92 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_2202 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



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Alignment on homolog gene
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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_2202  high-affinity nickel-transporter  100 
 
 		 323 aa  644    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.132612  normal  1 
 
 
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NC_007925  RPC_4841  high-affinity nickel-transporter  38.18 
 
 		 390 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2711  high-affinity nickel-transporter  35.82 
 
 		 359 aa  181  2e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.733355  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2775  high-affinity nickel-transporter  37.92 
 
 		 337 aa  177  2e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4543  high-affinity nickel-transporter  37.05 
 
 		 398 aa  177  2e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.47672  normal  0.619069 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0860  high-affinity nickel-transporter  36.89 
 
 		 389 aa  170  3e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.474349 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3692  high-affinity nickel-transporter  33.83 
 
 		 358 aa  164  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3393  high-affinity nickel-transporter  33.43 
 
 		 358 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0166136 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0088  hypothetical protein  32.79 
 
 		 360 aa  160  2e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.417064  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0096  hypothetical protein  31.88 
 
 		 367 aa  160  2e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.977897  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0391  high-affinity nickel-transporter  37.54 
 
 		 342 aa  159  6e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.335647  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2976  high-affinity nickel-transporter  39.25 
 
 		 342 aa  158  1e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2905  high-affinity nickel-transporter  36.75 
 
 		 381 aa  156  4e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.101757 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3811  hypothetical protein  35.01 
 
 		 389 aa  154  2.9999999999999998e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.397121  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0291  high-affinity nickel-transporter  33.46 
 
 		 319 aa  151  2e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.413944  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4249  high-affinity nickel-transporter  33.42 
 
 		 367 aa  149  5e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.470943  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0081  high-affinity nickel-transporter  31.76 
 
 		 383 aa  148  1.0000000000000001e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.940198 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2245  high-affinity nickel-transporter  38.68 
 
 		 330 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0277  high-affinity nickel-transporter  38.43 
 
 		 337 aa  137  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.66329  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1678  high-affinity nickel-transporter  35.09 
 
 		 337 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0510109  normal  0.482809 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1398  high-affinity nickel-transporter  35.69 
 
 		 337 aa  135  7.000000000000001e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0677472  normal  0.0633291 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2759  high-affinity nickel-transporter  32.99 
 
 		 351 aa  135  9.999999999999999e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0674  high-affinity nickel-transporter  34.62 
 
 		 372 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00986195 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1403  high-affinity nickel-transporter  34.51 
 
 		 337 aa  133  5e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.198577  normal  0.0338124 
 
 
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NC_009832  Spro_3631  high-affinity nickel-transporter  35.16 
 
 		 340 aa  130  2.0000000000000002e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0473418  normal  0.881878 
 
 
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NC_009436  Ent638_3031  high-affinity nickel-transporter  32.97 
 
 		 326 aa  129  6e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.32654  normal  1 
 
 
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NC_011083  SeHA_C2813  high-affinity nickel-transporter  33.99 
 
 		 328 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.774506  normal  1 
 
 
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NC_011094  SeSA_A2792  high-affinity nickel-transporter  34.9 
 
 		 328 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009708  YpsIP31758_1164  Ni2+-Co2+ transporter (NiCoT) family protein  30.39 
 
 		 340 aa  127  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000293484  n/a   
 
 
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NC_010159  YpAngola_A0439  Ni2+-Co2+ transporter (NiCoT) family protein  30.39 
 
 		 340 aa  127  2.0000000000000002e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000891132  hitchhiker  0.0000143481 
 
 
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NC_010465  YPK_1272  high-affinity nickel-transporter  30.39 
 
 		 340 aa  127  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000384765  n/a   
 
 
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NC_011080  SNSL254_A2751  high-affinity nickel-transporter  33.99 
 
 		 328 aa  128  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1234  high-affinity nickel-transporter  32.11 
 
 		 357 aa  127  3e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.898271  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2706  high-affinity nickel-transporter  33.6 
 
 		 328 aa  126  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.629931  n/a   
 
 
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NC_011205  SeD_A2926  high-affinity nickel-transporter  31.93 
 
 		 328 aa  126  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011666  Msil_1782  high-affinity nickel-transporter  35.48 
 
 		 346 aa  124  2e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_012912  Dd1591_1096  high-affinity nickel-transporter  32.08 
 
 		 345 aa  124  2e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.767185  n/a   
 
 
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NC_012917  PC1_3041  high-affinity nickel-transporter  31.44 
 
 		 357 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.167253  n/a   
 
 
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NC_007963  Csal_3208  high-affinity nickel-transporter  29.86 
 
 		 337 aa  120  3.9999999999999996e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011004  Rpal_0942  high-affinity nickel-transporter  43.14 
 
 		 384 aa  116  5e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0338054  n/a   
 
 
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NC_009485  BBta_1353  putative high affinity nickel transporter  32.65 
 
 		 406 aa  112  6e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.85251  normal  0.315811 
 
 
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NC_011312  VSAL_I1976  putative nickel transporter  30.6 
 
 		 319 aa  110  3e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009436  Ent638_0316  high-affinity nickel-transporter  28.32 
 
 		 349 aa  110  5e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0121429 
 
 
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NC_007802  Jann_1929  high-affinity nickel-transporter  34.16 
 
 		 314 aa  103  4e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.495072  normal  1 
 
 
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NC_013512  Sdel_1480  high-affinity nickel-transporter  28.57 
 
 		 247 aa  100  2e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007643  Rru_A1753  high-affinity nickel-transporter  34.63 
 
 		 329 aa  99.8  5e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010676  Bphyt_4270  high-affinity nickel-transporter  32.91 
 
 		 374 aa  98.6  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.577048  normal  0.743573 
 
 
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NC_010511  M446_2333  high-affinity nickel-transporter  35.82 
 
 		 337 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.144614  normal  0.152273 
 
 
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NC_008309  HS_1079  permease  22.19 
 
 		 335 aa  90.1  5e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0887396  n/a   
 
 
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NC_009952  Dshi_0753  high-affinity nickel-transporter  33.78 
 
 		 318 aa  89.4  8e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.0000315045  normal  0.331019 
 
 
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NC_007005  Psyr_2931  nickel/cobalt efflux protein RcnA  28.72 
 
 		 289 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0470601  normal  1 
 
 
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NC_009621  Smed_5609  high-affinity nickel-transporter  27.97 
 
 		 239 aa  82.8  0.000000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.437019 
 
 
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NC_013512  Sdel_2047  high-affinity nickel-transporter  26.29 
 
 		 249 aa  76.6  0.0000000000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.035095  n/a   
 
 
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NC_010581  Bind_2532  putative nickel ABC transporter, permease protein  28.15 
 
 		 236 aa  75.5  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0439363  normal  0.195103 
 
 
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NC_007519  Dde_0285  ABC-type uncharacterized transport system permease component-like  28.51 
 
 		 366 aa  72.8  0.000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0371568  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0116  hypothetical protein  24.5 
 
 		 293 aa  71.6  0.00000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.27353  n/a   
 
 
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NC_009637  MmarC7_1269  high-affinity nickel-transporter  25.22 
 
 		 208 aa  72  0.00000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008044  TM1040_1737  high-affinity nickel-transporter  42.11 
 
 		 360 aa  71.2  0.00000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.284781  normal  1 
 
 
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NC_008786  Veis_2757  nickel/cobalt efflux protein RcnA  26.41 
 
 		 253 aa  70.9  0.00000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00437042 
 
 
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NC_012912  Dd1591_0067  nickel/cobalt efflux protein RcnA  24.25 
 
 		 300 aa  69.7  0.00000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011094  SeSA_A3193  nickel/cobalt efflux protein RcnA  26.09 
 
 		 282 aa  68.6  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011080  SNSL254_A3256  nickel/cobalt efflux protein RcnA  26.12 
 
 		 274 aa  68.9  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0374034 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3177  nickel/cobalt efflux protein RcnA  26.12 
 
 		 274 aa  68.9  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.508433  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4158  high-affinity nickel-transporter  27.38 
 
 		 447 aa  68.9  0.0000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0568416  n/a   
 
 
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NC_004578  PSPTO_4280  hypothetical protein  25.42 
 
 		 292 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0687  high-affinity nickel-transporter  24.45 
 
 		 208 aa  67.8  0.0000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.471352  n/a   
 
 
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NC_011083  SeHA_C3242  nickel/cobalt efflux protein RcnA  24.91 
 
 		 294 aa  64.7  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0110121 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3358  nickel/cobalt efflux protein RcnA  24.91 
 
 		 294 aa  65.1  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008599  CFF8240_1730  Ni2+-Co2+ transporter (NiCoT) family protein  23.32 
 
 		 513 aa  63.5  0.000000004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009135  MmarC5_1407  high-affinity nickel-transporter  23.14 
 
 		 208 aa  62.8  0.000000008  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3645  hypothetical protein  34.15 
 
 		 354 aa  62.4  0.000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.409441  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1792  tRNA pseudouridine synthase B  23.64 
 
 		 497 aa  62.4  0.00000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2968  hypothetical protein  34.09 
 
 		 377 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.169755 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1499  transporter, Ni2+-Co2+ transporter  22.77 
 
 		 490 aa  58.2  0.0000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.844578  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1551  high-affinity nickel-transporter  24.18 
 
 		 274 aa  57.8  0.0000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1541  nickel/cobalt efflux protein RcnA  24.18 
 
 		 274 aa  57.8  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2493  high-affinity nickel-transporter  31.5 
 
 		 373 aa  57.4  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.787669  normal  0.104573 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3089  nickel/cobalt efflux protein RcnA  22.4 
 
 		 285 aa  57.8  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.256833 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2242  nickel/cobalt efflux protein RcnA  24.18 
 
 		 274 aa  57  0.0000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.790199  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0937  nickel/cobalt efflux protein RcnA  23.77 
 
 		 274 aa  57  0.0000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.49714  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0085  high-affinity nickel-transporter  26.96 
 
 		 371 aa  56.2  0.0000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010505  Mrad2831_2530  high-affinity nickel-transporter  29.09 
 
 		 371 aa  51.6  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.943623  normal  1 
 
 
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NC_007964  Nham_2647  high-affinity nickel-transporter  33.33 
 
 		 356 aa  50.1  0.00005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.679342  n/a   
 
 
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NC_009715  CCV52592_0096  transporter, Ni2+-Co2+ transporter  23.94 
 
 		 505 aa  50.1  0.00006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00355357  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03927  hypothetical protein  29.73 
 
 		 377 aa  49.7  0.00007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.176978 
 
 
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NC_011894  Mnod_6502  high-affinity nickel-transporter  32.73 
 
 		 376 aa  48.9  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.971556  n/a   
 
 
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NC_009485  BBta_3421  hypothetical protein  28.46 
 
 		 353 aa  48.1  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.304337  normal  1 
 
 
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NC_009439  Pmen_2243  high-affinity nickel-transporter  31.53 
 
 		 375 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0260591  normal  1 
 
 
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NC_010511  M446_3506  high-affinity nickel-transporter  31.88 
 
 		 372 aa  47.4  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.739045 
 
 
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NC_008607  Ppro_3677  high-affinity nickel-transporter  22.69 
 
 		 207 aa  47  0.0005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.841534  n/a   
 
 
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NC_010338  Caul_4225  high-affinity nickel-transporter  29.25 
 
 		 376 aa  44.7  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.786364  normal  1 
 
 
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NC_007520  Tcr_2044  hypothetical protein  27.33 
 
 		 212 aa  43.5  0.004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.150592  n/a   
 
 
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