More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_5078 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_5078  malonate utilization transcriptional regulator  100 
 
 		 308 aa  629  1e-179  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0451  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  96.75 
 
 		 308 aa  611  9.999999999999999e-175  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.739905  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5293  LysR family transcriptional regulator  87.42 
 
 		 305 aa  552  1e-156  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.143312  normal  0.444279 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02650  putative malonate utilization transcriptional regulator  83.39 
 
 		 309 aa  529  1e-149  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0883739  normal  0.518056 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0301  malonate utilization transcriptional regulator  82.79 
 
 		 309 aa  524  1e-148  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.477196  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10390  malonate utilisation transciptional regulator, LysR family  83.77 
 
 		 305 aa  523  1e-147  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2874  LysR family transcriptional regulator  81.33 
 
 		 303 aa  504  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0140369  normal  0.789599 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2743  LysR family transcriptional regulator  81 
 
 		 303 aa  500  1e-140  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5377  transcriptional regulator, LysR family  52.53 
 
 		 304 aa  323  2e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0439251  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6326  transcriptional regulator, LysR family  51.85 
 
 		 304 aa  322  6e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1770  LysR family transcriptional regulator  50.5 
 
 		 304 aa  319  3e-86  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0955  LysR family transcriptional regulator  51.52 
 
 		 304 aa  314  9.999999999999999e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2897  LysR family transcriptional regulator  51.34 
 
 		 329 aa  312  4.999999999999999e-84  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0508899  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3862  transcriptional regulator, LysR family  49.01 
 
 		 301 aa  310  2e-83  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.484372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4938  transcriptional regulator, LysR family  49.01 
 
 		 301 aa  310  2e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.182259 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4924  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 306 aa  305  4.0000000000000004e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1014  LysR family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 347 aa  300  2e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.131098  normal  0.240236 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3934  LysR family transcriptional regulator  47.14 
 
 		 305 aa  298  8e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3771  LysR family transcriptional regulator  48.22 
 
 		 312 aa  295  1e-78  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.368263  normal  0.0120548 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1239  transcriptional regulator, LysR family  46.86 
 
 		 310 aa  286  2.9999999999999996e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.538859  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2604  transcriptional regulator, LysR family  47.7 
 
 		 310 aa  283  4.0000000000000003e-75  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3660  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  43.85 
 
 		 306 aa  276  3e-73  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0626  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 302 aa  264  1e-69  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000742904  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1230  transcriptional regulator, LysR family  40.99 
 
 		 222 aa  169  5e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4029  transcriptional regulator, LysR family  31.93 
 
 		 299 aa  97.4  2e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.185534  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  26.03 
 
 		 300 aa  97.1  3e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0029  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 305 aa  97.1  4e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2897  transcriptional regulator, LysR family  26.14 
 
 		 298 aa  96.7  5e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00606116  hitchhiker  0.00007682 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1711  LysR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 311 aa  95.9  7e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.316204  normal  0.702777 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  26.34 
 
 		 316 aa  95.9  8e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4070  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 297 aa  95.1  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.409277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  25.59 
 
 		 311 aa  93.6  4e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 317 aa  93.2  5e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 321 aa  92.4  9e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3273  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 293 aa  92  1e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.215219 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0055  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 309 aa  90.9  3e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5722  transcriptional regulator, LysR family  23.67 
 
 		 296 aa  89.7  5e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.437697  normal  0.903757 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  25.52 
 
 		 302 aa  89.7  5e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0269  hypothetical protein  27.31 
 
 		 294 aa  89.7  6e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3561  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 297 aa  89.7  6e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5225  transcriptional regulator, LysR family  26.17 
 
 		 316 aa  89  1e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7065  transcriptional regulator, LysR family  23.67 
 
 		 296 aa  88.6  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000862794  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3623  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 299 aa  87.4  2e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3802  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 309 aa  88.2  2e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.238076  normal  0.337014 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06400  transcriptional regulator  27.38 
 
 		 305 aa  88.2  2e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.450023  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4555  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.97 
 
 		 299 aa  86.7  4e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.633228  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  23.74 
 
 		 300 aa  86.7  5e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5919  transcriptional regulator, LysR family  23.27 
 
 		 296 aa  86.3  6e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2003  LysR family transcriptional regulator  23.64 
 
 		 291 aa  85.9  7e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1113  transcriptional regulator, LysR family  26.64 
 
 		 311 aa  86.3  7e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7050  transcriptional regulator, LysR family  23.27 
 
 		 296 aa  85.9  7e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4101  transcriptional regulator LysR family  26.85 
 
 		 311 aa  85.9  7e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0491587  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3939  LysR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 320 aa  85.9  7e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0274  hypothetical protein  26.91 
 
 		 294 aa  85.5  9e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1650  LysR family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 301 aa  85.1  0.000000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4972  transcriptional regulator, LysR family  23.27 
 
 		 296 aa  85.5  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5567  tartrate utilization transcriptional regulator  27 
 
 		 305 aa  85.1  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.879392  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3424  LysR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 296 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6244  transcriptional regulator, LysR family  23.27 
 
 		 296 aa  84.7  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.235646  normal  0.352956 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4970  transcriptional regulator, LysR family  22.86 
 
 		 296 aa  84.3  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5012  LysR family transcriptional regulator  22.64 
 
 		 294 aa  85.1  0.000000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  22.58 
 
 		 300 aa  84  0.000000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  22.94 
 
 		 300 aa  84  0.000000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  23.38 
 
 		 300 aa  84  0.000000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1381  transcriptional regulator, LysR family  26.64 
 
 		 300 aa  83.6  0.000000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0155943  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  24.28 
 
 		 298 aa  83.6  0.000000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4595  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 297 aa  83.6  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.645659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4879  LysR family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 291 aa  83.6  0.000000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.735479 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1340  putative transcriptional regulator  27.61 
 
 		 302 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 310 aa  83.2  0.000000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5335  LysR family transcriptional regulator  22.61 
 
 		 294 aa  82.8  0.000000000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  27.76 
 
 		 300 aa  82.8  0.000000000000007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1688  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.1 
 
 		 293 aa  82.4  0.000000000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  22.58 
 
 		 300 aa  82  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4914  LysR family transcriptional regulator  22.61 
 
 		 294 aa  82  0.00000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6562  transcriptional regulator, LysR family  22.86 
 
 		 296 aa  81.6  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  22.58 
 
 		 300 aa  82  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0815  LysR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 288 aa  81.6  0.00000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0020  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 330 aa  81.6  0.00000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 310 aa  82  0.00000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2900  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 298 aa  82.4  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0629  putative transcriptional regulator  23.44 
 
 		 292 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.641371  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06880  LysR family transcriptional regulator  23.44 
 
 		 292 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0196299  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  22.58 
 
 		 300 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  23.02 
 
 		 300 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  22.58 
 
 		 300 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5618  transcriptional regulator, LysR family  22.22 
 
 		 300 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000121214 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3044  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 301 aa  81.3  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.727695 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7661  LysR family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 304 aa  80.9  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.983538  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2291  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 320 aa  80.5  0.00000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.11333  normal  0.519031 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4901  LysR family transcriptional regulator  22.54 
 
 		 294 aa  80.1  0.00000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6150  LysR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 295 aa  80.1  0.00000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0301422 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2386  transcriptional regulator, LysR family  24.84 
 
 		 309 aa  80.1  0.00000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00159604  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  25.35 
 
 		 298 aa  79.7  0.00000000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0401  LysR family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 307 aa  79.7  0.00000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.709145 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0371  LysR family transcriptional regulator  24.36 
 
 		 307 aa  79.3  0.00000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.45787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0397  LysR family transcriptional regulator  24.36 
 
 		 307 aa  79.3  0.00000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.7885  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  24.31 
 
 		 316 aa  79.3  0.00000000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3140  LysR family transcriptional regulator  24.09 
 
 		 295 aa  79  0.00000000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  27.18 
 
 		 301 aa  79  0.00000000000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>