More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ksed_15330 on replicon NC_013169
Organism: Kytococcus sedentarius DSM 20547



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013169  Ksed_15330  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  100 
 
 
209 aa  404  1.0000000000000001e-112  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.436101  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2094  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  51.46 
 
 
202 aa  172  1.9999999999999998e-42  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1795  Holliday junction DNA helicase RuvA  53.55 
 
 
202 aa  173  1.9999999999999998e-42  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.115786  normal  0.0993939 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1809  Holliday junction DNA helicase RuvA  52.2 
 
 
200 aa  169  4e-41  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17520  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  51.67 
 
 
206 aa  165  5e-40  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.176122 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15070  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  48.95 
 
 
199 aa  161  5.0000000000000005e-39  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.180586  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2386  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  47.09 
 
 
200 aa  160  1e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2110  Holliday junction DNA helicase RuvA  49.51 
 
 
202 aa  160  2e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0297912  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1369  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.8 
 
 
205 aa  159  2e-38  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.0441824 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3395  Holliday junction DNA helicase RuvA  53.98 
 
 
207 aa  159  3e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00278946  hitchhiker  0.00000769998 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1799  Holliday junction DNA helicase RuvA  51.69 
 
 
200 aa  157  7e-38  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.215685  hitchhiker  0.000114407 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1935  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.63 
 
 
199 aa  156  2e-37  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0838  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.85 
 
 
206 aa  155  3e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0758722  normal  0.104485 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13950  Holliday junction DNA helicase, RuvA subunit  49.51 
 
 
205 aa  155  4e-37  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.190718  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1667  Holliday junction DNA helicase RuvA  49.27 
 
 
207 aa  155  4e-37  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.253855  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1993  Holliday junction DNA helicase RuvA  53.37 
 
 
200 aa  154  8e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0230385 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3827  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.67 
 
 
200 aa  153  2e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0335606  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1691  Holliday junction DNA helicase RuvA  48.79 
 
 
198 aa  152  5e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2301  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.1 
 
 
197 aa  151  8e-36  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2032  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.41 
 
 
213 aa  150  1e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000340991 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2302  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.7 
 
 
214 aa  150  1e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0640436  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12890  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.66 
 
 
214 aa  147  1.0000000000000001e-34  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.419715  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12613  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.84 
 
 
196 aa  146  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000939698  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1344  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  48.31 
 
 
196 aa  146  2.0000000000000003e-34  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.151452  normal  0.533304 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1370  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  48.37 
 
 
247 aa  143  2e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.903698  normal  0.141681 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2266  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.81 
 
 
196 aa  142  2e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2305  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.81 
 
 
196 aa  142  2e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.765847 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2313  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.81 
 
 
196 aa  142  2e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3054  Holliday junction DNA helicase RuvA  56.98 
 
 
209 aa  143  2e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.6375 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2064  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.93 
 
 
206 aa  141  8e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3177  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.26 
 
 
212 aa  136  3.0000000000000003e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6112  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  45.89 
 
 
206 aa  130  1.0000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.073965 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1112  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.06 
 
 
197 aa  129  3e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.810212  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1110  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.16 
 
 
203 aa  129  4.0000000000000003e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000255601  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2574  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.58 
 
 
195 aa  128  6e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.334415  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3825  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.05 
 
 
195 aa  127  8.000000000000001e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.790434  normal  0.237667 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5145  DNA recombination protein RuvA  50.28 
 
 
239 aa  124  1e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.0031109  decreased coverage  0.000116053 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2516  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.02 
 
 
197 aa  124  1e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2353  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.93 
 
 
208 aa  123  2e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2134  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.05 
 
 
195 aa  120  9.999999999999999e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.856024  hitchhiker  0.000118824 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0452  Holliday junction resolvasome DNA-binding subunit  35.41 
 
 
208 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0798924  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0837  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.96 
 
 
209 aa  115  3e-25  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0745  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.5 
 
 
199 aa  115  3.9999999999999997e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000883401  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0181  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.85 
 
 
202 aa  115  3.9999999999999997e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.595877  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1797  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.18 
 
 
214 aa  114  8.999999999999998e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00113537 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12850  Holliday junction DNA helicase, RuvA subunit  38.67 
 
 
194 aa  114  1.0000000000000001e-24  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3772  Holliday junction DNA helicase RuvA  50 
 
 
197 aa  113  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  unclonable  0.00000550538 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1661  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.28 
 
 
199 aa  112  4.0000000000000004e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.133352  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1409  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.15 
 
 
202 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.103613  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1453  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.21 
 
 
187 aa  110  1.0000000000000001e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.112528  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12320  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.12 
 
 
194 aa  110  1.0000000000000001e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0731595  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07040  Holliday junction DNA helicase, RuvA subunit  35.05 
 
 
197 aa  110  2.0000000000000002e-23  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00385536  normal  0.295964 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0419  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.36 
 
 
194 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1732  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.33 
 
 
200 aa  109  3e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.25398  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2638  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.01 
 
 
205 aa  109  3e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0484  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.38 
 
 
193 aa  109  3e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_384  Holliday junction DNA helicase  36.61 
 
 
194 aa  109  3e-23  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1699  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.33 
 
 
200 aa  109  3e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.81438  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1076  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.92 
 
 
199 aa  109  4.0000000000000004e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.131842  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1206  Holliday junction DNA helicase RuvA  32.11 
 
 
200 aa  108  5e-23  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000238701  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3978  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.42 
 
 
202 aa  108  5e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0282687  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1248  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.46 
 
 
200 aa  108  6e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0442  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.04 
 
 
194 aa  108  7.000000000000001e-23  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1251  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.05 
 
 
199 aa  108  8.000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1251  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.05 
 
 
199 aa  108  8.000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2337  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.38 
 
 
197 aa  108  8.000000000000001e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.194735  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3626  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.39 
 
 
198 aa  106  2e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0674583  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2212  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.91 
 
 
204 aa  106  2e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1583  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.7 
 
 
193 aa  106  3e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.281985  normal  0.49857 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1216  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.38 
 
 
205 aa  105  3e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.210399  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1245  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.38 
 
 
205 aa  105  3e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.738267  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0616  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.7 
 
 
193 aa  105  3e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.451043 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0993  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.5 
 
 
197 aa  106  3e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.257053  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4202  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.38 
 
 
205 aa  105  3e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.173502  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0477  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  38.76 
 
 
204 aa  105  5e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00171  normal  0.61451 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2671  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.17 
 
 
198 aa  105  5e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.103257  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3345  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.16 
 
 
193 aa  105  5e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00238137 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01832  Holliday junction DNA helicase motor protein  35.98 
 
 
203 aa  105  6e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.263475  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01820  hypothetical protein  35.98 
 
 
203 aa  105  6e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.22815  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02691  Holliday junction DNA helicase motor protein  34.42 
 
 
206 aa  105  7e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000921844  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0086  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.61 
 
 
192 aa  104  8e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2144  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.1 
 
 
204 aa  104  9e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0379489  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4408  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.9 
 
 
202 aa  104  9e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0615399  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2031  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.1 
 
 
204 aa  104  9e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000338953  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2421  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.1 
 
 
204 aa  104  9e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0480934  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3605  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.77 
 
 
205 aa  104  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.454124  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1424  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.04 
 
 
210 aa  103  1e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000192016  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1879  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.7 
 
 
193 aa  104  1e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000619466  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1129  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.86 
 
 
193 aa  103  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2189  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.02 
 
 
200 aa  103  2e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000251944  normal  0.355786 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2354  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.86 
 
 
193 aa  103  2e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3406  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.86 
 
 
193 aa  103  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0267  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.86 
 
 
193 aa  103  2e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3400  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.86 
 
 
193 aa  103  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3365  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.86 
 
 
193 aa  103  2e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2533  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.86 
 
 
193 aa  103  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0904  Holliday junction DNA helicase RuvA  30.34 
 
 
195 aa  102  3e-21  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3522  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.98 
 
 
206 aa  102  3e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1347  Holliday junction DNA helicase RuvA  30.65 
 
 
199 aa  102  3e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000119387  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3999  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.36 
 
 
205 aa  102  3e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>