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for query gene RPB_2009 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2009  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  100 
 
 		 429 aa  845    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.175256  normal  0.467375 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3380  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  88.34 
 
 		 444 aa  718    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.27624  decreased coverage  0.00175601 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4034  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  84.82 
 
 		 428 aa  626  1e-178  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.183286  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3292  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  69.72 
 
 		 430 aa  569  1e-161  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.330767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6161  Bcr/CflA family drug resistance transporter  68.19 
 
 		 422 aa  530  1e-149  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.245445  normal  0.0414342 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0717  multidrug resistance protein  36.1 
 
 		 408 aa  211  3e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.29522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1560  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  37.39 
 
 		 401 aa  204  3e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1102  major facilitator superfamily permease  33.25 
 
 		 420 aa  192  1e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.441898  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3797  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.73 
 
 		 405 aa  189  5.999999999999999e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.947543  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1878  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  35.12 
 
 		 397 aa  185  1.0000000000000001e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.998766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2307  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  34.77 
 
 		 406 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3375  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  34.66 
 
 		 405 aa  182  1e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0699824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0859  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  36 
 
 		 406 aa  179  9e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.194721  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0009  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.51 
 
 		 394 aa  178  1e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000450315 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0657  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.95 
 
 		 398 aa  178  1e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.327939  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1765  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  35.07 
 
 		 413 aa  179  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.236916  hitchhiker  0.00655505 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2187  major facilitator superfamily multidrug-efflux transporter  35.14 
 
 		 406 aa  176  5e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3562  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  34.83 
 
 		 392 aa  175  9.999999999999999e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.424378  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6143  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  34.58 
 
 		 420 aa  175  9.999999999999999e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4752  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter Bcr/CflA subfamily  34.4 
 
 		 426 aa  175  9.999999999999999e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.685858  normal  0.328295 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3668  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.94 
 
 		 411 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.55924 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3271  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  35.97 
 
 		 411 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.638949 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4936  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  36.9 
 
 		 409 aa  174  1.9999999999999998e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.380942  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4246  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  35.42 
 
 		 411 aa  172  1e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.381159  normal  0.103625 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8150  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  33.1 
 
 		 412 aa  171  2e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2351  bicyclomycin/multidrug efflux system  32.96 
 
 		 398 aa  171  2e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1911  bicyclomycin/multidrug efflux system  30.36 
 
 		 396 aa  170  5e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0753  drug resistance transporter, Bcr/CflA family protein  33.16 
 
 		 398 aa  170  5e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.363927  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1571  MFS family transporter  35.28 
 
 		 392 aa  169  6e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3647  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  37.8 
 
 		 386 aa  169  8e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.289957 
 
 
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NC_008463  PA14_18090  major facilitator subfamily transporter protein  35.28 
 
 		 392 aa  169  8e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3251  bicyclomycin/multidrug efflux system  31.72 
 
 		 402 aa  169  8e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.303475 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4471  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  34.87 
 
 		 402 aa  169  9e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2437  bicyclomycin/multidrug efflux system  32.45 
 
 		 393 aa  168  2e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.413789  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4120  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  35.15 
 
 		 411 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.174908  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13380  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  35.24 
 
 		 424 aa  167  5e-40  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.223533  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4226  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.93 
 
 		 465 aa  166  6.9999999999999995e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.693691  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2792  bicyclomycin/multidrug efflux system  30.64 
 
 		 401 aa  166  9e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2717  bicyclomycin/multidrug efflux system  30.64 
 
 		 399 aa  166  9e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0392308  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1491  bicyclomycin/multidrug efflux system  30.64 
 
 		 399 aa  166  9e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.646257  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0264  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.37 
 
 		 411 aa  166  1.0000000000000001e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5624  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.46 
 
 		 425 aa  164  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.598733  normal  0.403775 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1926  major facilitator transporter  32.03 
 
 		 396 aa  164  2.0000000000000002e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1458  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  32.69 
 
 		 399 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00531988  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0664  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.27 
 
 		 401 aa  164  3e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5245  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.42 
 
 		 425 aa  162  2e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5333  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.42 
 
 		 425 aa  162  2e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.601093  normal  0.346965 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4036  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.33 
 
 		 406 aa  160  3e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1682  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.85 
 
 		 414 aa  160  4e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0153282  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0749  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  34.12 
 
 		 498 aa  160  4e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.471391  normal  0.544805 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2331  bicyclomycin/multidrug efflux system  32.41 
 
 		 396 aa  160  5e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.369879  normal  0.0197956 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3320  bicyclomycin/multidrug efflux system  32.41 
 
 		 396 aa  160  5e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0589131  normal  0.334809 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3852  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  31.82 
 
 		 407 aa  160  5e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.64308  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0216  transport transmembrane protein  31.5 
 
 		 409 aa  159  7e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1640  bicyclomycin/multidrug efflux system  31.28 
 
 		 396 aa  159  8e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1958  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  34.22 
 
 		 437 aa  159  9e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.00219492  hitchhiker  0.00000496056 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3595  putative membrane transport protein  32.4 
 
 		 404 aa  159  9e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0871  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  34.92 
 
 		 404 aa  159  1e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5459  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  35.01 
 
 		 389 aa  159  1e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.243673  normal  0.330218 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1763  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  35.01 
 
 		 407 aa  159  1e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.599795  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2482  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  34.77 
 
 		 405 aa  158  2e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.245428  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3110  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.51 
 
 		 418 aa  158  2e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0634  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.47 
 
 		 393 aa  156  8e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000940614 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2415  bicyclomycin/multidrug efflux system  32 
 
 		 396 aa  155  9e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0436595  normal  0.152549 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2461  bicyclomycin/multidrug efflux system  32 
 
 		 396 aa  155  9e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.334321  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0589  Bcr/CflA family multidrug resistance transporter  32.18 
 
 		 393 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0628  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.18 
 
 		 393 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00837231  normal  0.960264 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2572  bicyclomycin/multidrug efflux system  32 
 
 		 396 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00348003 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2458  bicyclomycin/multidrug efflux system  32 
 
 		 396 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000150098 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0954  MFS family transporter  33.71 
 
 		 414 aa  155  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.456329  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2897  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  32.43 
 
 		 396 aa  154  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.151649  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2370  bicyclomycin/multidrug efflux system  31.73 
 
 		 396 aa  155  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00149864  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3135  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  34.2 
 
 		 415 aa  154  4e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.95279 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10470  putative MFS transporter  32.87 
 
 		 402 aa  153  5e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3242  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.8 
 
 		 425 aa  153  5e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2019  bicyclomycin/multidrug efflux system  30.75 
 
 		 401 aa  153  5e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.11668  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2456  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  33.33 
 
 		 418 aa  153  5.9999999999999996e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.202004  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0843  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.05 
 
 		 424 aa  153  5.9999999999999996e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4575  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.55 
 
 		 393 aa  153  7e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0180506  normal  0.0143089 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1915  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.73 
 
 		 411 aa  152  7e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02112  bicyclomycin/multidrug efflux system  32.41 
 
 		 396 aa  152  1e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0940614  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1475  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  32.41 
 
 		 396 aa  152  1e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000122457  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0827  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  34.73 
 
 		 389 aa  152  1e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2320  bicyclomycin/multidrug efflux system  32.41 
 
 		 396 aa  152  1e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.266963  n/a   
 
 
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NC_009801  EcE24377A_2480  bicyclomycin/multidrug efflux system  32.41 
 
 		 396 aa  152  1e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.138563  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4067  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.49 
 
 		 405 aa  152  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.23672  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02071  hypothetical protein  32.41 
 
 		 396 aa  152  1e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0947796  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1465  bicyclomycin/multidrug efflux system  32.41 
 
 		 396 aa  152  1e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0013409  normal  0.810342 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7148  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  29.97 
 
 		 399 aa  152  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009436  Ent638_2778  bicyclomycin/multidrug efflux system  31.6 
 
 		 398 aa  151  2e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.276165  normal  1 
 
 
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NC_007651  BTH_I1546  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.24 
 
 		 411 aa  151  2e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010084  Bmul_2434  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.89 
 
 		 405 aa  152  2e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.71242  normal  1 
 
 
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NC_007963  Csal_1475  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.06 
 
 		 405 aa  151  2e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008390  Bamb_0824  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.23 
 
 		 434 aa  151  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008782  Ajs_1702  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.64 
 
 		 412 aa  150  3e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.627963 
 
 
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NC_010551  BamMC406_0833  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.98 
 
 		 405 aa  150  5e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009078  BURPS1106A_A0683  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.89 
 
 		 403 aa  150  5e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.8441  n/a   
 
 
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NC_008784  BMASAVP1_0765  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.89 
 
 		 403 aa  149  6e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.356599  n/a   
 
 
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NC_008835  BMA10229_1058  Bcr/CflA family drug resistance transporter  32.89 
 
 		 403 aa  149  6e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009079  BMA10247_A2033  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.89 
 
 		 403 aa  149  6e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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