More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3220 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3220  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 293 aa  595  1e-169  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1107  transcriptional regulator, LysR family  90.07 
 
 		 293 aa  548  1e-155  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4138  transcriptional regulator, LysR family  68.94 
 
 		 296 aa  414  9.999999999999999e-116  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3940  transcriptional regulator, LysR family  65.87 
 
 		 295 aa  394  1e-109  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2719  transcriptional regulator, LysR family  55.14 
 
 		 300 aa  328  5.0000000000000004e-89  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5166  LysR family transcriptional regulator  54.08 
 
 		 308 aa  322  7e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2393  transcriptional regulator, LysR family  52.38 
 
 		 304 aa  312  2.9999999999999996e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.340015 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2936  LysR family transcriptional regulator  51.88 
 
 		 292 aa  311  5.999999999999999e-84  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2666  LysR family transcriptional regulator  52.22 
 
 		 299 aa  310  2e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1833  LysR family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 294 aa  305  5.0000000000000004e-82  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0313852  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5323  transcriptional regulator, LysR family  52.56 
 
 		 313 aa  281  6.000000000000001e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 302 aa  229  6e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 305 aa  216  2.9999999999999998e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  35.42 
 
 		 307 aa  210  2e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  37.93 
 
 		 335 aa  210  2e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 298 aa  209  3e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5754  transcriptional regulator, LysR family  36.11 
 
 		 296 aa  209  4e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.558964  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 296 aa  209  5e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 303 aa  208  7e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 298 aa  208  8e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2711  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 292 aa  208  1e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 313 aa  207  1e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 299 aa  208  1e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2961  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 292 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0923221 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 294 aa  206  3e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  34.47 
 
 		 302 aa  205  6e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3236  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 299 aa  205  8e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0163272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 298 aa  205  8e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 298 aa  204  1e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 295 aa  203  2e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 298 aa  202  5e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 298 aa  202  6e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  35.42 
 
 		 298 aa  201  8e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  38.23 
 
 		 298 aa  201  9e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  38.23 
 
 		 298 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 294 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 299 aa  199  5e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 310 aa  199  6e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  35.76 
 
 		 305 aa  198  7e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3059  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 310 aa  198  1.0000000000000001e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2711  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 303 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0517  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 307 aa  196  5.000000000000001e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.419389  normal  0.852765 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5125  transcriptional regulator, LysR family  37 
 
 		 304 aa  196  6e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 304 aa  195  6e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 301 aa  195  6e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1560  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 307 aa  194  1e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.987371  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4923  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.95 
 
 		 300 aa  193  3e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 298 aa  193  3e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  35.67 
 
 		 309 aa  191  1e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  38.19 
 
 		 293 aa  191  1e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  35.37 
 
 		 302 aa  190  2e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 306 aa  190  2e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2773  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 304 aa  190  2e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4560  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 302 aa  190  2e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.788363  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 301 aa  191  2e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 309 aa  189  4e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 301 aa  189  4e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0123  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 301 aa  189  4e-47  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.314303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 313 aa  189  5e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  35.27 
 
 		 297 aa  189  5.999999999999999e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3477  transcriptional regulator, LysR family  36.73 
 
 		 303 aa  188  7e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.193343  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  36.11 
 
 		 301 aa  189  7e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 313 aa  188  8e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 309 aa  188  9e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0279  transcriptional regulator, LysR family  32.76 
 
 		 297 aa  188  9e-47  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0279  transcriptional regulator, LysR family  32.76 
 
 		 297 aa  188  9e-47  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 306 aa  187  1e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2938  transcriptional regulator, LysR family  35.49 
 
 		 293 aa  187  1e-46  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  34.47 
 
 		 307 aa  188  1e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 305 aa  187  1e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  34.47 
 
 		 307 aa  188  1e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3280  transcription regulator protein  36.73 
 
 		 303 aa  187  2e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5638  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.360222  hitchhiker  0.00205655 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3150  transcriptional regulator, LysR family  36.39 
 
 		 303 aa  187  2e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0225  transcriptional regulator, LysR family  35.53 
 
 		 309 aa  187  2e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0870  MarR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 309 aa  186  3e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 302 aa  186  3e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 322 aa  186  3e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3571  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 317 aa  186  3e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.368621  normal  0.292883 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 342 aa  186  4e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  36.68 
 
 		 302 aa  186  4e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 302 aa  186  4e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 302 aa  186  4e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0783  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 301 aa  186  4e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  34.35 
 
 		 299 aa  186  5e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  34.35 
 
 		 299 aa  186  5e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3446  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 331 aa  185  6e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 291 aa  185  9e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 297 aa  185  1.0000000000000001e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 296 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43240  LysR family transcriptional regulator protein  33.67 
 
 		 302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3286  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5155  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 298 aa  184  2.0000000000000003e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.272154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  34.36 
 
 		 308 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0549  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 296 aa  184  2.0000000000000003e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0269293 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0847  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 334 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00307439 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 294 aa  183  3e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1397  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 303 aa  183  3e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.239438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0797  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 308 aa  183  3e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.433602  normal  0.587833 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>