More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_3060 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_3060  response regulator receiver  100 
 
 		 410 aa  837    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2977  response regulator receiver protein  46.9 
 
 		 339 aa  143  6e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2567  response regulator receiver protein  46.85 
 
 		 339 aa  141  3e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.342173 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2738  response regulator transcription regulator protein  45.52 
 
 		 336 aa  138  2e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2949  response regulator receiver domain-containing protein  41.36 
 
 		 332 aa  138  2e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1291  response regulator receiver protein  42.95 
 
 		 336 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.127237  normal  0.0846123 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2689  response regulator receiver domain-containing protein  42.31 
 
 		 339 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.579235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2812  response regulator receiver  40.99 
 
 		 335 aa  132  9e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.101507  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3729  response regulator receiver protein  48.53 
 
 		 323 aa  130  6e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.800159  normal  0.0418103 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3476  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  44.96 
 
 		 479 aa  113  8.000000000000001e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3728  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  40.52 
 
 		 395 aa  109  8.000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.439666  normal  0.0786529 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0606  response regulator  40.62 
 
 		 447 aa  107  4e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2793  two-component response regulator  36.88 
 
 		 154 aa  107  5e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0292911 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3477  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.98 
 
 		 1465 aa  103  5e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3155  adenylate/guanylate cyclase  34.29 
 
 		 1172 aa  103  5e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.386213  hitchhiker  0.00095291 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2184  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 497 aa  103  6e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.682977  normal  0.229753 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0507  HupR response regulator  40.29 
 
 		 491 aa  103  7e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2158  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.29 
 
 		 491 aa  103  7e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.00791251  normal  0.142838 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2368  putative PAS/PAC sensor protein  35.34 
 
 		 270 aa  103  7e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1542  response regulator receiver domain-containing protein  37.96 
 
 		 309 aa  102  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000150385  normal  0.319028 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1179  sigma-54 factor, interaction region  40.98 
 
 		 482 aa  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0557788  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3364  hydrogenase accessory protein HypB  39.29 
 
 		 492 aa  100  4e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.224656 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1529  response regulator receiver  36.43 
 
 		 151 aa  99.8  8e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.542106  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1171  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.8 
 
 		 482 aa  99  1e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2388  response regulator receiver protein  38.93 
 
 		 154 aa  99  1e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.319662 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2338  GAF sensor-containing adenylate/guanylate cyclase  37.6 
 
 		 1180 aa  98.6  2e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0263037  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3757  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 499 aa  98.6  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1427  response regulator receiver protein  37.69 
 
 		 311 aa  97.4  4e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2012  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 484 aa  97.1  5e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2723  putative PAS/PAC sensor protein  35.88 
 
 		 285 aa  97.1  6e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2808  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 482 aa  96.7  6e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1404  response regulator receiver protein  35.29 
 
 		 154 aa  96.3  8e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3971  putative GAF sensor protein  35.21 
 
 		 312 aa  96.3  9e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2737  two component response regulator transcription regulator protein  38.46 
 
 		 374 aa  95.5  1e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2012  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 485 aa  95.9  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4317  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  35.04 
 
 		 317 aa  95.9  1e-18  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.248315  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2721  response regulator receiver protein  40.3 
 
 		 188 aa  95.9  1e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1956  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 486 aa  95.1  2e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.696783  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1525  ATP-binding region ATPase domain protein  37.5 
 
 		 359 aa  94.7  2e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.331233  normal  0.636632 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1161  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40 
 
 		 496 aa  94.7  2e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.175427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2239  adenylate/guanylate cyclase  36.8 
 
 		 1156 aa  95.1  2e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.159061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0615  response regulator  38.35 
 
 		 484 aa  95.1  2e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.177724  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2367  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  35.07 
 
 		 538 aa  95.1  2e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1423  response regulator receiver (CheY) and GAF domain-containing protein  35.38 
 
 		 315 aa  94.7  3e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2950  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  38.71 
 
 		 378 aa  94.7  3e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.37884  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7223  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  40 
 
 		 473 aa  94  5e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.58817  normal  0.218696 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0972  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.98 
 
 		 994 aa  93.6  6e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.172335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3109  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.48 
 
 		 493 aa  93.6  6e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26830  putative two-component response regulator  40.34 
 
 		 303 aa  93.6  6e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0662  response regulator receiver (CheY) and GAF modulated Serine phosphatase  35.94 
 
 		 557 aa  92.8  9e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00161844  normal  0.0426655 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3473  response regulator receiver domain-containing protein  38.52 
 
 		 823 aa  92.8  9e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2364  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 806 aa  92.4  1e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2469  response regulator  37.59 
 
 		 481 aa  92  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.129941  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0757  response regulator/HD domain-containing protein  37.59 
 
 		 481 aa  92  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0923  response regulator  37.59 
 
 		 481 aa  92  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2722  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  40.5 
 
 		 444 aa  92  2e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2189  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.97 
 
 		 628 aa  91.7  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0671838  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2388  response regulator  37.59 
 
 		 481 aa  92  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2689  response regulator  37.59 
 
 		 481 aa  92  2e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2496  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 495 aa  91.3  3e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0534594  normal  0.148721 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1895  response regulator receiver protein  36.3 
 
 		 185 aa  91.3  3e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.706146  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2273  putative two-component response regulator  39.5 
 
 		 304 aa  90.9  4e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.438912  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2094  response regulator  39.02 
 
 		 329 aa  90.9  4e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4102  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 475 aa  90.5  4e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  34.81 
 
 		 515 aa  90.5  5e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0261  response regulator  37.4 
 
 		 439 aa  90.5  5e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2839  GAF(s) sensor(s)-containing protein serine phosphatase  35.94 
 
 		 557 aa  90.5  5e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2745  response regulator receiver protein  40.94 
 
 		 456 aa  90.5  5e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.862781  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2392  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  32.79 
 
 		 363 aa  90.1  6e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3805  response regulator receiver domain-containing protein  38.1 
 
 		 439 aa  90.1  6e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0745  response regulator/HD domain-containing protein  36.84 
 
 		 481 aa  89.7  8e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5939  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  40.83 
 
 		 472 aa  89.4  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.862183 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0862  response regulator receiver protein  37.78 
 
 		 293 aa  89  1e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.747276  normal  0.358 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2976  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  36.23 
 
 		 368 aa  89.4  1e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.598418  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6441  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  40.83 
 
 		 470 aa  89.4  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5575  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  40.83 
 
 		 472 aa  89.4  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2716  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.5 
 
 		 629 aa  89  1e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4817  response regulator receiver modulated serine phosphatase with GAF sensor  35.25 
 
 		 553 aa  89  1e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2942  response regulator  39.2 
 
 		 456 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.714666  normal  0.271158 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3962  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 495 aa  88.6  2e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2813  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  33.85 
 
 		 377 aa  88.2  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.963287  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1569  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  40.31 
 
 		 452 aa  88.2  2e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6276  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  39.83 
 
 		 469 aa  88.2  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5980  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  39.83 
 
 		 469 aa  88.2  3e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5456  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.6 
 
 		 641 aa  88.2  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0579502  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0430  response regulator receiver protein  28.51 
 
 		 423 aa  87  5e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.162572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1854  histidine kinase  36.17 
 
 		 1111 aa  87  5e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.131557  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0720  response regulator receiver, fis type  33.33 
 
 		 312 aa  86.7  6e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.935409  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2547  response regulator receiver protein  35.82 
 
 		 395 aa  86.7  7e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2960  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.73 
 
 		 622 aa  86.3  8e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2691  response regulator receiver domain-containing protein  40 
 
 		 134 aa  86.3  8e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3068  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.73 
 
 		 622 aa  86.3  9e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.231547  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2842  PAS sensor protein  36.73 
 
 		 622 aa  86.3  9e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.174863  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2566  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  36.43 
 
 		 369 aa  85.9  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.236818 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1766  response regulator receiver domain-containing protein  34.15 
 
 		 311 aa  85.9  0.000000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.143421 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2541  response regulator  34.42 
 
 		 441 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1315  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 365 aa  85.1  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0970  response regulator receiver  36.96 
 
 		 438 aa  85.5  0.000000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2447  signal transduction protein  36.89 
 
 		 965 aa  85.1  0.000000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.936876  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4550  response regulator receiver domain-containing protein  34.35 
 
 		 451 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.01769  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>