More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4364 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4364  ThiJ/PfpI domain-containing protein  100 
 
 		 403 aa  785    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2944  ThiJ/PfpI  57.91 
 
 		 378 aa  409  1e-113  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.245807  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3893  ThiJ/PfpI domain protein  47.6 
 
 		 385 aa  275  8e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0556761  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2645  ThiJ/PfpI domain-containing protein  43.64 
 
 		 373 aa  254  1.0000000000000001e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.843824 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4094  ThiJ/PfpI domain-containing protein  46.39 
 
 		 366 aa  248  2e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2746  ThiJ/PfpI family protein  45.45 
 
 		 366 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4743  ThiJ/PfpI  45.13 
 
 		 338 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3423  ThiJ/PfpI domain-containing protein  46.08 
 
 		 366 aa  244  3e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2320  ThiJ/PfpI domain-containing protein  40.48 
 
 		 372 aa  198  1.0000000000000001e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00685318 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2400  ThiJ/PfpI domain-containing protein  28.3 
 
 		 444 aa  121  1.9999999999999998e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.188328  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4645  ThiJ/PfpI domain protein  28.47 
 
 		 492 aa  100  5e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1848  transcriptional regulator, AraC family  39.64 
 
 		 338 aa  95.5  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.172735  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1153  ThiJ/PfpI domain-containing protein  48.54 
 
 		 338 aa  91.7  2e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.074608 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0513  AraC family transcriptional regulator  47.57 
 
 		 387 aa  90.5  5e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0640  AraC family transcriptional regulator  39.61 
 
 		 322 aa  89.4  1e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4201  AraC family transcriptional regulator  46.08 
 
 		 312 aa  88.2  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3109  AraC family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 320 aa  88.6  2e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.59349 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2904  ThiJ/PfpI domain-containing protein  36.36 
 
 		 225 aa  87  5e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1312  transcriptional regulator, AraC family  45.19 
 
 		 338 aa  86.3  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00374343  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2046  AraC family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 324 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2657  AraC family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 324 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0449258  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2686  AraC family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 324 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2518  transcriptional regulator, AraC family  34.18 
 
 		 336 aa  84.7  0.000000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.179818 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3465  transcriptional regulator, AraC family  29.2 
 
 		 327 aa  84  0.000000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2704  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 322 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.561895  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5985  transcriptional regulator  36.6 
 
 		 334 aa  83.2  0.000000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0571562 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5246  transcriptional regulator, AraC family  30.08 
 
 		 331 aa  82.8  0.00000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.893549 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2562  ThiJ/PfpI domain protein  37.74 
 
 		 198 aa  82.8  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2301  transcriptional regulator  32.65 
 
 		 324 aa  82.4  0.00000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0634001 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0813  hypothetical protein  28.8 
 
 		 198 aa  82.8  0.00000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.396328  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1610  AraC family transcriptional regulator  36.87 
 
 		 346 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2066  AraC family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 338 aa  81.6  0.00000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.623235  normal  0.45327 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0231  AraC family transcriptional regulator  46.6 
 
 		 343 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0955  DarR  36.87 
 
 		 369 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1704  transcriptional regulator, AraC family  36.54 
 
 		 362 aa  81.6  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1414  AraC family transcriptional regulator  36.87 
 
 		 346 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0268  AraC family transcriptional regulator  36.87 
 
 		 346 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2526  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  36.87 
 
 		 369 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0374888  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1772  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.78 
 
 		 293 aa  80.9  0.00000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0120296 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2667  DarR  36.31 
 
 		 374 aa  80.1  0.00000000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1836  transcriptional regulator  39.42 
 
 		 327 aa  79.7  0.00000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1645  transcriptional regulator AraC family  36.18 
 
 		 327 aa  79.7  0.00000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4511  transcriptional regulator, AraC family  31.49 
 
 		 339 aa  79.3  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.64274 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0079  ThiJ/PfpI domain protein  36.59 
 
 		 239 aa  78.6  0.0000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.245604  normal  0.248016 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1097  ThiJ/PfpI domain protein  33.87 
 
 		 350 aa  78.2  0.0000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0266562  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2856  AraC family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 314 aa  78.2  0.0000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2605  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 319 aa  77.8  0.0000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.548413  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2640  AraC family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 329 aa  77.4  0.0000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.708344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4229  transcriptional regulator  36.3 
 
 		 312 aa  77  0.0000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0689  transcriptional regulator  27.39 
 
 		 297 aa  77  0.0000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0468  AraC family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 357 aa  76.6  0.0000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1495  ThiJ/PfpI domain-containing protein  29.81 
 
 		 199 aa  76.6  0.0000000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0897  transcriptional regulator  27.32 
 
 		 335 aa  76.6  0.0000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1956  transcriptional regulator  33.11 
 
 		 316 aa  76.6  0.0000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4716  transcriptional regulator, AraC family  28.63 
 
 		 341 aa  76.3  0.0000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.777825 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1229  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.49 
 
 		 327 aa  75.9  0.000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.134279  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5208  transcriptional regulator, AraC family  29.22 
 
 		 324 aa  75.9  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000934033  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6986  transcriptional regulator, AraC family  29.71 
 
 		 356 aa  76.3  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.667581  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1778  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.43 
 
 		 325 aa  75.9  0.000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.545321  normal  0.0235367 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1295  AraC family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 317 aa  75.9  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1617  transcriptional regulator  30.68 
 
 		 344 aa  75.1  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3587  transcriptional activator FtrA  36.05 
 
 		 329 aa  75.1  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.116485  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0056  transcriptional activator FtrA  36.73 
 
 		 326 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4495  AraC family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 340 aa  75.5  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3344  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.39 
 
 		 327 aa  75.1  0.000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.430093 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0973  ThiJ/PfpI domain-containing protein  30.54 
 
 		 249 aa  75.5  0.000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0128  transcriptional regulator, AraC family  33.95 
 
 		 314 aa  75.1  0.000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1772  AraC family transcriptional regulator  43.56 
 
 		 321 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2061  AraC family transcriptional regulator  43.56 
 
 		 321 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.284962  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0687  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  43.56 
 
 		 321 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0742  ThiJ/PfpI domain-containing protein  33 
 
 		 245 aa  74.3  0.000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0649323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1055  AraC family transcriptional regulator  43.56 
 
 		 321 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3031  ThiJ/PfpI  36.63 
 
 		 234 aa  74.3  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.140928  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0776  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  43.56 
 
 		 321 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0762  AraC family transcriptional regulator  43.56 
 
 		 321 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3263  transcriptional regulator  35.71 
 
 		 322 aa  74.7  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3529  AraC family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 336 aa  74.3  0.000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4316  transcriptional regulator, AraC family  36.43 
 
 		 320 aa  74.3  0.000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1835  ThiJ/PfpI  36 
 
 		 228 aa  73.9  0.000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2949  transcriptional regulator, AraC family  37.04 
 
 		 437 aa  73.9  0.000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4063  ThiJ/PfpI domain-containing protein  32.8 
 
 		 234 aa  73.6  0.000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2886  AraC family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 322 aa  73.6  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0162981  normal  0.0527553 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1581  ThiJ/PfpI domain-containing protein  34.08 
 
 		 193 aa  73.9  0.000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.816456  normal  0.183616 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5796  transcriptional regulator, AraC family  35.9 
 
 		 317 aa  73.6  0.000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2626  ThiJ/PfpI domain-containing protein  28.16 
 
 		 199 aa  73.6  0.000000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.618286  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3686  ThiJ/PfpI domain-containing protein  33.6 
 
 		 239 aa  73.6  0.000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2950  transcriptional regulator, AraC family  37.86 
 
 		 305 aa  73.6  0.000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.410029  normal  0.0811824 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5085  transcriptional regulator, AraC family  32.69 
 
 		 358 aa  73.6  0.000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.145128  normal  0.0831016 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1182  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  32.23 
 
 		 324 aa  73.6  0.000000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.904069 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1070  transcriptional regulator  40.38 
 
 		 331 aa  73.2  0.000000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2521  ThiJ/PfpI  28.93 
 
 		 205 aa  73.6  0.000000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.572774  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1531  transcriptional regulator, AraC family  37.97 
 
 		 316 aa  73.2  0.000000000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.608485 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15150  putative transcriptional regulator  32.84 
 
 		 317 aa  73.2  0.000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.414846  hitchhiker  0.0000298096 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2762  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 332 aa  72.8  0.000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0171097 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8035  AraC family transcriptional regulator  34.05 
 
 		 333 aa  72.8  0.000000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.511507  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2739  ThiJ/PfpI  28.5 
 
 		 201 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.446828 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2578  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 322 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5267  AraC family transcriptional regulator  42.99 
 
 		 320 aa  72.8  0.00000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.589428 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0762  ThiJ/PfpI domain-containing protein  32.5 
 
 		 245 aa  72.8  0.00000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.100444  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0972  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 336 aa  72.4  0.00000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>