More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_1107 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_3053  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  42.76 
 
 
1038 aa  795    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1543  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  62.26 
 
 
1033 aa  1326    Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2271  type I restriction-modification system endonuclease  69.96 
 
 
1009 aa  1425    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1501  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  67.79 
 
 
1034 aa  1451    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.573056  normal  0.735582 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2179  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  69.78 
 
 
1007 aa  1449    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0502  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  70.34 
 
 
1015 aa  1475    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.840857 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3473  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  41.84 
 
 
1037 aa  805    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1853  type I restriction enzyme EcoR124II R protein  47.52 
 
 
989 aa  938    Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1410  type I restriction enzyme EcoR124II R protein (R.EcoR124II)  43.59 
 
 
1031 aa  798    Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.643236  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1956  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family protein  41.56 
 
 
1037 aa  799    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.160894  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4396  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  43.06 
 
 
1038 aa  816    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.806316  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1107  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  100 
 
 
1013 aa  2081    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0775  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  41.1 
 
 
1041 aa  776    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0082  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  61.81 
 
 
1014 aa  1323    Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0348133  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2424  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  73.84 
 
 
1016 aa  1546    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.831432  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1841  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  38.13 
 
 
953 aa  627  1e-178  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5242  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  38.1 
 
 
974 aa  619  1e-176  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3349  type I restriction-modification system R subunit  38.68 
 
 
963 aa  609  1e-173  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.531995  normal  0.015033 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0897  HsdR-like, putative type I restriction deoxyribonuclease  41.14 
 
 
1294 aa  605  1.0000000000000001e-171  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0180  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  37.71 
 
 
929 aa  555  1e-156  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.634319  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0185  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  37.71 
 
 
929 aa  555  1e-156  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2474  type I restriction-modification system, R subunit  35.59 
 
 
930 aa  523  1e-147  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.081777  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2398  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  33.07 
 
 
1015 aa  454  1.0000000000000001e-126  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.632036  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2381  type I restriction-modification system, R subunit  34.22 
 
 
1032 aa  451  1e-125  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2012  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  34.22 
 
 
1032 aa  451  1e-125  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1215  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.87 
 
 
990 aa  441  9.999999999999999e-123  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3553  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.96 
 
 
984 aa  439  1e-121  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0447  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  32.38 
 
 
989 aa  439  1e-121  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.926177  hitchhiker  0.0000000581329 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3719  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.22 
 
 
1023 aa  428  1e-118  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0134  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.33 
 
 
1015 aa  428  1e-118  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.363012 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0929  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.53 
 
 
990 aa  428  1e-118  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.379173  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0448  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  37.17 
 
 
872 aa  421  1e-116  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0363122  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1088  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.66 
 
 
1025 aa  418  9.999999999999999e-116  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0870888  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0743  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.76 
 
 
999 aa  416  1e-114  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.575824  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0747  type I restriction-modification system restriction subunit  30.13 
 
 
996 aa  307  5.0000000000000004e-82  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4084  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.35 
 
 
1061 aa  295  3e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3674  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.89 
 
 
1075 aa  294  5e-78  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4384  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.94 
 
 
1061 aa  288  2.9999999999999996e-76  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4164  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.21 
 
 
1076 aa  287  9e-76  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0160364 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0559  type I site-specific deoxyribonuclease, restriction subunit  31.38 
 
 
1066 aa  283  1e-74  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.193671  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01119  type I restriction enzyme, R subunit  29.6 
 
 
1174 aa  279  2e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3538  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.4 
 
 
1082 aa  277  6e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0228194  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1913  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.84 
 
 
1039 aa  275  4.0000000000000004e-72  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.0328667 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2726  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.75 
 
 
1041 aa  274  6e-72  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1962  type I site-specific restriction-modification system R subunit  30.91 
 
 
1095 aa  256  2.0000000000000002e-66  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03160  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.99 
 
 
1077 aa  253  1e-65  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000937778 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3955  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.18 
 
 
1042 aa  253  2e-65  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3666  Type I site-specific deoxyribonuclease  32.61 
 
 
881 aa  224  4.9999999999999996e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.616224  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0948  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  27.41 
 
 
1030 aa  201  6e-50  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000221808  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0985  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  27.6 
 
 
1023 aa  196  2e-48  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271239  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0861  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.38 
 
 
1031 aa  172  4e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2927  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.16 
 
 
1020 aa  169  2e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0874  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.75 
 
 
1041 aa  162  2e-38  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4202  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.35 
 
 
1034 aa  161  6e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2793  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.93 
 
 
1012 aa  160  1e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.81193  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0616  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.25 
 
 
1024 aa  158  4e-37  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.945786  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4345  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.25 
 
 
920 aa  157  1e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1804  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  25.61 
 
 
1068 aa  153  2e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0567  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.91 
 
 
1087 aa  152  3e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0552282  hitchhiker  0.00000000000212216 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1115  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.89 
 
 
1107 aa  152  3e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3081  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.33 
 
 
1027 aa  151  7e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0842  type I restriction-modification enzyme, R subunit  25.95 
 
 
967 aa  150  1.0000000000000001e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.156677  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0790  type I restriction-modification enzyme, R subunit  25.95 
 
 
967 aa  150  1.0000000000000001e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.225053  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04460  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.67 
 
 
1010 aa  149  2.0000000000000003e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0402  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.11 
 
 
1055 aa  148  4.0000000000000006e-34  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2281  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.3 
 
 
986 aa  148  6e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000865916 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0101  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  27.92 
 
 
986 aa  147  1e-33  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2218  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.34 
 
 
975 aa  146  2e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3424  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.85 
 
 
984 aa  146  2e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2596  type I restriction-modification system, R subunit  23.5 
 
 
1059 aa  146  2e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1775  type I restriction-modification system restriction subunit  25.42 
 
 
1041 aa  145  3e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0289  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.9 
 
 
1044 aa  145  3e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2923  R (restriction) subunit/helicase  26.07 
 
 
984 aa  145  4e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0948  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.06 
 
 
1054 aa  145  5e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  unclonable  0.0000568458 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4621  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.47 
 
 
1028 aa  144  6e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.250071 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4470  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  23.67 
 
 
1084 aa  144  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.566129  normal  0.610404 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0430  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  23.72 
 
 
1030 aa  142  1.9999999999999998e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0157  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.81 
 
 
1096 aa  143  1.9999999999999998e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0245  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.55 
 
 
1038 aa  142  3.9999999999999997e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2392  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  23.56 
 
 
1044 aa  142  3.9999999999999997e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0380  type I restriction-modification system, R subunit  24.82 
 
 
1033 aa  140  1e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1308  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  25.67 
 
 
1077 aa  140  2e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.181512 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1898  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.5 
 
 
981 aa  139  2e-31  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2674  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  23.68 
 
 
1027 aa  140  2e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4244  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  23.73 
 
 
1084 aa  139  2e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00104553 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1217  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.04 
 
 
1065 aa  139  3.0000000000000003e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2197  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24 
 
 
1063 aa  137  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.511328  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1156  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  25.15 
 
 
974 aa  137  9.999999999999999e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.159677  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3142  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.36 
 
 
1053 aa  137  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.311039  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0841  type I restriction-modification system, R subunit  26.01 
 
 
973 aa  137  9.999999999999999e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0969  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  26.01 
 
 
973 aa  137  9.999999999999999e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.301095 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1124  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  24.12 
 
 
1084 aa  136  1.9999999999999998e-30  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1944  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  23.63 
 
 
1034 aa  136  1.9999999999999998e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.31477 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1534  type I restriction-modification enzyme, R subunit  24.09 
 
 
1031 aa  136  1.9999999999999998e-30  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0146067  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2507  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.03 
 
 
1068 aa  135  3e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.351896  normal  0.319546 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0334  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.49 
 
 
1075 aa  135  3e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1092  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.14 
 
 
965 aa  135  3e-30  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.20335  normal  0.270177 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0843  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.5 
 
 
993 aa  135  3.9999999999999996e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2283  Type I site-specific deoxyribonuclease  25.94 
 
 
1044 aa  135  3.9999999999999996e-30  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17680  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.19 
 
 
1035 aa  135  3.9999999999999996e-30  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>