More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_4500 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014158  Tpau_1971  extracellular solute-binding protein family 5  64.02 
 
 		 525 aa  669    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.743088  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4500  extracellular solute-binding protein family 5  100 
 
 		 528 aa  1053    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.275925  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0119  extracellular solute-binding protein  66.22 
 
 		 532 aa  692    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.135782 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04010  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  46.17 
 
 		 548 aa  425  1e-117  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.115797  normal  0.0514058 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5725  extracellular solute-binding protein family 5  37.74 
 
 		 519 aa  311  1e-83  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0310  extracellular solute-binding protein family 5  38.15 
 
 		 509 aa  308  2.0000000000000002e-82  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3039  4-phytase  35.4 
 
 		 518 aa  261  2e-68  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0195  extracellular solute-binding protein  26.92 
 
 		 526 aa  207  4e-52  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1329  dipeptide ABC transporter, solute-binding protein  31.23 
 
 		 532 aa  198  2.0000000000000003e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3066  extracellular solute-binding protein family 5  31.94 
 
 		 547 aa  194  3e-48  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1675  oligopeptide-binding protein OppA  28.29 
 
 		 512 aa  174  5e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.642155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3644  extracellular solute-binding protein  30.13 
 
 		 510 aa  168  2e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1465  extracellular solute-binding protein family 5  26.96 
 
 		 541 aa  164  5.0000000000000005e-39  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2203  extracellular solute-binding protein family 5  27.89 
 
 		 549 aa  158  2e-37  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1361  nickel ABC transporter periplasmic nickel-binding protein  27.67 
 
 		 544 aa  152  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0151112 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1376  nickel ABC transporter periplasmic nickel-binding protein  27.67 
 
 		 544 aa  152  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.268389 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2106  nickel ABC transporter periplasmic nickel-binding protein  27.67 
 
 		 544 aa  152  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000610577 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1345  nickel ABC transporter periplasmic nickel-binding protein  27.46 
 
 		 544 aa  150  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.38578 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1925  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  27.46 
 
 		 544 aa  150  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.176538  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0169  hypothetical protein  25.47 
 
 		 518 aa  149  9e-35  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1860  extracellular solute-binding protein family 5  27.59 
 
 		 544 aa  148  3e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.44883  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0011  extracellular solute-binding protein  28.25 
 
 		 534 aa  147  5e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0146567 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1071  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  27.11 
 
 		 525 aa  146  9e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0509495  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1125  extracellular solute-binding protein  27.11 
 
 		 525 aa  146  9e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0107082  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1271  extracellular solute-binding protein family 5  27.68 
 
 		 533 aa  144  4e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000259985  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3547  nickel ABC transporter periplasmic nickel-binding protein  26.89 
 
 		 515 aa  144  5e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000727174  normal  0.0236631 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2116  hypothetical protein  22.83 
 
 		 510 aa  141  1.9999999999999998e-32  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1569  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  23.73 
 
 		 511 aa  140  4.999999999999999e-32  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0035  extracellular solute-binding protein family 5  24.53 
 
 		 546 aa  138  2e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000195087  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0391  extracellular solute-binding protein  30.1 
 
 		 522 aa  137  5e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1652  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  22.94 
 
 		 511 aa  136  8e-31  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.2387  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0187  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  24.19 
 
 		 542 aa  136  9.999999999999999e-31  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0331  extracellular solute-binding protein family 5  25.88 
 
 		 542 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000557928  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1345  dipeptide ABC transporter, solute-binding protein  28.74 
 
 		 552 aa  134  3e-30  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.932628 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  29.06 
 
 		 538 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1755  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  23.21 
 
 		 511 aa  132  2.0000000000000002e-29  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1450  peptide ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  22.91 
 
 		 511 aa  129  1.0000000000000001e-28  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000000430411  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1234  extracellular solute-binding protein  29.58 
 
 		 538 aa  129  2.0000000000000002e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.871598  normal  0.318753 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5299  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  26.82 
 
 		 556 aa  127  4.0000000000000003e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0216  extracellular solute-binding protein  29.32 
 
 		 569 aa  125  1e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2049  extracellular solute-binding protein  27.15 
 
 		 540 aa  126  1e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2097  4-phytase  28.09 
 
 		 546 aa  125  1e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000775897  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1935  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  22.22 
 
 		 511 aa  125  2e-27  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1145  extracellular solute-binding protein  27.15 
 
 		 565 aa  123  9e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00838015  normal  0.546746 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2655  extracellular solute-binding protein  28.54 
 
 		 539 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000125789  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0788  extracellular solute-binding protein family 5  28.67 
 
 		 576 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.301156 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1284  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  27.18 
 
 		 545 aa  119  9e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000669385  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2405  extracellular solute-binding protein family 5  29.37 
 
 		 518 aa  119  9.999999999999999e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1870  dipeptide transport protein  26.99 
 
 		 540 aa  117  6.9999999999999995e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2587  extracellular solute-binding protein family 5  27.36 
 
 		 502 aa  115  2.0000000000000002e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2761  extracellular solute-binding protein  29.16 
 
 		 515 aa  115  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.364418  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1669  extracellular solute-binding protein  26.9 
 
 		 510 aa  114  5e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0585  extracellular solute-binding protein family 5  26.6 
 
 		 628 aa  114  6e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.952367  normal  0.0792841 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  24.75 
 
 		 516 aa  113  8.000000000000001e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0725  extracellular solute-binding protein  26.14 
 
 		 556 aa  113  8.000000000000001e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3391  extracellular solute-binding protein  27.42 
 
 		 512 aa  113  9e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3453  extracellular solute-binding protein  27.42 
 
 		 512 aa  113  9e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0954042  normal  0.238639 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3401  extracellular solute-binding protein  27.42 
 
 		 512 aa  113  9e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0320  extracellular solute-binding protein  27.25 
 
 		 556 aa  112  1.0000000000000001e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.144423 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0248  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein, putative  26.02 
 
 		 575 aa  112  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2644  extracellular solute-binding protein family 5  26.55 
 
 		 533 aa  111  3e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0361873  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  26.34 
 
 		 510 aa  110  5e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0723  hypothetical protein  27.21 
 
 		 527 aa  110  5e-23  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.703564  normal  0.46015 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3320  extracellular solute-binding protein  26.2 
 
 		 528 aa  110  9.000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0123121  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3131  extracellular solute-binding protein  27.36 
 
 		 508 aa  110  9.000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.792469  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0209  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  25.93 
 
 		 575 aa  109  1e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.019765  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0245  oligopeptide-binding protein OppA  26.1 
 
 		 575 aa  109  1e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0551474  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0241  putative oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  25.43 
 
 		 575 aa  109  1e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5080  oligopeptide-binding protein OppA  25.56 
 
 		 575 aa  109  1e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3863  extracellular solute-binding protein family 5  27.46 
 
 		 523 aa  108  2e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00142419 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0231  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  25.43 
 
 		 555 aa  108  2e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1590  extracellular solute-binding protein family 5  25.99 
 
 		 534 aa  108  2e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1834  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  26.34 
 
 		 523 aa  109  2e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.250373  hitchhiker  0.0023879 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1440  extracellular solute-binding protein family 5  26.92 
 
 		 514 aa  107  4e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.136539  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3773  extracellular solute-binding protein  26.95 
 
 		 510 aa  107  4e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.434805  normal  0.505457 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0219  extracellular solute-binding protein  26.89 
 
 		 575 aa  107  5e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0218  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  25.21 
 
 		 559 aa  107  6e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1321  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  26.2 
 
 		 513 aa  107  6e-22  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000477414  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1189  extracellular solute-binding protein family 5  27.23 
 
 		 497 aa  106  1e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0310  extracellular solute-binding protein family 5  25.51 
 
 		 512 aa  106  1e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.630415  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0020  nickel ABC transporter, periplasmic nickel- binding protein  25.46 
 
 		 539 aa  105  1e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.00232018  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1518  peptide ABC transporter, peptide-binding protein  24.37 
 
 		 538 aa  105  2e-21  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000374669  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3678  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.03 
 
 		 525 aa  105  2e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0885273 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2543  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  24.65 
 
 		 532 aa  105  2e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0657942  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1538  extracellular solute-binding protein family 5  26.57 
 
 		 563 aa  105  2e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000498479  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5037  extracellular solute-binding protein  26.58 
 
 		 534 aa  105  2e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.4089  normal  0.963466 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2494  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  24.65 
 
 		 532 aa  105  2e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0259695  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5070  extracellular solute-binding protein  28.1 
 
 		 495 aa  104  3e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.27843  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0266  extracellular solute-binding protein family 5  25.69 
 
 		 575 aa  105  3e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5416  extracellular solute-binding protein  26.58 
 
 		 534 aa  104  3e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.604179 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4816  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  25.12 
 
 		 524 aa  104  4e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13240  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  26.35 
 
 		 504 aa  104  4e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0803154  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0205  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  25.59 
 
 		 575 aa  104  5e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2781  extracellular solute-binding protein family 5  28.47 
 
 		 519 aa  104  5e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.187703  normal  0.0364487 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0450  extracellular solute-binding protein family 5  27.03 
 
 		 519 aa  103  5e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.15126 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03325  nickel transporter subunit  25.12 
 
 		 524 aa  103  6e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0239  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  25.12 
 
 		 524 aa  103  6e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03278  hypothetical protein  25.12 
 
 		 524 aa  103  6e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3760  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  25.12 
 
 		 524 aa  103  6e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3958  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  25.12 
 
 		 524 aa  103  7e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>