More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0821 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_3956  serine hydroxymethyltransferase  73.58 
 
 		 434 aa  646    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.237015 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2481  serine hydroxymethyltransferase  81.44 
 
 		 431 aa  737    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.938329  normal  0.172432 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3171  serine hydroxymethyltransferase  72.92 
 
 		 434 aa  638    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.188905  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0920  serine hydroxymethyltransferase  74.35 
 
 		 427 aa  670    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.455334  normal  0.413463 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2908  serine hydroxymethyltransferase  72.45 
 
 		 438 aa  640    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000280655  hitchhiker  0.00545149 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0823  serine hydroxymethyltransferase  81.21 
 
 		 431 aa  736    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0354  serine hydroxymethyltransferase  81.67 
 
 		 431 aa  742    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0389221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0821  serine hydroxymethyltransferase  100 
 
 		 431 aa  885    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3366  serine hydroxymethyltransferase  73.4 
 
 		 434 aa  643    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.113105  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2991  serine hydroxymethyltransferase  86.33 
 
 		 439 aa  769    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.406931  normal  0.445034 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3495  serine hydroxymethyltransferase  72.92 
 
 		 434 aa  638    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1579  serine hydroxymethyltransferase  81.67 
 
 		 431 aa  726    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0816  serine hydroxymethyltransferase  70.21 
 
 		 431 aa  627  1e-179  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.38724 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1610  serine hydroxymethyltransferase  69.65 
 
 		 429 aa  625  1e-178  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1177  serine hydroxymethyltransferase  70.48 
 
 		 432 aa  622  1e-177  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0289619  normal  0.140013 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1266  serine hydroxymethyltransferase  70.24 
 
 		 432 aa  619  1e-176  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0458809  normal  0.240972 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2530  serine hydroxymethyltransferase  69.05 
 
 		 439 aa  616  1e-175  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1827  serine hydroxymethyltransferase  70.05 
 
 		 430 aa  615  1e-175  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.752619  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1225  serine hydroxymethyltransferase  69.36 
 
 		 433 aa  612  9.999999999999999e-175  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4276  glycine hydroxymethyltransferase  72.51 
 
 		 451 aa  613  9.999999999999999e-175  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.514948  normal  0.0110039 
 
 
-
 
NC_004310  BR0765  serine hydroxymethyltransferase  68.81 
 
 		 438 aa  609  1e-173  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0758  serine hydroxymethyltransferase  68.81 
 
 		 438 aa  610  1e-173  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1585  serine hydroxymethyltransferase  69.6 
 
 		 424 aa  608  1e-173  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.592814  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1134  serine hydroxymethyltransferase  68.32 
 
 		 437 aa  610  1e-173  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1537  serine hydroxymethyltransferase  68.94 
 
 		 435 aa  609  1e-173  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0106  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2240  serine hydroxymethyltransferase  66.9 
 
 		 436 aa  604  9.999999999999999e-173  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.435156  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000232  serine hydroxymethyltransferase  70.75 
 
 		 431 aa  602  1.0000000000000001e-171  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0055  serine hydroxymethyltransferase  68.74 
 
 		 424 aa  602  1.0000000000000001e-171  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.242168 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2110  serine hydroxymethyltransferase  67.93 
 
 		 434 aa  603  1.0000000000000001e-171  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2123  serine hydroxymethyltransferase  72.08 
 
 		 432 aa  601  1.0000000000000001e-171  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.607283  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5063  serine hydroxymethyltransferase  68.65 
 
 		 424 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0644659  normal  0.0156096 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3303  serine hydroxymethyltransferase  68.65 
 
 		 424 aa  598  1e-170  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.282627  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3546  serine hydroxymethyltransferase  68.74 
 
 		 424 aa  599  1e-170  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05971  serine hydroxymethyltransferase  69.58 
 
 		 431 aa  596  1e-169  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3104  serine hydroxymethyltransferase  70.55 
 
 		 433 aa  596  1e-169  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.425727  decreased coverage  0.00549191 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0571  serine hydroxymethyltransferase  68.5 
 
 		 424 aa  594  1e-169  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5085  serine hydroxymethyltransferase  68.74 
 
 		 424 aa  595  1e-169  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.750126 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5200  serine hydroxymethyltransferase  68.74 
 
 		 424 aa  595  1e-169  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0828  serine hydroxymethyltransferase  67.93 
 
 		 424 aa  591  1e-168  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2106  serine hydroxymethyltransferase  67.93 
 
 		 424 aa  591  1e-168  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1868  serine hydroxymethyltransferase  67.93 
 
 		 424 aa  592  1e-168  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2634  serine hydroxymethyltransferase  67.46 
 
 		 433 aa  592  1e-168  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.578785 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2659  serine hydroxymethyltransferase  68.48 
 
 		 440 aa  593  1e-168  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.719136  normal  0.877467 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0740  serine hydroxymethyltransferase  67.93 
 
 		 424 aa  591  1e-168  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2671  serine hydroxymethyltransferase  67.22 
 
 		 433 aa  591  1e-168  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.163758  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2283  glycine hydroxymethyltransferase  71.6 
 
 		 425 aa  592  1e-168  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.143968  normal  0.90339 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3283  serine hydroxymethyltransferase  68.5 
 
 		 424 aa  594  1e-168  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4497  serine hydroxymethyltransferase  68.26 
 
 		 424 aa  592  1e-168  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1006  serine hydroxymethyltransferase  67.93 
 
 		 424 aa  590  1e-167  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5022  serine hydroxymethyltransferase  68.02 
 
 		 424 aa  591  1e-167  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.903187 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0710  serine hydroxymethyltransferase  67.7 
 
 		 424 aa  588  1e-167  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0471  serine hydroxymethyltransferase  67.93 
 
 		 424 aa  590  1e-167  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4822  serine hydroxymethyltransferase  67.06 
 
 		 424 aa  588  1e-167  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1979  serine hydroxymethyltransferase  67.93 
 
 		 424 aa  590  1e-167  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00954911  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0952  serine hydroxymethyltransferase  70.17 
 
 		 435 aa  590  1e-167  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3004  serine hydroxymethyltransferase  68.17 
 
 		 432 aa  589  1e-167  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.21133  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3844  serine hydroxymethyltransferase  68.5 
 
 		 431 aa  585  1e-166  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.988817  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1131  serine hydroxymethyltransferase  69.34 
 
 		 438 aa  587  1e-166  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.584691  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1814  serine hydroxymethyltransferase  68.72 
 
 		 434 aa  585  1e-166  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3404  serine hydroxymethyltransferase  70.62 
 
 		 433 aa  579  1e-164  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1727  serine hydroxymethyltransferase  69.05 
 
 		 433 aa  578  1e-164  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.130178 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5297  serine hydroxymethyltransferase  70.62 
 
 		 433 aa  579  1e-164  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3354  serine hydroxymethyltransferase  66.98 
 
 		 432 aa  577  1.0000000000000001e-163  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0554425  normal  0.88347 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3047  serine hydroxymethyltransferase  67.21 
 
 		 434 aa  573  1.0000000000000001e-162  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.302237  normal  0.92083 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0870  glycine hydroxymethyltransferase  68.52 
 
 		 424 aa  571  1.0000000000000001e-162  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.950055  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4649  serine hydroxymethyltransferase  68.01 
 
 		 434 aa  568  1e-161  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.863224  normal  0.229311 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6867  glycine hydroxymethyltransferase  65.02 
 
 		 431 aa  567  1e-160  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.592385 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0791  serine hydroxymethyltransferase  66.82 
 
 		 435 aa  562  1.0000000000000001e-159  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0375384  normal  0.0421873 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0169  serine hydroxymethyltransferase  65.48 
 
 		 422 aa  560  1e-158  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0629  serine hydroxymethyltransferase  65 
 
 		 432 aa  560  1e-158  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.1109  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8588  serine hydroxymethyltransferase  65.61 
 
 		 420 aa  557  1e-157  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2113  serine hydroxymethyltransferase  65.05 
 
 		 424 aa  553  1e-156  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.332542  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1035  serine hydroxymethyltransferase  61.93 
 
 		 425 aa  546  1e-154  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1887  Glycine hydroxymethyltransferase  63.7 
 
 		 419 aa  542  1e-153  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.409267  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5759  glycine hydroxymethyltransferase  63.96 
 
 		 431 aa  543  1e-153  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3914  serine hydroxymethyltransferase  64.58 
 
 		 415 aa  530  1e-149  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.355744  normal  0.102127 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0902  serine hydroxymethyltransferase  62.02 
 
 		 416 aa  525  1e-148  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1025  serine hydroxymethyltransferase  61.54 
 
 		 422 aa  525  1e-148  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0692  serine hydroxymethyltransferase  60.68 
 
 		 421 aa  525  1e-148  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.414357  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2305  serine hydroxymethyltransferase  62 
 
 		 434 aa  527  1e-148  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0722  serine hydroxymethyltransferase  64.88 
 
 		 436 aa  521  1e-147  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.59476  normal  0.142236 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2927  serine hydroxymethyltransferase  63.79 
 
 		 415 aa  522  1e-147  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0678  serine hydroxymethyltransferase  65.12 
 
 		 415 aa  523  1e-147  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.478588 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0759  serine hydroxymethyltransferase  61.72 
 
 		 417 aa  521  1e-146  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0765  serine hydroxymethyltransferase  64.34 
 
 		 415 aa  518  1e-146  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186767  normal  0.156833 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0085  serine hydroxymethyltransferase  61 
 
 		 422 aa  518  1e-146  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3895  serine hydroxymethyltransferase  64.34 
 
 		 415 aa  520  1e-146  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2938  serine hydroxymethyltransferase  62.89 
 
 		 421 aa  519  1e-146  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.684623 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0282  serine hydroxymethyltransferase  63.31 
 
 		 427 aa  518  1e-146  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0686  serine hydroxymethyltransferase  60.29 
 
 		 424 aa  519  1e-146  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.138461  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2680  serine hydroxymethyltransferase  64.88 
 
 		 508 aa  518  1e-146  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4270  serine hydroxymethyltransferase  65.55 
 
 		 423 aa  520  1e-146  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.978969  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04405  serine hydroxymethyltransferase  62.26 
 
 		 417 aa  516  1.0000000000000001e-145  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2581  serine hydroxymethyltransferase  63.86 
 
 		 415 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.848716  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1379  serine hydroxymethyltransferase  62.65 
 
 		 415 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0700  serine hydroxymethyltransferase  64.34 
 
 		 431 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0504784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0683  serine hydroxymethyltransferase  64.1 
 
 		 431 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40970  serine hydroxymethyltransferase  60.82 
 
 		 417 aa  516  1.0000000000000001e-145  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3094  glycine hydroxymethyltransferase  61.15 
 
 		 417 aa  515  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0806  serine hydroxymethyltransferase  63.86 
 
 		 415 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>