More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3958 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3958  cytochrome c, class I  100 
 
 		 108 aa  220  4.9999999999999996e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.990396  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3398  cytochrome c, class I  57.45 
 
 		 98 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00389658  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1922  cytochrome c family protein  51.96 
 
 		 104 aa  102  2e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0312  putative cytochrome c4 precursor  50.55 
 
 		 193 aa  101  4e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.717329 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0283  cytochrome c family protein  55.7 
 
 		 318 aa  98.6  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03219  hypothetical protein  50.49 
 
 		 104 aa  98.2  3e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1464  cytochrome c, class I  59.74 
 
 		 98 aa  97.8  4e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00242813  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3416  cytochrome c family protein  46.3 
 
 		 105 aa  96.3  1e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1032  cytochrome c family protein  46.3 
 
 		 105 aa  96.3  1e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1085  cytochrome c class I  46.3 
 
 		 105 aa  96.3  1e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.032196  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0810  putative cytochrome c4 precursor  50 
 
 		 198 aa  95.1  3e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2853  cytochrome c, class I  56 
 
 		 205 aa  94.7  4e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.530376  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0313  cytochrome c552  54.37 
 
 		 100 aa  92.8  1e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.577665  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0618  cytochrome c, class I  44.76 
 
 		 212 aa  92.8  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1833  cytochrome c554  55.68 
 
 		 107 aa  92.4  2e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0210  cytochrome c, class I  52.69 
 
 		 200 aa  92  2e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.478667  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002765  cytochrome c553  49.02 
 
 		 104 aa  91.3  4e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.38085  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3651  cytochrome c, class I  65.52 
 
 		 112 aa  90.9  5e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3049  cytochrome c, class I  47.87 
 
 		 113 aa  89.7  1e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000419911  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3716  cytochrome c, class I  48.48 
 
 		 206 aa  88.6  2e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000156417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2406  cytochrome c4  46.09 
 
 		 223 aa  88.6  3e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3093  cytochrome c class I  50.63 
 
 		 105 aa  87  7e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.571355 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3377  cytochrome c class I  53.16 
 
 		 106 aa  86.7  9e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5760  cytochrome c class I  44.76 
 
 		 266 aa  85.9  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00014  cytochrome c4 cytochrome C, class I in atlantica  44.04 
 
 		 207 aa  85.5  2e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0261  cytochrome C, c4  46.46 
 
 		 222 aa  84.7  4e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0287  cytochrome c, class I  46.46 
 
 		 222 aa  84.7  4e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.745608 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3764  cytochrome c class I  58.11 
 
 		 104 aa  84.3  5e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000231636  normal  0.0830615 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00575  cytochrome c553  54.12 
 
 		 205 aa  84.3  5e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0391  cytochrome c, class I  53.47 
 
 		 101 aa  83.6  9e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.401855  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2170  cytochrome c class I  49.35 
 
 		 221 aa  83.2  0.000000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2702  cytochrome c, class I  47.31 
 
 		 108 aa  83.2  0.000000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.482609  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0091  cytochrome c, class I  46.46 
 
 		 206 aa  82.8  0.000000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000145105  normal  0.1806 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3008  cytochrome c, class I  42.16 
 
 		 196 aa  82.4  0.000000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001915  cytochrome c4  52.94 
 
 		 205 aa  82.4  0.000000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.352914  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2630  cytochrome c, class I  46.3 
 
 		 220 aa  82  0.000000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.930488  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0288  cytochrome c class I  50.7 
 
 		 107 aa  81.6  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.403292 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0089  cytochrome c class I  52.56 
 
 		 205 aa  82  0.000000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1071  cytochrome c, class I  38 
 
 		 105 aa  81.6  0.000000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0930552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05467  cytochrome c  44.68 
 
 		 129 aa  81.6  0.000000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0013  cytochrome c, class I  51.69 
 
 		 229 aa  81.6  0.000000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.741785  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0524  cytochrome c, class I  45.98 
 
 		 115 aa  81.6  0.000000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.614003 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0094  cytochrome c, class I  47.52 
 
 		 206 aa  81.3  0.000000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00310871  decreased coverage  0.00000781089 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7221  cytochrome c class I  50.68 
 
 		 112 aa  81.3  0.000000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0388782  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2409  cytochrome c-552  52.78 
 
 		 103 aa  81.3  0.000000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0628  cytochrome c, class I  41.24 
 
 		 102 aa  79.7  0.00000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000335471  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3330  cytochrome c553-like protein  50 
 
 		 109 aa  80.1  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0057  cytochrome c class I  44.55 
 
 		 206 aa  79.3  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.53791  hitchhiker  0.00143417 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0138  hypothetical protein  47.13 
 
 		 200 aa  79  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1889  cytochrome c, class I  39.62 
 
 		 221 aa  79  0.00000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0229  cytochrome c  45.1 
 
 		 205 aa  79  0.00000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.779368  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2414  putative cytochrome c  42.86 
 
 		 206 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.281547  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5803  cytochrome c class I  46.25 
 
 		 179 aa  78.2  0.00000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.182127  normal  0.316784 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0123  hypothetical protein  45.98 
 
 		 200 aa  77.8  0.00000000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0157  cytochrome c, class I  50 
 
 		 201 aa  77.8  0.00000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71333  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1400  class I diheme cytochrome c4  43.42 
 
 		 198 aa  77  0.00000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.49014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2741  class I diheme cytochrome c4  43.42 
 
 		 198 aa  77  0.00000000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.236816  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6469  cytochrome c class I  47.22 
 
 		 116 aa  77  0.00000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0126  cytochrome c4  45.45 
 
 		 205 aa  76.3  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.813624  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3028  class I cytochrome c  50 
 
 		 103 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.135761  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0143  cytochrome c, class I  45.45 
 
 		 205 aa  76.3  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.286683  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2603  cytochrome c family protein  46.05 
 
 		 202 aa  75.9  0.0000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.44743  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1770  cytochrome c553-like protein  42.11 
 
 		 195 aa  75.5  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.290935 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5418  cytochrome c, class I  48.53 
 
 		 200 aa  75.5  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3945  cytochrome c, class I  43.43 
 
 		 207 aa  75.5  0.0000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.405176  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5102  cytochrome c class I  45.45 
 
 		 205 aa  75.5  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0768786 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1589  class I diheme cytochrome c4  43.42 
 
 		 191 aa  75.5  0.0000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0141  cytochrome c class I  44.16 
 
 		 205 aa  75.1  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4366  cytochrome c class I  50 
 
 		 219 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2081  putative cytochrome c  48.48 
 
 		 194 aa  74.7  0.0000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0624  cytochrome c, class I  44.55 
 
 		 211 aa  74.3  0.0000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5813  cytochrome c, class I  50 
 
 		 219 aa  73.9  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5047  cytochrome c, class I  50 
 
 		 219 aa  73.9  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3908  cytochrome c, class I  44.66 
 
 		 207 aa  73.9  0.0000000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0100  cytochrome c class I  43.56 
 
 		 206 aa  73.9  0.0000000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0707  cytochrome c554  39.8 
 
 		 146 aa  73.6  0.0000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1530  cytochrome c class I  45.35 
 
 		 209 aa  73.6  0.0000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.49035  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0552  cytochrome c, class I  41.58 
 
 		 209 aa  73.6  0.0000000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3139  di-heme cytochrome c, class IC  46.38 
 
 		 200 aa  73.2  0.000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0878  putative cytochrome c-554  45.35 
 
 		 105 aa  72.8  0.000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0463799  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0664  cytochrome c, class I  46.75 
 
 		 225 aa  73.2  0.000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0074134 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3908  cytochrome c, class I  52.56 
 
 		 107 aa  73.2  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0523  cytochrome c, class I  43.82 
 
 		 112 aa  72.8  0.000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.631495 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00327  cytochrome C552  41.05 
 
 		 153 aa  72.4  0.000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000045  cytochrome c553  45 
 
 		 106 aa  72  0.000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04432  cytochrome C4  42.5 
 
 		 252 aa  71.6  0.000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4111  cytochrome c, class I  42.72 
 
 		 207 aa  71.6  0.000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.148177  normal  0.590499 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2881  cytochrome c, class I  50 
 
 		 103 aa  71.6  0.000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0149  cytochrome c class I  45.12 
 
 		 287 aa  72  0.000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.481052  normal  0.118184 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3907  cytochrome c, class I  42.72 
 
 		 207 aa  72  0.000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0045605  normal  0.272938 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3999  cytochrome c, class I  42.72 
 
 		 207 aa  72  0.000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.898029  normal  0.022349 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2365  cytochrome c class I  41.75 
 
 		 107 aa  71.2  0.000000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.956584  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3622  cytochrome c, class I  40.4 
 
 		 206 aa  71.2  0.000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00635609  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4292  cytochrome c class I  41.75 
 
 		 207 aa  70.9  0.000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000136847  unclonable  0.00000000000512206 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3327  cytochrome c, class I  42.11 
 
 		 206 aa  71.2  0.000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000098516 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2392  cytochrome c, class I  39.02 
 
 		 214 aa  71.2  0.000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4347  cytochrome c class I  41.75 
 
 		 207 aa  70.9  0.000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000402028  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1634  cytochrome c class I  47.22 
 
 		 153 aa  71.2  0.000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.18479  normal  0.474892 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0051  cytochrome c class I  41.75 
 
 		 207 aa  70.9  0.000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00284279  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4355  cytochrome c, class I  47.14 
 
 		 223 aa  70.9  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>