More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0324 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0324  response regulator receiver protein  100 
 
 		 268 aa  526  1e-148  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3153  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.65 
 
 		 224 aa  97.4  2e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.620598 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4304  response regulator receiver  33.94 
 
 		 216 aa  70.1  0.00000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.894661  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1651  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.63 
 
 		 227 aa  69.7  0.00000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.705317  normal  0.304873 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1255  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.16 
 
 		 219 aa  69.3  0.00000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.490147  normal  0.40644 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0827  response regulator receiver protein  30.11 
 
 		 217 aa  68.9  0.00000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7055  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.13 
 
 		 219 aa  67  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04820  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  31.09 
 
 		 229 aa  66.6  0.0000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.465009  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4946  two component LuxR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 214 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0203352 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5498  two component LuxR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 214 aa  65.5  0.0000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00509748 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3357  two component LuxR family transcriptional regulator  36.2 
 
 		 238 aa  65.5  0.0000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.1255  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7761  two component LuxR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 213 aa  65.5  0.0000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6469  two component LuxR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 213 aa  65.5  0.0000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.53826 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5322  two component LuxR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 220 aa  64.7  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.929677 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0026  two component LuxR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 214 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3579  two component LuxR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 217 aa  64.7  0.000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.393396  normal  0.0540104 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5187  two component LuxR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 214 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3541  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.1 
 
 		 211 aa  64.7  0.000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.485125  normal  0.513005 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5672  two component LuxR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 214 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00685344 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4563  two component LuxR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 214 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0560765 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2335  LuxR family DNA-binding response regulator  31.29 
 
 		 215 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3504  DNA-binding transcriptional activator UhpA  28.26 
 
 		 196 aa  63.2  0.000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3248  LuxR family DNA-binding response regulator  31.29 
 
 		 215 aa  62.8  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.780539  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0759  two component LuxR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 217 aa  62.4  0.000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000356105  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2071  LuxR family DNA-binding response regulator  31.29 
 
 		 215 aa  62.4  0.000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1463  LuxR family DNA-binding response regulator  31.29 
 
 		 215 aa  62.4  0.000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1100  LuxR family DNA-binding response regulator  31.29 
 
 		 215 aa  62.4  0.000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1379  LuxR family DNA-binding response regulator  31.29 
 
 		 215 aa  62.4  0.000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2364  LuxR family DNA-binding response regulator  31.29 
 
 		 215 aa  62.4  0.000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3186  two component LuxR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 214 aa  62.4  0.000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.10411 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0277  response regulator receiver protein  31.91 
 
 		 214 aa  62  0.000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0834  LuxR response regulator receiver  27.98 
 
 		 221 aa  61.6  0.00000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0179337 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39510  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  35.77 
 
 		 216 aa  62  0.00000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.657091 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3133  LuxR family DNA-binding response regulator  31.29 
 
 		 215 aa  62  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0717  two component transcriptional regulator, LuxR family  30 
 
 		 209 aa  60.8  0.00000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.854815  normal  0.189113 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4744  response regulator receiver protein  27.8 
 
 		 209 aa  60.5  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.620464  normal  0.690137 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5446  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.91 
 
 		 218 aa  60.1  0.00000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.26634  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1850  two component LuxR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 216 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4290  two component LuxR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 218 aa  60.5  0.00000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2836  two component LuxR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 207 aa  60.5  0.00000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.644859  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3824  response regulator receiver  31.35 
 
 		 228 aa  60.5  0.00000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.206519  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0346  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.49 
 
 		 210 aa  60.1  0.00000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0205277  normal  0.823307 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2342  response regulator receiver  31.41 
 
 		 212 aa  60.1  0.00000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.88989  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6525  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.53 
 
 		 216 aa  60.1  0.00000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1888  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.18 
 
 		 212 aa  60.1  0.00000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.265772 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4214  two component LuxR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 228 aa  60.1  0.00000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0601429  normal  0.0532868 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03553  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system wtih UhpB  27.72 
 
 		 196 aa  59.7  0.00000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0034  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.72 
 
 		 196 aa  59.7  0.00000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4034  DNA-binding transcriptional activator UhpA  27.72 
 
 		 196 aa  59.7  0.00000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.383338 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4178  DNA-binding transcriptional activator UhpA  27.72 
 
 		 196 aa  59.7  0.00000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4250  DNA-binding transcriptional activator UhpA  27.72 
 
 		 196 aa  59.7  0.00000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3882  DNA-binding transcriptional activator UhpA  27.72 
 
 		 196 aa  59.7  0.00000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5099  DNA-binding transcriptional activator UhpA  27.72 
 
 		 196 aa  59.7  0.00000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0828785 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0030  DNA-binding transcriptional activator UhpA  27.72 
 
 		 196 aa  59.7  0.00000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03495  hypothetical protein  27.72 
 
 		 196 aa  59.7  0.00000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5726  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.85 
 
 		 228 aa  59.3  0.00000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.451347  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2683  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.58 
 
 		 209 aa  59.3  0.00000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3030  two component LuxR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 218 aa  58.9  0.00000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.640191  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2943  two component LuxR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 215 aa  58.9  0.00000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3089  two component LuxR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 218 aa  58.9  0.00000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.109155  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4121  DNA-binding transcriptional activator UhpA  27.32 
 
 		 196 aa  59.3  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.97066  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4179  DNA-binding transcriptional activator UhpA  27.32 
 
 		 196 aa  58.9  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4071  DNA-binding transcriptional activator UhpA  27.32 
 
 		 196 aa  58.9  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4016  DNA-binding transcriptional activator UhpA  27.32 
 
 		 196 aa  58.9  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4000  DNA-binding transcriptional activator UhpA  27.32 
 
 		 196 aa  58.9  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.348805  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0745  two component LuxR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 212 aa  58.9  0.00000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0700  two component transcriptional regulator, LuxR family  26.95 
 
 		 218 aa  58.9  0.00000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00980919  normal  0.316207 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3406  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.61 
 
 		 214 aa  58.5  0.0000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.588591  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0175  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.59 
 
 		 222 aa  58.5  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6057  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.16 
 
 		 217 aa  58.5  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3729  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.05 
 
 		 214 aa  58.5  0.0000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0306  two component LuxR family transcriptional regulator  25 
 
 		 215 aa  58.2  0.0000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.000000000161342  hitchhiker  0.00000159266 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19700  two component transcriptional regulator, LuxR family  24.84 
 
 		 209 aa  58.5  0.0000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6314  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.26 
 
 		 216 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1406  DNA-binding response regulator  25.38 
 
 		 215 aa  57.4  0.0000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.253896  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4376  LuxR response regulator receiver  27.87 
 
 		 265 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.945677 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0648  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.09 
 
 		 211 aa  57.8  0.0000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0377209  hitchhiker  0.00104431 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0615  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.59 
 
 		 216 aa  57.4  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4476  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.57 
 
 		 215 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4002  two component LuxR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 215 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0354  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.36 
 
 		 222 aa  57.4  0.0000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3120  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.73 
 
 		 218 aa  57.8  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.954631  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3046  two component LuxR family transcriptional regulator  33.53 
 
 		 218 aa  57.4  0.0000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.826568  normal  0.671191 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2525  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.55 
 
 		 215 aa  57.4  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0027  DNA-binding transcriptional activator UhpA  28.49 
 
 		 197 aa  58.2  0.0000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0806  two component LuxR family transcriptional regulator  24.34 
 
 		 216 aa  57.4  0.0000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1229  response regulator receiver protein  28.02 
 
 		 212 aa  57  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.643884  hitchhiker  0.00799583 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0788  two component LuxR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 218 aa  57  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.3296  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5375  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.43 
 
 		 218 aa  57.4  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0487  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.28 
 
 		 215 aa  57  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3331  response regulator receiver protein  31.98 
 
 		 227 aa  57  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.832029  normal  0.250763 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6441  response regulator receiver protein  31.65 
 
 		 227 aa  57  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.176234  normal  0.0893652 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0223  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 		 237 aa  56.6  0.0000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2486  two component LuxR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 208 aa  56.6  0.0000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1782  two component LuxR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 214 aa  56.2  0.0000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000360675 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1652  two component LuxR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 215 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.187578  normal  0.308689 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3774  two component LuxR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 215 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.329832 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4248  two component LuxR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 215 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.206342  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1026  response regulator protein  36.84 
 
 		 217 aa  56.2  0.0000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0315  two component LuxR family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 214 aa  55.8  0.0000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0084678 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>