88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_B0022 on replicon NC_004632
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004632  PSPTO_B0022  DnaK suppressor domain-containing protein  100 
 
 
66 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0172476  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0853  dnaK suppressor protein, putative  92.42 
 
 
137 aa  126  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.671641  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73020  DksA/TraR family C4-type zinc finger protein  44.44 
 
 
134 aa  58.9  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450272  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4537  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.44 
 
 
140 aa  58.9  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6338  RNA polymerase-binding protein DksA  42.86 
 
 
134 aa  57.8  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1953  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.62 
 
 
143 aa  55.5  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00145281 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2595  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.27 
 
 
134 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0704814 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3327  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.94 
 
 
134 aa  51.6  0.000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3519  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.5 
 
 
154 aa  50.8  0.000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.370686  normal  0.0696704 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2220  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  37.5 
 
 
134 aa  50.8  0.000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22970  RNA polymerase-binding DksA like protein  40 
 
 
134 aa  50.4  0.000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3262  dnaK suppressor protein, putative  35.38 
 
 
134 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1844  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.94 
 
 
134 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0449164  normal  0.0842967 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3487  dnaK suppressor protein, putative  35.38 
 
 
134 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.623059  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2439  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.82 
 
 
115 aa  48.1  0.00004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.734932  normal  0.693819 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3452  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.94 
 
 
134 aa  47.4  0.00006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.414408 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5995  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.89 
 
 
142 aa  47.8  0.00006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3387  putative dnaK suppressor protein  43.4 
 
 
126 aa  47.4  0.00006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.127508 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3835  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.4 
 
 
162 aa  47  0.0001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.827568 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3137  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.65 
 
 
138 aa  45.8  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0583861  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3107  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.65 
 
 
138 aa  45.8  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.179373 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3090  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.65 
 
 
138 aa  45.8  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2917  RNA polymerase-binding protein DksA  45.65 
 
 
138 aa  45.8  0.0002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.123295  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2999  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.65 
 
 
138 aa  45.8  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.141456 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2172  DnaK suppressor protein  45.65 
 
 
138 aa  45.8  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.297381  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0192  RNA polymerase-binding protein DksA  45.65 
 
 
138 aa  45.8  0.0002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.426032  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0203  RNA polymerase-binding protein DksA  45.65 
 
 
138 aa  45.8  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3431  RNA polymerase-binding protein DksA  45.65 
 
 
138 aa  45.8  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1731  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.65 
 
 
162 aa  45.4  0.0002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2476  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.65 
 
 
138 aa  45.8  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.241075  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0387  DnaK suppressor protein  45.65 
 
 
138 aa  45.8  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6440  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.65 
 
 
138 aa  45.8  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0166  DnaK suppressor protein  45.65 
 
 
138 aa  45.8  0.0002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.534243  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3438  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.4 
 
 
429 aa  45.8  0.0002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.258531  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2533  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.51 
 
 
139 aa  45.8  0.0002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0895997  normal  0.563175 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3255  DnaK suppressor protein  45.65 
 
 
138 aa  45.8  0.0002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.290883  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1939  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.07 
 
 
141 aa  45.4  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0082918 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0906  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.62 
 
 
207 aa  45.4  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0758  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.1 
 
 
138 aa  45.4  0.0003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.193991  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0509  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.21 
 
 
138 aa  44.7  0.0004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0344  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.48 
 
 
139 aa  45.1  0.0004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2467  RNA polymerase-binding protein DksA  38.98 
 
 
146 aa  44.3  0.0006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1964  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.98 
 
 
139 aa  44.3  0.0006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.268781  normal  0.159362 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1457  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.62 
 
 
164 aa  44.3  0.0006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.969843  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0808  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.62 
 
 
165 aa  44.3  0.0006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.841601  normal  0.866362 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2671  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.86 
 
 
137 aa  43.9  0.0007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0417031  normal  0.389784 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3428  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.62 
 
 
278 aa  43.9  0.0007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.478863 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0162  DnaK suppressor protein  40 
 
 
137 aa  43.9  0.0008  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00225781  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3683  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.62 
 
 
281 aa  43.9  0.0008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2176  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.29 
 
 
139 aa  43.5  0.0009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.134571  normal  0.0134623 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0126  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.51 
 
 
229 aa  43.5  0.0009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.209687  normal  0.138319 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0676  hypothetical protein  43.59 
 
 
138 aa  43.5  0.001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3085  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.48 
 
 
138 aa  43.5  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0483117 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3036  RNA polymerase-binding protein DksA  42.37 
 
 
139 aa  43.1  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0897126 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1527  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.98 
 
 
139 aa  43.5  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.143324  normal  0.735678 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2014  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.48 
 
 
162 aa  43.1  0.001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2993  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.62 
 
 
223 aa  43.5  0.001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3260  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.37 
 
 
139 aa  43.1  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.571876 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3227  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.37 
 
 
139 aa  43.1  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2122  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.98 
 
 
138 aa  42.7  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1002  RNA polymerase-binding protein DksA  38.98 
 
 
138 aa  42.7  0.002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0064  DnaK suppressor protein  46.15 
 
 
152 aa  42.4  0.002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4379  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.3 
 
 
139 aa  42.7  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0071  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.3 
 
 
139 aa  42.7  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0162  hypothetical protein  41.51 
 
 
228 aa  42.7  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1036  dnaK suppressor protein  38.98 
 
 
138 aa  42.7  0.002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.35343  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1094  dnaK suppressor protein, putative  33.33 
 
 
130 aa  42  0.003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.360661  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3687  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.3 
 
 
142 aa  42  0.003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.220582  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0036  dnaK suppressor protein  46.15 
 
 
152 aa  42  0.003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0046  putative DNAK suppressor protein  35.85 
 
 
139 aa  41.2  0.004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1132  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.48 
 
 
138 aa  41.6  0.004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.807192  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.67 
 
 
115 aa  41.6  0.004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2847  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.7 
 
 
138 aa  41.6  0.004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0799762  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1064  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.74 
 
 
450 aa  41.6  0.004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.980277 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2297  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.7 
 
 
141 aa  41.2  0.005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.447274  normal  0.0340464 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1232  TraR/DksA family transcriptional regulator  40 
 
 
139 aa  41.2  0.005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.182051 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1950  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.98 
 
 
142 aa  41.2  0.005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1419  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.59 
 
 
138 aa  40.8  0.006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1243  TraR/DksA family transcriptional regulator  40 
 
 
142 aa  40.4  0.007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4557  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.85 
 
 
257 aa  40.4  0.008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1679  transcriptional regulators, TraR/DksA family  40.43 
 
 
138 aa  40.4  0.009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0231267 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1313  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.13 
 
 
130 aa  40  0.01  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1499  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.43 
 
 
138 aa  40  0.01  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0747562 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3792  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.43 
 
 
140 aa  40  0.01  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0620628  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00359  DnaK supressor  45.95 
 
 
162 aa  40  0.01  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.131287  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1113  DnaK suppressor protein DksA  40.43 
 
 
136 aa  40  0.01  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.17474  normal  0.305826 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1598  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.55 
 
 
149 aa  40  0.01  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.26803  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5516  DnaK suppressor protein  40.43 
 
 
133 aa  40  0.01  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.596714  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>