More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_2260 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_2260  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  100 
 
 		 198 aa  402  1e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2148  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  51.53 
 
 		 207 aa  210  1e-53  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0323042  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0083  isopropylmalate isomerase small subunit  48.99 
 
 		 201 aa  202  3e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.384389  normal  0.18722 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0123  isopropylmalate isomerase small subunit  48.99 
 
 		 201 aa  201  6e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1424  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  46.94 
 
 		 201 aa  201  8e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1190  isopropylmalate isomerase small subunit  49.21 
 
 		 207 aa  199  1.9999999999999998e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0342  isopropylmalate isomerase small subunit  45.45 
 
 		 201 aa  197  6e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2791  isopropylmalate isomerase small subunit  46.97 
 
 		 201 aa  197  9e-50  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.204605  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0498  isopropylmalate isomerase small subunit  45.45 
 
 		 201 aa  195  3e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.701221  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0234  isopropylmalate isomerase small subunit  45.45 
 
 		 201 aa  195  4.0000000000000005e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0216  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  48.19 
 
 		 201 aa  195  4.0000000000000005e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.247072  normal  0.136168 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3591  isopropylmalate isomerase small subunit  46.63 
 
 		 201 aa  194  7e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0159  isopropylmalate isomerase small subunit  47.12 
 
 		 201 aa  194  7e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.949563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1185  isopropylmalate isomerase small subunit  45.83 
 
 		 201 aa  194  9e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.840345  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0351  isopropylmalate isomerase small subunit  47.15 
 
 		 200 aa  193  1e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.289741 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2522  isopropylmalate isomerase small subunit  45.45 
 
 		 201 aa  193  1e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.68534  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1517  isopropylmalate isomerase small subunit  48.72 
 
 		 214 aa  192  3e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0857683  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0230  isopropylmalate isomerase small subunit  44.44 
 
 		 201 aa  192  3e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00838951 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1246  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  50 
 
 		 212 aa  191  4e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1986  isopropylmalate isomerase small subunit  48.72 
 
 		 214 aa  191  7e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.373676  hitchhiker  0.00883462 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3269  isopropylmalate isomerase small subunit  44.95 
 
 		 209 aa  191  8e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0883  isopropylmalate isomerase small subunit  45.08 
 
 		 201 aa  190  1e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0862  isopropylmalate isomerase small subunit  46.6 
 
 		 201 aa  190  1e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2521  isopropylmalate isomerase small subunit  46.6 
 
 		 201 aa  190  1e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0588786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3773  isopropylmalate isomerase small subunit  48.21 
 
 		 214 aa  190  1e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2509  isopropylmalate isomerase small subunit  45.45 
 
 		 201 aa  189  2e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1229  isopropylmalate isomerase small subunit  47.03 
 
 		 218 aa  189  2e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  0.103885 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1147  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  46.46 
 
 		 201 aa  189  2.9999999999999997e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00108201 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2722  isopropylmalate isomerase small subunit  51.3 
 
 		 215 aa  188  5e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0158135  normal  0.102803 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0827  isopropylmalate isomerase small subunit  44.56 
 
 		 211 aa  188  5e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1890  isopropylmalate isomerase small subunit  48.21 
 
 		 214 aa  187  5.999999999999999e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.125264  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0796  isopropylmalate isomerase small subunit  44.88 
 
 		 214 aa  187  7e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.030547  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1718  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  47.15 
 
 		 216 aa  186  2e-46  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1704  isopropylmalate isomerase small subunit  44.93 
 
 		 214 aa  186  2e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.045793  hitchhiker  0.00210823 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1446  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  47.5 
 
 		 215 aa  185  3e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00452839  normal  0.703119 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1382  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  47.5 
 
 		 215 aa  185  3e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.758839  normal  0.419844 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0041  isopropylmalate isomerase small subunit  47.67 
 
 		 200 aa  184  5e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1549  isopropylmalate isomerase small subunit  47.18 
 
 		 214 aa  184  5e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.226385 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4358  isopropylmalate isomerase small subunit  43.43 
 
 		 201 aa  184  6e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3297  isopropylmalate isomerase small subunit  44.56 
 
 		 201 aa  184  6e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2452  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  45.89 
 
 		 215 aa  183  1.0000000000000001e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.162518  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0963  isopropylmalate isomerase small subunit  46.63 
 
 		 200 aa  183  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23760  isopropylmalate isomerase small subunit  49.21 
 
 		 212 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0177244 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1780  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  44.88 
 
 		 213 aa  184  1.0000000000000001e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.972609  hitchhiker  0.00157972 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1564  isopropylmalate isomerase small subunit  47 
 
 		 215 aa  183  2.0000000000000003e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.126411  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2174  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  46.67 
 
 		 213 aa  182  3e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.478942  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1984  isopropylmalate isomerase small subunit  46.15 
 
 		 213 aa  182  3e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.238956  normal  0.0387343 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0742  isopropylmalate isomerase small subunit  46.15 
 
 		 200 aa  182  3e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.843634  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0372  isopropylmalate isomerase small subunit  46.39 
 
 		 201 aa  181  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1013  isopropylmalate isomerase small subunit  46.04 
 
 		 214 aa  181  5.0000000000000004e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4222  isopropylmalate isomerase small subunit  43.52 
 
 		 202 aa  181  6e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.233647 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2013  isopropylmalate isomerase small subunit  48.69 
 
 		 212 aa  181  6e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0256303  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1222  isopropylmalate isomerase small subunit  47.03 
 
 		 217 aa  181  6e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.489719  normal  0.012692 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1484  isopropylmalate isomerase small subunit  49.21 
 
 		 215 aa  181  7e-45  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1939  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  49.23 
 
 		 200 aa  181  7e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3040  isopropylmalate isomerase small subunit  44.93 
 
 		 216 aa  181  8.000000000000001e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3898  isopropylmalate isomerase small subunit  43.52 
 
 		 202 aa  181  9.000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.106034  normal  0.223457 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1676  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  48.15 
 
 		 215 aa  180  1e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3028  isopropylmalate isomerase small subunit  43.43 
 
 		 201 aa  180  1e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.295047 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2915  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  47.25 
 
 		 195 aa  180  1e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0040  isopropylmalate isomerase small subunit  46.07 
 
 		 200 aa  180  1e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00442875 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1811  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  46.8 
 
 		 240 aa  179  2e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.382373  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1541  isopropylmalate isomerase small subunit  48.69 
 
 		 215 aa  179  2e-44  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.466229  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1342  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  48.42 
 
 		 216 aa  179  2e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.331592  normal  0.464834 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02612  isopropylmalate isomerase small subunit  49.22 
 
 		 215 aa  179  2.9999999999999997e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2085  isopropylmalate isomerase small subunit  46.27 
 
 		 215 aa  179  2.9999999999999997e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34270  3-isopropylmalate dehydratase small subunit , LeuD  48.69 
 
 		 215 aa  178  4e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1989  isopropylmalate isomerase small subunit  45.54 
 
 		 216 aa  178  4e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.108393  normal  0.122057 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3281  isopropylmalate isomerase small subunit  46.67 
 
 		 207 aa  178  4e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.186191  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0340  isopropylmalate isomerase small subunit  45.88 
 
 		 201 aa  178  4e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0296  isopropylmalate isomerase small subunit  45.88 
 
 		 201 aa  178  4e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.447651 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2144  isopropylmalate isomerase small subunit  45.05 
 
 		 216 aa  178  4e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.536498  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1820  isopropylmalate isomerase small subunit  45.05 
 
 		 216 aa  178  4.999999999999999e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.656478  normal  0.647684 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0423  3-isopropylmalate dehydratase small subunit  47.15 
 
 		 194 aa  177  8e-44  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0497347 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2224  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  46.35 
 
 		 202 aa  177  1e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.724185  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3609  isopropylmalate isomerase small subunit  45.77 
 
 		 216 aa  177  1e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.329907 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2092  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  48.22 
 
 		 216 aa  177  1e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0181351  normal  0.809899 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4628  isopropylmalate isomerase small subunit  45.27 
 
 		 216 aa  177  1e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2132  isopropylmalate isomerase small subunit  46.27 
 
 		 216 aa  176  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0198572 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3232  isopropylmalate isomerase small subunit  46.27 
 
 		 216 aa  176  2e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0869271  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1794  isopropylmalate isomerase small subunit  46.04 
 
 		 216 aa  176  2e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.266254  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2473  isopropylmalate isomerase small subunit  44.78 
 
 		 216 aa  176  2e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0929979  normal  0.412419 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2585  isopropylmalate isomerase small subunit  46.27 
 
 		 216 aa  176  2e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3408  isopropylmalate isomerase small subunit  46.99 
 
 		 200 aa  176  3e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1412  isopropylmalate isomerase small subunit  43.56 
 
 		 216 aa  175  3e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.162707  normal  0.547785 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3846  isopropylmalate isomerase small subunit  46.27 
 
 		 216 aa  175  3e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.817461 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3342  isopropylmalate isomerase small subunit  46.27 
 
 		 216 aa  175  3e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1421  isopropylmalate isomerase small subunit  45.27 
 
 		 216 aa  175  4e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3538  isopropylmalate isomerase small subunit  46.45 
 
 		 200 aa  175  4e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1573  isopropylmalate isomerase small subunit  45.79 
 
 		 216 aa  175  4e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.292006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2939  isopropylmalate isomerase small subunit  46.45 
 
 		 200 aa  175  4e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1727  isopropylmalate isomerase small subunit  45.27 
 
 		 216 aa  175  5e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0522  isopropylmalate isomerase small subunit  45.27 
 
 		 216 aa  175  5e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.503105  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1642  isopropylmalate isomerase small subunit  45.27 
 
 		 216 aa  175  5e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.865269  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0776  isopropylmalate isomerase small subunit  45.27 
 
 		 216 aa  175  5e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0211151  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2452  isopropylmalate isomerase small subunit  45.27 
 
 		 216 aa  175  5e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.250936  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3577  isopropylmalate isomerase small subunit  45.77 
 
 		 216 aa  175  5e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.613877 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1851  isopropylmalate isomerase small subunit  45.27 
 
 		 216 aa  175  5e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.30576  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2314  isopropylmalate isomerase small subunit  45.27 
 
 		 216 aa  175  5e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3951  isopropylmalate isomerase small subunit  45.77 
 
 		 216 aa  175  5e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.319749 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>