More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU2436 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU2436  dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  100 
 
 		 328 aa  672    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0287851  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2753  transketolase, central region  89.94 
 
 		 328 aa  613  1e-175  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2251  Transketolase central region  77.13 
 
 		 328 aa  538  9.999999999999999e-153  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00217042  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1267  transketolase, central region  82.01 
 
 		 328 aa  540  9.999999999999999e-153  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1973  Transketolase central region  76.83 
 
 		 328 aa  536  1e-151  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1616  Transketolase central region  56.27 
 
 		 332 aa  395  1e-109  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0824016 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0091  Transketolase central region  57.81 
 
 		 324 aa  390  1e-107  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4805  Transketolase central region  57.58 
 
 		 337 aa  387  1e-106  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0589  transketolase, central region  57.32 
 
 		 331 aa  386  1e-106  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.154165  normal  0.609901 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18840  pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex, dehydrogenase component beta subunit  57.85 
 
 		 356 aa  371  1e-102  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.383381 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3050  dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  58.02 
 
 		 331 aa  368  1e-101  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2770  pyruvate dehydrogenase subunit beta  56.59 
 
 		 467 aa  356  1.9999999999999998e-97  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3707  Transketolase central region  54.77 
 
 		 327 aa  356  2.9999999999999997e-97  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.298467 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2811  pyruvate dehydrogenase subunit beta  56.27 
 
 		 469 aa  356  3.9999999999999996e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.344502  normal  0.77685 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4462  pyruvate dehydrogenase subunit beta  54.52 
 
 		 459 aa  356  3.9999999999999996e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.150502 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2490  pyruvate dehydrogenase subunit beta  55.14 
 
 		 465 aa  354  1e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.423706 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2820  pyruvate dehydrogenase subunit beta  52.81 
 
 		 449 aa  352  5e-96  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5215  Transketolase central region  53.11 
 
 		 343 aa  351  8.999999999999999e-96  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1475  transketolase, central region  50.93 
 
 		 325 aa  344  1e-93  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1880  pyruvate dehydrogenase subunit beta  53.38 
 
 		 468 aa  344  1e-93  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0520  pyruvate dehydrogenase subunit beta  51.23 
 
 		 460 aa  343  2e-93  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3208  pyruvate dehydrogenase subunit beta  56.27 
 
 		 469 aa  342  5.999999999999999e-93  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.410078  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1418  pyruvate dehydrogenase subunit beta  53.89 
 
 		 456 aa  341  1e-92  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000135962 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1817  pyruvate dehydrogenase subunit beta  54.34 
 
 		 465 aa  340  2e-92  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.416682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2680  pyruvate dehydrogenase E1 component  50 
 
 		 326 aa  340  2.9999999999999998e-92  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4540  transketolase central region  52.62 
 
 		 327 aa  339  5e-92  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.362287  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3890  pyruvate dehydrogenase subunit beta  53.02 
 
 		 456 aa  338  5.9999999999999996e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.440755  normal  0.418556 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3771  Transketolase central region  50.31 
 
 		 327 aa  338  8e-92  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0028  Transketolase central region  50.31 
 
 		 327 aa  338  8e-92  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2324  transketolase, central region  51.4 
 
 		 330 aa  336  1.9999999999999998e-91  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0672  Transketolase central region  48.46 
 
 		 325 aa  336  2.9999999999999997e-91  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2159  pyruvate dehydrogenase subunit beta  51.24 
 
 		 451 aa  336  2.9999999999999997e-91  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.881738  normal  0.475194 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1750  pyruvate dehydrogenase subunit beta  53.7 
 
 		 474 aa  336  3.9999999999999995e-91  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1727  transketolase, central region  51.69 
 
 		 322 aa  335  5e-91  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.35739  normal  0.316381 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13273  dihydrolipoamide acetyltransferase  49.07 
 
 		 325 aa  335  5.999999999999999e-91  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2032  transketolase, central region  54.4 
 
 		 320 aa  334  1e-90  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4178  Transketolase central region  50.15 
 
 		 328 aa  334  1e-90  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.008867 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2012  transketolase central region  51.38 
 
 		 322 aa  334  1e-90  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0679386  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0143  pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex dehydrogenase (E1) component  52 
 
 		 326 aa  334  1e-90  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3140  pyruvate dehydrogenase subunit beta  52.06 
 
 		 467 aa  333  2e-90  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.324911 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5165  Transketolase central region  48.77 
 
 		 326 aa  332  5e-90  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2062  Transketolase domain protein  50.76 
 
 		 327 aa  332  6e-90  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.258257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2060  pyruvate dehydrogenase subunit beta  50.61 
 
 		 465 aa  332  8e-90  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.546434  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0098  pyruvate dehydrogenase subunit beta  50.93 
 
 		 332 aa  331  1e-89  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4635  transketolase central region  49.39 
 
 		 332 aa  331  1e-89  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1086  pyruvate dehydrogenase subunit beta  50.16 
 
 		 448 aa  331  1e-89  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0149  pyruvate dehydrogenase subunit beta  49.69 
 
 		 332 aa  330  2e-89  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6441  Transketolase central region  50.31 
 
 		 327 aa  330  3e-89  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.818323 
 
 
-
 
NC_002978  WD0473  pyruvate dehydrogenase subunit beta  50 
 
 		 332 aa  328  6e-89  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.867083  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1128  pyruvate dehydrogenase subunit beta  49.84 
 
 		 461 aa  328  8e-89  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.997621  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5126  Transketolase central region  50.77 
 
 		 327 aa  328  8e-89  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0869  pyruvate dehydrogenase E1 beta subunit  50.62 
 
 		 327 aa  327  1.0000000000000001e-88  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.254793  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2364  Transketolase central region  50.31 
 
 		 324 aa  327  2.0000000000000001e-88  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.177506  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0651  hypothetical protein  46.91 
 
 		 325 aa  327  2.0000000000000001e-88  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.208884 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4049  pyruvate dehydrogenase subunit beta  52.44 
 
 		 463 aa  327  2.0000000000000001e-88  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0911544  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_5078  transketolase, central region  50 
 
 		 327 aa  327  2.0000000000000001e-88  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1148  pyruvate dehydrogenase subunit beta  52.44 
 
 		 463 aa  327  2.0000000000000001e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.236454  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0535  pyruvate dehydrogenase subunit beta  50.31 
 
 		 454 aa  327  2.0000000000000001e-88  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2910  pyruvate dehydrogenase subunit beta  50.47 
 
 		 483 aa  326  3e-88  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1994  transketolase central region  53.07 
 
 		 324 aa  326  3e-88  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09301  pyruvate dehydrogenase E1 beta subunit  50.62 
 
 		 327 aa  326  3e-88  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09281  pyruvate dehydrogenase E1 beta subunit  50.31 
 
 		 327 aa  326  4.0000000000000003e-88  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5897  pyruvate dehydrogenase subunit beta  50.94 
 
 		 497 aa  326  4.0000000000000003e-88  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.128447  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1217  Transketolase domain protein  51.39 
 
 		 330 aa  326  4.0000000000000003e-88  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1093  pyruvate dehydrogenase subunit beta  52.12 
 
 		 464 aa  325  5e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.584062  normal  0.0239853 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3509  Transketolase central region  49.85 
 
 		 326 aa  325  7e-88  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1491  transketolase  50.15 
 
 		 327 aa  325  8.000000000000001e-88  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1690  pyruvate dehydrogenase subunit beta  49.69 
 
 		 464 aa  324  1e-87  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.872037 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3015  pyruvate dehydrogenase subunit beta  50.47 
 
 		 482 aa  324  1e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.259687 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10131  pyruvate dehydrogenase E1 beta subunit  50 
 
 		 327 aa  324  2e-87  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0453962  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2883  Transketolase central region  49.85 
 
 		 327 aa  323  2e-87  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2787  pyruvate dehydrogenase subunit beta  50.16 
 
 		 469 aa  323  3e-87  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3213  Transketolase central region  49.85 
 
 		 327 aa  323  3e-87  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0162  pyruvate dehydrogenase subunit beta  50.94 
 
 		 448 aa  323  3e-87  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00341074 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6516  pyruvate dehydrogenase subunit beta  50.94 
 
 		 480 aa  322  4e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16211  pyruvate dehydrogenase E1 beta subunit  51.1 
 
 		 327 aa  323  4e-87  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.220601 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1280  pyruvate dehydrogenase E1 beta subunit  50.63 
 
 		 327 aa  322  5e-87  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1629  pyruvate dehydrogenase subunit beta  49.84 
 
 		 466 aa  322  6e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.407235  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2846  transketolase central region  51.23 
 
 		 325 aa  322  7e-87  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  decreased coverage  0.00429271  normal  0.065717 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0449  transketolase domain-containing protein  50.31 
 
 		 325 aa  321  9.000000000000001e-87  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.94075  normal  0.765018 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2675  Transketolase central region  52.62 
 
 		 326 aa  321  9.999999999999999e-87  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1029  Transketolase central region  48.62 
 
 		 324 aa  321  9.999999999999999e-87  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.005679 
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_12625  predicted protein  49.37 
 
 		 327 aa  321  9.999999999999999e-87  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.549131  normal  0.616561 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3069  pyruvate dehydrogenase, E1 component, pyruvate dehydrogenase beta subunit  52.62 
 
 		 326 aa  321  9.999999999999999e-87  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.829686  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1489  Transketolase central region  52.62 
 
 		 330 aa  320  1.9999999999999998e-86  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07151  pyruvate dehydrogenase E1 beta subunit  50.47 
 
 		 327 aa  320  1.9999999999999998e-86  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.132194 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0583  Transketolase central region  52.25 
 
 		 344 aa  320  1.9999999999999998e-86  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.968763 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1812  dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit, putative  52.62 
 
 		 330 aa  320  1.9999999999999998e-86  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0733461  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1078  pyruvate dehydrogenase subunit beta  49.07 
 
 		 458 aa  320  3e-86  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.00798693  normal  0.879524 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1397  Transketolase central region  47.22 
 
 		 327 aa  319  3.9999999999999996e-86  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.684408  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1077  pyruvate dehydrogenase subunit beta  48.91 
 
 		 465 aa  318  9e-86  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.406758  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0281  pyruvate dehydrogenase E1 beta subunit  49.37 
 
 		 329 aa  317  2e-85  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.177643  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0989  pyruvate dehydrogenase subunit beta  49.07 
 
 		 480 aa  316  3e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.114856  normal  0.908498 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1506  pyruvate dehydrogenase subunit beta  51.09 
 
 		 458 aa  316  3e-85  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.100072  normal  0.335973 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1190  pyruvate dehydrogenase E1 beta subunit  50 
 
 		 327 aa  316  3e-85  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.407117  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09511  pyruvate dehydrogenase E1 beta subunit  49.53 
 
 		 329 aa  316  4e-85  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.789221  normal  0.154301 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3038  transketolase central region  51.1 
 
 		 325 aa  315  8e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1225  pyruvate dehydrogenase subunit beta  51.11 
 
 		 466 aa  315  9.999999999999999e-85  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.541326 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5153  pyruvate dehydrogenase subunit beta  50.16 
 
 		 456 aa  314  9.999999999999999e-85  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.467221  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1797  pyruvate dehydrogenase subunit beta  48.6 
 
 		 463 aa  312  5.999999999999999e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.211938  hitchhiker  0.000618352 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>