More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1357 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_4733  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  84.33 
 
 
689 aa  1130    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0478983  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1357  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  100 
 
 
688 aa  1324    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592157  normal  0.205396 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4061  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  63.13 
 
 
656 aa  683    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.26931  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1336  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  89.68 
 
 
690 aa  1150    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1699  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  44.28 
 
 
700 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0618113  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0110  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 5  43.76 
 
 
700 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.211688  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1746  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  43.76 
 
 
700 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3815  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  35.84 
 
 
618 aa  292  2e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.205922  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1349  NADH dehydrogenase I, L subunit  39.85 
 
 
613 aa  287  2.9999999999999996e-76  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1110  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  40.71 
 
 
618 aa  287  4e-76  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.970459  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7008  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  38.91 
 
 
634 aa  286  1.0000000000000001e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.102171  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1117  NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5  44.74 
 
 
657 aa  285  2.0000000000000002e-75  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.752039  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1023  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  40.9 
 
 
662 aa  280  8e-74  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.116112  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3375  NADH dehydrogenase I, L subunit  39.76 
 
 
617 aa  279  1e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.762716  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0169  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  46.53 
 
 
623 aa  278  2e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3207  NADH dehydrogenase subunit L  39.09 
 
 
617 aa  275  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000541221  normal  0.239545 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2870  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  37.4 
 
 
622 aa  274  3e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0441123 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2822  NADH dehydrogenase subunit L  37.47 
 
 
613 aa  274  5.000000000000001e-72  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.891485  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4129  NADH dehydrogenase subunit L  38.14 
 
 
617 aa  271  2e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2654  NADH dehydrogenase subunit L  38.2 
 
 
613 aa  271  2.9999999999999997e-71  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3431  NADH dehydrogenase I, L subunit  43.95 
 
 
624 aa  270  5e-71  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2557  NADH dehydrogenase subunit L  38 
 
 
613 aa  270  5e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.996088  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2502  NADH dehydrogenase subunit L  38 
 
 
613 aa  270  5e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2664  NADH dehydrogenase subunit L  38 
 
 
613 aa  270  5e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2546  NADH dehydrogenase subunit L  38.59 
 
 
611 aa  270  5.9999999999999995e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.580049  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0594  NADH dehydrogenase subunit L  40.18 
 
 
624 aa  270  7e-71  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0869223  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2457  NADH dehydrogenase subunit L  38.59 
 
 
611 aa  270  8.999999999999999e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2427  NADH dehydrogenase subunit L  38 
 
 
613 aa  269  1e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1806  NADH dehydrogenase subunit L  37.92 
 
 
614 aa  270  1e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.503368 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1570  NADH dehydrogenase subunit L  37.92 
 
 
614 aa  269  1e-70  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29880  NADH dehydrogenase subunit L  38.7 
 
 
615 aa  269  1e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.019108  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1464  NADH dehydrogenase subunit L  37.92 
 
 
614 aa  269  1e-70  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02203  NADH dehydrogenase subunit L  37.92 
 
 
613 aa  268  2e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.705855  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1379  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  37.92 
 
 
613 aa  268  2e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.285953  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2432  NADH dehydrogenase subunit L  38.59 
 
 
611 aa  268  2e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2571  NADH dehydrogenase subunit L  38 
 
 
613 aa  269  2e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3417  NADH dehydrogenase subunit L  38.59 
 
 
611 aa  268  2e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02163  hypothetical protein  37.92 
 
 
613 aa  268  2e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.560332  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1374  NADH dehydrogenase subunit L  37.92 
 
 
613 aa  268  2e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.497316 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1011  NADH dehydrogenase subunit L  40.5 
 
 
615 aa  268  2.9999999999999995e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2559  NADH dehydrogenase subunit L  38.7 
 
 
615 aa  268  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0168  NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5  47.03 
 
 
625 aa  266  1e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0583  NADH dehydrogenase subunit L  39.95 
 
 
624 aa  266  1e-69  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1863  NADH dehydrogenase subunit L  38.46 
 
 
617 aa  266  1e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.141943 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2540  NADH dehydrogenase subunit L  38.7 
 
 
616 aa  266  1e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1502  NADH dehydrogenase subunit L  39.9 
 
 
616 aa  265  2e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0192  NADH dehydrogenase subunit L  38.64 
 
 
610 aa  264  3e-69  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0320  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  43.19 
 
 
666 aa  264  4e-69  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1736  NADH dehydrogenase subunit L  38.26 
 
 
617 aa  264  4.999999999999999e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.235558  normal  0.436531 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2762  NADH dehydrogenase subunit L  39.71 
 
 
615 aa  264  4.999999999999999e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1371  NADH dehydrogenase I chain L  36.48 
 
 
636 aa  264  4.999999999999999e-69  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0995158  normal  0.863733 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3701  NADH dehydrogenase subunit L  38.07 
 
 
617 aa  264  4.999999999999999e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1213  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  35.69 
 
 
642 aa  263  6.999999999999999e-69  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1667  NADH dehydrogenase subunit L  39.46 
 
 
612 aa  262  2e-68  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1404  NADH dehydrogenase subunit L  38.18 
 
 
616 aa  262  2e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.212624  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1919  NADH dehydrogenase subunit L  34.62 
 
 
596 aa  261  2e-68  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0146018  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1235  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  34.47 
 
 
627 aa  261  2e-68  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0151  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  45.19 
 
 
623 aa  261  3e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2209  NADH dehydrogenase subunit L  38.37 
 
 
683 aa  261  4e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1739  NADH dehydrogenase subunit L  34.76 
 
 
596 aa  260  5.0000000000000005e-68  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.409991  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1533  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  38.88 
 
 
628 aa  260  7e-68  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1553  NADH dehydrogenase subunit L  34.56 
 
 
596 aa  259  1e-67  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00128293  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1518  NADH dehydrogenase subunit L  40.6 
 
 
613 aa  259  1e-67  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.282876  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2585  NADH dehydrogenase subunit L  38.11 
 
 
701 aa  259  1e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.274397  normal  0.410839 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28540  NADH dehydrogenase subunit L  36.24 
 
 
615 aa  259  1e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.314589  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3339  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  40.79 
 
 
646 aa  258  2e-67  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.584461  normal  0.81981 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2415  NADH dehydrogenase subunit L  37.83 
 
 
688 aa  258  2e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0841593  normal  0.0146586 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1627  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  38.78 
 
 
656 aa  259  2e-67  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2387  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  37.98 
 
 
666 aa  258  3e-67  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00790686  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4071  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  36.8 
 
 
630 aa  258  3e-67  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0380631  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2038  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  40.93 
 
 
645 aa  257  5e-67  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.062647  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5537  NADH dehydrogenase subunit L  41.3 
 
 
620 aa  256  7e-67  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0906168 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3127  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  35.53 
 
 
667 aa  256  8e-67  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1038  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  40.43 
 
 
642 aa  254  3e-66  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3215  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  40.41 
 
 
643 aa  254  4.0000000000000004e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.937058  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1689  NADH dehydrogenase subunit L  38.72 
 
 
624 aa  253  8.000000000000001e-66  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3613  NADH dehydrogenase subunit L  39.04 
 
 
617 aa  252  2e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.703817  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0214  NADH dehydrogenase I chain L  44.05 
 
 
616 aa  251  3e-65  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2874  NADH dehydrogenase subunit L  37.64 
 
 
697 aa  251  3e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.429312  normal  0.334086 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1305  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  37.44 
 
 
676 aa  251  3e-65  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.674922  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4547  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  40.74 
 
 
631 aa  251  4e-65  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2289  NADH dehydrogenase subunit L  37.2 
 
 
689 aa  251  4e-65  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3287  NADH dehydrogenase subunit L  39.9 
 
 
697 aa  250  5e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.33354  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1993  NADH dehydrogenase subunit L  36.18 
 
 
715 aa  250  7e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.351523  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0292  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase subunit L  39.52 
 
 
642 aa  249  9e-65  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0708  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  41.65 
 
 
625 aa  249  9e-65  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.243064  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1876  NADH dehydrogenase subunit L  37.3 
 
 
688 aa  249  1e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.183339 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4156  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  42.09 
 
 
676 aa  249  1e-64  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0322847 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2929  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  37.97 
 
 
681 aa  249  1e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1033  NADH dehydrogenase subunit L  33.45 
 
 
662 aa  249  1e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0442  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  41.58 
 
 
676 aa  248  2e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0985  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  40.08 
 
 
624 aa  248  2e-64  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3999  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  35.31 
 
 
667 aa  249  2e-64  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000018763 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1294  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  40.48 
 
 
710 aa  248  3e-64  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3405  NADH dehydrogenase subunit L  43.56 
 
 
617 aa  248  3e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5413  NADH dehydrogenase subunit L  41.62 
 
 
620 aa  248  4e-64  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0441  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  41.33 
 
 
676 aa  247  4.9999999999999997e-64  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.592794  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1189  NADH dehydrogenase subunit L  36.96 
 
 
720 aa  247  6e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.495317  normal  0.332417 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2527  NADH dehydrogenase subunit L  36.96 
 
 
720 aa  247  6e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4622  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  37.43 
 
 
641 aa  246  9e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0691544 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>