More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_2140 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_2140  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 226 aa  431  1e-120  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.154929  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2701  two component transcriptional regulator, winged helix family  58.11 
 
 		 225 aa  251  7e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1861  two component transcriptional regulator  58.11 
 
 		 225 aa  249  2e-65  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.266417 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3959  two component transcriptional regulator  60.1 
 
 		 225 aa  247  1e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.414912  normal  0.149176 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3607  DNA-binding transcriptional regulator BasR  47 
 
 		 220 aa  192  4e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000202279  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3980  DNA-binding transcriptional regulator BasR  47 
 
 		 220 aa  192  4e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000564215  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3741  DNA-binding transcriptional regulator BasR  47 
 
 		 220 aa  192  4e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3617  DNA-binding transcriptional regulator BasR  48.18 
 
 		 220 aa  187  1e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000270917  normal  0.430126 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0392  DNA-binding transcriptional regulator BasR  44.5 
 
 		 222 aa  187  1e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.421328  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3105  two component transcriptional regulator  45.66 
 
 		 219 aa  186  3e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.136173  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3674  two component transcriptional regulator  46.12 
 
 		 219 aa  185  5e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18630  Response regulator, two-component  46.79 
 
 		 219 aa  182  3e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3354  two component transcriptional regulator  44.7 
 
 		 220 aa  179  4e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.44436  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0575  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.43 
 
 		 224 aa  177  9e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.21251 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3309  two component transcriptional regulator  44.75 
 
 		 220 aa  177  9e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03984  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with BasS  46.76 
 
 		 222 aa  177  1e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3879  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.76 
 
 		 222 aa  177  1e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2713  DNA-binding response regulator  45.16 
 
 		 220 aa  177  1e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.20215  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4667  DNA-binding transcriptional regulator BasR  46.76 
 
 		 222 aa  177  1e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03945  hypothetical protein  46.76 
 
 		 222 aa  177  1e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5626  DNA-binding transcriptional regulator BasR  46.76 
 
 		 222 aa  177  1e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4353  DNA-binding transcriptional regulator BasR  46.76 
 
 		 222 aa  177  1e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3914  DNA-binding transcriptional regulator BasR  46.76 
 
 		 222 aa  177  1e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.730701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4578  DNA-binding transcriptional regulator BasR  46.76 
 
 		 222 aa  177  1e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.800667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5326  two component transcriptional regulator  43.86 
 
 		 235 aa  176  2e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4554  DNA-binding transcriptional regulator BasR  45.83 
 
 		 222 aa  176  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4547  DNA-binding transcriptional regulator BasR  45.83 
 
 		 222 aa  176  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4638  DNA-binding transcriptional regulator BasR  45.83 
 
 		 222 aa  176  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.514718  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4638  DNA-binding transcriptional regulator BasR  45.83 
 
 		 222 aa  176  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4687  DNA-binding transcriptional regulator BasR  45.83 
 
 		 222 aa  176  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.20519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3039  two component transcriptional regulator  44.7 
 
 		 220 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00402  putative two component response regulator transcription regulator protein  41.59 
 
 		 221 aa  175  5e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00497843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1228  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  40.83 
 
 		 218 aa  175  5e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.169339 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2384  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.58 
 
 		 219 aa  174  7e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23421  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03384  response regulator  40.45 
 
 		 221 aa  174  9e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000742618  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1783  two component transcriptional regulator  44.7 
 
 		 220 aa  174  9e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0310  DNA-binding transcriptional regulator BasR  43.58 
 
 		 232 aa  174  9e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0214332  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3004  two component transcriptional regulator  44.29 
 
 		 221 aa  174  9.999999999999999e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.195535 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4039  winged helix family two component transcriptional regulator  44.29 
 
 		 221 aa  174  9.999999999999999e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4978  winged helix family two component transcriptional regulator  44.29 
 
 		 221 aa  174  9.999999999999999e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.140502  normal  0.541541 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3610  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.12 
 
 		 221 aa  173  1.9999999999999998e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4687  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.12 
 
 		 221 aa  173  1.9999999999999998e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.195761 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1535  two component transcriptional regulator  45.87 
 
 		 222 aa  172  3.9999999999999995e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3430  transcriptional regulator  45.33 
 
 		 221 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325979  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3075  two component transcriptional regulator  45.33 
 
 		 220 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0867071  normal  0.535547 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2298  two component transcriptional regulator  43.18 
 
 		 221 aa  171  5.999999999999999e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0500017  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1940  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.41 
 
 		 219 aa  171  6.999999999999999e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.359722  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2815  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  44.5 
 
 		 218 aa  171  6.999999999999999e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.877458  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3910  two component transcriptional regulator  42.59 
 
 		 219 aa  170  1e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.598174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0688  two component transcriptional regulator  43.38 
 
 		 220 aa  169  2e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3820  two component transcriptional regulator  44.44 
 
 		 221 aa  169  2e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0699  two component transcriptional regulator  44.5 
 
 		 220 aa  169  5e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2328  two component transcriptional regulator  42.47 
 
 		 227 aa  168  6e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.117296 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3267  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.5 
 
 		 220 aa  167  1e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.387524  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1765  DNA-binding response regulator  47.66 
 
 		 255 aa  167  1e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.003723  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5497  DNA-binding response regulator  44.09 
 
 		 221 aa  167  1e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.553345  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4016  DNA-binding transcriptional regulator BasR  43.69 
 
 		 222 aa  166  2e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.727043  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0286  two component transcriptional regulator  45.21 
 
 		 227 aa  166  2e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3691  two component transcriptional regulator  46.73 
 
 		 220 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000843383  normal  0.576087 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3836  DNA-binding transcriptional regulator BasR  43.69 
 
 		 222 aa  166  4e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0136  two component transcriptional regulator  44.65 
 
 		 220 aa  166  4e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.235991  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0277  two component transcriptional regulator  44.93 
 
 		 235 aa  165  4e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.344057 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1312  transcriptional regulatory protein  40.27 
 
 		 232 aa  165  5e-40  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0158381  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0210  DNA-binding response regulator  39.11 
 
 		 225 aa  165  5.9999999999999996e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6335  two component transcriptional regulator  45.21 
 
 		 223 aa  164  8e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.923263 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4873  two component transcriptional regulator  47.2 
 
 		 220 aa  164  9e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00274413  hitchhiker  0.0000000776703 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4356  two component transcriptional regulator  47.2 
 
 		 220 aa  164  9e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00111042  unclonable  0.00000437588 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0050  DNA-binding response regulator  46.73 
 
 		 220 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000526726  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0830  DNA-binding response regulator  46.73 
 
 		 220 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0346205  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2208  response regulator protein  46.73 
 
 		 220 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000167641  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0866  DNA-binding response regulator  46.73 
 
 		 220 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.775386  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0958  DNA-binding response regulator  46.73 
 
 		 220 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000129968  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1570  DNA-binding response regulator  46.73 
 
 		 220 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00189564  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1372  transcriptional regulatory protein  39.82 
 
 		 223 aa  164  1.0000000000000001e-39  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000000461157  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63150  two-component response regulator  44.09 
 
 		 221 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.388672  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2076  OmpR family two-component transcriptional regulator  37.05 
 
 		 224 aa  163  2.0000000000000002e-39  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000231542  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0469  two component transcriptional regulator  45.66 
 
 		 220 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.601273  normal  0.0513669 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3019  two component transcriptional regulator  42.86 
 
 		 220 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.933394  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0503  two component transcriptional regulator  44.5 
 
 		 227 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5798  winged helix family two component transcriptional regulator  42.15 
 
 		 242 aa  163  2.0000000000000002e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0751826 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4225  winged helix family two component transcriptional regulator  44.39 
 
 		 227 aa  162  3e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6226  two component transcriptional regulator  45.87 
 
 		 221 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.344594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5363  two component transcriptional regulator  46.73 
 
 		 220 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00637832  normal  0.125402 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3443  two component transcriptional regulator  46.73 
 
 		 220 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0448196  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4924  two component transcriptional regulator  46.73 
 
 		 220 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000483234  normal  0.0512749 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3792  two component transcriptional regulator  43.56 
 
 		 227 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.358087  normal  0.612342 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5866  two component transcriptional regulator  45.87 
 
 		 221 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4177  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.81 
 
 		 223 aa  162  5.0000000000000005e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.622163  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1183  two component transcriptional regulator  42.01 
 
 		 228 aa  161  6e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3252  two component transcriptional regulator  42.27 
 
 		 220 aa  161  7e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0768  two component transcriptional regulator  46.73 
 
 		 220 aa  161  7e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00104047  hitchhiker  0.00200685 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1696  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.73 
 
 		 220 aa  161  7e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.904967  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2032  DNA-binding response regulator  42.73 
 
 		 220 aa  161  7e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0270369  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02110  two-component response regulator transcription regulator protein  42.98 
 
 		 246 aa  160  1e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0692  two component transcriptional regulator  37.5 
 
 		 224 aa  160  1e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.478389  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0644  two component transcriptional regulator  39.53 
 
 		 222 aa  160  1e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.553024  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3550  two component transcriptional regulator  43.93 
 
 		 227 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0188344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2190  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.41 
 
 		 219 aa  160  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3680  histidine kinase A domain-containing protein  45.33 
 
 		 220 aa  160  2e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.894604 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0675  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.35 
 
 		 219 aa  159  3e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>