63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_3578 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010725  Mpop_3578  hypothetical protein  100 
 
 		 188 aa  365  1e-100  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.21296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3696  hypothetical protein  85.64 
 
 		 188 aa  280  1e-74  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.87171 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3387  hypothetical protein  84.04 
 
 		 209 aa  272  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.483515 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1503  PAS domain-containing protein  41.48 
 
 		 186 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.355958  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6284  PAS domain-containing protein  33.15 
 
 		 223 aa  82.4  0.000000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2371  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.25 
 
 		 1171 aa  61.2  0.000000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.516834  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0132  PAS domain-containing protein  29.82 
 
 		 206 aa  59.7  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.433683  normal  0.272922 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2234  signal transduction histidine kinase  30.13 
 
 		 1676 aa  58.2  0.00000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.900765 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4253  PAS domain-containing protein  31.15 
 
 		 202 aa  57  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.486718  normal  0.280959 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5109  PAS fold-3 domain protein  29.03 
 
 		 197 aa  56.6  0.0000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.924849 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5882  PAS domain-containing protein  27.89 
 
 		 202 aa  55.1  0.0000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.683919 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3718  PAS domain-containing protein  30.57 
 
 		 211 aa  52.4  0.000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.243172 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3746  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.85 
 
 		 688 aa  51.2  0.000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.632054  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2137  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.35 
 
 		 943 aa  50.8  0.00001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1761  PAS domain-containing protein  27.17 
 
 		 199 aa  50.8  0.00001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0942  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.53 
 
 		 1009 aa  50.4  0.00001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.808539  normal  0.370393 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3532  PAS  27.5 
 
 		 691 aa  50.1  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.804686  normal  0.0772354 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4307  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.11 
 
 		 806 aa  49.3  0.00003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.767019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.31 
 
 		 686 aa  48.5  0.00005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1396  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.03 
 
 		 721 aa  48.1  0.00007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.814379  normal  0.333041 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0437  PAS sensor protein  30.83 
 
 		 1225 aa  48.1  0.00008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.719852  normal  0.440419 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1870  sensory box histidine kinase/response regulator  27.73 
 
 		 691 aa  48.1  0.00008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0471  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.83 
 
 		 1225 aa  47.4  0.0001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221036  normal  0.153067 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0508  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.17 
 
 		 1215 aa  46.6  0.0002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.722414  normal  0.07841 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3565  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.52 
 
 		 641 aa  47  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.33 
 
 		 689 aa  46.6  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.800994 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1400  PAS sensor signal transduction histidine kinase  24.16 
 
 		 938 aa  47  0.0002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2359  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.91 
 
 		 767 aa  46.2  0.0003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3083  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.11 
 
 		 845 aa  46.2  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.77 
 
 		 989 aa  46.2  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3087  ATP-binding region, ATPase-like  26.72 
 
 		 847 aa  45.8  0.0004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.373882  normal  0.0754896 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1778  PAS  26.67 
 
 		 956 aa  45.8  0.0004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.584017  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0418  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.85 
 
 		 572 aa  45.4  0.0005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2292  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.87 
 
 		 793 aa  45.4  0.0005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1449  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.67 
 
 		 977 aa  44.7  0.0007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.416631 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1198  PAS fold-3 domain protein  29.36 
 
 		 187 aa  45.1  0.0007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.306365  normal  0.767323 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5228  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.71 
 
 		 1224 aa  44.7  0.0008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2578  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.5 
 
 		 527 aa  43.1  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.376758  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6445  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.52 
 
 		 830 aa  42.7  0.003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0224728  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0386  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.61 
 
 		 674 aa  42.7  0.003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.963585  normal  0.451057 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3300  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.45 
 
 		 745 aa  43.1  0.003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.705901 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2325  PAS domain-containing protein  36.36 
 
 		 204 aa  42.7  0.003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.347641  normal  0.764067 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0770  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.8 
 
 		 814 aa  43.1  0.003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.486726  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3902  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.93 
 
 		 990 aa  42.4  0.004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2554  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.73 
 
 		 551 aa  42.4  0.004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.344016  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1907  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.76 
 
 		 494 aa  42  0.005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3696  sensory box histidine kinase/response regulator  27.59 
 
 		 827 aa  42  0.005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.652711  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0238  multi-component transcriptional regulator  26.12 
 
 		 1629 aa  42  0.005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.56 
 
 		 1147 aa  42  0.005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1009  sensory box histidine kinase/response regulator  21.47 
 
 		 463 aa  42  0.006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.82 
 
 		 519 aa  42  0.006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0519  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.91 
 
 		 1532 aa  41.6  0.006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1455  PAS sensor protein  28.68 
 
 		 1092 aa  41.6  0.007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.534076  normal  0.193101 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3331  signal transduction histidine kinase  23.78 
 
 		 503 aa  41.6  0.007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3367  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.57 
 
 		 1059 aa  41.2  0.008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.049018 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1730  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.68 
 
 		 1103 aa  41.2  0.008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.747769  normal  0.0625523 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3508  diguanylate cyclase  30.36 
 
 		 358 aa  41.2  0.008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00123099  normal  0.413 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4878  PAS domain-containing protein  30.12 
 
 		 155 aa  41.2  0.009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2336  signal transduction histidine kinase  26.06 
 
 		 3706 aa  41.2  0.009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2066  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.46 
 
 		 1167 aa  41.2  0.009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.082343  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5716  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.04 
 
 		 700 aa  41.2  0.009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00700823 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2215  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.76 
 
 		 810 aa  41.2  0.01  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0910  sensory box histidine kinase/response regulator  22.22 
 
 		 463 aa  41.2  0.01  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>