200 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_3961 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_3961  regulatory protein, putative  100 
 
 
743 aa  1509    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0857472 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6246  nitrous oxide expression regulator, NosR  61.64 
 
 
702 aa  772    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1535  FMN-binding domain protein  47.63 
 
 
704 aa  602  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1334  FMN-binding domain-containing protein  47.54 
 
 
705 aa  593  1e-168  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.461369 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4868  FMN-binding domain protein  48.06 
 
 
701 aa  591  1e-167  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.153246  normal  0.0739563 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2414  FMN-binding domain-containing protein  45.48 
 
 
699 aa  562  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2637  FMN-binding domain-containing protein  42.69 
 
 
758 aa  544  1e-153  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3619  FMN-binding domain-containing protein  48.03 
 
 
727 aa  526  1e-148  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.762683  normal  0.107626 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0686  regulator of nitric oxide reductase transcription  40.03 
 
 
696 aa  466  9.999999999999999e-131  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0382945  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2253  FMN-binding domain-containing protein  36.68 
 
 
703 aa  459  1e-127  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2563  FMN-binding domain protein  36.83 
 
 
714 aa  453  1.0000000000000001e-126  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.132297  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1884  putative regulatory protein NosR  36.94 
 
 
715 aa  447  1.0000000000000001e-124  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4731  putative transcriptional regulator NosR  34.84 
 
 
719 aa  439  9.999999999999999e-123  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3079  FMN-binding domain-containing protein  34.32 
 
 
714 aa  440  9.999999999999999e-123  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2220  FMN-binding  36.67 
 
 
716 aa  436  1e-121  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000053417  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1873  FMN-binding  37.48 
 
 
692 aa  435  1e-120  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20230  regulatory protein NosR  36.92 
 
 
715 aa  429  1e-119  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.578726 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1739  regulatory protein NosR  36.8 
 
 
715 aa  424  1e-117  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1429  FMN-binding domain-containing protein  33.53 
 
 
708 aa  416  9.999999999999999e-116  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.865866  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3399  FMN-binding domain-containing protein  35.8 
 
 
713 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.360952  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1073  FMN-binding domain-containing protein  35.31 
 
 
712 aa  405  1e-111  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.537433  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4220  FMN-binding domain-containing protein  35.7 
 
 
726 aa  390  1e-107  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.384845  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2350  FMN-binding domain protein  33.02 
 
 
764 aa  379  1e-104  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0427  FMN-binding  32.63 
 
 
764 aa  379  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.653996  normal  0.802121 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6007  nitrous oxide reductase regulatory protein NosR  33.24 
 
 
764 aa  382  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0425173 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3193  nitrous oxide reductase regulatory protein NosR  35.44 
 
 
728 aa  371  1e-101  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2862  FMN-binding domain-containing protein  33.43 
 
 
749 aa  367  1e-100  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4347  FMN-binding domain-containing protein  32.61 
 
 
788 aa  367  1e-100  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0274  transcriptional regulator NosR, putative  32.61 
 
 
787 aa  359  9.999999999999999e-98  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.288385  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3141  FMN-binding  31.16 
 
 
752 aa  355  2e-96  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2068  regulatory protein NosR  33.63 
 
 
710 aa  350  6e-95  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.927633  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2123  regulatory protein NosR  34.2 
 
 
710 aa  350  7e-95  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.156749  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2263  transcription regulator NosR  34.05 
 
 
710 aa  349  9e-95  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0987  regulatory protein nosR, putative  34.05 
 
 
710 aa  349  1e-94  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.375953  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2317  regulatory protein nosR, putative  33.28 
 
 
713 aa  348  2e-94  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.980481  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0250  putative transcriptional regulator NosR  31.64 
 
 
763 aa  335  2e-90  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2486  FMN-binding domain-containing protein  33.53 
 
 
681 aa  321  1.9999999999999998e-86  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.821812 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3181  nitrous oxide reductase regulatory protein NosR  31.68 
 
 
687 aa  320  7e-86  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.333663  normal  0.835049 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1482  FMN-binding domain-containing protein  32.03 
 
 
886 aa  315  1.9999999999999998e-84  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0663  nitrous oxide expression regulator, NosR  30.87 
 
 
727 aa  310  8e-83  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.342407  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1390  transmembrane regulatory nosR transcription regulator protein  31.14 
 
 
884 aa  308  2.0000000000000002e-82  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1059  FMN-binding domain protein  29.42 
 
 
873 aa  287  5e-76  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.602709  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1138  FMN-binding domain-containing protein  29.12 
 
 
873 aa  286  8e-76  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.599326  normal  0.568737 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4060  FMN-binding domain protein  29.97 
 
 
887 aa  283  6.000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.034524  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4172  nitrous oxide expression regulator, NosR  29.97 
 
 
887 aa  283  6.000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1369  transmembrane regulatory nosR transcription regulator protein  31.25 
 
 
872 aa  280  5e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0078  regulator of nitric oxide reductase transcription  46.46 
 
 
625 aa  278  2e-73  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.196865 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4916  putative transmembrane regulatory protein nosR  31.23 
 
 
872 aa  278  3e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00666033 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3198  FMN-binding  29.08 
 
 
897 aa  270  5e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_881  NapH protein  25.88 
 
 
480 aa  89  3e-16  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00995  predicted 4Fe-4S membrane protein  30.81 
 
 
357 aa  86.3  0.000000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.468717  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01002  hypothetical protein  30.81 
 
 
357 aa  86.3  0.000000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.682335  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1228  4Fe-4S binding domain protein  30.81 
 
 
357 aa  86.3  0.000000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00146315  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1102  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  30.81 
 
 
357 aa  86.3  0.000000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1108  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  30.81 
 
 
357 aa  86.3  0.000000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000240222  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2132  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  30.81 
 
 
357 aa  85.9  0.000000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2603  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  30.81 
 
 
357 aa  85.9  0.000000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.31548 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2322  4Fe-4S binding domain protein  30.81 
 
 
357 aa  85.9  0.000000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000282752  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2650  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  30.23 
 
 
357 aa  85.1  0.000000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000361433  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0557  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  28.35 
 
 
444 aa  85.1  0.000000000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2165  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  29.65 
 
 
368 aa  78.6  0.0000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0573677  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1873  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  28.49 
 
 
368 aa  77.8  0.0000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3506  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  27.06 
 
 
243 aa  76.3  0.000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0166  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  26.6 
 
 
290 aa  76.3  0.000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1050  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  27.97 
 
 
334 aa  75.9  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2371  iron-sulfur cluster-binding protein  28.51 
 
 
277 aa  75.5  0.000000000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000000206096  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2342  FMN-binding domain protein  28.21 
 
 
453 aa  73.6  0.00000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.607847  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0463  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  32.5 
 
 
294 aa  72  0.00000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0887  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  27.27 
 
 
240 aa  71.2  0.00000000007  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.523499  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0198  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  24.58 
 
 
288 aa  70.9  0.00000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0216  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding domain protein  25.88 
 
 
334 aa  69.7  0.0000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.417368  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1289  membrane-bound regulatory protein  29.73 
 
 
389 aa  68.6  0.0000000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0956  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  27.96 
 
 
229 aa  68.6  0.0000000004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0297  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding protein  26.82 
 
 
335 aa  68.2  0.0000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.012248  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0712  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  28.43 
 
 
325 aa  68.2  0.0000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000841077  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0698  FMN-binding domain protein  27.5 
 
 
360 aa  67.8  0.0000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.911747  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0237  transcriptional regulator, putative  27.15 
 
 
406 aa  67.4  0.0000000009  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.130282  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0806  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  28 
 
 
358 aa  67  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0103679  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1957  iron-sulfur cluster-binding protein  27.27 
 
 
290 aa  67  0.000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0601  aminoglycoside phosphotransferase-like protein  26.55 
 
 
431 aa  67  0.000000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.0545044 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0630  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  25.39 
 
 
331 aa  65.9  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.84787e-35 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3153  iron-sulfur cluster-binding protein  28.14 
 
 
335 aa  65.9  0.000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.758597  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0810  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  27.5 
 
 
356 aa  65.1  0.000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.232624  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0616  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding domain protein  25.39 
 
 
331 aa  64.7  0.000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000698811  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0310  transcriptional regulator, putative  27.27 
 
 
572 aa  64.3  0.000000007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1737  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  29.77 
 
 
273 aa  64.3  0.000000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.176539  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1480  membrane bound regulatory protein, VcrC-like protein  26.85 
 
 
399 aa  63.9  0.000000009  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0452  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  26.44 
 
 
347 aa  63.9  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000191107  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1379  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  23.96 
 
 
351 aa  63.5  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1598  transcriptional regulator, putative  25.89 
 
 
396 aa  62.8  0.00000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00672193  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0561  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  26.56 
 
 
591 aa  63.2  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.125705 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0759  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding protein  26.72 
 
 
356 aa  62.4  0.00000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.939096  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0294  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  28.14 
 
 
404 aa  61.6  0.00000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000637603 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1742  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  29.38 
 
 
298 aa  61.2  0.00000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.463173  normal  0.0170059 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0798  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  29.38 
 
 
356 aa  60.8  0.00000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.223587  hitchhiker  0.00276018 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0773  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  25.25 
 
 
404 aa  60.5  0.0000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4220  FMN-binding domain protein  27.97 
 
 
480 aa  60.5  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000416896  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3549  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  28.8 
 
 
404 aa  60.8  0.0000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0416  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  26.29 
 
 
404 aa  60.1  0.0000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1904  iron-sulfur cluster-binding protein  27.43 
 
 
346 aa  59.3  0.0000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000493805  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>