56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1946 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1946  peptidase  100 
 
 		 104 aa  198  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00953564 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2346  hypothetical protein  93.27 
 
 		 104 aa  186  1e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000250595 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3350  peptidase  93.27 
 
 		 104 aa  186  1e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1786  peptidase  92.31 
 
 		 104 aa  185  2e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.106224  normal  0.0469804 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3773  peptidase  63.27 
 
 		 103 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.568838  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3382  lipoprotein, putative  68.24 
 
 		 101 aa  117  7e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0486545  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3213  peptidase  64.13 
 
 		 102 aa  117  7e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.328849 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29720  hypothetical protein  65.38 
 
 		 104 aa  105  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2542  hypothetical protein  67.68 
 
 		 100 aa  103  6e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.173105  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28590  Peptidase M4, thermolysin propeptide  72.84 
 
 		 106 aa  96.3  1e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1994  peptidase  61.22 
 
 		 104 aa  95.1  3e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.914593  normal  0.197441 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1353  peptidase  49.02 
 
 		 114 aa  92  2e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.160523  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2541  hypothetical protein  47.42 
 
 		 102 aa  85.1  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0415354  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29710  hypothetical protein  47.42 
 
 		 102 aa  85.1  3e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.266098  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47230  hypothetical protein  48.42 
 
 		 102 aa  79.3  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1993  peptidase  44.57 
 
 		 102 aa  76.3  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.872282  normal  0.14577 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1351  peptidase  44.55 
 
 		 103 aa  75.5  0.0000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.207788  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3774  peptidase  43.75 
 
 		 102 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.390086  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1785  peptidase  40.62 
 
 		 102 aa  70.9  0.000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.15986  normal  0.0473515 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0587  Propeptide PepSY amd peptidase M4  40.43 
 
 		 103 aa  64.3  0.0000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2345  hypothetical protein  40.51 
 
 		 102 aa  60.8  0.000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.651641  hitchhiker  0.0000248352 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1945  peptidase  40 
 
 		 102 aa  60.8  0.000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0053357 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4315  peptidase  38.54 
 
 		 101 aa  60.1  0.000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.380766 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3351  peptidase  38.75 
 
 		 102 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5131  hypothetical protein  35.92 
 
 		 120 aa  57  0.00000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0313  membrane protein  44.3 
 
 		 105 aa  55.8  0.0000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3764  membrane protein  47.37 
 
 		 96 aa  54.7  0.0000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.915458  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3383  hypothetical protein  32.22 
 
 		 102 aa  53.9  0.0000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0287551  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3214  peptidase  31.46 
 
 		 106 aa  52.8  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.333592 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4486  hypothetical protein  41.79 
 
 		 88 aa  52  0.000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3780  peptidase  38.55 
 
 		 88 aa  50.8  0.000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0241  peptidase  38.55 
 
 		 88 aa  50.8  0.000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000271334 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3432  Propeptide PepSY amd peptidase M4  37.5 
 
 		 105 aa  50.8  0.000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.476517  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0243  peptidase  33.71 
 
 		 88 aa  50.4  0.000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0246  Propeptide PepSY amd peptidase M4  33.71 
 
 		 88 aa  50.4  0.000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000325989 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0242  peptidase  37.35 
 
 		 88 aa  50.1  0.000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000136946 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0240  peptidase  33.71 
 
 		 88 aa  50.1  0.00001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3770  peptidase  31.31 
 
 		 102 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.150501 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0240  peptidase  32.58 
 
 		 88 aa  49.7  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5098  membrane protein  35.8 
 
 		 101 aa  47.8  0.00005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.447324  normal  0.150057 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0358  peptidase  40.3 
 
 		 88 aa  47.8  0.00005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4084  membrane protein  37.5 
 
 		 109 aa  47.4  0.00007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.187965 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1661  peptidase  41.18 
 
 		 104 aa  46.6  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02657  hypothetical protein  35.62 
 
 		 142 aa  45.1  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1912  Propeptide PepSY amd peptidase M4  33.72 
 
 		 106 aa  44.3  0.0005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003783  membrane protein  37.68 
 
 		 141 aa  44.3  0.0005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000349662  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1243  hypothetical protein  38.36 
 
 		 135 aa  44.3  0.0006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0629  hypothetical protein  32.22 
 
 		 113 aa  43.9  0.0007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000224973  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3061  peptidase  35.29 
 
 		 128 aa  43.1  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0661  hypothetical protein  30.59 
 
 		 109 aa  42  0.003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000789332  hitchhiker  0.000026352 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1980  hypothetical protein  32.43 
 
 		 128 aa  42  0.003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1885  hypothetical protein  33.77 
 
 		 107 aa  42  0.003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.841476  normal  0.020985 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4483  hypothetical protein  33.33 
 
 		 110 aa  42  0.003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.16173  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4115  hypothetical protein  33.33 
 
 		 110 aa  42  0.003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.708115  normal  0.942917 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3510  hypothetical protein  33.77 
 
 		 102 aa  40.8  0.007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000134478  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3897  peptidase  36.25 
 
 		 105 aa  40.4  0.009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.33427  normal  0.173268 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>