More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_4221 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_4221  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 240 aa  489  1e-137  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.430301  normal  0.246318 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1213  two component transcriptional regulator  70.59 
 
 		 252 aa  337  9.999999999999999e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1253  two component transcriptional regulator  71.91 
 
 		 253 aa  335  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.85938  hitchhiker  0.000294124 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1651  winged helix family two component transcriptional regulator  71.49 
 
 		 272 aa  335  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.514526  normal  0.527007 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4066  two component transcriptional regulator  71.49 
 
 		 253 aa  333  1e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.945155 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52250  two-component response regulator  58.47 
 
 		 239 aa  279  2e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.220903 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4581  two-component response regulator  57.2 
 
 		 239 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.382311  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1731  two component transcriptional regulator  59.56 
 
 		 236 aa  261  6.999999999999999e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.135854  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37050  Two-component response regulator  59.47 
 
 		 233 aa  235  6e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.246304  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3962  two-component response regulator PfeR  52.59 
 
 		 240 aa  229  4e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0585  two component transcriptional regulator  50.67 
 
 		 230 aa  224  9e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0579  two component transcriptional regulator  49.78 
 
 		 230 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0568  two component transcriptional regulator  47.6 
 
 		 230 aa  209  3e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.929745 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0534  winged helix family two component transcriptional regulator  47.16 
 
 		 230 aa  207  1e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3411  two component transcriptional regulator  45.95 
 
 		 229 aa  206  4e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3920  two component transcriptional regulator  41.96 
 
 		 232 aa  170  2e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.175599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0794  two component transcriptional regulator  40.43 
 
 		 232 aa  168  9e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.665518  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0311  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  40.81 
 
 		 228 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00012342  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1750  transcriptional regulatory protein CpxR  36.97 
 
 		 242 aa  164  8e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000216865  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3534  two component transcriptional regulator  41.2 
 
 		 234 aa  164  2.0000000000000002e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0920223  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06112  transcriptional regulatory protein CpxR  39.91 
 
 		 252 aa  162  6e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0279  two component transcriptional regulator  42.15 
 
 		 227 aa  161  7e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000622263  unclonable  0.000000000101633 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2869  two component transcriptional regulator  43.12 
 
 		 222 aa  159  3e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.643015  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4460  two component transcriptional regulator  42.15 
 
 		 230 aa  159  4e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.94443  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0281  two component transcriptional regulator  40.99 
 
 		 227 aa  157  1e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000215794  unclonable  0.0000000255624 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00621  osmolarity response regulator  39.21 
 
 		 239 aa  156  2e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2426  DNA-binding response regulator  39.21 
 
 		 237 aa  157  2e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002219  copper-sensing two-component system response regulator CpxR  39.46 
 
 		 229 aa  157  2e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000572967  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3933  two component transcriptional regulator  41.52 
 
 		 227 aa  156  2e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000956729  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001870  two-component system response regulator OmpR  39.21 
 
 		 239 aa  156  3e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.360284  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00149  transcriptional regulator CpxR  37.95 
 
 		 229 aa  155  5.0000000000000005e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3570  two component transcriptional regulator  40.36 
 
 		 227 aa  155  5.0000000000000005e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000660562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2050  two component transcriptional regulator  36.28 
 
 		 226 aa  154  1e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2286  osmolarity response regulator  37.89 
 
 		 240 aa  154  1e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3432  response regulator receiver protein  40.54 
 
 		 228 aa  154  1e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000345172  normal  0.351937 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0308  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.33 
 
 		 239 aa  153  2e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3700  osmolarity response regulator  38.33 
 
 		 239 aa  153  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3818  osmolarity response regulator  38.33 
 
 		 239 aa  153  2e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.339561  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4621  osmolarity response regulator  38.33 
 
 		 239 aa  153  2e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3871  osmolarity response regulator  38.33 
 
 		 239 aa  153  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3809  osmolarity response regulator  38.33 
 
 		 239 aa  153  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00535  Transcriptional regulatory protein CpxR  39.73 
 
 		 247 aa  154  2e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.774728  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3602  osmolarity response regulator  38.33 
 
 		 239 aa  153  2e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2416  two component transcriptional regulator  35.84 
 
 		 226 aa  153  2e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.134995  hitchhiker  0.000110965 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3879  osmolarity response regulator  38.33 
 
 		 239 aa  153  2e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3775  osmolarity response regulator  38.33 
 
 		 239 aa  153  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4711  osmolarity response regulator  38.33 
 
 		 239 aa  153  2e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2301  two component transcriptional regulator  36.28 
 
 		 226 aa  153  2e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3686  osmolarity response regulator  38.33 
 
 		 239 aa  153  2e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.550003 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3233  two component transcriptional regulator  33.63 
 
 		 230 aa  154  2e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0308  osmolarity response regulator  38.33 
 
 		 239 aa  153  2e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0516186 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3784  osmolarity response regulator  38.33 
 
 		 239 aa  153  2e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1681  response regulator receiver protein  35.56 
 
 		 227 aa  153  2e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0956507  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3703  osmolarity response regulator  38.33 
 
 		 239 aa  153  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3980  osmolarity response regulator  37.89 
 
 		 239 aa  153  2.9999999999999998e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.75818  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0244  osmolarity response regulator  38.33 
 
 		 239 aa  153  2.9999999999999998e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3461  response regulator receiver  39.91 
 
 		 226 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3741  osmolarity response regulator  37.89 
 
 		 239 aa  153  2.9999999999999998e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0172  osmolarity response regulator  37.89 
 
 		 239 aa  153  2.9999999999999998e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4647  DNA-binding response regulator  34.07 
 
 		 230 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03257  osmolarity response regulator  38.5 
 
 		 239 aa  152  4e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3898  osmolarity response regulator  37.89 
 
 		 239 aa  152  4e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03209  hypothetical protein  38.5 
 
 		 239 aa  152  4e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4075  osmolarity response regulator  37.89 
 
 		 239 aa  152  4e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2046  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.84 
 
 		 226 aa  152  4e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.095715  hitchhiker  0.000000000691151 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0987  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.13 
 
 		 233 aa  152  4e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.195539  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0324  osmolarity response regulator  37.89 
 
 		 239 aa  152  4e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.566854  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2279  DNA-binding response regulator  39.19 
 
 		 238 aa  152  5e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06060  DNA-binding response regulator CreB  36.73 
 
 		 229 aa  152  5e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00519358 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4272  response regulator  33.63 
 
 		 230 aa  151  8.999999999999999e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.760233  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0204  osmolarity response regulator  37 
 
 		 239 aa  151  8.999999999999999e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4662  DNA-binding response regulator  33.63 
 
 		 230 aa  150  1e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4433  DNA-binding response regulator  33.63 
 
 		 230 aa  150  1e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4777  DNA-binding response regulator  33.63 
 
 		 230 aa  150  1e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2316  response regulator receiver protein  37.61 
 
 		 226 aa  151  1e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000147543  hitchhiker  0.000888492 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4663  DNA-binding response regulator  33.63 
 
 		 230 aa  151  1e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4650  DNA-binding response regulator  33.63 
 
 		 230 aa  151  1e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1718  response regulator receiver protein  37 
 
 		 224 aa  150  1e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0955826  normal  0.0525727 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2294  two component transcriptional regulator  37.39 
 
 		 226 aa  150  2e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000876575  normal  0.575243 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3081  two component signal transduction response regulator  36.73 
 
 		 223 aa  150  2e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0805  two component transcriptional regulator  39.46 
 
 		 229 aa  150  2e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000851  probable transcriptional regulator SyrB  37.12 
 
 		 221 aa  150  2e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00675785  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0590  DNA-binding response regulator  34.07 
 
 		 230 aa  150  3e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0707  two component transcriptional regulator  36.8 
 
 		 232 aa  149  3e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2625  two component transcriptional regulator  36.61 
 
 		 232 aa  149  4e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000000561273 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0128  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  38.77 
 
 		 232 aa  149  4e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.3237  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06763  transcriptional regulatory protein CpxR  37.39 
 
 		 221 aa  149  4e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0261  two component transcriptional regulator  42.15 
 
 		 228 aa  149  5e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000361731  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3818  two component transcriptional regulator  38.33 
 
 		 230 aa  148  9e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.386967  normal  0.165932 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1393  transcriptional regulatory protein CpxR  38.22 
 
 		 226 aa  147  1.0000000000000001e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1603  transcriptional regulatory protein CpxR  38.22 
 
 		 226 aa  147  1.0000000000000001e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0704  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  36.89 
 
 		 226 aa  147  1.0000000000000001e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.710027 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0050  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.61 
 
 		 235 aa  147  1.0000000000000001e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0998  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.24 
 
 		 223 aa  147  1.0000000000000001e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0261  two component transcriptional regulator  41.7 
 
 		 228 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000347248  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4283  response regulator  33.19 
 
 		 230 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0107  DNA-binding response regulator  38.77 
 
 		 236 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4757  two component heavy metal response transcriptional regulator  35.56 
 
 		 223 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0878196  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4106  two component heavy metal response transcriptional regulator  35.56 
 
 		 223 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.971428 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0108  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.77 
 
 		 234 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>