More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_2421 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_2421  LysR substrate-binding  100 
 
 		 300 aa  614  1e-175  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1334  LysR substrate-binding  48.44 
 
 		 307 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.622556  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 297 aa  214  9.999999999999999e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 299 aa  211  1e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 307 aa  203  3e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  36.01 
 
 		 302 aa  202  4e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  35.49 
 
 		 292 aa  200  1.9999999999999998e-50  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4970  transcriptional regulator, LysR family  34.89 
 
 		 298 aa  197  2.0000000000000003e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126085  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1918  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 297 aa  190  2e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5916  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 308 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2161  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 308 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2179  LysR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 300 aa  189  4e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  33.8 
 
 		 301 aa  189  7e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1548  putative transcriptional regulator  35.86 
 
 		 295 aa  188  8e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17790  LysR family transcriptional regulator  36.53 
 
 		 295 aa  188  9e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  33.8 
 
 		 301 aa  188  1e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 299 aa  187  2e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 299 aa  187  2e-46  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 296 aa  186  3e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 302 aa  187  3e-46  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 296 aa  187  3e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  33.45 
 
 		 301 aa  186  4e-46  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 301 aa  186  4e-46  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 301 aa  186  4e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  33.45 
 
 		 301 aa  186  4e-46  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  33.45 
 
 		 301 aa  186  4e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 301 aa  186  4e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  34.05 
 
 		 300 aa  185  8e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  34.05 
 
 		 300 aa  185  8e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 306 aa  185  9e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0657  transcriptional regulator, LysR family  34.15 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  34.05 
 
 		 300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  36.84 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1969  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 308 aa  183  3e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 295 aa  183  3e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 296 aa  183  3e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2332  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 308 aa  183  3e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.194223  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3750  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 297 aa  180  2e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.101985  normal  0.203083 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1134  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 294 aa  181  2e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1110  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 300 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.138088  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 305 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04822  transcription regulator protein  31.65 
 
 		 306 aa  177  1e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05669  transcription regulator protein  31.65 
 
 		 306 aa  177  1e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2442  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 299 aa  177  3e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3722  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 307 aa  176  5e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  34.04 
 
 		 297 aa  174  9.999999999999999e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  34.04 
 
 		 297 aa  174  9.999999999999999e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 297 aa  174  9.999999999999999e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  34.04 
 
 		 297 aa  174  9.999999999999999e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3793  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 304 aa  175  9.999999999999999e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3319  transcriptional regulator, LysR family  31.03 
 
 		 310 aa  174  9.999999999999999e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 297 aa  174  9.999999999999999e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 297 aa  174  9.999999999999999e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  34.04 
 
 		 297 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 297 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1543  transcriptional regulator, LysR family  31.94 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.114968 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  34.04 
 
 		 297 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  32.48 
 
 		 306 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 299 aa  172  5e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2282  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 302 aa  172  6.999999999999999e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0266423 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 298 aa  172  6.999999999999999e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5071  LysR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 299 aa  172  9e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.112048  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3441  transcriptional regulator, LysR family  31.4 
 
 		 297 aa  172  9e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4944  LysR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 299 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 302 aa  171  2e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  32.88 
 
 		 308 aa  169  4e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1384  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 303 aa  169  4e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.510026  normal  0.961764 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1366  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 303 aa  169  4e-41  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0417  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 298 aa  169  6e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.784631  normal  0.373184 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0421  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.33 
 
 		 296 aa  169  7e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 323 aa  168  1e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2134  transcriptional regulator, LysR family  33.89 
 
 		 304 aa  167  2e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3007  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 308 aa  167  2e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1434  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 		 308 aa  167  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 296 aa  167  2.9999999999999998e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4167  LysR substrate-binding protein  32.27 
 
 		 295 aa  166  2.9999999999999998e-40  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.767565  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2312  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 302 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.015479  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0175  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 302 aa  166  2.9999999999999998e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.602241  normal  0.0372511 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1672  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 295 aa  166  4e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.57433  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2752  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 298 aa  166  4e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000767643 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2043  transcriptional regulator, LysR family  34.12 
 
 		 298 aa  166  5e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.637177  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3249  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 297 aa  166  5e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.332208  normal  0.244414 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1479  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 289 aa  166  5e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44500  Transcriptinal regulator, LysR family  32.74 
 
 		 301 aa  165  9e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.581761  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1657  LysR substrate binding domain-containing protein  32.73 
 
 		 299 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1598  LysR substrate binding domain protein  32.73 
 
 		 299 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2704  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 300 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1589  LysR substrate binding domain protein  32.73 
 
 		 299 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.103905 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6115  transcriptional regulator, LysR family  32.41 
 
 		 299 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1852  LysR substrate binding domain-containing protein  32.73 
 
 		 299 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1685  LysR substrate binding domain protein  32.73 
 
 		 299 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.533068  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2344  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 293 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2782  LysR family regulatory protein  32.43 
 
 		 300 aa  163  3e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.105762  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1832  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 300 aa  163  3e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0395  LysR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 299 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2265  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 300 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.503277  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1392  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 306 aa  163  4.0000000000000004e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0389535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1408  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 323 aa  163  4.0000000000000004e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.185298  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>