More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3908 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3908  cytochrome c, class I  100 
 
 		 107 aa  219  9e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3398  cytochrome c, class I  53.76 
 
 		 98 aa  102  2e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00389658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1464  cytochrome c, class I  59.74 
 
 		 98 aa  101  3e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00242813  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0210  cytochrome c, class I  51.06 
 
 		 200 aa  97.4  6e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.478667  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0283  cytochrome c family protein  52.94 
 
 		 318 aa  95.5  2e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3008  cytochrome c, class I  50 
 
 		 196 aa  92.8  1e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3330  cytochrome c553-like protein  46.46 
 
 		 109 aa  92.4  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4487  cytochrome c class I  48.54 
 
 		 207 aa  91.7  3e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000352733  normal  0.0165724 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0051  cytochrome c class I  48.54 
 
 		 207 aa  91.7  3e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00284279  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4347  cytochrome c class I  48.54 
 
 		 207 aa  91.7  3e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000402028  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4292  cytochrome c class I  48.54 
 
 		 207 aa  91.7  3e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000136847  unclonable  0.00000000000512206 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3907  cytochrome c, class I  48.54 
 
 		 207 aa  91.7  3e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0045605  normal  0.272938 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3999  cytochrome c, class I  48.54 
 
 		 207 aa  91.7  3e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.898029  normal  0.022349 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00575  cytochrome c553  55.95 
 
 		 205 aa  91.3  4e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4111  cytochrome c, class I  48.54 
 
 		 207 aa  91.3  4e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.148177  normal  0.590499 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2406  cytochrome c4  50 
 
 		 223 aa  90.5  7e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2853  cytochrome c, class I  52.63 
 
 		 205 aa  90.5  8e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.530376  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0313  cytochrome c552  57.97 
 
 		 100 aa  90.1  9e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.577665  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4666  cytochrome c  46.6 
 
 		 207 aa  89.7  1e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0089  cytochrome c class I  53.95 
 
 		 205 aa  89.7  1e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3958  cytochrome c, class I  52.56 
 
 		 108 aa  89.7  1e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.990396  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00014  cytochrome c4 cytochrome C, class I in atlantica  50.98 
 
 		 207 aa  89  2e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5418  cytochrome c, class I  60 
 
 		 200 aa  89  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001915  cytochrome c4  54.76 
 
 		 205 aa  88.6  3e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.352914  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2702  cytochrome c, class I  50 
 
 		 108 aa  88.6  3e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.482609  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0138  hypothetical protein  49.4 
 
 		 200 aa  87.8  4e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2807  cytochrome c class I  42.86 
 
 		 217 aa  88.2  4e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.988864 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0123  hypothetical protein  48.19 
 
 		 200 aa  86.7  1e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0141  cytochrome c class I  45.28 
 
 		 205 aa  86.3  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0126  cytochrome c4  45.28 
 
 		 205 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.813624  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0552  cytochrome c, class I  42.42 
 
 		 209 aa  85.5  2e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3036  cytochrome c family protein  44.95 
 
 		 265 aa  85.5  2e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0143  cytochrome c, class I  45.28 
 
 		 205 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.286683  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0013  cytochrome c, class I  47.47 
 
 		 229 aa  85.5  2e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.741785  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3377  cytochrome c class I  51.28 
 
 		 106 aa  85.1  3e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2414  putative cytochrome c  53.95 
 
 		 206 aa  84.7  4e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.281547  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0094  cytochrome c, class I  45.1 
 
 		 206 aa  84  6e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00310871  decreased coverage  0.00000781089 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1922  cytochrome c family protein  51.25 
 
 		 104 aa  84  7e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3908  cytochrome c, class I  44.66 
 
 		 207 aa  83.6  9e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0229  cytochrome c  45.1 
 
 		 205 aa  83.2  0.000000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.779368  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3745  cytochrome C  43.12 
 
 		 545 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.110713  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0299  cytochrome c, class I  42.24 
 
 		 217 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.194352  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0308  cytochrome c class I  42.24 
 
 		 217 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.618372  normal  0.165447 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0984  cytochrome c, class I  55.56 
 
 		 242 aa  83.2  0.000000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.336073  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3611  cytochrome c class I  40.87 
 
 		 217 aa  82  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00161979  hitchhiker  0.0000000311228 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0288  cytochrome c class I  54.93 
 
 		 107 aa  82.4  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.403292 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2599  cytochrome c family protein  43.12 
 
 		 215 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1956  cytochrome c family protein  43.12 
 
 		 265 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0040  cytochrome c class I  48.51 
 
 		 207 aa  82  0.000000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0057  cytochrome c class I  44.12 
 
 		 206 aa  82  0.000000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.53791  hitchhiker  0.00143417 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3137  cytochrome c family protein  43.12 
 
 		 265 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0346  cytochrome c, class I  40.52 
 
 		 217 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0101877 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03219  hypothetical protein  40.82 
 
 		 104 aa  81.6  0.000000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5589  cytochrome c class I  54.55 
 
 		 255 aa  81.3  0.000000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.6296 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3049  cytochrome c, class I  43.14 
 
 		 113 aa  81.3  0.000000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000419911  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0157  cytochrome c, class I  49.38 
 
 		 201 aa  81.3  0.000000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71333  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3772  cytochrome c family protein  43.12 
 
 		 206 aa  81.3  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0383758  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3510  cytochrome c family protein  43.12 
 
 		 206 aa  81.3  0.000000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3714  cytochrome c family protein  43.12 
 
 		 206 aa  81.3  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5102  cytochrome c class I  42.45 
 
 		 205 aa  80.9  0.000000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0768786 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0091  cytochrome c, class I  45.1 
 
 		 206 aa  81.3  0.000000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000145105  normal  0.1806 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0772  cytochrome c, class I  51.95 
 
 		 223 aa  80.5  0.000000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3479  cytochrome c, class I  41.38 
 
 		 217 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5803  cytochrome c class I  46.34 
 
 		 179 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.182127  normal  0.316784 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3622  cytochrome c, class I  42.16 
 
 		 206 aa  80.1  0.00000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00635609  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0100  cytochrome c class I  43.14 
 
 		 206 aa  78.6  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0053  cytochrome c, class I  44.76 
 
 		 203 aa  78.6  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.301772 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0359  cytochrome c class I  41.38 
 
 		 217 aa  79  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0380  cytochrome c, class I  41.38 
 
 		 217 aa  79  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2727  cytochrome c, class I  41.38 
 
 		 217 aa  79  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0432  cytochrome c  50 
 
 		 205 aa  79.3  0.00000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.660944  normal  0.289813 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0524  cytochrome c, class I  39 
 
 		 115 aa  79.3  0.00000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.614003 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0664  cytochrome c, class I  49.35 
 
 		 225 aa  78.6  0.00000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0074134 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002765  cytochrome c553  40.82 
 
 		 104 aa  78.2  0.00000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.38085  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1071  cytochrome c, class I  37.11 
 
 		 105 aa  78.6  0.00000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0930552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0624  cytochrome c, class I  42.2 
 
 		 211 aa  78.2  0.00000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3093  cytochrome c class I  47.44 
 
 		 105 aa  78.2  0.00000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.571355 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3716  cytochrome c, class I  44.9 
 
 		 206 aa  78.2  0.00000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000156417  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4839  cytochrome c, class I  45.78 
 
 		 212 aa  77.8  0.00000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.173442  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0810  putative cytochrome c4 precursor  42 
 
 		 198 aa  77.4  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0312  putative cytochrome c4 precursor  44.21 
 
 		 193 aa  77  0.00000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.717329 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2603  cytochrome c family protein  39.53 
 
 		 202 aa  76.3  0.0000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.44743  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0281  cytochrome c class I  41.38 
 
 		 217 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.174718  normal  0.337626 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1085  cytochrome c class I  41.58 
 
 		 105 aa  75.1  0.0000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.032196  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1032  cytochrome c family protein  41.58 
 
 		 105 aa  75.1  0.0000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0082  cytochrome c class I  45.95 
 
 		 238 aa  75.1  0.0000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000520703 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1131  cytochrome c class I  44.44 
 
 		 222 aa  74.7  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3416  cytochrome c family protein  41.58 
 
 		 105 aa  75.1  0.0000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000045  cytochrome c553  38.24 
 
 		 106 aa  74.3  0.0000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1833  cytochrome c554  42.53 
 
 		 107 aa  74.3  0.0000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1477  cytochrome c class I  50.7 
 
 		 226 aa  74.3  0.0000000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.911342  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1068  cytochrome c family protein  49.32 
 
 		 206 aa  73.9  0.0000000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.230608  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3945  cytochrome c, class I  42.16 
 
 		 207 aa  73.9  0.0000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.405176  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1889  cytochrome c, class I  52.31 
 
 		 221 aa  73.6  0.0000000000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2630  cytochrome c, class I  48.15 
 
 		 220 aa  73.6  0.0000000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.930488  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0187  cytochrome c oxidase  53.85 
 
 		 208 aa  72.8  0.000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0207051  normal  0.526918 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0429  cytochrome c class I  38.46 
 
 		 239 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.149382  normal  0.809488 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6289  cytochrome c4 precursor  50.77 
 
 		 196 aa  72.4  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.484546  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72460  cytochrome c4 precursor  50.77 
 
 		 201 aa  72.4  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.462993  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2705  cytochrome c class I  39.29 
 
 		 260 aa  72  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  unclonable  0.00000000103804  unclonable  0.0000000000307641 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>