141 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1052 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1052  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  100 
 
 		 389 aa  803    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5836  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  31.04 
 
 		 392 aa  181  2e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.174731  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5880  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  26.32 
 
 		 437 aa  110  5e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.316901  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6278  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  33.15 
 
 		 429 aa  109  1e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.188634  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2658  putative spermidine/putrescine ABC transporter, substrate-binding protein  33.52 
 
 		 432 aa  108  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.915036  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2919  putative spermidine/putrescine ABC transporter, substrate-binding protein  33.71 
 
 		 432 aa  107  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.137415  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1361  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  31.72 
 
 		 431 aa  107  5e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.721333  normal  0.0486797 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5902  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  30.69 
 
 		 433 aa  107  5e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.950335  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5257  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  31.25 
 
 		 431 aa  106  8e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.726657 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0997  putative substrate-binding component of ABC transporter  28.64 
 
 		 406 aa  104  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.88303  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0101  ABC transporter substrate-binding protein  31.25 
 
 		 427 aa  104  3e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0635162  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3534  twin-arginine translocation pathway signal  31.79 
 
 		 422 aa  103  5e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.393147  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1905  putative ABC transporter substrate-binding protein  29.9 
 
 		 421 aa  103  5e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.549817  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4739  ABC transporter substrate-binding protein  30.68 
 
 		 426 aa  103  6e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.640775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3374  ABC transporter substrate-binding protein  32.57 
 
 		 415 aa  103  7e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.76232 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0208  twin-arginine translocation pathway signal  30.9 
 
 		 435 aa  103  7e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0825185 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3636  hypothetical protein  27.71 
 
 		 421 aa  102  1e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.101349  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2472  twin-arginine translocation pathway signal  32 
 
 		 433 aa  101  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3943  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  29.44 
 
 		 420 aa  100  3e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.627454  normal  0.644555 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3269  twin-arginine translocation pathway signal  31.79 
 
 		 429 aa  100  4e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2893  putative ABC transporter substrate-binding protein  24.91 
 
 		 429 aa  100  6e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0883861 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4063  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic binding protein  30.05 
 
 		 421 aa  99.8  7e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.797968  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3337  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic binding protein  30.05 
 
 		 421 aa  99.8  8e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.874781  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1010  twin-arginine translocation pathway signal  32 
 
 		 431 aa  99.4  1e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.617003  hitchhiker  0.00435801 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7129  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  32.58 
 
 		 435 aa  95.5  1e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1216  signal peptide prediction  30.9 
 
 		 428 aa  92.8  9e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.072114 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2912  signal peptide prediction  27.98 
 
 		 423 aa  92.4  1e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.511961 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3931  hypothetical protein  26.54 
 
 		 398 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00132247 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4197  hypothetical protein  26.15 
 
 		 398 aa  80.1  0.00000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.982148  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01580  signal peptide prediction  26.09 
 
 		 427 aa  78.2  0.0000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5885  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  28.1 
 
 		 405 aa  75.1  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.29258  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3722  signal peptide prediction  25.27 
 
 		 435 aa  74.7  0.000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2816  extracellular solute-binding protein  27.24 
 
 		 354 aa  72.4  0.00000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.293576  normal  0.888288 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1002  hypothetical protein  23.4 
 
 		 412 aa  72  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.290932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1551  extracellular solute-binding protein  27.08 
 
 		 363 aa  65.9  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.161993  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8157  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  22.54 
 
 		 345 aa  63.9  0.000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1360  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  23.48 
 
 		 377 aa  63.2  0.000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0349752 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1048  extracellular solute-binding protein  25.26 
 
 		 383 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.357098  normal  0.451266 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2128  extracellular solute-binding protein  23.6 
 
 		 381 aa  59.3  0.0000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.205497  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0148  extracellular solute-binding protein family 1  23.79 
 
 		 389 aa  58.2  0.0000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.934394  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0468  ABC transport protein  25 
 
 		 372 aa  58.9  0.0000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2045  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.19 
 
 		 381 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.600032  hitchhiker  0.000000000000249454 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1330  extracellular solute-binding protein family 1  22.59 
 
 		 349 aa  58.5  0.0000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1340  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  24.09 
 
 		 349 aa  57.8  0.0000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3242  extracellular solute-binding protein  22.41 
 
 		 340 aa  58.2  0.0000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4852  extracellular solute-binding protein  23.38 
 
 		 384 aa  57.8  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0698456  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1734  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  23.79 
 
 		 381 aa  57.8  0.0000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000404923 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3926  extracellular solute-binding protein  22.27 
 
 		 374 aa  57.4  0.0000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.808306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1283  twin-arginine translocation pathway signal  24.88 
 
 		 420 aa  57.4  0.0000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00667141  normal  0.645291 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4004  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  24.18 
 
 		 349 aa  57.8  0.0000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000629977 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4390  extracellular solute-binding protein  22.27 
 
 		 374 aa  57.4  0.0000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.243685  normal  0.0624884 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1486  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  23.84 
 
 		 381 aa  57  0.0000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0980554 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3308  extracellular solute-binding protein  23.95 
 
 		 383 aa  56.6  0.0000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.033715 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2708  extracellular solute-binding protein  23.85 
 
 		 362 aa  56.6  0.0000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.15362  normal  0.342608 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4132  extracellular solute-binding protein  23.2 
 
 		 383 aa  56.2  0.0000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3076  extracellular solute-binding protein  24.59 
 
 		 351 aa  55.8  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0574821 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3851  extracellular solute-binding protein family 1  22 
 
 		 353 aa  55.8  0.000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0852756  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1208  extracellular solute-binding protein  23.31 
 
 		 366 aa  55.8  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.139759  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1010  extracellular solute-binding protein family 1  23.08 
 
 		 419 aa  56.2  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.227353 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3622  extracellular solute-binding protein family 1  23.88 
 
 		 402 aa  56.2  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.360569 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01397  predicted spermidine/putrescine transporter subunit  23.39 
 
 		 381 aa  55.1  0.000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2206  extracellular solute-binding protein family 1  23.39 
 
 		 381 aa  55.1  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.313197  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1202  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  23.44 
 
 		 345 aa  55.1  0.000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1180  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  23.44 
 
 		 349 aa  54.7  0.000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1182  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  23.44 
 
 		 349 aa  54.7  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.69652  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0281  putative polyamine-binding lipoprotein  20.86 
 
 		 412 aa  55.1  0.000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.565719  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1300  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  23.44 
 
 		 345 aa  55.1  0.000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3878  extracellular solute-binding protein  22.27 
 
 		 376 aa  55.1  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2913  extracellular solute-binding protein  24.1 
 
 		 363 aa  54.7  0.000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4491  extracellular solute-binding protein  22.27 
 
 		 376 aa  55.1  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3216  extracellular solute-binding protein  22.78 
 
 		 405 aa  55.5  0.000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.018285  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01408  hypothetical protein  23.39 
 
 		 381 aa  55.1  0.000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1378  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  23.44 
 
 		 349 aa  54.7  0.000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00178306 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1619  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  23.39 
 
 		 381 aa  55.1  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1204  extracellular solute-binding protein  23.72 
 
 		 349 aa  55.5  0.000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2219  extracellular solute-binding protein  23.1 
 
 		 381 aa  55.5  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5813  extracellular solute-binding protein  22.27 
 
 		 376 aa  55.1  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1442  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  23.44 
 
 		 349 aa  54.3  0.000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.403507  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1524  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  23.39 
 
 		 381 aa  54.7  0.000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3646  extracellular solute-binding protein  22.54 
 
 		 384 aa  54.7  0.000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8146  spermidine/putrescine binding protein of ABC transporter  21.75 
 
 		 371 aa  54.7  0.000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00458388  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2417  extracellular solute-binding protein family 1  22.76 
 
 		 386 aa  53.9  0.000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1566  extracellular solute-binding protein family 1  24.73 
 
 		 346 aa  54.3  0.000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.127283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1010  extracellular solute-binding protein  23.44 
 
 		 350 aa  53.9  0.000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1401  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  23.08 
 
 		 349 aa  53.9  0.000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4236  extracellular solute-binding protein  22.8 
 
 		 383 aa  53.5  0.000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2406  putrescine-binding periplasmic protein precursor  25.25 
 
 		 362 aa  52.8  0.000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.388567  hitchhiker  0.00509094 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3147  periplasmic polyamine-binding protein, putative  22.99 
 
 		 362 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.718398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2567  extracellular solute-binding protein  23.28 
 
 		 362 aa  52.8  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2087  hypothetical protein  27.78 
 
 		 396 aa  52.8  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0716956 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1091  extracellular solute-binding protein  22.4 
 
 		 383 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.754568 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5429  extracellular solute-binding protein  20.97 
 
 		 370 aa  51.6  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.835836  normal  0.485743 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4157  extracellular solute-binding protein  22.12 
 
 		 374 aa  50.8  0.00003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.194913  normal  0.672619 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3951  extracellular solute-binding protein  22.94 
 
 		 366 aa  51.2  0.00003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0469175  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1927  extracellular solute-binding protein family 1  23.4 
 
 		 341 aa  50.8  0.00004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.96322  hitchhiker  0.000000194914 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1064  extracellular solute-binding protein  25.08 
 
 		 373 aa  49.3  0.0001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2187  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  20.78 
 
 		 316 aa  48.5  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.202649 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3377  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 		 414 aa  48.1  0.0002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0107966  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3395  extracellular solute-binding protein family 1  30.3 
 
 		 416 aa  48.5  0.0002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1221  extracellular solute-binding protein family 1  21.61 
 
 		 359 aa  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>