More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1214 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_1214  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
380 aa  767    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1650  extracellular ligand-binding receptor  68.6 
 
 
393 aa  530  1e-149  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.154413  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3686  extracellular ligand-binding receptor  71.11 
 
 
383 aa  529  1e-149  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1848  extracellular ligand-binding receptor  65.78 
 
 
389 aa  516  1.0000000000000001e-145  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0671771  normal  0.122571 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3679  extracellular ligand-binding receptor  66.67 
 
 
407 aa  498  1e-140  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1027  extracellular ligand-binding receptor  59.73 
 
 
384 aa  454  1e-127  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.000000299575  normal  0.161964 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6118  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  50.13 
 
 
379 aa  377  1e-103  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.147292 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.69 
 
 
376 aa  126  7e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0523  Extracellular ligand-binding receptor  28.38 
 
 
390 aa  120  3.9999999999999996e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0215267  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  29.37 
 
 
382 aa  119  9e-26  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1695  extracellular ligand-binding receptor  29.32 
 
 
381 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2086  Extracellular ligand-binding receptor  30.08 
 
 
372 aa  117  3e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0355  extracellular ligand-binding receptor  29.64 
 
 
394 aa  117  5e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2556  branched chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  28.13 
 
 
392 aa  115  8.999999999999998e-25  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00169682  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0915  Extracellular ligand-binding receptor  29.58 
 
 
405 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  28.17 
 
 
384 aa  114  2.0000000000000002e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3706  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.06 
 
 
405 aa  114  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.209947  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6587  Extracellular ligand-binding receptor  28.1 
 
 
388 aa  114  3e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.08 
 
 
380 aa  112  7.000000000000001e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1164  Extracellular ligand-binding receptor  29.53 
 
 
404 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5995  extracellular ligand-binding receptor  29.69 
 
 
373 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.814001  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1866  extracellular ligand-binding receptor  27.3 
 
 
373 aa  112  2.0000000000000002e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1582  branched-chain amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  28.77 
 
 
388 aa  111  3e-23  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000809144  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  26.58 
 
 
374 aa  110  3e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1478  Extracellular ligand-binding receptor  26.16 
 
 
376 aa  110  6e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0090  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.36 
 
 
395 aa  110  6e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0960253  normal  0.350813 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6014  extracellular ligand-binding receptor  28.88 
 
 
387 aa  109  7.000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00769519 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2361  extracellular ligand-binding receptor  26.77 
 
 
383 aa  109  8.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00517611  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6489  extracellular ligand-binding receptor  28.48 
 
 
387 aa  108  1e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.225285  normal  0.518138 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0299  extracellular ligand-binding receptor  27.65 
 
 
403 aa  108  2e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102439  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6393  extracellular ligand-binding receptor  29.11 
 
 
383 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1429  Extracellular ligand-binding receptor  28.81 
 
 
386 aa  108  2e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0505624  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  31.27 
 
 
390 aa  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0095  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.27 
 
 
399 aa  107  4e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.237273 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5337  Extracellular ligand-binding receptor  29.05 
 
 
383 aa  107  5e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.958288  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.8 
 
 
396 aa  106  8e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1549  extracellular ligand-binding receptor  27.86 
 
 
392 aa  105  1e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  decreased coverage  0.000137786  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1661  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.85 
 
 
373 aa  105  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00010868  normal  0.0729717 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5696  extracellular ligand-binding receptor  27.81 
 
 
382 aa  105  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.668558  hitchhiker  0.00402648 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4261  extracellular ligand-binding receptor  28.25 
 
 
373 aa  105  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6456  extracellular ligand-binding receptor  29.11 
 
 
383 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.411469  normal  0.286463 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1861  Extracellular ligand-binding receptor  28.93 
 
 
379 aa  105  1e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.571716  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5317  extracellular ligand-binding receptor  27 
 
 
397 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.862776  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  27.86 
 
 
379 aa  105  2e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  27.6 
 
 
379 aa  104  2e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3937  extracellular ligand-binding receptor  27 
 
 
397 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.108497  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3583  extracellular ligand-binding receptor  27 
 
 
397 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.160701  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1798  extracellular ligand-binding receptor  27.83 
 
 
402 aa  104  3e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.637603  normal  0.0827017 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4008  extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 
373 aa  104  3e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.746913  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4359  extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 
373 aa  104  3e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  26.89 
 
 
394 aa  103  4e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  26.9 
 
 
380 aa  103  4e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0350  extracellular ligand-binding receptor  25.27 
 
 
376 aa  103  5e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000281139  normal  0.291499 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5833  extracellular ligand-binding receptor  29.8 
 
 
382 aa  103  6e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00373072 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4242  extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 
373 aa  103  6e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00000000756343  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2535  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27 
 
 
397 aa  103  6e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3768  extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 
373 aa  103  6e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.000000114958  normal  0.108164 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2607  Extracellular ligand-binding receptor  27.75 
 
 
372 aa  103  7e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2240  extracellular ligand-binding receptor  28.8 
 
 
394 aa  102  1e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1741  Extracellular ligand-binding receptor  27.62 
 
 
375 aa  102  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.734186  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  26.82 
 
 
376 aa  101  2e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1580  Extracellular ligand-binding receptor  25.76 
 
 
394 aa  101  2e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3105  Extracellular ligand-binding receptor  27.05 
 
 
389 aa  100  3e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0112  extracellular ligand-binding receptor  27.54 
 
 
381 aa  100  3e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3294  hypothetical protein  28.13 
 
 
383 aa  101  3e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.953272  normal  0.0380984 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2901  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.57 
 
 
376 aa  100  4e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.971399  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5431  extracellular ligand-binding receptor  28.34 
 
 
372 aa  100  4e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836307  normal  0.601412 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1651  Extracellular ligand-binding receptor  25.95 
 
 
392 aa  100  5e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.689603  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2962  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.57 
 
 
380 aa  100  5e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.49524  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0393  Extracellular ligand-binding receptor  27.27 
 
 
381 aa  100  5e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3057  Extracellular ligand-binding receptor  27.9 
 
 
398 aa  100  5e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2113  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  24.93 
 
 
399 aa  100  5e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3407  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.57 
 
 
380 aa  100  5e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.251793  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1639  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.57 
 
 
380 aa  100  5e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.516456  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3831  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.57 
 
 
380 aa  100  6e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0051  outative extracellular ligand binding protein  28.57 
 
 
380 aa  100  6e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3912  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.57 
 
 
380 aa  100  6e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2830  Extracellular ligand-binding receptor  32.1 
 
 
367 aa  100  6e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.345866 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2254  extracellular ligand-binding receptor  27.37 
 
 
376 aa  99.8  6e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1934  Extracellular ligand-binding receptor  27.15 
 
 
397 aa  99.8  7e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000937878  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0486  extracellular ligand-binding receptor  27.47 
 
 
374 aa  99.8  7e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.853674  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0398  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  28.38 
 
 
391 aa  99.8  7e-20  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.0000849541  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3158  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.29 
 
 
380 aa  99.8  8e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4327  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.37 
 
 
402 aa  99.8  8e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  27.17 
 
 
379 aa  99.4  9e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0186  extracellular ligand-binding receptor  28.66 
 
 
380 aa  99.4  9e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000207737 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0588  extracellular ligand-binding receptor  29.69 
 
 
399 aa  99.4  9e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.833048  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5102  extracellular ligand-binding receptor  26 
 
 
397 aa  99  1e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.294794 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0317  extracellular ligand-binding receptor  26.32 
 
 
382 aa  99  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00438106  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1131  extracellular ligand-binding receptor  24.93 
 
 
389 aa  98.6  1e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2502  extracellular ligand-binding receptor  26.8 
 
 
399 aa  99  1e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0260  extracellular ligand-binding receptor  28.29 
 
 
380 aa  98.6  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.962079 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2750  Extracellular ligand-binding receptor  27.81 
 
 
375 aa  99  1e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4053  extracellular ligand-binding receptor  26.77 
 
 
406 aa  98.6  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1785  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.1 
 
 
371 aa  98.6  2e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4808  extracellular ligand-binding receptor  28.3 
 
 
382 aa  98.6  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1720  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.1 
 
 
371 aa  98.6  2e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0192  extracellular ligand-binding receptor  28.36 
 
 
380 aa  98.2  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  28.03 
 
 
379 aa  98.2  2e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0278  extracellular ligand-binding receptor  28.29 
 
 
391 aa  98.6  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730585  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>