More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1115 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_1115  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  100 
 
 
487 aa  986    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3199  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  82.74 
 
 
470 aa  788    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1049  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  65.82 
 
 
461 aa  626  1e-178  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0676934  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3010  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  64.33 
 
 
462 aa  591  1e-167  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3279  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  57.02 
 
 
461 aa  506  9.999999999999999e-143  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1486  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  57.14 
 
 
471 aa  505  9.999999999999999e-143  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1781  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  57.57 
 
 
471 aa  504  1e-141  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.353242 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1593  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  57.36 
 
 
471 aa  501  1e-140  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2545  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  54.78 
 
 
455 aa  493  9.999999999999999e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.74544  normal  0.782551 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2441  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  54.49 
 
 
455 aa  489  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2490  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  54.49 
 
 
455 aa  489  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.285038  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2649  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  54.91 
 
 
455 aa  489  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.479728  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2533  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  54.49 
 
 
455 aa  488  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2810  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  52.23 
 
 
453 aa  482  1e-135  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2415  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  52.44 
 
 
451 aa  451  1e-125  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.246068  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2639  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  51.7 
 
 
451 aa  449  1e-125  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0253508  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2556  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  51.59 
 
 
451 aa  446  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.913886  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02187  O-succinylbenzoic acid-CoA ligase  51.28 
 
 
451 aa  444  1e-123  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1397  O-succinylbenzoate-CoA ligase  51.28 
 
 
451 aa  444  1e-123  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2406  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  51.17 
 
 
451 aa  444  1e-123  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.572521  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1388  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  51.17 
 
 
451 aa  444  1e-123  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02146  hypothetical protein  51.28 
 
 
451 aa  444  1e-123  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3402  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  51.28 
 
 
451 aa  444  1e-123  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.671399  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1103  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  42.74 
 
 
465 aa  375  1e-102  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1207  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  44.84 
 
 
468 aa  364  2e-99  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1557  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  43.74 
 
 
476 aa  334  2e-90  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004028  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  41.63 
 
 
475 aa  333  3e-90  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01433  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  41.72 
 
 
483 aa  332  1e-89  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1131  O-succinylbenzoate-CoA ligase  38.14 
 
 
459 aa  253  8.000000000000001e-66  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0872798  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0307  O-succinylbenzoate-CoA ligase  35.96 
 
 
472 aa  245  9.999999999999999e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3968  O-succinylbenzoate-CoA ligase  36.68 
 
 
487 aa  244  3e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.117282  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3770  O-succinylbenzoate-CoA ligase  35.7 
 
 
491 aa  243  5e-63  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.128502  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0279  O-succinylbenzoate-CoA ligase  33.33 
 
 
515 aa  238  2e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.384875  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0588  O-succinylbenzoate-CoA ligase  39.25 
 
 
478 aa  238  3e-61  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.791941  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4291  O-succinylbenzoate-CoA ligase  35.02 
 
 
475 aa  236  9e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0973895  normal  0.0104756 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0206  O-succinylbenzoate-CoA ligase  35.34 
 
 
504 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00226035  decreased coverage  0.00000242009 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3843  O-succinylbenzoate-CoA ligase  35.27 
 
 
491 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.364848  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4160  O-succinylbenzoate-CoA ligase  34.09 
 
 
475 aa  233  6e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0896552  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0176  O-succinylbenzoate-CoA ligase  33.92 
 
 
478 aa  233  7.000000000000001e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0223  O-succinylbenzoate-CoA ligase  33.86 
 
 
504 aa  232  9e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4576  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase, putative  34.05 
 
 
464 aa  232  1e-59  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0175  O-succinylbenzoate-CoA ligase  33.68 
 
 
470 aa  229  1e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00288334  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3602  O-succinylbenzoate-CoA ligase  36.24 
 
 
504 aa  227  3e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0139548  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3974  O-succinylbenzoate-CoA ligase  35.53 
 
 
484 aa  227  3e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0326  O-succinylbenzoate-CoA ligase  35.59 
 
 
495 aa  221  1.9999999999999999e-56  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.013654 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2891  O-succinylbenzoate-CoA ligase  45.2 
 
 
477 aa  218  1e-55  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.288894  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2435  O-succinylbenzoate-CoA ligase  33.63 
 
 
480 aa  218  2e-55  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.900317  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3463  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  36.11 
 
 
477 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2052  O-succinylbenzoate-CoA ligase  33.63 
 
 
482 aa  212  1e-53  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0189  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  32.5 
 
 
465 aa  210  5e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.582963  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1672  O-succinylbenzoate-CoA ligase  34.24 
 
 
489 aa  203  5e-51  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2093  O-succinylbenzoate-CoA ligase  33.47 
 
 
485 aa  196  7e-49  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1882  O-succinylbenzoate-CoA ligase  35.99 
 
 
480 aa  194  3e-48  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2079  O-succinylbenzoate-CoA ligase  32.97 
 
 
482 aa  194  3e-48  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.359284 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5012  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  27.27 
 
 
481 aa  163  5.0000000000000005e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4982  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  27.27 
 
 
482 aa  163  7e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4965  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  27.27 
 
 
482 aa  162  1e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0255  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  27.85 
 
 
482 aa  161  2e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000679638  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4585  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  27.27 
 
 
482 aa  161  2e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4747  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  27.06 
 
 
482 aa  160  3e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5108  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  27.06 
 
 
481 aa  160  3e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4993  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  26.85 
 
 
481 aa  160  4e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4607  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  27.06 
 
 
482 aa  160  4e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4694  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  28 
 
 
481 aa  159  1e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2796  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  27.94 
 
 
492 aa  158  2e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00173359  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1159  O-succinylbenzoate-CoA ligase  31.72 
 
 
486 aa  157  5.0000000000000005e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.498459  hitchhiker  0.000208098 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0571  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  30.02 
 
 
490 aa  155  1e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3490  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  28.04 
 
 
481 aa  149  9e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0473  O-succinylbenzoate-CoA ligase  26.17 
 
 
453 aa  149  1.0000000000000001e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0829722  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1774  O-succinylbenzoate-CoA ligase  29.88 
 
 
528 aa  147  3e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1229  O-succinylbenzoate-CoA ligase  28.6 
 
 
500 aa  147  4.0000000000000006e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1920  O-succinylbenzoate-CoA ligase  33.92 
 
 
510 aa  145  2e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0280  Acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  28.76 
 
 
484 aa  144  4e-33  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0392  O-succinylbenzoate-CoA ligase  33.98 
 
 
498 aa  143  7e-33  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.172525  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5720  AMP-dependent synthetase and ligase  36.88 
 
 
490 aa  143  8e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.788062  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0888  O-succinylbenzoate-CoA ligase  28.54 
 
 
473 aa  142  9.999999999999999e-33  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1358  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  28.65 
 
 
474 aa  142  1.9999999999999998e-32  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0273591  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2405  AMP-dependent synthetase and ligase  34.87 
 
 
382 aa  140  4.999999999999999e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000618801  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  26.81 
 
 
520 aa  135  9.999999999999999e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  28.11 
 
 
512 aa  135  1.9999999999999998e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2021  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  26.89 
 
 
479 aa  135  1.9999999999999998e-30  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2407  AMP-dependent synthetase and ligase  27.33 
 
 
498 aa  134  3.9999999999999996e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.676828  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0503  AMP-dependent synthetase and ligase  26.53 
 
 
492 aa  134  3.9999999999999996e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2248  O-succinylbenzoate-CoA ligase  33.33 
 
 
513 aa  133  7.999999999999999e-30  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.2585 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  27.66 
 
 
520 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2822  AMP-dependent synthetase and ligase  35.61 
 
 
430 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2447  AMP-dependent synthetase and ligase  27.42 
 
 
505 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1864  AMP-dependent synthetase and ligase  27.33 
 
 
506 aa  129  1.0000000000000001e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0770  Acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  25.25 
 
 
451 aa  128  3e-28  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1943  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.62 
 
 
560 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1884  AMP-dependent synthetase and ligase  26.76 
 
 
495 aa  127  5e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3040  long-chain acyl-CoA synthetase  24.73 
 
 
518 aa  127  5e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3776  AMP-dependent synthetase and ligase  29.06 
 
 
502 aa  127  6e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.597037  normal  0.34641 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1006  acyltransferase family protein  30.22 
 
 
811 aa  126  8.000000000000001e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0321  AMP-dependent synthetase and ligase  29.11 
 
 
503 aa  126  8.000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.289675  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0508  AMP-dependent synthetase and ligase  37.5 
 
 
333 aa  126  8.000000000000001e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.000453063  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0559  AMP-dependent synthetase and ligase  29.63 
 
 
507 aa  126  9e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2699  AMP-binding enzyme, putative long chain fatty acid Co-A ligase, acetyl-CoA synthetase  24.9 
 
 
514 aa  126  9e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  26.38 
 
 
521 aa  125  1e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1581  AMP-dependent synthetase and ligase  26.3 
 
 
518 aa  125  1e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0255292  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>