265 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_2010 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_2010  4-oxalocrotonate decarboxylase  100 
 
 
256 aa  511  1e-144  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1150  4-oxalocrotonate decarboxylase  64.11 
 
 
254 aa  302  3.0000000000000004e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.454229  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01663  4-oxalocrotonate decarboxylase protein  60.47 
 
 
263 aa  282  4.0000000000000003e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0913733  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1480  4-oxalocrotonate decarboxylase  59.27 
 
 
254 aa  281  8.000000000000001e-75  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0912  4-oxalocrotonate decarboxylase  58.73 
 
 
259 aa  278  7e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.704461  normal 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3851  hydratase/decarboxylase  55.78 
 
 
256 aa  264  1e-69  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0976371  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1469  4-oxalocrotonate decarboxylase  52.36 
 
 
257 aa  255  5e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1406  4-oxalocrotonate decarboxylase  55.06 
 
 
261 aa  250  2e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7643  4-oxalocrotonate decarboxylase  53.17 
 
 
257 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.905012 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3521  4-oxalocrotonate decarboxylase  55.28 
 
 
257 aa  235  5.0000000000000005e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.285108 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5137  hydratase/decarboxylase  50.4 
 
 
259 aa  235  6e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.838757  normal  0.0331511 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9112  4-oxalocrotonate decarboxylase  52.42 
 
 
255 aa  232  4.0000000000000004e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5500  4-oxalocrotonate decarboxylase  54.87 
 
 
266 aa  223  3e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5210  4-oxalocrotonate decarboxylase  52.4 
 
 
254 aa  221  8e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.39218  normal  0.210604 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3524  4-oxalocrotonate decarboxylase  50.81 
 
 
257 aa  211  1e-53  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2158  4-oxalocrotonate decarboxylase  44.89 
 
 
262 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3899  4-oxalocrotonate decarboxylase  52 
 
 
257 aa  201  9.999999999999999e-51  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.553446 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0225  4-oxalocrotonate decarboxylase  42.06 
 
 
262 aa  185  6e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08680  4-oxalocrotonate decarboxylase.XylI  41.34 
 
 
262 aa  181  1e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2299  4-oxalocrotonate decarboxylase  41.67 
 
 
261 aa  180  2e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2773  hydratase/decarboxylase  40.32 
 
 
262 aa  179  4.999999999999999e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000493793  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3781  hydratase/decarboxylase  39.92 
 
 
262 aa  177  1e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0303669  decreased coverage  0.000202677 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1318  hydratase/decarboxylase  40.48 
 
 
262 aa  176  3e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288999  normal  0.257061 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3090  4-oxalocrotonate decarboxylase  40.24 
 
 
262 aa  175  6e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1618  4-oxalocrotonate decarboxylase  41.74 
 
 
259 aa  174  9.999999999999999e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30600  4-oxalocrotonate decarboxylase; LapH  42.8 
 
 
267 aa  171  9e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.0000150281  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3324  4-oxalocrotonate decarboxylase  44.22 
 
 
264 aa  169  3e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3342  4-oxalocrotonate decarboxylase  38.82 
 
 
262 aa  165  8e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0537  4-oxalocrotonate decarboxylase  46.88 
 
 
260 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2958  4-oxalocrotonate decarboxylase  40.55 
 
 
262 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.351017  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0225  4-oxalocrotonate decarboxylase  44 
 
 
269 aa  162  5.0000000000000005e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  hitchhiker  0.00468493  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2272  4-oxalocrotonate decarboxylase  39.76 
 
 
268 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.866391  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5692  4-oxalocrotonate decarboxylase  38.76 
 
 
263 aa  158  8e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4619  4-oxalocrotonate decarboxylase  38.98 
 
 
263 aa  157  2e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.118774  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3543  4-oxalocrotonate decarboxylase  38.98 
 
 
263 aa  157  2e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0271382  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0794  4-oxalocrotonate decarboxylase  41.01 
 
 
261 aa  155  5.0000000000000005e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2784  4-oxalocrotonate decarboxylase  38.58 
 
 
262 aa  155  5.0000000000000005e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.965988  normal  0.191345 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1621  2-oxopent-4-enoate hydratase  38.22 
 
 
264 aa  150  2e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4208  4-oxalocrotonate decarboxylase  42.41 
 
 
261 aa  147  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1955  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  37.07 
 
 
267 aa  144  1e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.504182  normal  0.0219036 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1627  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  37.07 
 
 
267 aa  144  1e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.72873 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4085  2-oxopent-4-enoate hydratase  39.46 
 
 
267 aa  144  2e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000524317 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3502  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  35.8 
 
 
267 aa  142  5e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.328452  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3472  2-oxopent-4-enoate hydratase  40 
 
 
260 aa  142  7e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.102578  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0439  2-oxopent-4-enoate hydratase  39.13 
 
 
263 aa  141  9.999999999999999e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0138498 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1186  4-oxalocrotonate decarboxylase  38.6 
 
 
264 aa  139  3e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0763202  normal  0.362959 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0534  2-oxopent-4-enoate hydratase  42.47 
 
 
267 aa  139  3.9999999999999997e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2111  4-oxalocrotonate decarboxylase  36.12 
 
 
280 aa  139  3.9999999999999997e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4313  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  36.91 
 
 
268 aa  139  6e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2055  4-oxalocrotonate decarboxylase  38.4 
 
 
259 aa  139  7e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0304181  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3785  hydratase/decarboxylase  37.89 
 
 
260 aa  138  8.999999999999999e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0026227  hitchhiker  0.00282888 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3091  2-oxopent-4-enoate hydratase  38.33 
 
 
260 aa  135  6.0000000000000005e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.42559  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1778  4-oxalocrotonate decarboxylase  34.5 
 
 
267 aa  135  8e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.110144 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10590  2-oxo-hept-3-ene-1,7-dioate hydratase  35.41 
 
 
267 aa  135  9e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3658  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  33.98 
 
 
267 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.504721 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3527  4-oxalocrotonate decarboxylase  38.01 
 
 
265 aa  134  9.999999999999999e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3343  2-oxopent-4-enoate hydratase  32.81 
 
 
260 aa  134  9.999999999999999e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4132  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  33.98 
 
 
267 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.138195  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0240  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  35.06 
 
 
267 aa  133  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3281  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  34.38 
 
 
267 aa  133  3e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0269586  normal  0.185525 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0909  2-oxopent-4-enoate hydratase  37.17 
 
 
262 aa  133  3e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4130  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  34.38 
 
 
267 aa  133  3e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0570046  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4236  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  34.38 
 
 
267 aa  133  3e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.119671  normal  0.0833029 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0965  2-oxo-hept-3-ene-1,7-dioate hydratase  35.02 
 
 
267 aa  133  3e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2578  4-oxalocrotonate decarboxylase  39.36 
 
 
276 aa  132  3.9999999999999996e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3885  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  34.93 
 
 
271 aa  132  3.9999999999999996e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.294519  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5691  4-oxalocrotonate decarboxylase  34.36 
 
 
260 aa  132  7.999999999999999e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1149  2-oxopent-4-enoate hydratase  36.4 
 
 
269 aa  131  9e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.363401  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3902  4-oxalocrotonate decarboxylase  38.46 
 
 
265 aa  131  1.0000000000000001e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.561065 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0936  4-oxalocrotonate decarboxylase  36.4 
 
 
268 aa  131  1.0000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.101712  normal  0.608159 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4661  4-oxalocrotonate decarboxylase  38.36 
 
 
261 aa  131  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.930854  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4749  4-oxalocrotonate decarboxylase  38.36 
 
 
261 aa  131  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0856703  normal  0.088822 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2785  4-oxalocrotonate decarboxylase  33.73 
 
 
261 aa  130  1.0000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.197083 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3798  2-oxopent-4-enoate hydratase  38.1 
 
 
261 aa  130  2.0000000000000002e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.138107  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2296  2-oxopent-4-enoate hydratase  33.62 
 
 
259 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3589  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  34.05 
 
 
268 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.82541  normal  0.773607 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1777  4-oxalocrotonate decarboxylase  36.73 
 
 
257 aa  130  3e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2774  hydratase/decarboxylase  36.22 
 
 
260 aa  129  4.0000000000000003e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000469641  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3464  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  34.06 
 
 
266 aa  129  4.0000000000000003e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4369  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  34.5 
 
 
267 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.455554  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4620  2-oxopent-4-enoate hydratase  34.35 
 
 
260 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.275598  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3544  2-oxopent-4-enoate hydratase  34.35 
 
 
260 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.127016  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13569  hydratase  37.72 
 
 
261 aa  129  5.0000000000000004e-29  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000748615 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5044  4-oxalocrotonate decarboxylase  38.36 
 
 
261 aa  129  6e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1321  hydratase/decarboxylase  36.4 
 
 
262 aa  128  1.0000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0604012  normal  0.404919 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2405  4-oxalocrotonate decarboxylase  38.06 
 
 
267 aa  127  2.0000000000000002e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2460  4-oxalocrotonate decarboxylase  34.65 
 
 
260 aa  127  2.0000000000000002e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.768834  normal  0.296337 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1466  4-oxalocrotonate decarboxylase  38.4 
 
 
273 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3088  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  34.11 
 
 
266 aa  127  3e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.325663  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4279  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  34.91 
 
 
268 aa  126  3e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00917502  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4925  4-oxalocrotonate decarboxylase  37.73 
 
 
260 aa  125  5e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.624784  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4569  4-oxalocrotonate decarboxylase  38.29 
 
 
264 aa  125  6e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00147074 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3854  hydratase/decarboxylase  36.2 
 
 
264 aa  125  7e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.595722  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1982  2-keto-4-pentenoate hydratase  36.36 
 
 
264 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.572392 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2875  4-oxalocrotonate decarboxylase  38.46 
 
 
268 aa  125  9e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0367853 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2504  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  32.17 
 
 
266 aa  124  1e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42150  2-hydroxypent-2,4-dienoate hydratase  38.5 
 
 
261 aa  124  1e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.293913  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2151  4-oxalocrotonate decarboxylase  37.44 
 
 
271 aa  124  1e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5236  4-oxalocrotonate decarboxylase  36.52 
 
 
261 aa  124  1e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.270652 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1520  4-oxalocrotonate decarboxylase  37.61 
 
 
261 aa  124  2e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>