More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3926 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3926  putative DNA uptake protein  100 
 
 		 191 aa  396  1e-109  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4119  putative DNA uptake protein  97.38 
 
 		 191 aa  387  1e-107  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0316  putative DNA uptake protein  93.72 
 
 		 191 aa  375  1e-103  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0234  putative DNA uptake protein  93.19 
 
 		 191 aa  370  1e-102  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4634  putative DNA uptake protein  92.15 
 
 		 191 aa  370  1e-102  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3750  putative DNA uptake protein  91.62 
 
 		 191 aa  366  1e-100  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3827  putative DNA uptake protein  89.53 
 
 		 191 aa  363  1e-100  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0163  putative DNA uptake protein  91.62 
 
 		 191 aa  366  1e-100  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3990  putative DNA uptake protein  91.62 
 
 		 191 aa  366  1e-100  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03266  predicted gluconate transport associated protein  89.53 
 
 		 191 aa  360  6e-99  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00179798  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0299  IscR-regulated protein YhgI  89.53 
 
 		 191 aa  360  6e-99  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000044435  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3695  putative DNA uptake protein  89.53 
 
 		 191 aa  360  6e-99  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03218  hypothetical protein  89.53 
 
 		 191 aa  360  6e-99  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00164281  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3881  putative DNA uptake protein  89.53 
 
 		 191 aa  360  6e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4721  putative DNA uptake protein  89.53 
 
 		 191 aa  360  6e-99  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3713  putative DNA uptake protein  89.53 
 
 		 191 aa  360  6e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3710  putative DNA uptake protein  89.53 
 
 		 191 aa  360  6e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.238496  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0299  putative DNA uptake protein  89.53 
 
 		 191 aa  360  6e-99  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00815707  normal  0.0446785 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3785  putative DNA uptake protein  89.53 
 
 		 191 aa  360  6e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3819  putative DNA uptake protein  89.53 
 
 		 191 aa  360  6e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3795  putative DNA uptake protein  89.53 
 
 		 191 aa  360  6e-99  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3889  putative DNA uptake protein  89.53 
 
 		 191 aa  360  6e-99  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3611  putative DNA uptake protein  89.53 
 
 		 191 aa  360  6e-99  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2911  putative DNA uptake protein  77.49 
 
 		 194 aa  317  7.999999999999999e-86  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001879  NfuA Fe-S protein maturation  74.35 
 
 		 194 aa  301  3.0000000000000004e-81  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00614  putative DNA uptake protein  73.82 
 
 		 194 aa  301  4.0000000000000003e-81  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0106  putative DNA uptake protein  75.92 
 
 		 192 aa  301  4.0000000000000003e-81  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.790621  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2293  putative DNA uptake protein  74.87 
 
 		 195 aa  299  1e-80  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1491  putative DNA uptake protein  71.73 
 
 		 193 aa  300  1e-80  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.241637  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4010  putative DNA uptake protein  73.82 
 
 		 192 aa  298  3e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03996  putative DNA uptake protein  72.4 
 
 		 192 aa  298  4e-80  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4192  putative DNA uptake protein  73.82 
 
 		 192 aa  296  9e-80  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4125  putative DNA uptake protein  73.82 
 
 		 192 aa  296  9e-80  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4324  putative DNA uptake protein  73.82 
 
 		 192 aa  296  9e-80  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0142  putative DNA uptake protein  73.82 
 
 		 192 aa  296  9e-80  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.862919  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3880  putative DNA uptake protein  74.35 
 
 		 192 aa  296  1e-79  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4619  putative DNA uptake protein  73.82 
 
 		 192 aa  295  4e-79  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3794  putative DNA uptake protein  73.3 
 
 		 192 aa  294  5e-79  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.100459  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0159  putative DNA uptake protein  73.82 
 
 		 192 aa  294  5e-79  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0179  putative DNA uptake protein  72.77 
 
 		 192 aa  293  1e-78  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0244  putative DNA uptake protein  72.77 
 
 		 192 aa  293  1e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3804  putative DNA uptake protein  73.3 
 
 		 192 aa  292  3e-78  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.472358 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4003  putative DNA uptake protein  73.3 
 
 		 192 aa  292  3e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.860921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4233  putative DNA uptake protein  70.83 
 
 		 192 aa  290  1e-77  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3502  putative DNA uptake protein  71.73 
 
 		 192 aa  287  6e-77  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.840353  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3528  putative DNA uptake protein  71.2 
 
 		 192 aa  286  1e-76  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0220  putative DNA uptake protein  69.79 
 
 		 192 aa  286  2e-76  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.722098  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3202  putative DNA uptake protein  67.19 
 
 		 193 aa  275  4e-73  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0161749 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0484  yhgI protein  60.21 
 
 		 190 aa  247  8e-65  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.508791  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1525  HesB/YadR/YfhF-family protein  52.08 
 
 		 195 aa  221  7e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3445  hypothetical protein  50.26 
 
 		 194 aa  218  5e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.578417  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40630  hypothetical protein  50.26 
 
 		 194 aa  218  5e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1888  HesB/YadR/YfhF  53.4 
 
 		 196 aa  217  7e-56  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28760  NfuA protein  51.04 
 
 		 194 aa  213  9.999999999999999e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2378  yhgI protein  52.36 
 
 		 194 aa  202  3e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0102502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3317  HesB/YadR/YfhF-family protein  52.36 
 
 		 194 aa  202  3e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0770851 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2161  HesB/YadR/YfhF-family protein  52.36 
 
 		 194 aa  201  4e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.235286  normal  0.0420771 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1985  IscR-regulated protein YhgI  52.36 
 
 		 194 aa  202  4e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.858904  normal  0.779862 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2009  hypothetical protein  47.64 
 
 		 203 aa  201  4e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1891  IscR-regulated protein YhgI  52.36 
 
 		 194 aa  201  6e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.767011 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2344  HesB/YadR/YfhF-family protein  48.95 
 
 		 193 aa  199  1.9999999999999998e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0112883 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3104  HesB/YadR/YfhF  51.83 
 
 		 194 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1847  HesB/YadR/YfhF-family protein  50.77 
 
 		 216 aa  194  7e-49  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000308783 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1911  hypothetical protein  48.72 
 
 		 227 aa  192  2e-48  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000392795  hitchhiker  0.00108913 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2202  HesB/YadR/YfhF  48.72 
 
 		 257 aa  192  2e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.20209  decreased coverage  0.00866489 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2735  yhgI protein  48.45 
 
 		 197 aa  180  1e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2466  HesB/YadR/YfhF:nitrogen-fixing NifU, C-terminal  48.45 
 
 		 197 aa  180  1e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0790017  hitchhiker  0.00947214 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2673  HesB/YadR/YfhF-family protein  42.19 
 
 		 199 aa  170  1e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.114695 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01524  protein GntY  41.67 
 
 		 199 aa  168  4e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2172  thioredoxin-like protein  41.67 
 
 		 199 aa  166  2e-40  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2084  HesB/YadR/YfhF-family protein  41.15 
 
 		 199 aa  165  4e-40  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.92431  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2457  HesB/YadR/YfhF-family protein  38.54 
 
 		 211 aa  148  4e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0172331  normal  0.307716 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1723  nitrogen-fixing NifU domain protein  31.76 
 
 		 204 aa  86.7  2e-16  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0074  nitrogen-fixing NifU domain protein  40.79 
 
 		 87 aa  63.2  0.000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0925  hypothetical protein  39.08 
 
 		 86 aa  62.8  0.000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0198354 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1408  nitrogen-fixing NifU domain protein  40.85 
 
 		 73 aa  62.4  0.000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.510061  normal  0.98694 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2067  NifU domain-containing protein  43.66 
 
 		 73 aa  62  0.000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000395477  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1247  iron-sulfur cluster assembly accessory protein  35.42 
 
 		 108 aa  61.6  0.000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2369  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  45.9 
 
 		 285 aa  61.2  0.000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.010436 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3484  nitrogen-fixing NifU domain protein  42.65 
 
 		 74 aa  58.5  0.00000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000024465  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2796  nitrogen-fixing NifU domain protein  43.66 
 
 		 73 aa  58.5  0.00000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000131696  n/a   
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3205  nitrogen-fixing NifU-like  39.19 
 
 		 311 aa  58.5  0.00000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0997  nitrogen-fixing NifU domain protein  41.89 
 
 		 77 aa  58.5  0.00000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.997138 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0748  HesB/YadR/YfhF family protein  33.33 
 
 		 130 aa  57.8  0.00000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00160104  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1414  nitrogen-fixing NifU domain protein  42.25 
 
 		 73 aa  57.8  0.0000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.68572e-21 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15130  thioredoxin-like protein  38.57 
 
 		 76 aa  57.8  0.0000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.206063 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0710  iron-sulfur cluster-binding protein, Rieske family  39.44 
 
 		 296 aa  56.2  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0858  Rieske (2Fe-2S) domain protein  39.44 
 
 		 301 aa  56.6  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1466  nitrogen-fixing NifU domain protein  42.25 
 
 		 73 aa  56.6  0.0000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3080  nitrogen-fixing NifU-like  42.25 
 
 		 74 aa  55.8  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0939  NifU domain-containing protein  43.66 
 
 		 73 aa  54.7  0.0000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.388562  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1109  nitrogen-fixing NifU domain protein  37.5 
 
 		 88 aa  55.1  0.0000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.442386 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3614  nitrogen-fixing NifU domain protein  42.25 
 
 		 73 aa  54.7  0.0000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0187737  normal  0.20097 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0879  iron-sulfur cluster insertion protein ErpA  31.96 
 
 		 123 aa  54.7  0.0000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.216365  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0480  NifU-like domain-containing protein  42.25 
 
 		 74 aa  53.9  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0889  nitrogen-fixing NifU domain protein  43.66 
 
 		 72 aa  54.3  0.000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000213557  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0399  nitrogen-fixing NifU domain protein  40.58 
 
 		 79 aa  53.9  0.000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0333  NifU domain-containing protein  41.67 
 
 		 74 aa  54.3  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000000601792  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3228  nitrogen-fixing NifU domain-containing protein  40.68 
 
 		 289 aa  53.5  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.769303  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0435  iron-sulfur cluster insertion protein ErpA  32.98 
 
 		 122 aa  53.5  0.000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.259298  normal  0.0210981 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>