More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caul_2245 on replicon NC_010338
Organism: Caulobacter sp. K31



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010338  Caul_2245  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
167 aa  343  7e-94  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.487032  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1990  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.26 
 
 
178 aa  100  7e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.730289  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1040  RNA polymerase sigma factor  30.13 
 
 
167 aa  78.2  0.00000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.424597 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0925  RNA polymerase sigma factor  31.33 
 
 
164 aa  77.4  0.00000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0688  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.11 
 
 
174 aa  76.6  0.0000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.959596  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1209  RNA polymerase sigma-70 family protein  30 
 
 
168 aa  75.1  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3476  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.75 
 
 
171 aa  74.7  0.0000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4611  RNA polymerase sigma factor  30.77 
 
 
170 aa  74.3  0.0000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4594  RNA polymerase sigma factor  31.41 
 
 
164 aa  73.9  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.72 
 
 
182 aa  73.6  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0235301  normal  0.0117443 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0745  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.76 
 
 
167 aa  72.4  0.000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1169  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.46 
 
 
187 aa  72  0.000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3577  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  29.38 
 
 
170 aa  71.2  0.000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2194  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.38 
 
 
170 aa  70.9  0.000000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.586954  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04159  RNA polymerase, sigma 19 factor  29.8 
 
 
173 aa  70.5  0.00000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.829969  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3707  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.8 
 
 
173 aa  70.5  0.00000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04122  hypothetical protein  29.8 
 
 
173 aa  70.5  0.00000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.818626  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0745  RNA polymerase sigma factor FecI  29.8 
 
 
173 aa  70.5  0.00000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.189882  normal  0.166474 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4870  RNA polymerase sigma factor FecI  29.8 
 
 
173 aa  70.5  0.00000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2681  sigma-24 (FecI-like)  28.03 
 
 
179 aa  70.1  0.00000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1206  RNA polymerase sigma factor  29.5 
 
 
169 aa  69.7  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5893  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.41 
 
 
171 aa  69.3  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.830728  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  31.51 
 
 
188 aa  68.6  0.00000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13460  RNA polymerase sigma factor  28.78 
 
 
169 aa  68.6  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0861545  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3271  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.14 
 
 
168 aa  67.8  0.00000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.24577  normal  0.0205939 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30 
 
 
171 aa  67.8  0.00000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3274  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.12 
 
 
167 aa  66.6  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.41453  normal  0.0460186 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2779  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.66 
 
 
168 aa  66.2  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.310958  normal  0.121216 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2994  sigma-24 (FecI-like)  38.81 
 
 
183 aa  66.6  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0287557 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3086  RNA polymerase sigma-70 factor, putative  28.66 
 
 
168 aa  65.9  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2337  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.39 
 
 
170 aa  65.5  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.76938  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44150  FecI-like iron uptake RNA polymerase sigma factor  27.52 
 
 
168 aa  65.5  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.155686  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3796  sigma-24 (FecI)  27.81 
 
 
196 aa  65.1  0.0000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0950269  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0695  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.7 
 
 
168 aa  65.1  0.0000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.928868  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4074  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.19 
 
 
172 aa  63.5  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.240702  normal  0.858688 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1359  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.49 
 
 
169 aa  63.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3759  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  31.45 
 
 
180 aa  63.5  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512296  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0877  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.49 
 
 
169 aa  63.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4054  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.45 
 
 
180 aa  63.5  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4499  RNA polymerase sigma J factor  26.35 
 
 
166 aa  62.8  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00864259  normal  0.0452854 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0872  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.09 
 
 
168 aa  62.4  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64700  RNA polymerase sigma factor  29.27 
 
 
178 aa  62.4  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00208026  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  29.79 
 
 
158 aa  62.4  0.000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4502  sigma-24 (FecI-like)  28.85 
 
 
169 aa  62.4  0.000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0212205  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4001  RNA polymerase sigma K factor  28.21 
 
 
169 aa  62  0.000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.108923  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3268  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.94 
 
 
163 aa  62  0.000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.191467  hitchhiker  0.00214014 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1339  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.58 
 
 
169 aa  62  0.000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.427786  normal  0.0741559 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3324  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.57 
 
 
169 aa  61.6  0.000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1828  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.99 
 
 
169 aa  62  0.000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.528128  normal  0.28254 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0656  sigma-70 region 2  35.38 
 
 
151 aa  61.6  0.000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2388  sigma-24 (FecI-like)  29.03 
 
 
185 aa  61.2  0.000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0412661  hitchhiker  0.0000504088 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1151  RNA polymerase sigma factor  29.94 
 
 
173 aa  60.8  0.000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3664  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.52 
 
 
166 aa  61.2  0.000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.409178  normal  0.448138 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0123  sigma-24 (FecI)  29.14 
 
 
182 aa  60.8  0.000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.332302  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5453  sigma-24 (FecI-like)  31.16 
 
 
172 aa  60.8  0.000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2598  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.61 
 
 
201 aa  60.8  0.000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3780  RNA polymerase sigma factor  29.1 
 
 
158 aa  60.8  0.000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1587  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.19 
 
 
166 aa  60.1  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.681382  normal  0.242514 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0704  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  27.46 
 
 
171 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40940  RNA polymerase sigma factor, FecI family  25.88 
 
 
166 aa  59.7  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4479  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.87 
 
 
171 aa  59.7  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.768713 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6117  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.43 
 
 
183 aa  59.7  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2205  sigma-24 (FecI-like)  34.13 
 
 
193 aa  58.9  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.367222  normal  0.070332 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  28.69 
 
 
158 aa  58.9  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2529  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.87 
 
 
202 aa  58.9  0.00000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39800  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  27.95 
 
 
168 aa  58.9  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2580  sigma-70 region 2  27.97 
 
 
169 aa  58.5  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.346499  normal  0.245048 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0690  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.07 
 
 
168 aa  58.5  0.00000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55550  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  30.26 
 
 
181 aa  58.5  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0813524 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3812  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.14 
 
 
172 aa  58.5  0.00000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0938836  normal  0.91348 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4015  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.82 
 
 
166 aa  57.8  0.00000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0667  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  28.75 
 
 
178 aa  57.8  0.00000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1182  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  27.34 
 
 
169 aa  57.8  0.00000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.324595  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0420  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  27.34 
 
 
164 aa  57.8  0.00000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.193061  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1159  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  27.34 
 
 
169 aa  57.8  0.00000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0141  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  27.34 
 
 
169 aa  57.8  0.00000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0728748  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06180  RNA polymerase sigma factor  29.93 
 
 
172 aa  57.8  0.00000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.281942  normal  0.0383866 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4194  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.71 
 
 
170 aa  57.8  0.00000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.746772  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37990  RNA polymerase sigma factor  30.83 
 
 
168 aa  57.8  0.00000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000275942  normal  0.0180544 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4835  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  31.47 
 
 
181 aa  57.4  0.00000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5187  RNA polymerase sigma factor  31.03 
 
 
172 aa  57.4  0.00000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.879511  normal  0.435335 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05265  RNA polymerase sigma factor SigZ  28.38 
 
 
186 aa  57.4  0.00000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0018  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  27.34 
 
 
169 aa  57  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.50478  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5619  RNA polymerase sigma factor  28.16 
 
 
178 aa  57  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1383  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  27.34 
 
 
169 aa  57  0.0000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00102713  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1506  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  27.34 
 
 
169 aa  57  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0804229  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21550  ECF sigma factor, FecI family  29.41 
 
 
175 aa  57  0.0000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1419  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  27.34 
 
 
169 aa  57  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0340587  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0995  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.46 
 
 
173 aa  56.6  0.0000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1717  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  29.38 
 
 
171 aa  56.2  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17710  sigma factor, FecI family  27.04 
 
 
170 aa  56.2  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.463274  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1935  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.87 
 
 
169 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.020135 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4750  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.88 
 
 
199 aa  56.2  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.135059  normal  0.660799 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3326  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.66 
 
 
179 aa  56.6  0.0000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  29.05 
 
 
159 aa  56.6  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3372  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  26.35 
 
 
157 aa  56.2  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.163111  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  30.77 
 
 
374 aa  55.8  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  31.21 
 
 
374 aa  55.8  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0578  RNA polymerase sigma factor  29.2 
 
 
172 aa  55.8  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0655  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.33 
 
 
189 aa  55.8  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>