More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0297 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0297  50S ribosomal protein L5  100 
 
 		 187 aa  381  1e-105  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.882379 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0771  50S ribosomal protein L5  84.49 
 
 		 186 aa  327  6e-89  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.542997  normal  0.855844 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0603  50S ribosomal protein L5  81.28 
 
 		 186 aa  322  2e-87  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.697001  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0373  50S ribosomal protein L5  82.35 
 
 		 186 aa  322  3e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.924655  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1727  50S ribosomal protein L5  81.82 
 
 		 186 aa  320  8e-87  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.208294  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0266  50S ribosomal protein L5  81.28 
 
 		 187 aa  319  9.999999999999999e-87  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0642331  normal  0.446671 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2522  50S ribosomal protein L5  79.68 
 
 		 186 aa  311  2.9999999999999996e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1783  50S ribosomal protein L5  70.59 
 
 		 186 aa  280  7.000000000000001e-75  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0286744  normal  0.0861525 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1626  50S ribosomal protein L5  67.91 
 
 		 185 aa  273  1.0000000000000001e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.317826  normal  0.302656 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2748  ribosomal protein L5  67.58 
 
 		 185 aa  266  1e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0213845  normal  0.1254 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1666  50S ribosomal protein L5  65.19 
 
 		 185 aa  260  6e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00489085  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1920  ribosomal protein L5  64.8 
 
 		 188 aa  258  4e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.87466  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1853  50S ribosomal protein L5  68.72 
 
 		 185 aa  257  7e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.282205  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0341  50S ribosomal protein L5  64.25 
 
 		 188 aa  257  7e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4786  50S ribosomal protein L5  62.43 
 
 		 185 aa  257  8e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.00000888457  hitchhiker  0.00000000734495 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0710  50S ribosomal protein L5  65.92 
 
 		 185 aa  257  9e-68  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00257527  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1221  50S ribosomal protein L5  66.1 
 
 		 185 aa  256  1e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1184  50S ribosomal protein L5  66.1 
 
 		 185 aa  256  1e-67  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.161581  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1968  50S ribosomal protein L5  66.67 
 
 		 185 aa  255  2e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.0033895  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1442  50S ribosomal protein L5  67.4 
 
 		 185 aa  256  2e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.205384 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0998  50S ribosomal protein L5  67.96 
 
 		 185 aa  254  5e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0178085 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1344  50S ribosomal protein L5  67.96 
 
 		 185 aa  253  8e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0000471517  normal  0.0713713 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0568  ribosomal protein L5  64.09 
 
 		 243 aa  253  1.0000000000000001e-66  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2206  50S ribosomal protein L5  62.7 
 
 		 188 aa  249  1e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.386943  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1366  ribosomal protein L5  63.69 
 
 		 197 aa  249  1e-65  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.477125  normal  0.036425 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2152  50S ribosomal protein L5  60 
 
 		 188 aa  246  1e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.823556 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5058  50S ribosomal protein L5  62.01 
 
 		 185 aa  246  2e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.887024  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1376  50S ribosomal protein L5  60.34 
 
 		 185 aa  244  4e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.526606 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2467  50S ribosomal protein L5  58.92 
 
 		 188 aa  243  9.999999999999999e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.246254  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2189  50S ribosomal protein L5  58.92 
 
 		 188 aa  243  9.999999999999999e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3655  50S ribosomal protein L5  61.45 
 
 		 185 aa  243  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2307  50S ribosomal protein L5  60.34 
 
 		 185 aa  242  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0101823  normal  0.115344 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2806  50S ribosomal protein L5  61.54 
 
 		 192 aa  241  3.9999999999999997e-63  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.452001  normal  0.44759 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3172  50S ribosomal protein L5  59.78 
 
 		 185 aa  238  2.9999999999999997e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.978745 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1341  50S ribosomal protein L5  60.99 
 
 		 193 aa  238  4e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.156081 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1261  50S ribosomal protein L5  62.64 
 
 		 193 aa  237  8e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.479244  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3436  50S ribosomal protein L5  58.66 
 
 		 185 aa  237  9e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.160205  normal  0.543055 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1557  50S ribosomal protein L5  58.66 
 
 		 185 aa  236  2e-61  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1934  50S ribosomal protein L5  60.8 
 
 		 185 aa  229  1e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.562319  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2676  50S ribosomal protein L5  61.36 
 
 		 179 aa  228  5e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.365679  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1512  ribosomal protein L5  59.12 
 
 		 183 aa  227  7e-59  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.527961  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0116  50S ribosomal protein L5  57.06 
 
 		 179 aa  226  1e-58  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000121875  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3655  50S ribosomal protein L5  59.89 
 
 		 179 aa  225  3e-58  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000538083  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2978  50S ribosomal protein L5  59.22 
 
 		 189 aa  225  3e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0879  50S ribosomal protein L5  57.39 
 
 		 179 aa  224  5.0000000000000005e-58  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.273914  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0119  50S ribosomal protein L5  57.06 
 
 		 179 aa  224  7e-58  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1149  ribosomal protein L5  57.54 
 
 		 186 aa  224  8e-58  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000871662  hitchhiker  0.000556767 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2845  50S ribosomal protein L5  56.82 
 
 		 179 aa  223  9e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.136132  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0122  50S ribosomal protein L5  55.93 
 
 		 179 aa  222  2e-57  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000641034  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1159  50S ribosomal protein L5  58.1 
 
 		 183 aa  223  2e-57  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.000000883476  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0153  50S ribosomal protein L5  55.93 
 
 		 179 aa  222  2e-57  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000026821  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0501  50S ribosomal protein L5  57.95 
 
 		 178 aa  222  2e-57  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000650709  hitchhiker  0.0042207 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0496  50S ribosomal protein L5  58.52 
 
 		 178 aa  223  2e-57  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000102637  normal  0.067435 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0122  50S ribosomal protein L5  55.37 
 
 		 179 aa  221  3e-57  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000110602  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0122  50S ribosomal protein L5  55.37 
 
 		 179 aa  221  3e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000142561  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2448  50S ribosomal protein L5  57.95 
 
 		 180 aa  221  3e-57  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.449269 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00950  50S ribosomal protein L5  57.95 
 
 		 179 aa  222  3e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00204623  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3937  50S ribosomal protein L5  57.3 
 
 		 183 aa  222  3e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5183  50S ribosomal protein L5  55.93 
 
 		 179 aa  221  3e-57  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000305231  unclonable  1.92416e-25 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0143  50S ribosomal protein L5  55.37 
 
 		 179 aa  221  4e-57  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000984973  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0118  50S ribosomal protein L5  55.37 
 
 		 179 aa  221  4e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000024971  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0116  50S ribosomal protein L5  55.37 
 
 		 179 aa  221  4e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000000167515  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0117  50S ribosomal protein L5  55.93 
 
 		 179 aa  221  4e-57  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000973841  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0134  50S ribosomal protein L5  55.37 
 
 		 179 aa  221  4e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.52131e-62 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0385  50S ribosomal protein L5  58.66 
 
 		 183 aa  221  4.9999999999999996e-57  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0846  50S ribosomal protein L5  56.5 
 
 		 179 aa  221  4.9999999999999996e-57  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.85914  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0434  50S ribosomal protein L5  57.39 
 
 		 179 aa  220  7e-57  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000357124  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2390  50S ribosomal protein L5  56.18 
 
 		 180 aa  221  7e-57  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0000832727  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0123  50S ribosomal protein L5  55.93 
 
 		 179 aa  220  9.999999999999999e-57  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3007  50S ribosomal protein L5  57.22 
 
 		 180 aa  219  9.999999999999999e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00431822  normal  0.0527819 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0243  50S ribosomal protein L5  55.93 
 
 		 179 aa  219  1.9999999999999999e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5058  ribosomal protein L5  58.43 
 
 		 179 aa  219  1.9999999999999999e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0491308  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1733  ribosomal protein L5  56.42 
 
 		 180 aa  219  1.9999999999999999e-56  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000736649  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0211  50S ribosomal protein L5  56.82 
 
 		 179 aa  219  1.9999999999999999e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000150399  hitchhiker  0.00000000169962 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0208  50S ribosomal protein L5  57.71 
 
 		 180 aa  219  3e-56  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2699  ribosomal protein L5  53.93 
 
 		 179 aa  219  3e-56  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3747  50S ribosomal protein L5  55.93 
 
 		 179 aa  218  3.9999999999999997e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000384321  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0291  50S ribosomal protein L5  57.87 
 
 		 179 aa  218  3.9999999999999997e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000251494  hitchhiker  0.00000215768 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3305  50S ribosomal protein L5  56.11 
 
 		 180 aa  218  3.9999999999999997e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000419375  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0211  50S ribosomal protein L5  56.25 
 
 		 179 aa  218  3.9999999999999997e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000226613  unclonable  0.0000000000144866 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0206  50S ribosomal protein L5  56.25 
 
 		 179 aa  218  3.9999999999999997e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000474066  hitchhiker  0.00760067 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0160  50S ribosomal protein L5  56.25 
 
 		 179 aa  218  3.9999999999999997e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000387746  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2143  50S ribosomal protein L5  56.82 
 
 		 180 aa  218  5e-56  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.244881  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1895  50S ribosomal protein L5  56.82 
 
 		 180 aa  218  5e-56  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000000163356  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0212  50S ribosomal protein L5  56.82 
 
 		 179 aa  218  6e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000287667  unclonable  0.00000889639 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0208  50S ribosomal protein L5  56.82 
 
 		 179 aa  218  6e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000274213  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4044  50S ribosomal protein L5  56.82 
 
 		 179 aa  218  6e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000208905  unclonable  0.00000000000343779 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4158  50S ribosomal protein L5  56.82 
 
 		 179 aa  218  6e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000453128  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0182  50S ribosomal protein L5  55.37 
 
 		 179 aa  217  7e-56  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000628056  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0331  50S ribosomal protein L5  57.3 
 
 		 179 aa  216  1e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  2.86209e-22  unclonable  0.0000000514338 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3167  50S ribosomal protein L5  56.18 
 
 		 180 aa  216  1e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000061863  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0332  50S ribosomal protein L5  56.74 
 
 		 179 aa  216  1e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.000000492925  hitchhiker  0.000510256 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0487  50S ribosomal protein L5  56.18 
 
 		 179 aa  217  1e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000728696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1471  50S ribosomal protein L5  56.25 
 
 		 180 aa  216  1e-55  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000000027583  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1001  50S ribosomal protein L5  56.25 
 
 		 179 aa  216  1e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00040162  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1078  50S ribosomal protein L5  54.55 
 
 		 179 aa  216  1e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0364811  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2702  50S ribosomal protein L5  56.25 
 
 		 179 aa  216  1e-55  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2387  50S ribosomal protein L5  56.25 
 
 		 179 aa  216  1e-55  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4014  50S ribosomal protein L5  56.18 
 
 		 180 aa  216  1e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00014513  hitchhiker  0.0000181617 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0225  50S ribosomal protein L5  56.25 
 
 		 179 aa  216  1e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000033393  unclonable  0.00000847343 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>