More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_6525 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_6726  AMP-dependent synthetase and ligase  80.47 
 
 
473 aa  697    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.149024  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6525  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
487 aa  931    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0358165 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0995  AMP-dependent synthetase and ligase  57.68 
 
 
460 aa  481  1e-134  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.537701  normal  0.314251 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5076  AMP-dependent synthetase and ligase  58.89 
 
 
459 aa  474  1e-132  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.273302  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1098  AMP-dependent synthetase and ligase  58.18 
 
 
460 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5054  AMP-dependent synthetase and ligase  53.26 
 
 
453 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.606706 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4593  AMP-dependent synthetase and ligase  52.51 
 
 
453 aa  398  1e-109  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.158973 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3072  hypothetical protein  33.26 
 
 
448 aa  206  6e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0576  AMP-dependent synthetase and ligase  36.62 
 
 
441 aa  202  8e-51  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1373  AMP-dependent synthetase and ligase  34.88 
 
 
383 aa  182  1e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.826102 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1323  acyl-CoA synthetases (AMP-forming)/AMP-acid ligases II-like protein  34.06 
 
 
380 aa  150  4e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3107  Acyl-CoA synthetases (AMP-forming)/AMP-acid ligases II-like protein  30.65 
 
 
379 aa  138  2e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3967  AMP-dependent synthetase and ligase  30.72 
 
 
447 aa  123  8e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.923272  normal  0.0394514 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1127  AMP-dependent synthetase and ligase  31.13 
 
 
447 aa  120  4.9999999999999996e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3791  AMP-dependent synthetase and ligase  32.4 
 
 
446 aa  116  7.999999999999999e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.712407  normal  0.636512 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3063  AMP-dependent synthetase and ligase  35.32 
 
 
446 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.214783  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0813  AMP-dependent synthetase and ligase  28.18 
 
 
449 aa  114  3e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1426  AMP-dependent synthetase and ligase  25.9 
 
 
449 aa  113  8.000000000000001e-24  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.745476  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3895  hypothetical protein  30.75 
 
 
446 aa  104  4e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.859841 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4047  AMP-dependent synthetase and ligase  26.57 
 
 
447 aa  99.8  9e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0495  putative methyltransferase  34.93 
 
 
798 aa  92  2e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.722631  normal  0.300307 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0993  AMP-dependent synthetase and ligase  26.46 
 
 
551 aa  88.6  2e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.058663  normal  0.472801 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3536  AMP-dependent synthetase and ligase  29.54 
 
 
530 aa  88.2  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0229  acyl-CoA synthetase  29.05 
 
 
571 aa  87.8  4e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3403  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  26.74 
 
 
579 aa  87.4  5e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5284  AMP-dependent synthetase and ligase  30.35 
 
 
503 aa  87  6e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  29.89 
 
 
565 aa  87  6e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0635723  normal  0.557335 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3898  AMP-dependent synthetase and ligase  40.83 
 
 
553 aa  87  7e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1256  hypothetical protein  27.61 
 
 
563 aa  86.3  0.000000000000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.956309  normal  0.567013 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2440  AMP-binding domain protein  25.71 
 
 
544 aa  86.3  0.000000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1249  AMP-dependent synthetase and ligase  29.97 
 
 
530 aa  86.3  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1467  AMP-binding domain protein  26.78 
 
 
578 aa  85.5  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2822  AMP-dependent synthetase and ligase  27.56 
 
 
430 aa  84.7  0.000000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0610  AMP-binding domain protein  26.59 
 
 
570 aa  84.3  0.000000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.920315  normal  0.508617 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4219  O-succinylbenzoate-CoA ligase  32.5 
 
 
491 aa  84.7  0.000000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.121755 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2441  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  30.07 
 
 
455 aa  84  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2172  AMP-binding protein  24.2 
 
 
559 aa  84  0.000000000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.69843 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3025  AMP-binding domain protein  24.3 
 
 
576 aa  84.3  0.000000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1835  AMP-dependent synthetase and ligase  27.45 
 
 
571 aa  84.3  0.000000000000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.0537163 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2490  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  28.05 
 
 
455 aa  84  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.285038  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2523  AMP-dependent synthetase and ligase  26.67 
 
 
472 aa  83.6  0.000000000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2533  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  30.27 
 
 
455 aa  83.6  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  30.51 
 
 
510 aa  83.6  0.000000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.371172  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2866  acyl-CoA synthetase  26 
 
 
569 aa  82.8  0.00000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1253  AMP-dependent synthetase and ligase  27.54 
 
 
567 aa  82.8  0.00000000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0805  AMP-dependent synthetase and ligase  32.01 
 
 
469 aa  83.2  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.197617  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2649  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  29.89 
 
 
455 aa  82.4  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.479728  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2947  AMP-binding domain protein  25.65 
 
 
575 aa  82.4  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.768033  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2568  AMP-dependent synthetase and ligase  29.45 
 
 
444 aa  82  0.00000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.087074 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0108  AMP-binding domain protein  25.65 
 
 
575 aa  82.4  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.969616  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3157  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.91 
 
 
569 aa  82  0.00000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.61239  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1874  amino acid adenylation domain-containing protein  26.39 
 
 
1553 aa  82  0.00000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2545  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  29.89 
 
 
455 aa  81.6  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.74544  normal  0.782551 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3695  AMP-dependent synthetase and ligase  37.9 
 
 
534 aa  81.6  0.00000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3892  AMP-binding domain protein  24.51 
 
 
576 aa  81.6  0.00000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.239396  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0256  AMP-dependent synthetase and ligase  33.78 
 
 
583 aa  81.3  0.00000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0139167 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0318  AMP-binding domain protein  26.04 
 
 
571 aa  81.3  0.00000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.922079  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5309  AMP-dependent synthetase and ligase  29.82 
 
 
517 aa  81.3  0.00000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0333  AMP-binding domain protein  27.07 
 
 
571 aa  80.9  0.00000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5134  acyl-CoA synthetase / AMP-dependent synthetase and ligase  30.18 
 
 
517 aa  80.9  0.00000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.93936 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2208  Non-ribosomal peptide synthetase modules and related protein-like protein  29.83 
 
 
1829 aa  81.3  0.00000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.190766  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1635  acyl-CoA synthetase  34.39 
 
 
571 aa  80.5  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0124  AMP-binding domain protein  25.43 
 
 
575 aa  80.5  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1956  non-ribosomal peptide synthetase, putative  25.98 
 
 
2967 aa  80.5  0.00000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2785  AMP-dependent synthetase and ligase  28.65 
 
 
534 aa  80.5  0.00000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.634484  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3995  AMP-dependent synthetase and ligase  34.68 
 
 
537 aa  80.5  0.00000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000737641  normal  0.189989 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2405  AMP-dependent synthetase and ligase  28.15 
 
 
382 aa  80.5  0.00000000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000618801  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1253  AMP-dependent synthetase and ligase  27.12 
 
 
585 aa  80.5  0.00000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1683  AMP-dependent synthetase and ligase  44.17 
 
 
535 aa  80.5  0.00000000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3290  AMP-binding domain protein  26.52 
 
 
575 aa  80.1  0.00000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0310  AMP-dependent synthetase and ligase  27.54 
 
 
533 aa  80.1  0.00000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.280778  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2201  non-ribosomal peptide synthetase/polyketide synthase  30.56 
 
 
2106 aa  79.7  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3040  long-chain acyl-CoA synthetase  25.48 
 
 
518 aa  79.7  0.0000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0042  AMP-binding domain protein  24.41 
 
 
576 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3097  AMP-dependent synthetase and ligase  34.01 
 
 
532 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3917  AMP-dependent synthetase and ligase  26.99 
 
 
521 aa  78.6  0.0000000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.287192  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2663  nonribosomal peptide synthetase  25.64 
 
 
2979 aa  79  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0108  AMP-binding domain protein  24.89 
 
 
575 aa  79.3  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1072  AMP-dependent synthetase and ligase  40 
 
 
532 aa  79  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.334483 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0324  putative AMP-dependent synthetase and ligase  30.64 
 
 
581 aa  79.3  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.235527 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0144  AMP-dependent synthetase and ligase  27.75 
 
 
504 aa  79  0.0000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.846465  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0279  O-succinylbenzoate-CoA ligase  26.02 
 
 
515 aa  79.3  0.0000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.384875  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0126  AMP-dependent synthetase and ligase  27.46 
 
 
504 aa  79  0.0000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5720  AMP-dependent synthetase and ligase  30.93 
 
 
490 aa  79  0.0000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.788062  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1358  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  24.7 
 
 
474 aa  78.2  0.0000000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0273591  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3958  AMP-dependent synthetase and ligase  29.33 
 
 
707 aa  78.2  0.0000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2866  AMP-dependent synthetase and ligase  28.57 
 
 
523 aa  78.6  0.0000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0155  AMP-dependent synthetase and ligase  24.27 
 
 
627 aa  78.6  0.0000000000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  35.81 
 
 
539 aa  78.2  0.0000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1674  AMP-dependent synthetase and ligase  38.02 
 
 
482 aa  78.2  0.0000000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1570  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.11 
 
 
566 aa  78.2  0.0000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000352834  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2361  AMP-dependent synthetase and ligase  25.57 
 
 
550 aa  77.8  0.0000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.727031  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0442  AMP-binding domain protein  25.86 
 
 
571 aa  77.4  0.0000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.89643  normal  0.841381 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7294  AMP-dependent synthetase and ligase  29.02 
 
 
498 aa  77.4  0.0000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.555041  normal  0.661427 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2287  AMP-dependent synthetase and ligase  26.37 
 
 
517 aa  77.4  0.0000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0108  AMP-binding domain protein  25 
 
 
575 aa  77.4  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.480818  normal  0.901201 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3397  putative acyl-CoA synthetase  27.5 
 
 
487 aa  77.4  0.0000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000328884 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2699  AMP-binding enzyme, putative long chain fatty acid Co-A ligase, acetyl-CoA synthetase  25.14 
 
 
514 aa  77.4  0.0000000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003081  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.21 
 
 
513 aa  77.4  0.0000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000326821  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0099  AMP-binding domain protein  26.08 
 
 
575 aa  77.4  0.0000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>