  normal  0.26992 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1688  glycine betaine/L-proline transport ATP binding subunit  49.21 
 
 
376 aa  261  1e-68  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.315313  normal  0.421544 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0297  ABC transporter related  47.72 
 
 
312 aa  260  2e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2728  ABC transporter related  51.13 
 
 
316 aa  260  2e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1856  ABC transporter related  49.08 
 
 
310 aa  261  2e-68  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.500244  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15740  ABC-type proline/glycine betaine transport system, ATPase component  45.57 
 
 
335 aa  259  3e-68  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001530  L-proline Glycine Betaine ABC transport ATP-binding protein proV  49.6 
 
 
389 aa  259  6e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0803  glycine betaine/L-proline transport ATP-binding subunit  49.83 
 
 
386 aa  257  1e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0426806  normal  0.439463 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37600  ABC-type proline/glycine betaine transport system, ATPase component  49.23 
 
 
353 aa  258  1e-67  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2913  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  50 
 
 
371 aa  258  1e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.362905 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4575  glycine betaine/choline OpuC ABC transporter, ATP-binding protein  49.83 
 
 
385 aa  257  2e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.449322  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2804  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  47.64 
 
 
379 aa  256  3e-67  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000395219  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4249  glycine betaine/L-proline transport ATP-binding subunit  49.83 
 
 
388 aa  256  3e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3109  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  48.63 
 
 
389 aa  255  7e-67  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4886  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  44.98 
 
 
382 aa  255  9e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.887323  normal  0.719773 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0488  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  51.15 
 
 
376 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00399049  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1635  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  49.81 
 
 
397 aa  254  1.0000000000000001e-66  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.839045 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1922  glycine betaine transport ATP-binding protein  53.85 
 
 
252 aa  254  2.0000000000000002e-66  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1033  ABC transporter related protein  48.5 
 
 
322 aa  254  2.0000000000000002e-66  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.117975 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0268  quaternary amine ABC transporter ATP-binding protein  53.85 
 
 
252 aa  254  2.0000000000000002e-66  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4756  ABC transporter related protein  47.64 
 
 
328 aa  254  2.0000000000000002e-66  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5105  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  46.13 
 
 
371 aa  253  4.0000000000000004e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.116998 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3334  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  46.06 
 
 
376 aa  252  5.000000000000001e-66  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0347475  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2530  ABC transporter related  50 
 
 
326 aa  251  1e-65  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.484579  hitchhiker  0.00171141 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3265  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  51.87 
 
 
385 aa  251  2e-65  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0149839 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0297  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  47.39 
 
 
375 aa  251  2e-65  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3565  ABC transporter related  48.03 
 
 
333 aa  250  2e-65  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.998829  normal  0.230396 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0537  glycine betaine/L-proline transport, ATP-binding protein  41.03 
 
 
378 aa  250  2e-65  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.418471  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0521  glycine betaine/carnitine/choline transport ATP-binding protein  41.03 
 
 
378 aa  251  2e-65  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.691197  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2352  glycine betaine/carnitine/choline transport ATP-binding protein opuCA  50.79 
 
 
315 aa  250  2e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1622  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  48.66 
 
 
398 aa  249  3e-65  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2401  glycine betaine/carnitine/choline transport ATP-binding protein opuCA  50.79 
 
 
315 aa  250  3e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.584641  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2308  glycine betaine/carnitine/choline transport ATP-binding protein opuCA  50.79 
 
 
315 aa  250  3e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2509  glycine betaine/carnitine/choline transport ATP-binding protein opuCA  50.79 
 
 
315 aa  250  3e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.280806  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1516  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  48.03 
 
 
383 aa  249  4e-65  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000189074  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2397  glycine betaine/carnitine/choline transport ATP-binding protein opuCA  50 
 
 
315 aa  249  4e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0172  ABC transporter related  50.41 
 
 
310 aa  249  5e-65  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.319596 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5204  ABC transporter related protein  51.05 
 
 
270 aa  249  6e-65  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.213509  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0186  ABC transporter related  49.57 
 
 
256 aa  249  6e-65  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02059  predicted transporter subunit: ATP-binding component of ABC superfamily  46.81 
 
 
308 aa  248  7e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4291  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  45.64 
 
 
351 aa  248  7e-65  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.603453 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02017  hypothetical protein  46.81 
 
 
308 aa  248  7e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0802  glycine betaine/L-proline transport ATP binding subunit  48.29 
 
 
398 aa  248  8e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.478782 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1528  ABC transporter related protein  46.45 
 
 
308 aa  248  1e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.917455  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0844  ABC transporter, quaternary amine uptake (QAT) family, ATP-binding protein  46.45 
 
 
308 aa  248  1e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3117  ABC transporter related  51.07 
 
 
312 aa  248  1e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0287879  normal  0.0491103 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8181  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (proline/glycine/betaine)  49.22 
 
 
367 aa  247  2e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.543085  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3254  ABC transporter, quaternary amine uptake (QAT) family, ATP-binding protein  46.1 
 
 
308 aa  247  2e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000625793 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4537  ABC transporter related  48.69 
 
 
312 aa  247  2e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.67365  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0351  ABC transporter related  43.66 
 
 
324 aa  247  2e-64  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0304446  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4726  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  45.99 
 
 
364 aa  247  2e-64  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.631244  hitchhiker  0.000147167 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5061  ABC transporter related  48.69 
 
 
312 aa  247  3e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2418  quaternary amine ABC transporter ATP-binding protein  46.45 
 
 
308 aa  247  3e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2264  quaternary amine ABC transporter ATP-binding protein  46.45 
 
 
308 aa  246  3e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2493  glycine betaine/L-proline transport ATP-binding subunit  48.48 
 
 
388 aa  246  3e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.957361  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0915  quaternary amine ABC transporter ATP-binding protein  46.45 
 
 
308 aa  246  3e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.530478 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1518  ABC transporter related  46.45 
 
 
308 aa  246  3e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.961531  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2523  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  47.33 
 
 
408 aa  246  4e-64  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0108992  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2475  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  47.33 
 
 
408 aa  246  4e-64  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00846223  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2313  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATP-binding protein  47.68 
 
 
315 aa  245  6e-64  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.499344  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4888  ABC transporter related  47.04 
 
 
310 aa  245  6e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.359774  hitchhiker  0.00773492 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3224  ABC transporter related  48.52 
 
 
317 aa  245  6e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2981  ABC transporter related  47.58 
 
 
317 aa  245  6e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5143  ABC transporter related  48.52 
 
 
317 aa  245  6e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.310364  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5139  ABC transporter related  48.52 
 
 
317 aa  245  6.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.192374  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>