235 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_0853 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_0853  dnaK suppressor protein, putative  100 
 
 
137 aa  276  7e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.671641  n/a   
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0022  DnaK suppressor domain-containing protein  92.42 
 
 
66 aa  126  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0172476  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2220  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  39.55 
 
 
134 aa  93.2  1e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3519  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.55 
 
 
154 aa  92.8  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.370686  normal  0.0696704 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1844  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.81 
 
 
134 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0449164  normal  0.0842967 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3452  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.55 
 
 
134 aa  91.3  4e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.414408 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73020  DksA/TraR family C4-type zinc finger protein  39.44 
 
 
134 aa  90.1  9e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450272  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6338  RNA polymerase-binding protein DksA  37.32 
 
 
134 aa  86.7  9e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3255  DnaK suppressor protein  41.32 
 
 
138 aa  85.9  2e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.290883  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0387  DnaK suppressor protein  41.32 
 
 
138 aa  85.9  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3431  RNA polymerase-binding protein DksA  41.32 
 
 
138 aa  85.9  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0166  DnaK suppressor protein  41.32 
 
 
138 aa  85.9  2e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.534243  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0203  RNA polymerase-binding protein DksA  41.32 
 
 
138 aa  85.9  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0192  RNA polymerase-binding protein DksA  41.32 
 
 
138 aa  85.9  2e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.426032  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22970  RNA polymerase-binding DksA like protein  40.3 
 
 
134 aa  85.5  2e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2917  RNA polymerase-binding protein DksA  41.32 
 
 
138 aa  85.9  2e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.123295  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2172  DnaK suppressor protein  41.32 
 
 
138 aa  85.9  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.297381  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0126  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.15 
 
 
229 aa  84.3  4e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.209687  normal  0.138319 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3327  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.82 
 
 
134 aa  84.3  5e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1953  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.82 
 
 
143 aa  84.3  5e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00145281 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3262  dnaK suppressor protein, putative  36.84 
 
 
134 aa  84  7e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4537  TraR/DksA family transcriptional regulator  40 
 
 
140 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3107  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.52 
 
 
138 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.179373 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2999  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.52 
 
 
138 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.141456 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6440  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.52 
 
 
138 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2476  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.52 
 
 
138 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.241075  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3137  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.52 
 
 
138 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0583861  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3090  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.52 
 
 
138 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0071  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.68 
 
 
139 aa  82  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3487  dnaK suppressor protein, putative  36.84 
 
 
134 aa  82.4  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.623059  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0162  hypothetical protein  40.91 
 
 
228 aa  82.8  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0344  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.84 
 
 
139 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3085  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.52 
 
 
138 aa  81.3  0.000000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0483117 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4379  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.02 
 
 
139 aa  80.5  0.000000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0046  putative DNAK suppressor protein  38.64 
 
 
139 aa  78.2  0.00000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3704  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.36 
 
 
223 aa  77.8  0.00000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3381  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.36 
 
 
223 aa  77.8  0.00000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3835  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.4 
 
 
162 aa  77  0.00000000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.827568 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2595  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.85 
 
 
134 aa  76.3  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0704814 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1232  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.07 
 
 
139 aa  75.1  0.0000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.182051 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1598  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.07 
 
 
149 aa  75.1  0.0000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.26803  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5995  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.96 
 
 
142 aa  74.7  0.0000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2533  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.3 
 
 
139 aa  74.3  0.0000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0895997  normal  0.563175 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1731  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.94 
 
 
162 aa  73.2  0.000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1939  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.82 
 
 
141 aa  73.6  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0082918 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2440  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.96 
 
 
133 aa  70.5  0.000000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2014  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.16 
 
 
162 aa  70.5  0.000000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3227  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.71 
 
 
139 aa  69.7  0.00000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3438  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.11 
 
 
429 aa  68.9  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.258531  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1964  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.21 
 
 
139 aa  68.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.268781  normal  0.159362 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3683  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.08 
 
 
281 aa  68.6  0.00000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2993  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.08 
 
 
223 aa  68.2  0.00000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3428  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.07 
 
 
278 aa  68.2  0.00000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.478863 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3387  putative dnaK suppressor protein  35.25 
 
 
126 aa  67.8  0.00000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.127508 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3260  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.23 
 
 
139 aa  67.4  0.00000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.571876 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3036  RNA polymerase-binding protein DksA  36.23 
 
 
139 aa  67.4  0.00000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0897126 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3529  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.93 
 
 
139 aa  67.8  0.00000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0100266 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2176  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.34 
 
 
139 aa  67.4  0.00000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.134571  normal  0.0134623 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2467  RNA polymerase-binding protein DksA  36.94 
 
 
146 aa  67  0.00000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0906  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.54 
 
 
207 aa  66.6  0.0000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1132  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.93 
 
 
138 aa  66.2  0.0000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.807192  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1457  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.85 
 
 
164 aa  65.5  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.969843  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1527  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.48 
 
 
139 aa  66.2  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.143324  normal  0.735678 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0808  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.34 
 
 
165 aa  65.9  0.0000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.841601  normal  0.866362 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1064  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.3 
 
 
450 aa  65.1  0.0000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.980277 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3687  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.27 
 
 
142 aa  64.3  0.0000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.220582  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5556  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.76 
 
 
139 aa  64.3  0.0000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.398445  normal  0.962073 
 
 
-
 
NC_004310  BR1036  dnaK suppressor protein  36.21 
 
 
138 aa  63.2  0.000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.35343  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1346  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.29 
 
 
138 aa  63.5  0.000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4708  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.58 
 
 
139 aa  63.5  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0151479  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4193  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.58 
 
 
139 aa  63.5  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.414689  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5516  DnaK suppressor protein  37.27 
 
 
133 aa  62.4  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.596714  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2122  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.34 
 
 
138 aa  62  0.000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4430  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.04 
 
 
142 aa  61.6  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4557  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.46 
 
 
257 aa  61.6  0.000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1679  transcriptional regulators, TraR/DksA family  33.87 
 
 
138 aa  61.2  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0231267 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1419  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.62 
 
 
138 aa  60.8  0.000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0509  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.09 
 
 
138 aa  60.8  0.000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3792  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.04 
 
 
140 aa  60.8  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0620628  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1499  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.19 
 
 
138 aa  60.8  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0747562 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1002  RNA polymerase-binding protein DksA  35.34 
 
 
138 aa  60.5  0.000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0064  DnaK suppressor protein  34.19 
 
 
152 aa  60.1  0.000000009  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2297  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.86 
 
 
141 aa  59.7  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.447274  normal  0.0340464 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4637  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.48 
 
 
158 aa  58.2  0.00000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.367701  normal  0.092052 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2439  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.08 
 
 
115 aa  57.4  0.00000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.734932  normal  0.693819 
 
 
-
 
NC_002978  WD1094  dnaK suppressor protein, putative  29.55 
 
 
130 aa  57.4  0.00000006  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.360661  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0758  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.02 
 
 
138 aa  57.4  0.00000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.193991  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0036  dnaK suppressor protein  33.33 
 
 
152 aa  57  0.00000008  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1884  putative DnaK suppressor protein  33.57 
 
 
157 aa  57  0.00000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0456991  normal  0.261909 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3798  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.55 
 
 
147 aa  57  0.00000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000388201  hitchhiker  0.00000322165 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2558  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.16 
 
 
146 aa  57  0.00000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.686349 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3899  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.55 
 
 
147 aa  57  0.00000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000283088  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1113  DnaK suppressor protein DksA  33.33 
 
 
136 aa  56.6  0.0000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.17474  normal  0.305826 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0884  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.3 
 
 
147 aa  56.2  0.0000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000326518  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3490  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.3 
 
 
147 aa  56.2  0.0000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000869556  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0571  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.93 
 
 
134 aa  56.6  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0872  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.3 
 
 
147 aa  56.2  0.0000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000169398  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0849  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.3 
 
 
147 aa  56.2  0.0000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000107681  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0780  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.43 
 
 
147 aa  56.6  0.0000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00166659  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3128  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.3 
 
 
147 aa  55.8  0.0000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000188351  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>