More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2307 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2307  50S ribosomal protein L5  100 
 
 		 185 aa  384  1e-106  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0101823  normal  0.115344 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3172  50S ribosomal protein L5  95.14 
 
 		 185 aa  370  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.978745 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3655  50S ribosomal protein L5  94.05 
 
 		 185 aa  366  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1376  50S ribosomal protein L5  91.35 
 
 		 185 aa  357  4e-98  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.526606 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5058  50S ribosomal protein L5  91.35 
 
 		 185 aa  357  5e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.887024  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1557  50S ribosomal protein L5  90.81 
 
 		 185 aa  353  6.999999999999999e-97  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3436  50S ribosomal protein L5  88.65 
 
 		 185 aa  346  1e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.160205  normal  0.543055 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4786  50S ribosomal protein L5  69.19 
 
 		 185 aa  285  4e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.00000888457  hitchhiker  0.00000000734495 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0568  ribosomal protein L5  70 
 
 		 243 aa  281  4.0000000000000003e-75  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2152  50S ribosomal protein L5  67.55 
 
 		 188 aa  278  5e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.823556 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2467  50S ribosomal protein L5  66.49 
 
 		 188 aa  277  6e-74  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.246254  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2189  50S ribosomal protein L5  66.49 
 
 		 188 aa  277  6e-74  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1666  50S ribosomal protein L5  69.19 
 
 		 185 aa  276  1e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00489085  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2206  50S ribosomal protein L5  68.09 
 
 		 188 aa  276  1e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.386943  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1221  50S ribosomal protein L5  69.73 
 
 		 185 aa  276  2e-73  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1184  50S ribosomal protein L5  69.73 
 
 		 185 aa  276  2e-73  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.161581  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2748  ribosomal protein L5  68.31 
 
 		 185 aa  274  5e-73  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0213845  normal  0.1254 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1366  ribosomal protein L5  68.33 
 
 		 197 aa  273  7e-73  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.477125  normal  0.036425 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1968  50S ribosomal protein L5  69.19 
 
 		 185 aa  273  9e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.0033895  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0341  50S ribosomal protein L5  65.96 
 
 		 188 aa  272  3e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1920  ribosomal protein L5  65.43 
 
 		 188 aa  271  5.000000000000001e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.87466  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0710  50S ribosomal protein L5  65.76 
 
 		 185 aa  266  1e-70  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00257527  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1853  50S ribosomal protein L5  69.73 
 
 		 185 aa  263  1e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.282205  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0998  50S ribosomal protein L5  68.11 
 
 		 185 aa  258  5.0000000000000005e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0178085 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1727  50S ribosomal protein L5  63.54 
 
 		 186 aa  256  1e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.208294  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0373  50S ribosomal protein L5  62.98 
 
 		 186 aa  255  3e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.924655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1626  50S ribosomal protein L5  62.84 
 
 		 185 aa  254  6e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.317826  normal  0.302656 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1442  50S ribosomal protein L5  67.03 
 
 		 185 aa  254  6e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.205384 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0771  50S ribosomal protein L5  61.2 
 
 		 186 aa  254  7e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.542997  normal  0.855844 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1783  50S ribosomal protein L5  64.67 
 
 		 186 aa  252  2.0000000000000002e-66  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0286744  normal  0.0861525 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1261  50S ribosomal protein L5  62.92 
 
 		 193 aa  249  1e-65  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.479244  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1341  50S ribosomal protein L5  64.25 
 
 		 193 aa  250  1e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.156081 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1344  50S ribosomal protein L5  65.95 
 
 		 185 aa  249  2e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0000471517  normal  0.0713713 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2522  50S ribosomal protein L5  61.33 
 
 		 186 aa  248  3e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2806  50S ribosomal protein L5  61.8 
 
 		 192 aa  246  1e-64  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.452001  normal  0.44759 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2162  50S ribosomal protein L5  61.58 
 
 		 179 aa  246  2e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000313261  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00742  50S ribosomal protein L5  62.15 
 
 		 179 aa  246  2e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001730  LSU ribosomal protein L5p (L11e)  61.58 
 
 		 179 aa  244  4e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000273991  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00950  50S ribosomal protein L5  62.71 
 
 		 179 aa  244  6e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00204623  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0291  50S ribosomal protein L5  62.15 
 
 		 179 aa  243  9.999999999999999e-64  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000251494  hitchhiker  0.00000215768 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0297  50S ribosomal protein L5  60.34 
 
 		 187 aa  242  1.9999999999999999e-63  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.882379 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0332  50S ribosomal protein L5  60.45 
 
 		 179 aa  241  3e-63  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000306823  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0266  50S ribosomal protein L5  59.78 
 
 		 187 aa  241  3.9999999999999997e-63  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0642331  normal  0.446671 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2312  50S ribosomal protein L5  62.15 
 
 		 179 aa  240  7.999999999999999e-63  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.237365  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2157  ribosomal protein L5  62.5 
 
 		 179 aa  240  1e-62  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.101528  normal  0.341111 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0470  50S ribosomal protein L5  59.89 
 
 		 179 aa  239  2e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2360  50S ribosomal protein L5  61.36 
 
 		 179 aa  238  2.9999999999999997e-62  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.65428  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0417  50S ribosomal protein L5  63.07 
 
 		 179 aa  238  4e-62  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000918773  normal  0.235995 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3512  50S ribosomal protein L5  59.89 
 
 		 179 aa  238  5e-62  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.0000147954  hitchhiker  0.00000011465 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0731  50S ribosomal protein L5  59.66 
 
 		 179 aa  236  2e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00207885  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1149  ribosomal protein L5  57.84 
 
 		 186 aa  235  2e-61  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000871662  hitchhiker  0.000556767 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1001  50S ribosomal protein L5  59.89 
 
 		 179 aa  235  2e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00040162  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0243  50S ribosomal protein L5  58.76 
 
 		 179 aa  234  5.0000000000000005e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4264  ribosomal protein L5  59.32 
 
 		 179 aa  234  5.0000000000000005e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000140666  unclonable  0.00000000000331495 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0496  50S ribosomal protein L5  59.66 
 
 		 178 aa  234  6e-61  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000102637  normal  0.067435 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0211  50S ribosomal protein L5  58.76 
 
 		 179 aa  234  6e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000226613  unclonable  0.0000000000144866 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0206  50S ribosomal protein L5  58.76 
 
 		 179 aa  234  6e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000474066  hitchhiker  0.00760067 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2676  50S ribosomal protein L5  57.63 
 
 		 179 aa  233  9e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.365679  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0501  50S ribosomal protein L5  59.09 
 
 		 178 aa  233  1.0000000000000001e-60  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000650709  hitchhiker  0.0042207 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06370  50S ribosomal protein L5  62.71 
 
 		 179 aa  233  1.0000000000000001e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000337696  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0211  50S ribosomal protein L5  58.19 
 
 		 179 aa  233  1.0000000000000001e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000150399  hitchhiker  0.00000000169962 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5058  ribosomal protein L5  61.36 
 
 		 179 aa  233  2.0000000000000002e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0491308  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0182  50S ribosomal protein L5  57.63 
 
 		 179 aa  232  2.0000000000000002e-60  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000628056  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2978  50S ribosomal protein L5  59.89 
 
 		 189 aa  232  2.0000000000000002e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0638  ribosomal protein L5  61.58 
 
 		 179 aa  232  3e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00000106157  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4737  50S ribosomal protein L5  61.58 
 
 		 179 aa  231  3e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00873114  normal  0.498496 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3747  50S ribosomal protein L5  58.19 
 
 		 179 aa  231  4.0000000000000004e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000384321  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3897  50S ribosomal protein L5  61.02 
 
 		 179 aa  231  5e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0000030586  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5067  50S ribosomal protein L5  61.02 
 
 		 179 aa  231  5e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000562403  normal  0.121811 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0160  50S ribosomal protein L5  57.63 
 
 		 179 aa  231  5e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000387746  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0417  ribosomal protein L5  57.63 
 
 		 179 aa  231  5e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.000637588  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08970  50S ribosomal protein L5  62.15 
 
 		 179 aa  231  6e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0918826  normal  0.075966 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0170  50S ribosomal protein L5  58.19 
 
 		 179 aa  231  6e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000106117  hitchhiker  0.000364727 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0499  50S ribosomal protein L5  61.58 
 
 		 179 aa  230  7.000000000000001e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000228142  normal  0.104863 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0466  50S ribosomal protein L5  61.58 
 
 		 179 aa  230  7.000000000000001e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.224995  hitchhiker  0.00000317372 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4536  50S ribosomal protein L5  61.02 
 
 		 179 aa  230  7.000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.322286  normal  0.125258 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0496  50S ribosomal protein L5  61.58 
 
 		 179 aa  230  7.000000000000001e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0116294  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0849  50S ribosomal protein L5  61.58 
 
 		 179 aa  230  8.000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.148837  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0335  ribosomal protein L5  57.63 
 
 		 179 aa  230  8.000000000000001e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000137819  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3655  50S ribosomal protein L5  60.45 
 
 		 179 aa  230  8.000000000000001e-60  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000538083  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0072  50S ribosomal protein L5  58.19 
 
 		 179 aa  230  8.000000000000001e-60  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000153515  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0225  50S ribosomal protein L5  58.76 
 
 		 179 aa  230  9e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000033393  unclonable  0.00000847343 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0208  50S ribosomal protein L5  57.63 
 
 		 179 aa  229  1e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000274213  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3937  50S ribosomal protein L5  59.66 
 
 		 183 aa  229  1e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0335  ribosomal protein L5  60.45 
 
 		 179 aa  230  1e-59  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000680284  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2312  50S ribosomal protein L5  59.09 
 
 		 181 aa  230  1e-59  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000116558  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0603  50S ribosomal protein L5  57.3 
 
 		 186 aa  230  1e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.697001  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4044  50S ribosomal protein L5  57.63 
 
 		 179 aa  229  1e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000208905  unclonable  0.00000000000343779 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0212  50S ribosomal protein L5  57.63 
 
 		 179 aa  229  1e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000287667  unclonable  0.00000889639 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4158  50S ribosomal protein L5  57.63 
 
 		 179 aa  229  1e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000453128  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0406  50S ribosomal protein L5  59.66 
 
 		 183 aa  229  2e-59  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0381  50S ribosomal protein L5  59.66 
 
 		 183 aa  229  2e-59  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1934  50S ribosomal protein L5  57.38 
 
 		 185 aa  229  2e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.562319  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04509  50S ribosomal protein L5  61.02 
 
 		 180 aa  229  2e-59  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00526127  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0779  50S ribosomal protein L5  59.09 
 
 		 179 aa  228  3e-59  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.000000823313  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0433  50S ribosomal protein L5  55.68 
 
 		 179 aa  228  4e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0138752  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0506  50S ribosomal protein L5  57.63 
 
 		 179 aa  227  8e-59  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0585941  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0445  50S ribosomal protein L5  58.19 
 
 		 179 aa  227  8e-59  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0266949  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2845  50S ribosomal protein L5  57.63 
 
 		 179 aa  226  1e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.136132  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4678  50S ribosomal protein L5  56.5 
 
 		 179 aa  226  1e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000391972  unclonable  0.0000000125829 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>