More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_0568 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_0568  regulatory protein, LysR  100 
 
 		 300 aa  610  9.999999999999999e-175  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.643445 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54130  transcriptional regulator  80.33 
 
 		 309 aa  505  9.999999999999999e-143  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4735  transcriptional regulator  80.67 
 
 		 305 aa  502  1e-141  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3147  LysR family transcriptional regulator  62.2 
 
 		 293 aa  365  1e-100  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4318  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  48.46 
 
 		 332 aa  282  5.000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0462  LysR family transcriptional regulator  46.76 
 
 		 309 aa  263  3e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.663626 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5113  LysR family transcriptional regulator  46.28 
 
 		 307 aa  255  5e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5166  LysR family transcriptional regulator  46.28 
 
 		 307 aa  255  5e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.862183 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3201  LysR family transcriptional regulator  46.28 
 
 		 307 aa  255  5e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2971  LysR family substrate binding transcriptional regulator  35.49 
 
 		 294 aa  182  5.0000000000000004e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3716  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 297 aa  171  1e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.264158 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  39.19 
 
 		 312 aa  169  5e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1680  LysR substrate-binding  39.3 
 
 		 312 aa  167  2e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 318 aa  163  3e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  38.01 
 
 		 299 aa  162  6e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4588  LysR family transcriptional regulator  43.31 
 
 		 314 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.042937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.59 
 
 		 303 aa  158  1e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.59 
 
 		 303 aa  158  1e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.59 
 
 		 303 aa  158  1e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.59 
 
 		 303 aa  158  1e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0698  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 320 aa  157  2e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.24 
 
 		 303 aa  155  1e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.24 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2568  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 294 aa  154  2e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.24 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.24 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.24 
 
 		 303 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5904  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 324 aa  153  4e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4195  transcriptional regulator  35 
 
 		 296 aa  152  5e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.140218  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 305 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.21 
 
 		 303 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 315 aa  151  1e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.99 
 
 		 303 aa  151  1e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 317 aa  150  2e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 307 aa  150  2e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.84 
 
 		 303 aa  151  2e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.03 
 
 		 304 aa  151  2e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.19 
 
 		 312 aa  149  4e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.62 
 
 		 303 aa  149  5e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.93 
 
 		 300 aa  149  6e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0366  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 301 aa  149  7e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.611699 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0994  transcriptional regulator, LysR family  33.75 
 
 		 327 aa  149  7e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.414086  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4044  LysR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 330 aa  149  8e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.832658 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 305 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.17 
 
 		 303 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.05 
 
 		 303 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3358  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 293 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.9 
 
 		 305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.9 
 
 		 305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.9 
 
 		 305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.38 
 
 		 348 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1341  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.9 
 
 		 305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.9 
 
 		 305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2913  transcriptional regulator, LysR family  34.97 
 
 		 306 aa  146  3e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.268989  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2802  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.72 
 
 		 323 aa  147  3e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1431  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 306 aa  146  3e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53118  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3319  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 296 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.159195  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2940  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.72 
 
 		 328 aa  147  3e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6398  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 306 aa  146  3e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.737732  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002638  putative transcriptional regulator LysR family  35.59 
 
 		 316 aa  146  5e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0120713  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 305 aa  145  9e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2586  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 305 aa  145  9e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  33.56 
 
 		 305 aa  145  1e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 305 aa  145  1e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5146  LysR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 297 aa  144  1e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.981039 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 		 305 aa  145  1e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  33.56 
 
 		 305 aa  145  1e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3606  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 305 aa  145  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 		 305 aa  145  1e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 		 305 aa  145  1e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 		 305 aa  145  1e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 		 305 aa  145  1e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5711  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 310 aa  144  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.831574  normal  0.349345 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 		 305 aa  145  1e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.11 
 
 		 309 aa  144  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 302 aa  144  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.74 
 
 		 306 aa  144  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.44 
 
 		 310 aa  143  4e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6156  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 308 aa  143  4e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1086  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 320 aa  142  5e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.157723  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2900  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.68 
 
 		 329 aa  142  5e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3624  transcriptional regulator, LysR family  34.32 
 
 		 295 aa  142  5e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2890  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.68 
 
 		 329 aa  142  5e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2275  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.68 
 
 		 329 aa  142  5e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3159  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 299 aa  142  7e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.789389  normal  0.0875309 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0322  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 290 aa  142  8e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49110  transcriptional regulator  32.76 
 
 		 296 aa  142  8e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000474321 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.99 
 
 		 328 aa  142  9e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2646  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 331 aa  142  9e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.028717  normal  0.758946 
 
 
-
 
NC_003296  RS01684  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.6 
 
 		 313 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0214  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.03 
 
 		 334 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3951  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 295 aa  141  9.999999999999999e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1385  LysR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 311 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.765137  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0529  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 347 aa  140  1.9999999999999998e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.438898  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.03 
 
 		 314 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0562  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 300 aa  140  3e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0570195  normal  0.184351 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2479  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 316 aa  140  3e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.102884  hitchhiker  0.0063597 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1466  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 305 aa  139  3.9999999999999997e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.226642 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0449  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 305 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.038969  normal  0.109175 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>