More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_3355 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_3355  cold-shock DNA-binding protein family protein  100 
 
 		 193 aa  404  1.0000000000000001e-112  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0537  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.79 
 
 		 195 aa  172  1.9999999999999998e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.120085  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3697  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.14 
 
 		 203 aa  132  3e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0733  cold shock domain-contain protein  35.9 
 
 		 203 aa  124  8.000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.83 
 
 		 205 aa  123  1e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0647  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.74 
 
 		 217 aa  122  3e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3647  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.47 
 
 		 204 aa  121  5e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0689  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.09 
 
 		 219 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0680  cold-shock DNA-binding domain protein  31.16 
 
 		 219 aa  119  3e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0659  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  31.46 
 
 		 217 aa  118  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3544  cold-shock DNA-binding protein family protein  32.98 
 
 		 192 aa  118  4.9999999999999996e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0545  cold-shock DNA-binding domain protein  36.96 
 
 		 168 aa  117  9.999999999999999e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.803384  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3103  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.39 
 
 		 186 aa  114  6.9999999999999995e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0104717 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4295  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.64 
 
 		 206 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3373  cold-shock DNA-binding protein family protein  33.87 
 
 		 185 aa  112  3e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0441  cold-shock protein, DNA-binding  27.97 
 
 		 239 aa  101  7e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00249195  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0580  cold-shock DNA-binding protein family protein  30.5 
 
 		 197 aa  99.4  3e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3678  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.8 
 
 		 188 aa  97.8  9e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0875  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.2 
 
 		 177 aa  97.4  1e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.377088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1304  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.59 
 
 		 201 aa  95.1  5e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.366521  normal  0.14728 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1486  cold-shock protein  30.39 
 
 		 176 aa  86.7  2e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00940094  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0693  hypothetical protein  75 
 
 		 143 aa  84  0.000000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1043  hypothetical protein  70.45 
 
 		 156 aa  77.8  0.00000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0355222  normal  0.453598 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2028  cold shock DNA-binding domain-containing protein  58.06 
 
 		 203 aa  73.6  0.000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.344773  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3072  cold-shock protein, DNA-binding  28.35 
 
 		 197 aa  72.4  0.000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01686  cold shock domain protein  32.56 
 
 		 129 aa  70.9  0.00000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.711044  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2336  hypothetical protein  39.6 
 
 		 111 aa  69.3  0.00000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.900928  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3705  Excalibur domain-containing protein  39.33 
 
 		 97 aa  68.2  0.00000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0396  hypothetical protein  64.29 
 
 		 134 aa  66.2  0.0000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.713289  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4786  putative cold-shock protein, DNA-binding  36.36 
 
 		 104 aa  66.2  0.0000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.548437  normal  0.675436 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0899  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.67 
 
 		 70 aa  62  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1730  cold-shock DNA-binding protein family protein  51.67 
 
 		 71 aa  61.6  0.000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.244991 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1283  cold-shock DNA-binding domain protein  51.67 
 
 		 70 aa  61.6  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.165738 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1841  Excalibur domain protein  60 
 
 		 102 aa  61.6  0.000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1911  hypothetical protein  60.53 
 
 		 87 aa  60.8  0.00000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.357462  n/a   
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4616  hypothetical protein  40.91 
 
 		 231 aa  60.8  0.00000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.825297 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1364  cold-shock DNA-binding domain protein  51.67 
 
 		 71 aa  60.8  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.185476  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3143  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.44 
 
 		 68 aa  60.8  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1179  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.57 
 
 		 70 aa  59.7  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.810409  normal  0.131975 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5339  cold-shock DNA-binding protein family protein  45.83 
 
 		 71 aa  59.7  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3148  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.33 
 
 		 71 aa  59.3  0.00000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0858327  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0662  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.63 
 
 		 70 aa  58.9  0.00000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.662229 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0148  cold shock DNA-binding domain-containing protein  29.25 
 
 		 201 aa  58.5  0.00000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2134  cold-shock DNA-binding protein family protein  51.79 
 
 		 70 aa  58.5  0.00000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.895111  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3494  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.62 
 
 		 224 aa  58.2  0.00000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0199101  normal  0.508028 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2980  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.15 
 
 		 73 aa  57.8  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.0073832  normal  0.0936276 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01099  integral membrane protein  43.64 
 
 		 60 aa  57  0.0000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0894512  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06258  integral membrane protein  43.64 
 
 		 60 aa  57  0.0000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0533489  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3098  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 		 69 aa  57  0.0000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.392301 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2344  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.21 
 
 		 249 aa  56.6  0.0000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.157339 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2873  cold-shock DNA-binding protein family protein  50.88 
 
 		 70 aa  56.6  0.0000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3653  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.67 
 
 		 80 aa  57  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.820165  normal  0.8886 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4644  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.03 
 
 		 68 aa  55.8  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47870  SNase-like protein  37.5 
 
 		 225 aa  56.2  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6292  cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 		 67 aa  55.5  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.392497  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1892  cold-shock protein DNA-binding  51.67 
 
 		 69 aa  55.5  0.0000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0735  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.27 
 
 		 68 aa  55.1  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.976411  normal  0.373537 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2024  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.27 
 
 		 68 aa  55.1  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3620  cold-shock DNA-binding protein  38.1 
 
 		 68 aa  55.1  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0841  cold-shock DNA-binding domain protein  46.67 
 
 		 69 aa  54.7  0.0000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3625  cold-shock DNA-binding protein family protein  39.68 
 
 		 68 aa  55.1  0.0000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.164813  normal  0.0835288 
 
 
-
 
NC_004310  BR1514  cold-shock family protein  50.88 
 
 		 71 aa  54.3  0.0000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1464  cold-shock family protein  50.88 
 
 		 83 aa  54.3  0.0000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2245  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.94 
 
 		 68 aa  54.3  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.38362 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1345  cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 		 69 aa  54.3  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.708004 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0591  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.94 
 
 		 68 aa  54.3  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3621  cold-shock DNA-binding protein  39.13 
 
 		 77 aa  53.9  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_12737  predicted protein  40 
 
 		 71 aa  53.9  0.000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2628  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  31.68 
 
 		 237 aa  53.9  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.326591  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0495  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.94 
 
 		 68 aa  54.3  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.309606 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0440  cold-shock DNA-binding domain protein  45.31 
 
 		 68 aa  54.3  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.270892  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1185  cold-shock protein DNA-binding  50 
 
 		 69 aa  54.3  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0202677 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4258  hypothetical protein  38.1 
 
 		 68 aa  53.5  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.321323  normal  0.982609 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5491  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.31 
 
 		 69 aa  53.5  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.599855  normal  0.0633447 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0603  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.68 
 
 		 68 aa  53.1  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1952  cold-shock DNA-binding protein family protein  39.68 
 
 		 77 aa  53.5  0.000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3142  cold-shock DNA-binding protein family protein  48.39 
 
 		 267 aa  53.5  0.000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.11906  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1094  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.44 
 
 		 68 aa  53.1  0.000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0243204 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1650  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 		 71 aa  53.1  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2743  cold-shock DNA-binding domain protein  50.88 
 
 		 71 aa  53.5  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3306  cold-shock DNA-binding protein family protein  50 
 
 		 69 aa  53.1  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3003  cold-shock DNA-binding domain protein  50.88 
 
 		 71 aa  53.5  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.667413 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5433  cold-shock DNA-binding domain protein  48.08 
 
 		 67 aa  53.5  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0949203  hitchhiker  0.00613475 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3261  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.07 
 
 		 69 aa  53.1  0.000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1327  cold-shock DNA-binding domain protein  37.18 
 
 		 209 aa  52.8  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2681  cold-shock DNA-binding domain protein  41.94 
 
 		 68 aa  53.1  0.000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.741556  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1358  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.07 
 
 		 70 aa  52.8  0.000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000569017 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5022  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.31 
 
 		 69 aa  52.8  0.000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.499823  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03487  putative cold shock-like protein cspG  43.48 
 
 		 69 aa  52.8  0.000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1257  putative cold shock-like protein  44.07 
 
 		 70 aa  52.8  0.000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.143325 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2065  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.27 
 
 		 68 aa  52.8  0.000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00142025 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3140  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.92 
 
 		 68 aa  52.8  0.000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.577228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1356  cold-shock DNA-binding domain protein  37.18 
 
 		 211 aa  53.1  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000728005 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6274  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.44 
 
 		 69 aa  52.4  0.000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.517051  normal  1 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4329  hypothetical protein  40.32 
 
 		 68 aa  52  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.208733 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1034  cold shock-like protein CspG  42.65 
 
 		 69 aa  52.4  0.000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2208  cold-shock DNA-binding domain protein  43.33 
 
 		 70 aa  52  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1412  cold-shock DNA-binding domain protein  29.46 
 
 		 204 aa  52  0.000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0009  cold-shock DNA-binding domain protein  41.27 
 
 		 68 aa  52  0.000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0954  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.33 
 
 		 68 aa  52  0.000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.631034  normal  0.812615 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>