More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_1856 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_1856  ribosome recycling factor  100 
 
 		 187 aa  376  1e-103  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.791714  normal  0.0290341 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1697  ribosome recycling factor  92.51 
 
 		 194 aa  353  7.999999999999999e-97  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4514  ribosome recycling factor  87.17 
 
 		 187 aa  344  5e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.167395  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2439  ribosome recycling factor  87.17 
 
 		 187 aa  337  5.9999999999999996e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.66949  normal  0.174209 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2825  ribosome recycling factor  86.1 
 
 		 187 aa  335  2.9999999999999997e-91  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.496262 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3265  ribosome recycling factor  87.1 
 
 		 186 aa  335  2.9999999999999997e-91  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2854  ribosome recycling factor  85.56 
 
 		 187 aa  330  9e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.144432  normal  0.265175 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4436  ribosome recycling factor  75.94 
 
 		 187 aa  292  2e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000669828 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0632  ribosome recycling factor  71.66 
 
 		 187 aa  281  5.000000000000001e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.330477  hitchhiker  0.00509823 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0300  ribosome recycling factor  72.58 
 
 		 186 aa  279  2e-74  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0653192 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3446  ribosome recycling factor  71.66 
 
 		 187 aa  278  4e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0960945  normal  0.455289 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3832  ribosome recycling factor  69.89 
 
 		 186 aa  277  5e-74  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0281023 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1537  ribosome recycling factor  70.59 
 
 		 187 aa  277  6e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2046  ribosome recycling factor  70.59 
 
 		 187 aa  277  7e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.89448  normal  0.451673 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2086  ribosome recycling factor  70.59 
 
 		 187 aa  276  1e-73  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.192418  normal  0.15793 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2360  ribosome recycling factor  70.59 
 
 		 187 aa  276  1e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.22214 
 
 
-
 
NC_004310  BR1159  ribosome recycling factor  63.98 
 
 		 186 aa  253  2.0000000000000002e-66  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.87156  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1116  ribosome recycling factor  63.98 
 
 		 186 aa  253  2.0000000000000002e-66  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2032  ribosome recycling factor  64.52 
 
 		 186 aa  252  2.0000000000000002e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1134  ribosome recycling factor  65.59 
 
 		 186 aa  245  2e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.714895  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1586  ribosome recycling factor  63.74 
 
 		 186 aa  238  4e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2521  ribosome recycling factor  61.29 
 
 		 186 aa  238  4e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.277739  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1779  ribosome recycling factor  63.44 
 
 		 186 aa  237  6.999999999999999e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0586  ribosome recycling factor  63.48 
 
 		 186 aa  234  4e-61  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.138909  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3193  ribosome recycling factor  59.89 
 
 		 187 aa  234  5.0000000000000005e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1384  ribosome recycling factor  60.44 
 
 		 186 aa  233  1.0000000000000001e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1957  ribosome recycling factor  62.78 
 
 		 184 aa  232  2.0000000000000002e-60  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1383  ribosome recycling factor  56.99 
 
 		 186 aa  228  4e-59  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.103554  normal  0.0434538 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1589  ribosome recycling factor  58.29 
 
 		 191 aa  223  1e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.609942  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0463  ribosome recycling factor  61.33 
 
 		 185 aa  218  3.9999999999999997e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.9984 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1372  ribosome recycling factor  62.42 
 
 		 185 aa  216  2e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0601267  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2554  ribosome recycling factor  57.22 
 
 		 188 aa  214  5e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3994  ribosome recycling factor  53.3 
 
 		 187 aa  209  2e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.544367  normal  0.379983 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1363  ribosome recycling factor  53.85 
 
 		 188 aa  207  5e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00468039 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2152  ribosome recycling factor  53.85 
 
 		 188 aa  207  5e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.536233  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2706  ribosome recycling factor  53.85 
 
 		 188 aa  207  8e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.957438  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0370  ribosome recycling factor  55.62 
 
 		 188 aa  206  1e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0210399  normal  0.193594 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1413  ribosome recycling factor  55.49 
 
 		 187 aa  206  2e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.889728  normal  0.194184 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2458  ribosome recycling factor  55.49 
 
 		 243 aa  204  7e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000401081 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1494  ribosome recycling factor  56.82 
 
 		 188 aa  203  1e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.280653  normal  0.717223 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1843  ribosome recycling factor  53.89 
 
 		 185 aa  203  1e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.773787 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2802  ribosome recycling factor  58.52 
 
 		 188 aa  201  4e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00257577  normal  0.633294 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2919  ribosome recycling factor  53.98 
 
 		 186 aa  197  7.999999999999999e-50  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.174611 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1422  ribosome recycling factor  52.78 
 
 		 187 aa  196  2.0000000000000003e-49  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0768793  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1918  ribosome recycling factor  48.89 
 
 		 185 aa  195  3e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3706  ribosome recycling factor  53.45 
 
 		 185 aa  195  3e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0497206  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1253  ribosome recycling factor  48.33 
 
 		 185 aa  193  1e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000298645  hitchhiker  0.00105804 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3730  ribosome recycling factor  50.56 
 
 		 185 aa  191  4e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000151569  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0581  ribosome recycling factor  52.6 
 
 		 184 aa  191  4e-48  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1128  ribosome recycling factor  51.15 
 
 		 184 aa  191  4e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.440044  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0574  ribosome recycling factor  50.86 
 
 		 184 aa  191  4e-48  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.165551  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1438  ribosome recycling factor  54.24 
 
 		 186 aa  191  5e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.389466  hitchhiker  0.000418835 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1401  ribosome recycling factor  46.24 
 
 		 186 aa  191  6e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.100309  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2112  ribosome recycling factor  50 
 
 		 186 aa  190  1e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1918  ribosome recycling factor  52.6 
 
 		 185 aa  189  1e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  6.36169e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0885  ribosome recycling factor  52.22 
 
 		 185 aa  190  1e-47  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000127588  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1144  ribosome recycling factor  52.78 
 
 		 185 aa  189  2e-47  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000279866  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1878  ribosome recycling factor  53.67 
 
 		 186 aa  189  2e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.556612  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0519  ribosome recycling factor  49.44 
 
 		 186 aa  189  2e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0826  ribosome recycling factor  52.22 
 
 		 184 aa  189  2.9999999999999997e-47  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000458151  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2452  ribosome recycling factor  52.57 
 
 		 186 aa  188  4e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.26871  hitchhiker  0.00149746 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1321  ribosome recycling factor  53.45 
 
 		 185 aa  188  4e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.198825  hitchhiker  0.00000000000000123018 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2291  ribosome recycling factor  53.45 
 
 		 185 aa  188  4e-47  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.000106212  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1658  ribosome recycling factor  54.6 
 
 		 184 aa  187  8e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.375108  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3675  ribosome recycling factor  52.87 
 
 		 185 aa  187  9e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.979275  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3962  ribosome recycling factor  52.87 
 
 		 185 aa  187  9e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.60954  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2753  ribosome recycling factor  48.89 
 
 		 185 aa  187  9e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.63878  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1407  ribosome recycling factor  51.63 
 
 		 186 aa  186  1e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1512  ribosome recycling factor  51.15 
 
 		 185 aa  186  1e-46  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00300903  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3565  ribosome recycling factor  52.87 
 
 		 185 aa  187  1e-46  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.603259  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3583  ribosome recycling factor  52.87 
 
 		 185 aa  187  1e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3836  ribosome recycling factor  52.87 
 
 		 185 aa  187  1e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  3.64109e-62 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1685  ribosome recycling factor  52.27 
 
 		 186 aa  186  1e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2036  ribosome recycling factor  52.22 
 
 		 186 aa  187  1e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3865  ribosome recycling factor  52.3 
 
 		 185 aa  186  2e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00928808  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1488  ribosome recycling factor  48.33 
 
 		 185 aa  186  2e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0169142 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3871  ribosome recycling factor  52.3 
 
 		 185 aa  186  2e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0168076  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1345  ribosome recycling factor  51.63 
 
 		 186 aa  186  2e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0459515  normal  0.505766 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3922  ribosome recycling factor  52.3 
 
 		 185 aa  186  2e-46  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0969461  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2379  ribosome recycling factor  48.88 
 
 		 184 aa  186  2e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1783  ribosome recycling factor  50.28 
 
 		 185 aa  185  3e-46  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00108157  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2476  ribosome recycling factor  51.72 
 
 		 185 aa  185  3e-46  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000697706  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1281  ribosome recycling factor  51.08 
 
 		 186 aa  185  3e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.208847 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1527  ribosome recycling factor  52.57 
 
 		 185 aa  185  4e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00139576  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1335  ribosome recycling factor  51.09 
 
 		 186 aa  184  5e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.43872  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1325  ribosome recycling factor  49.46 
 
 		 186 aa  184  6e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0289556  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1552  ribosome recycling factor  49.46 
 
 		 186 aa  184  6e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2053  ribosome recycling factor  49.46 
 
 		 186 aa  184  6e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2580  ribosome recycling factor  49.46 
 
 		 186 aa  184  6e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3258  ribosome recycling factor  49.46 
 
 		 186 aa  184  6e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.797404  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2490  ribosome recycling factor  49.46 
 
 		 186 aa  184  6e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2434  ribosome recycling factor  49.46 
 
 		 186 aa  184  6e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0313731  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3647  ribosome recycling factor  52.3 
 
 		 185 aa  184  7e-46  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0174734  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2036  ribosome recycling factor  50.85 
 
 		 186 aa  184  7e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.605835  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6061  ribosome recycling factor  50.85 
 
 		 186 aa  184  7e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.791603  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2016  ribosome recycling factor  50.85 
 
 		 186 aa  184  7e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1813  ribosome recycling factor  51.72 
 
 		 184 aa  184  8e-46  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000182094  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1003  ribosome recycling factor  49.44 
 
 		 183 aa  184  9e-46  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000111257  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2030  ribosome recycling factor  50 
 
 		 186 aa  183  1.0000000000000001e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1918  ribosome recycling factor  50.28 
 
 		 186 aa  183  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.415446 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>