More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_2043 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_2043  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 301 aa  606  9.999999999999999e-173  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0201239 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3972  transcriptional regulator, LysR family  71.68 
 
 		 290 aa  432  1e-120  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.539767  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4138  LysR family transcriptional regulator  68.4 
 
 		 292 aa  416  9.999999999999999e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.151589 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0274  LysR family transcriptional regulator  62.69 
 
 		 286 aa  366  1e-100  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2626  transcriptional regulator, LysR family  59.57 
 
 		 290 aa  355  5e-97  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.117522  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3167  LysR family transcriptional regulator  58.3 
 
 		 283 aa  344  1e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21400  Transcriptional regulator, LysR family  58.27 
 
 		 317 aa  338  9e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1220  transcriptional regulator, LysR family  50.91 
 
 		 289 aa  295  6e-79  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.286254  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1129  transcriptional regulator, LysR family  50.55 
 
 		 289 aa  293  3e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.412971  normal  0.826624 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2551  transcriptional regulator, LysR family  45.86 
 
 		 311 aa  261  8e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.405251  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1452  transcriptional regulator LrhA  49.82 
 
 		 309 aa  259  3e-68  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1817  LysR-family transcriptional regulatory protein  49.82 
 
 		 309 aa  259  3e-68  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2773  transcriptional regulator, LysR family  45.65 
 
 		 316 aa  258  8e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.785949  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1393  transcriptional regulator, LysR family  46.21 
 
 		 309 aa  258  1e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00391228  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1559  LysR family transcriptional regulator  49.82 
 
 		 310 aa  257  2e-67  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.30474  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2469  HTH-type transcriptional regulator PecT  48.01 
 
 		 312 aa  255  7e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000182505  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2676  HTH-type transcriptional regulator PecT  48.01 
 
 		 312 aa  255  7e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00370653  normal  0.784227 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2514  HTH-type transcriptional regulator PecT  48.01 
 
 		 312 aa  255  7e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00051335  normal  0.704874 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2558  HTH-type transcriptional regulator PecT  48.01 
 
 		 312 aa  254  9e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.00000175067  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1491  transcriptional regulator, LysR family  45.65 
 
 		 316 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3309  LysR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 311 aa  253  3e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000301615  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2569  HTH-type transcriptional regulator PecT  47.65 
 
 		 312 aa  252  5.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00146874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2833  LysR family transcriptional regulator  47.64 
 
 		 312 aa  251  1e-65  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000597917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2582  transcriptional regulator LrhA  45.49 
 
 		 312 aa  240  2e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.210285  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3428  transcriptional regulator LrhA  45.49 
 
 		 312 aa  240  2e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0286077  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2665  transcriptional regulator LrhA  45.49 
 
 		 312 aa  240  2e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0194806  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1367  transcriptional regulator, LysR family  45.13 
 
 		 312 aa  239  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.189941  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02214  DNA-binding transcriptional repressor of flagellar, motility and chemotaxis genes  45.13 
 
 		 312 aa  239  5e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2438  transcriptional regulator LrhA  45.13 
 
 		 312 aa  239  5e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.340717  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02174  hypothetical protein  45.13 
 
 		 312 aa  239  5e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2444  transcriptional regulator LrhA  45.13 
 
 		 312 aa  239  5e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.531383  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1363  LysR family transcriptional regulator  45.13 
 
 		 312 aa  239  5e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.556937 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4190  LysR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 282 aa  225  6e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0252504  normal  0.417297 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3930  LysR family transcriptional regulator  39.84 
 
 		 283 aa  193  2e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.983373  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 283 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 323 aa  175  9e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3624  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.07 
 
 		 296 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00214713  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1863  LysR family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 283 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0321846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3851  LysR family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 283 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.522354  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1438  LysR family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 283 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  0.234333 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  35.27 
 
 		 284 aa  170  3e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0795  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.53 
 
 		 291 aa  169  6e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 284 aa  169  7e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 292 aa  166  5e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0185  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 299 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  37.22 
 
 		 298 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 290 aa  163  4.0000000000000004e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2133  LysR family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 284 aa  162  6e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00732746  normal  0.30911 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0877  transcriptional regulator, LysR family  37.45 
 
 		 287 aa  162  7e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.672229  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  36.5 
 
 		 322 aa  161  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  36.5 
 
 		 322 aa  161  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 289 aa  160  3e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3101  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 306 aa  159  7e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.04033 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1319  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 		 299 aa  157  1e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.131151 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2204  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 306 aa  158  1e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150057 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 296 aa  157  2e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1770  LysR family transcriptional regulator  36.94 
 
 		 293 aa  157  2e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.103333  normal  0.0253433 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 321 aa  156  4e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 316 aa  155  5.0000000000000005e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2337  LysR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 296 aa  155  7e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0717  transcriptional regulator, LysR family  36.8 
 
 		 292 aa  154  1e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.313627  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0525  LysR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 316 aa  154  1e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4222  transcriptional regulator, LysR family  35.21 
 
 		 293 aa  155  1e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1770  transcriptional regulator, LysR family  35.27 
 
 		 284 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 283 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2994  LysR family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 348 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  36.14 
 
 		 332 aa  153  4e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1845  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 303 aa  152  5e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000102688 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1683  LysR substrate-binding  36.8 
 
 		 292 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2002  transcriptional regulator, LysR family  36.8 
 
 		 292 aa  152  7e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 294 aa  152  8e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 322 aa  152  8.999999999999999e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2857  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 348 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.682675 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1431  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 289 aa  150  2e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3585  transcriptional regulator, LysR family  36.6 
 
 		 298 aa  149  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0651173 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 287 aa  149  5e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1168  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 291 aa  149  6e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.851796  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4417  LysR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 294 aa  148  9e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0255776 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1647  LysR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 289 aa  148  1.0000000000000001e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2879  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 284 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.624518 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1913  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 290 aa  147  3e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.980095  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2383  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 294 aa  147  3e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4935  LysR family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 285 aa  146  5e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.929926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3636  transcriptional regulator, LysR family  35.18 
 
 		 295 aa  145  7.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3312  transcriptional regulator, LysR family  35.18 
 
 		 294 aa  145  9e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5283  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 285 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.287276  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2045  transcriptional regulator, LysR family  31.56 
 
 		 285 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000182672 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2125  HTH-type transcriptional regulator  30.98 
 
 		 298 aa  144  2e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0160  transcriptional regulator, LysR family  38.37 
 
 		 291 aa  144  2e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0666  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 294 aa  143  4e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.659834  normal  0.452137 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3363  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 294 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.443471  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5004  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 294 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.492991  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2824  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 306 aa  142  7e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2951  transcriptional regulator, LysR family  32.83 
 
 		 304 aa  142  7e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  33.98 
 
 		 309 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0607  transcriptional regulator, LysR family  35.47 
 
 		 298 aa  141  9.999999999999999e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2674  LysR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 294 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2839  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 304 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0425  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 281 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3319  transcriptional regulator, LysR family  35.79 
 
 		 284 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.914032  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>