201 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2835 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2835  Ldh family oxidoreductase  100 
 
 		 344 aa  680    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.129302  normal  0.973533 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2854  malate/L-lactate dehydrogenase  97.67 
 
 		 352 aa  668    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.803203  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2947  malate/L-lactate dehydrogenase  91.79 
 
 		 352 aa  630  1e-179  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.353737  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1752  malate/L-lactate dehydrogenase  54.19 
 
 		 355 aa  350  2e-95  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.516121  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3965  malate/L-lactate dehydrogenase  45.59 
 
 		 354 aa  284  1.0000000000000001e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2393  malate/L-lactate dehydrogenase  43.92 
 
 		 354 aa  261  1e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4538  malate/L-lactate dehydrogenase  41.76 
 
 		 354 aa  242  7.999999999999999e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3972  malate/L-lactate dehydrogenase  41.49 
 
 		 353 aa  240  2e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.901224  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0042  malate/L-lactate dehydrogenase  36.94 
 
 		 349 aa  236  4e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2575  Malate/L-lactate dehydrogenase  38.48 
 
 		 355 aa  235  1.0000000000000001e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.639508  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5343  Malate/L-lactate dehydrogenase  36.76 
 
 		 353 aa  224  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.218988 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5412  Malate/L-lactate dehydrogenase  37.83 
 
 		 351 aa  219  7e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.584123  hitchhiker  0.00277603 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3548  malate/L-lactate dehydrogenase  37.87 
 
 		 358 aa  204  1e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.0039901  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6588  Malate/L-lactate dehydrogenase  32.55 
 
 		 378 aa  146  5e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1356  Malate/L-lactate dehydrogenase  30.55 
 
 		 353 aa  137  2e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.989483  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6488  malate/L-lactate dehydrogenase  31.67 
 
 		 358 aa  137  2e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.542487 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3061  malate/L-lactate dehydrogenase  30.35 
 
 		 356 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.166921  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1446  Malate/L-lactate dehydrogenase  30.46 
 
 		 377 aa  125  1e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0751418 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2010  hypothetical protein  28.24 
 
 		 362 aa  124  2e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.694664  normal  0.0216387 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0869  hypothetical protein  26.74 
 
 		 361 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2551  hypothetical protein  26.74 
 
 		 361 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0825  hypothetical protein  26.74 
 
 		 361 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0950  hypothetical protein  26.74 
 
 		 361 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00768  predicted dehydrogenase  26.45 
 
 		 361 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2841  Malate/L-lactate dehydrogenase  26.45 
 
 		 361 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2842  hypothetical protein  26.45 
 
 		 361 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0746 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00785  hypothetical protein  26.45 
 
 		 361 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0856  hypothetical protein  26.45 
 
 		 361 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1498  hypothetical protein  28 
 
 		 364 aa  116  5e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2546  dehydrogenase  27.78 
 
 		 351 aa  116  5e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.637789  normal  0.439412 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0711  malate/L-lactate dehydrogenase  30.7 
 
 		 355 aa  115  8.999999999999998e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.707221  normal  0.854883 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1400  Malate/L-lactate dehydrogenase  28.26 
 
 		 362 aa  115  8.999999999999998e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.468081  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1798  Malate/L-lactate dehydrogenase  27.64 
 
 		 340 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3789  Malate/L-lactate dehydrogenase  30.4 
 
 		 732 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1634  hypothetical protein  27.73 
 
 		 364 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.849275  normal  0.433652 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0890  malate dehydrogenase (NADP(+))  32.1 
 
 		 337 aa  115  2.0000000000000002e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.416405  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2943  hypothetical protein  27.83 
 
 		 361 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.80898 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4453  malate/L-lactate dehydrogenase  29.82 
 
 		 337 aa  112  6e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5277  hypothetical protein  26.41 
 
 		 368 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0968359  normal  0.077183 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3327  ureidoglycolate dehydrogenase  26.25 
 
 		 335 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.388816 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3319  ureidoglycolate dehydrogenase  26.25 
 
 		 335 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.910608 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3243  ureidoglycolate dehydrogenase  26.25 
 
 		 335 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4412  Malate dehydrogenase  26.78 
 
 		 351 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0600  Malate/L-lactate dehydrogenase  27.51 
 
 		 364 aa  110  4.0000000000000004e-23  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4341  hypothetical protein  28.3 
 
 		 369 aa  109  6e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000479473 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2460  Malate/L-lactate dehydrogenase  30.66 
 
 		 332 aa  108  1e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.462463  normal  0.424156 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4997  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  30.03 
 
 		 344 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3456  hypothetical protein  27.99 
 
 		 369 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0477339  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4910  hypothetical protein  27.99 
 
 		 369 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.656536 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5376  hypothetical protein  27.67 
 
 		 369 aa  107  4e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0371225  normal  0.0812786 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4858  hypothetical protein  27.99 
 
 		 369 aa  106  5e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.256767  hitchhiker  0.00905193 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0385  malate/L-lactate dehydrogenase  23.94 
 
 		 347 aa  106  6e-22  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.214984 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1632  Malate/L-lactate dehydrogenase  28.48 
 
 		 353 aa  106  7e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000326891  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2567  delta1-piperideine 2-carboxylate reductase  27.75 
 
 		 343 aa  105  8e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1534  malate/L-lactate dehydrogenase  25.5 
 
 		 347 aa  105  8e-22  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.975187  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5261  malate/L-lactate dehydrogenase  29.94 
 
 		 334 aa  105  8e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.85901 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0576  Malate/L-lactate dehydrogenase  24.62 
 
 		 337 aa  105  9e-22  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.939938  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0455  malate/L-lactate dehydrogenase  24.7 
 
 		 345 aa  105  1e-21  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16820  malate dehydrogenase (NAD)  26.99 
 
 		 376 aa  105  2e-21  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.830173 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0783  hypothetical protein  29.84 
 
 		 369 aa  104  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.256957  normal  0.206829 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1791  Malate/L-lactate dehydrogenase  25.75 
 
 		 334 aa  104  2e-21  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2563  Malate dehydrogenase  28.74 
 
 		 336 aa  104  2e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0709444  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3704  hypothetical protein  29.84 
 
 		 369 aa  103  4e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.305057  normal  0.776569 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2143  malate/L-lactate dehydrogenase  27.79 
 
 		 343 aa  103  6e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0470104 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07633  malate/L-lactate dehydrogenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G13810)  25.57 
 
 		 361 aa  101  2e-20  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.571482 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1710  malate/L-lactate dehydrogenase  26.88 
 
 		 361 aa  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.376273 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0106  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  31.76 
 
 		 346 aa  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0971738  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3587  malate/L-lactate dehydrogenase  26.61 
 
 		 366 aa  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.787615  normal  0.77685 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3020  malate/L-lactate dehydrogenase  27.86 
 
 		 348 aa  101  2e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4277  Malate/L-lactate dehydrogenase  27.49 
 
 		 361 aa  100  3e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.073979  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1699  malate/L-lactate dehydrogenase  27.67 
 
 		 361 aa  100  5e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.732522 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0451  L-sulfolactate dehydrogenase / malate dehydrogenase (NAD)  24.5 
 
 		 347 aa  100  5e-20  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3898  Malate/L-lactate dehydrogenase  30.14 
 
 		 360 aa  99.4  8e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.461594  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3719  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  27.44 
 
 		 349 aa  99  9e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0845667  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4649  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  27.44 
 
 		 349 aa  99  9e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.964668 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5300  malate/L-lactate dehydrogenase  26.99 
 
 		 352 aa  98.6  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3304  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  24.32 
 
 		 336 aa  98.6  1e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0489391 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0724  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  29.79 
 
 		 353 aa  99  1e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1601  Malate/L-lactate dehydrogenase  28.01 
 
 		 354 aa  98.2  2e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4123  malate dehydrogenase (NAD)  26.99 
 
 		 362 aa  97.8  2e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5655  malate/L-lactate dehydrogenase  27.44 
 
 		 349 aa  98.6  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.64858 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3821  Malate/L-lactate dehydrogenase  30.26 
 
 		 333 aa  98.2  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.56864  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3591  malate/L-lactate dehydrogenase  27.59 
 
 		 332 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.127948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1771  malate dehydrogenase (NADP+)  29.85 
 
 		 333 aa  96.7  5e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5456  hypothetical protein  24.62 
 
 		 367 aa  96.7  5e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2181  malate/L-lactate dehydrogenase  27.87 
 
 		 341 aa  96.7  6e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.730994  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2359  ureidoglycolate dehydrogenase  28.45 
 
 		 343 aa  96.3  7e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0799414  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2899  malate/L-lactate dehydrogenase  26.9 
 
 		 343 aa  95.5  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1300  Malate/L-lactate dehydrogenase  26.25 
 
 		 340 aa  94.7  2e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1014  Malate/L-lactate dehydrogenase  31.45 
 
 		 331 aa  94  3e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.928457  normal  0.525651 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1122  L-sulfolactate dehydrogenase / malate dehydrogenase (NAD)  25 
 
 		 328 aa  94  3e-18  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.658322  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4866  malate/L-lactate dehydrogenase  27.17 
 
 		 343 aa  94  4e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.871504 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21420  Malate/L-lactate dehydrogenase  27.49 
 
 		 372 aa  93.6  5e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3134  delta1-piperideine 2-carboxylate reductase  26.57 
 
 		 350 aa  93.6  5e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6359  malate/L-lactate dehydrogenase  25.93 
 
 		 349 aa  93.2  6e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.137633  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0558  L-sulfolactate dehydrogenase  26.42 
 
 		 365 aa  92.8  7e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.899943  normal  0.297521 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3531  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  28.65 
 
 		 338 aa  92  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_29499  predicted protein  25.73 
 
 		 330 aa  92  1e-17  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.096211 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2481  Malate/L-lactate dehydrogenase  26.57 
 
 		 350 aa  92  1e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.295713  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3839  Malate/L-lactate dehydrogenase  32.73 
 
 		 362 aa  91.3  2e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0537177  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>