More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jann_4152 on replicon NC_007802
Organism: Jannaschia sp. CCS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007802  Jann_4152  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
304 aa  600  1e-170  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.983526 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0661  transcriptional regulator AmpR, putative  38.78 
 
 
294 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.486007  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4817  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 
299 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.92045  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0695  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 
294 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0125106 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3693  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 
296 aa  163  3e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.330059 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4045  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 
304 aa  159  4e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4299  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 
301 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.544326  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2769  LysR family transcriptional regulator  38.58 
 
 
289 aa  154  1e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0844  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 
295 aa  154  2e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.546579  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2385  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 
301 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2586  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 
291 aa  150  4e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1265  putative transcriptional regulator  38.46 
 
 
298 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14280  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
298 aa  138  1e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.560719  normal  0.445591 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1584  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 
295 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.534905  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0495  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.54 
 
 
301 aa  136  4e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000126497  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3722  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 
291 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.78702  normal 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3829  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 
292 aa  133  3e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.13066 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2192  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 
292 aa  133  3e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.12141  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2694  transcriptional regulator, LysR family  36.52 
 
 
294 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.484374  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.88 
 
 
303 aa  132  9e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2946  transcriptional regulator, LysR family  36.99 
 
 
292 aa  132  9e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.601984 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.65 
 
 
307 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  31.72 
 
 
305 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  31.72 
 
 
305 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.38 
 
 
305 aa  131  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.99 
 
 
310 aa  130  2.0000000000000002e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.38 
 
 
305 aa  131  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.72 
 
 
305 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.72 
 
 
305 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.72 
 
 
305 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.72 
 
 
305 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.38 
 
 
305 aa  131  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.72 
 
 
305 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2004  LysR family transcriptional regulator  34.2 
 
 
293 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.3 
 
 
307 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.72 
 
 
305 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  31.72 
 
 
305 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.38 
 
 
305 aa  131  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.38 
 
 
305 aa  131  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 
295 aa  130  3e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 
303 aa  130  3e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.9 
 
 
303 aa  130  3e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 
303 aa  130  3e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.53 
 
 
303 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000754  putative transcription activator  31.82 
 
 
289 aa  129  5.0000000000000004e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000185322  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 
303 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 
303 aa  129  6e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 
303 aa  129  6e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 
303 aa  129  6e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 
303 aa  129  6e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 
303 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.9 
 
 
303 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.52 
 
 
322 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.69 
 
 
305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 
303 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4008  transcriptional regulator, LysR family  37.74 
 
 
292 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.64 
 
 
322 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.74 
 
 
305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2329  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 
288 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.74 
 
 
305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.74 
 
 
305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4030  LysR family transcriptional regulator  34.2 
 
 
310 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5111  LysR family transcriptional regulator  33.83 
 
 
295 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.176573  normal  0.0206941 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 
303 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2639  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 
296 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0998  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 
290 aa  127  2.0000000000000002e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.927457 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0669  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 
309 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.51 
 
 
306 aa  127  3e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.38 
 
 
304 aa  127  3e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.74 
 
 
308 aa  127  3e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 
303 aa  127  3e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.79 
 
 
306 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.88 
 
 
300 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1528  transcriptional regulator, LysR family  36.4 
 
 
288 aa  126  4.0000000000000003e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.76 
 
 
303 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0481  LysR family transcriptional regulator  37.6 
 
 
292 aa  125  6e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.38 
 
 
308 aa  126  6e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2120  LysR family regulatory protein  34.46 
 
 
339 aa  125  9e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.246446  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 
311 aa  125  9e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0698  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 
343 aa  125  1e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.18558  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0483  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 
299 aa  125  1e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1165  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 
300 aa  124  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.711876  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0840  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 
301 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7696  LysR family transcriptional regulator  34.54 
 
 
341 aa  125  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.349394 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1967  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 
299 aa  125  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.166127  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0994  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 
299 aa  125  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367666  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0214  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.91 
 
 
334 aa  125  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3066  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 
296 aa  124  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.249094  hitchhiker  0.00377983 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
308 aa  124  3e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6163  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
292 aa  124  3e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.804904  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6456  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
306 aa  123  3e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.450926  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.54 
 
 
303 aa  123  4e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0325  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.04 
 
 
320 aa  122  5e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4145  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 
299 aa  122  5e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.323905 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2706  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 
295 aa  122  6e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.173124  hitchhiker  0.000000993281 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1637  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 
295 aa  122  6e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0994273  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10800  transcriptional regulator AmpR  36.55 
 
 
296 aa  122  6e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0253412  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0332  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 
284 aa  122  6e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.17 
 
 
306 aa  122  7e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 
318 aa  122  8e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>