More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU1111 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU1111  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  100 
 
 		 360 aa  735    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000337587  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2685  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  83.19 
 
 		 346 aa  595  1e-169  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000061721  normal  0.591184 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1581  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  74.33 
 
 		 343 aa  539  9.999999999999999e-153  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000011547  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3610  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  75.22 
 
 		 351 aa  525  1e-148  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0427  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  72.3 
 
 		 347 aa  518  1e-146  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.273579  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1655  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  72.46 
 
 		 351 aa  512  1e-144  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0167472  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2558  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  72.46 
 
 		 351 aa  511  1e-144  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  8.150479999999999e-35 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2022  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  59.59 
 
 		 371 aa  431  1e-120  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4057  radical SAM domain-containing protein  53.31 
 
 		 342 aa  363  4e-99  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.291969  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2311  radical SAM protein  54.14 
 
 		 371 aa  361  1e-98  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2317  radical SAM enzyme, Cfr family  51.16 
 
 		 372 aa  358  6e-98  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.144753  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1631  hypothetical protein  51.45 
 
 		 372 aa  358  8e-98  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.212269  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2229  radical SAM enzyme, Cfr family  50.56 
 
 		 372 aa  357  1.9999999999999998e-97  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.225702  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2180  radical SAM protein  50.43 
 
 		 377 aa  342  4e-93  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1124  radical SAM protein  46.69 
 
 		 369 aa  328  9e-89  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.371918  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2851  hypothetical protein  47.4 
 
 		 375 aa  325  6e-88  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2993  radical SAM protein  48.01 
 
 		 356 aa  325  7e-88  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00523882  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0591  hypothetical protein  47.74 
 
 		 372 aa  325  8.000000000000001e-88  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.196855  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2051  radical SAM protein  48 
 
 		 376 aa  324  2e-87  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0429585  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0035  hypothetical protein  48.74 
 
 		 399 aa  323  3e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1592  radical SAM enzyme, Cfr family  48.23 
 
 		 425 aa  322  5e-87  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.368814  normal  0.725987 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0850  radical SAM enzyme, Cfr family  45.95 
 
 		 381 aa  321  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2700  radical SAM protein  47.7 
 
 		 390 aa  320  1.9999999999999998e-86  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.83245  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0893  radical SAM protein  45.95 
 
 		 381 aa  321  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000355307 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0880  radical SAM protein  45.95 
 
 		 381 aa  321  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.588351  normal  0.297118 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1640  radical SAM protein  47.96 
 
 		 425 aa  319  5e-86  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.100638  normal  0.136917 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4328  radical SAM protein  45.66 
 
 		 381 aa  318  7.999999999999999e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000000214748 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3329  hypothetical protein  48.26 
 
 		 428 aa  318  1e-85  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0093  hypothetical protein  47.9 
 
 		 399 aa  318  1e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.82991  normal  0.435247 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1922  radical SAM enzyme, Cfr family  47.68 
 
 		 425 aa  317  2e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0056484 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0709  hypothetical protein  47.62 
 
 		 398 aa  316  3e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5856  radical SAM enzyme, Cfr family  46.59 
 
 		 378 aa  316  4e-85  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3503  radical SAM protein  45.8 
 
 		 382 aa  315  6e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0401  radical SAM enzyme, Cfr family  48.82 
 
 		 399 aa  315  7e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.213699  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2806  hypothetical protein  47.06 
 
 		 427 aa  314  9.999999999999999e-85  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1336  radical SAM family enzyme  46.38 
 
 		 370 aa  315  9.999999999999999e-85  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1623  hypothetical protein  46.85 
 
 		 362 aa  315  9.999999999999999e-85  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00271207 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1397  radical SAM protein  46.38 
 
 		 370 aa  315  9.999999999999999e-85  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.724249  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0732  radical SAM enzyme, Cfr family  47.85 
 
 		 377 aa  314  1.9999999999999998e-84  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2967  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  49.28 
 
 		 358 aa  313  3.9999999999999997e-84  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0788473  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1122  radical SAM protein  46.32 
 
 		 430 aa  312  4.999999999999999e-84  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1504  hypothetical protein  45.35 
 
 		 382 aa  311  7.999999999999999e-84  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1479  hypothetical protein  46.57 
 
 		 382 aa  311  1e-83  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1431  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  48.7 
 
 		 367 aa  311  1e-83  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14830  hypothetical protein  44.64 
 
 		 379 aa  311  1e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09940  radical SAM enzyme, Cfr family  45.51 
 
 		 349 aa  310  2e-83  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1382  radical SAM superfamily protein  46.01 
 
 		 392 aa  309  4e-83  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0050  radical SAM protein  46.01 
 
 		 392 aa  309  4e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.890909  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1602  radical SAM enzyme, Cfr family  51.79 
 
 		 363 aa  309  5e-83  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.113295 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0241  putative pyruvate formate lyase activating enzyme 2 (yfgB)  47.91 
 
 		 403 aa  309  5.9999999999999995e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.283575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1308  hypothetical protein  44.64 
 
 		 378 aa  309  5.9999999999999995e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.141756  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4604  hypothetical protein  44.19 
 
 		 382 aa  308  5.9999999999999995e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1431  Crp/FNR family transcriptional regulator  44.13 
 
 		 398 aa  308  5.9999999999999995e-83  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3626  hypothetical protein  46.22 
 
 		 397 aa  309  5.9999999999999995e-83  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.674584  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1930  radical SAM enzyme, Cfr family  51.79 
 
 		 362 aa  309  5.9999999999999995e-83  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1353  radical SAM protein  46.44 
 
 		 371 aa  308  8e-83  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000160208 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2505  radical SAM protein  45.85 
 
 		 391 aa  308  9e-83  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.282858  normal  0.610835 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2859  radical SAM protein  47.54 
 
 		 408 aa  308  1.0000000000000001e-82  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2887  hypothetical protein  46.09 
 
 		 366 aa  306  3e-82  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0041  radical SAM protein  45.45 
 
 		 392 aa  306  3e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40320  hypothetical protein  44.67 
 
 		 381 aa  306  3e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.666991  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1816  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.44 
 
 		 354 aa  306  3e-82  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1431  radical SAM enzyme, Cfr family  43.31 
 
 		 382 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1370  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  47.27 
 
 		 373 aa  306  4.0000000000000004e-82  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0194673 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3008  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  47.58 
 
 		 373 aa  306  4.0000000000000004e-82  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00899057  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3151  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  47.27 
 
 		 373 aa  306  4.0000000000000004e-82  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00905599  hitchhiker  0.00812914 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1245  hypothetical protein  43.31 
 
 		 382 aa  306  5.0000000000000004e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1056  radical SAM enzyme, Cfr family  47.11 
 
 		 383 aa  305  1.0000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0486076  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2962  radical SAM protein  48.73 
 
 		 402 aa  305  1.0000000000000001e-81  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.161045 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0185  radical SAM protein  45.86 
 
 		 404 aa  304  2.0000000000000002e-81  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.582725 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0076  hypothetical protein  45.78 
 
 		 411 aa  303  2.0000000000000002e-81  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.525724  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1253  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.97 
 
 		 373 aa  304  2.0000000000000002e-81  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.405878  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1148  radical SAM enzyme, Cfr family  47.11 
 
 		 383 aa  304  2.0000000000000002e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.187802  normal  0.550837 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1113  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.06 
 
 		 373 aa  303  2.0000000000000002e-81  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.686108  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0085  radical SAM enzyme, Cfr family  43.48 
 
 		 404 aa  303  3.0000000000000004e-81  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.176991  normal  0.136088 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1892  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.01 
 
 		 381 aa  303  3.0000000000000004e-81  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2993  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  47.27 
 
 		 373 aa  303  3.0000000000000004e-81  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0888845  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2368  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.83 
 
 		 373 aa  303  3.0000000000000004e-81  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0106958  normal  0.379553 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1791  radical SAM protein  47.63 
 
 		 359 aa  303  4.0000000000000003e-81  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1380  radical SAM protein  47.98 
 
 		 399 aa  303  4.0000000000000003e-81  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1743  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.06 
 
 		 358 aa  302  5.000000000000001e-81  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.499617  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0398  radical SAM protein  47.54 
 
 		 414 aa  302  5.000000000000001e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0578367  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2379  hypothetical protein  46.11 
 
 		 365 aa  302  6.000000000000001e-81  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.444977  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0269  hypothetical protein  44.86 
 
 		 410 aa  302  6.000000000000001e-81  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.169274 
 
 
-
 
NC_004310  BR0077  hypothetical protein  45.5 
 
 		 411 aa  301  1e-80  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2089  hypothetical protein  43.87 
 
 		 384 aa  301  1e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2243  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.2 
 
 		 359 aa  301  1e-80  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.726084 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4556  radical SAM protein  45.85 
 
 		 431 aa  301  1e-80  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.15006  decreased coverage  0.00152892 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4488  radical SAM enzyme, Cfr family  45.85 
 
 		 431 aa  301  1e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4255  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44 
 
 		 386 aa  301  2e-80  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01368  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.84 
 
 		 372 aa  301  2e-80  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000522962  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2655  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.06 
 
 		 373 aa  300  2e-80  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1541  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.36 
 
 		 373 aa  300  3e-80  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.865101  normal  0.656047 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0461  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.97 
 
 		 364 aa  300  3e-80  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.745055  normal  0.162604 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1212  hypothetical protein  43.87 
 
 		 383 aa  300  3e-80  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1302  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.48 
 
 		 373 aa  300  3e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.563776  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1287  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.97 
 
 		 373 aa  299  4e-80  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.900175 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0007  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.35 
 
 		 356 aa  299  5e-80  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0937459  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1429  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.97 
 
 		 373 aa  299  5e-80  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0876618 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3014  hypothetical protein  44.12 
 
 		 397 aa  299  6e-80  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.327469 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>