More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3019 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU1693  homoserine dehydrogenase  73.17 
 
 		 436 aa  659    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.240016  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3019  homoserine dehydrogenase  100 
 
 		 436 aa  873    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.196677  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1231  homoserine dehydrogenase  97.94 
 
 		 436 aa  857    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000207213 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1629  homoserine dehydrogenase  73.85 
 
 		 436 aa  659    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000170153  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2178  homoserine dehydrogenase  78.67 
 
 		 436 aa  718    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000677281  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1214  homoserine dehydrogenase  68.56 
 
 		 439 aa  612  9.999999999999999e-175  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.610813  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1451  homoserine dehydrogenase  65.37 
 
 		 436 aa  595  1e-169  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0294426  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1294  homoserine dehydrogenase  65.98 
 
 		 438 aa  589  1e-167  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.333989  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1218  homoserine dehydrogenase  46.77 
 
 		 440 aa  427  1e-118  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0380399  normal  0.23992 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0291  homoserine dehydrogenase  45.62 
 
 		 438 aa  407  1.0000000000000001e-112  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0125  homoserine dehydrogenase  45.5 
 
 		 436 aa  392  1e-108  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1831  homoserine dehydrogenase  45.68 
 
 		 440 aa  390  1e-107  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.902916  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1551  homoserine dehydrogenase  46.31 
 
 		 439 aa  390  1e-107  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1307  homoserine dehydrogenase  46.75 
 
 		 432 aa  389  1e-107  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.336564 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3010  homoserine dehydrogenase  45.85 
 
 		 440 aa  388  1e-107  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.448241  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1238  homoserine dehydrogenase  44.14 
 
 		 444 aa  390  1e-107  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324342 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1822  homoserine dehydrogenase  46.42 
 
 		 437 aa  390  1e-107  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1756  homoserine dehydrogenase  45.75 
 
 		 439 aa  389  1e-107  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.230309  normal  0.145723 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0904  homoserine dehydrogenase  44.7 
 
 		 437 aa  385  1e-106  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1048  homoserine dehydrogenase  44.7 
 
 		 437 aa  385  1e-106  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2231  homoserine dehydrogenase  45 
 
 		 448 aa  384  1e-105  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0168206  hitchhiker  0.0000403995 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1027  homoserine dehydrogenase  45.5 
 
 		 434 aa  383  1e-105  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.632336 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2578  homoserine dehydrogenase  44.57 
 
 		 435 aa  384  1e-105  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2190  homoserine dehydrogenase  44.32 
 
 		 447 aa  382  1e-105  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0858531  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2479  homoserine dehydrogenase  45.14 
 
 		 431 aa  382  1e-105  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000845982  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1470  homoserine dehydrogenase  44.93 
 
 		 434 aa  378  1e-104  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.219263 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3765  homoserine dehydrogenase  45.64 
 
 		 433 aa  381  1e-104  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000524334  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1993  homoserine dehydrogenase  44.01 
 
 		 436 aa  380  1e-104  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4251  homoserine dehydrogenase  44.93 
 
 		 434 aa  378  1e-104  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.474195  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5219  homoserine dehydrogenase  44.99 
 
 		 449 aa  379  1e-104  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.697669  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1966  homoserine dehydrogenase  44.01 
 
 		 436 aa  378  1e-104  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000284917  normal  0.216212 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1075  homoserine dehydrogenase  44.93 
 
 		 434 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.23224  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0445  Homoserine dehydrogenase  43.55 
 
 		 436 aa  376  1e-103  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.68912  normal  0.720886 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0438  homoserine dehydrogenase  43.55 
 
 		 436 aa  377  1e-103  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08020  Homoserine dehydrogenase  44.19 
 
 		 428 aa  372  1e-102  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00145956  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1290  homoserine dehydrogenase  44.34 
 
 		 463 aa  372  1e-102  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0555525  normal  0.617769 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4149  homoserine dehydrogenase  44.01 
 
 		 434 aa  374  1e-102  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.490184  normal  0.418936 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1413  Homoserine dehydrogenase  44.95 
 
 		 427 aa  372  1e-102  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2274  homoserine dehydrogenase  43.32 
 
 		 433 aa  373  1e-102  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.046679  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1439  homoserine dehydrogenase  44.47 
 
 		 436 aa  372  1e-101  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0389041  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1480  homoserine dehydrogenase  44.34 
 
 		 434 aa  370  1e-101  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.270684  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2025  homoserine dehydrogenase  44.5 
 
 		 438 aa  369  1e-101  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1792  homoserine dehydrogenase  44.65 
 
 		 442 aa  369  1e-101  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.075233  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16070  homoserine dehydrogenase  44.01 
 
 		 434 aa  369  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3206  homoserine dehydrogenase  45.13 
 
 		 453 aa  371  1e-101  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1383  homoserine dehydrogenase  44.01 
 
 		 434 aa  370  1e-101  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00178253  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0290  homoserine dehydrogenase  43.98 
 
 		 428 aa  367  1e-100  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000000435351  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1251  homoserine dehydrogenase  41.84 
 
 		 438 aa  366  1e-100  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000453737  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2559  homoserine dehydrogenase  44.69 
 
 		 453 aa  368  1e-100  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0931  homoserine dehydrogenase  44.09 
 
 		 443 aa  365  1e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.516098 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1319  homoserine dehydrogenase  43.26 
 
 		 432 aa  363  4e-99  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0882  homoserine dehydrogenase  41.76 
 
 		 427 aa  363  4e-99  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00444587  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2173  homoserine dehydrogenase  43.79 
 
 		 441 aa  362  5.0000000000000005e-99  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.785013  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5155  homoserine dehydrogenase  44.22 
 
 		 442 aa  362  5.0000000000000005e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.350686  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0843  homoserine dehydrogenase  47.88 
 
 		 437 aa  362  6e-99  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39490  homoserine dehydrogenase  44.93 
 
 		 439 aa  362  6e-99  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.126248  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1764  homoserine dehydrogenase  43.99 
 
 		 442 aa  362  9e-99  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.336124 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6225  homoserine dehydrogenase  44.19 
 
 		 442 aa  362  1e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1854  homoserine dehydrogenase  44.19 
 
 		 442 aa  362  1e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0634592  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0597  homoserine dehydrogenase  45.73 
 
 		 436 aa  361  2e-98  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2504  homoserine dehydrogenase  43.02 
 
 		 437 aa  361  2e-98  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.240754 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1878  homoserine dehydrogenase  43.99 
 
 		 442 aa  360  4e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0688799  hitchhiker  0.0000168986 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2386  homoserine dehydrogenase  45.28 
 
 		 436 aa  360  4e-98  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1806  homoserine dehydrogenase  43.64 
 
 		 443 aa  360  4e-98  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.149536  hitchhiker  0.00453238 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2454  homoserine dehydrogenase  46.38 
 
 		 436 aa  358  9.999999999999999e-98  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.38424  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2114  homoserine dehydrogenase  43.72 
 
 		 435 aa  358  9.999999999999999e-98  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0831513 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1165  homoserine dehydrogenase  42.17 
 
 		 430 aa  358  9.999999999999999e-98  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00607285  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1419  homoserine dehydrogenase  43.54 
 
 		 442 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.470223  normal  0.0359318 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2251  Homoserine dehydrogenase  44.84 
 
 		 437 aa  357  1.9999999999999998e-97  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.363999 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1912  homoserine dehydrogenase  41.37 
 
 		 452 aa  357  1.9999999999999998e-97  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2381  homoserine dehydrogenase  43.41 
 
 		 443 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0434053  normal  0.518903 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0827  homoserine dehydrogenase  44.09 
 
 		 432 aa  357  2.9999999999999997e-97  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0473  homoserine dehydrogenase  44.21 
 
 		 436 aa  357  2.9999999999999997e-97  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.243911  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2090  homoserine dehydrogenase  42.69 
 
 		 445 aa  355  8.999999999999999e-97  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0633  Homoserine dehydrogenase  43.98 
 
 		 440 aa  354  1e-96  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0799  homoserine dehydrogenase  43.64 
 
 		 432 aa  353  2.9999999999999997e-96  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2311  homoserine dehydrogenase  45.12 
 
 		 418 aa  353  5e-96  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0888168  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4841  homoserine dehydrogenase  44.93 
 
 		 429 aa  352  5.9999999999999994e-96  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.00593981  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2410  homoserine dehydrogenase  45.12 
 
 		 430 aa  351  1e-95  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.615883  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3394  homoserine dehydrogenase  45 
 
 		 434 aa  351  1e-95  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0286  homoserine dehydrogenase  43.18 
 
 		 433 aa  349  5e-95  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4567  homoserine dehydrogenase  42.79 
 
 		 434 aa  349  5e-95  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1298  homoserine dehydrogenase  44.55 
 
 		 429 aa  347  2e-94  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.220896  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4262  homoserine dehydrogenase  41.89 
 
 		 469 aa  347  3e-94  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.483793  normal  0.212459 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2235  homoserine dehydrogenase  41.22 
 
 		 441 aa  347  3e-94  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.070475 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1263  homoserine dehydrogenase  43.71 
 
 		 439 aa  345  6e-94  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.692056 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1202  homoserine dehydrogenase  43.71 
 
 		 439 aa  345  6e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0498363 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2896  homoserine dehydrogenase  41.3 
 
 		 432 aa  345  7e-94  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000776589  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1366  Homoserine dehydrogenase  41.86 
 
 		 424 aa  345  7e-94  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1393  Homoserine dehydrogenase  43.03 
 
 		 449 aa  345  8e-94  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1327  homoserine dehydrogenase  43.94 
 
 		 439 aa  345  1e-93  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.818962  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2233  Homoserine dehydrogenase  45.64 
 
 		 429 aa  345  1e-93  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1209  homoserine dehydrogenase  46.03 
 
 		 450 aa  343  4e-93  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0141244  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0169  Homoserine dehydrogenase  43.52 
 
 		 423 aa  342  5.999999999999999e-93  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0022  homoserine dehydrogenase  47.03 
 
 		 442 aa  342  8e-93  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.7536  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1385  homoserine dehydrogenase  47.03 
 
 		 442 aa  342  8e-93  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2396  homoserine dehydrogenase  47.03 
 
 		 442 aa  342  8e-93  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1875  homoserine dehydrogenase  47.03 
 
 		 442 aa  342  8e-93  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2270  homoserine dehydrogenase  47.03 
 
 		 442 aa  342  8e-93  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.606772  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2232  homoserine dehydrogenase  47.03 
 
 		 442 aa  342  8e-93  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>