More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_5951 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010676  Bphyt_5951  extracellular solute-binding protein family 1  100 
 
 
382 aa  790    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2187  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  93.04 
 
 
316 aa  616  1e-175  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.202649 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5429  extracellular solute-binding protein  73.78 
 
 
370 aa  547  1e-154  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.835836  normal  0.485743 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1360  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  74.4 
 
 
377 aa  513  1e-144  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0349752 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5813  extracellular solute-binding protein  72.95 
 
 
376 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3878  extracellular solute-binding protein  72.95 
 
 
376 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4491  extracellular solute-binding protein  72.95 
 
 
376 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4390  extracellular solute-binding protein  67.31 
 
 
374 aa  498  1e-140  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.243685  normal  0.0624884 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3926  extracellular solute-binding protein  67.03 
 
 
374 aa  498  1e-140  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.808306  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4157  extracellular solute-binding protein  67.83 
 
 
374 aa  478  1e-134  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.194913  normal  0.672619 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3242  extracellular solute-binding protein  53.12 
 
 
340 aa  365  1e-100  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1330  extracellular solute-binding protein family 1  53.92 
 
 
349 aa  354  1e-96  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1540  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  24.78 
 
 
353 aa  117  1.9999999999999998e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.713242  normal  0.652305 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0492  transport protein  29.55 
 
 
369 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1208  extracellular solute-binding protein  29.11 
 
 
366 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.139759  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1204  extracellular solute-binding protein  26.09 
 
 
349 aa  111  3e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1202  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  25.5 
 
 
345 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1300  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  25.5 
 
 
345 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1401  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  25.33 
 
 
349 aa  108  2e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1180  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  25.33 
 
 
349 aa  108  2e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1182  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  25.33 
 
 
349 aa  108  2e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.69652  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1378  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  25.33 
 
 
349 aa  108  2e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00178306 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1340  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  25.26 
 
 
349 aa  107  2e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1442  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  25.33 
 
 
349 aa  108  2e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.403507  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1010  extracellular solute-binding protein  24.28 
 
 
350 aa  106  5e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4004  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  24.57 
 
 
349 aa  105  1e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000629977 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1493  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  25.45 
 
 
355 aa  105  1e-21  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0784207  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0132  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  24.92 
 
 
343 aa  104  3e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3274  extracellular solute-binding protein  25.35 
 
 
375 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0323  twin-arginine translocation pathway signal  26.89 
 
 
371 aa  100  5e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0468  ABC transport protein  28.62 
 
 
372 aa  99.4  1e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1108  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  24.92 
 
 
357 aa  97.8  2e-19  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1643  extracellular solute-binding protein  25.32 
 
 
357 aa  98.6  2e-19  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1226  extracellular solute-binding protein family 1  25.45 
 
 
359 aa  97.8  3e-19  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.00000000135939  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0344  extracellular solute-binding protein  23.57 
 
 
346 aa  95.5  1e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2913  extracellular solute-binding protein  24.91 
 
 
363 aa  95.9  1e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2226  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  22.34 
 
 
360 aa  95.5  1e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1287  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  23.2 
 
 
355 aa  95.1  2e-18  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.180605  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3955  twin-arginine translocation pathway signal  22.64 
 
 
374 aa  94.4  3e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2804  extracellular solute-binding protein  22.26 
 
 
353 aa  94  4e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.336498 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1289  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  24.6 
 
 
357 aa  94  4e-18  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000830378  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1769  extracellular solute-binding protein family 1  26.33 
 
 
351 aa  92.4  1e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1846  extracellular solute-binding protein family 1  25.45 
 
 
342 aa  92.4  1e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0748296  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2968  extracellular solute-binding protein family 1  26.8 
 
 
356 aa  92  1e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.897922 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1938  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor  21.99 
 
 
360 aa  92.4  1e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1221  extracellular solute-binding protein family 1  21.94 
 
 
359 aa  92  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2816  extracellular solute-binding protein  21.51 
 
 
354 aa  91.7  2e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.293576  normal  0.888288 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1145  hypothetical protein  20.64 
 
 
340 aa  91.3  3e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0345  extracellular solute-binding protein  27.08 
 
 
357 aa  90.9  3e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0844  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  22.47 
 
 
356 aa  90.9  3e-17  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2377  extracellular solute-binding protein family 1  26.97 
 
 
372 aa  90.9  4e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0307958  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0894  extracellular solute-binding protein  24.22 
 
 
370 aa  90.1  5e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1551  extracellular solute-binding protein  23.99 
 
 
363 aa  90.1  6e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.161993  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1021  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  25.77 
 
 
375 aa  89.7  7e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1064  extracellular solute-binding protein  23.13 
 
 
374 aa  89  1e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000691325  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1140  hypothetical protein  21 
 
 
340 aa  89.4  1e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0194  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  24.12 
 
 
359 aa  89  1e-16  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4019  extracellular solute-binding protein  26.82 
 
 
367 aa  88.6  2e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.612389 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1534  extracellular solute-binding protein family 1  25.17 
 
 
357 aa  88.6  2e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0892  extracellular solute-binding protein family 1  22.58 
 
 
350 aa  88.6  2e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.388428  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1563  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.74 
 
 
369 aa  87.8  3e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4501  extracellular solute-binding protein family 1  25.5 
 
 
367 aa  87.8  3e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.410168  normal  0.591091 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1162  extracellular solute-binding protein  23.91 
 
 
357 aa  87.8  3e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.227001  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.74 
 
 
369 aa  87.8  3e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1184  extracellular solute-binding protein  23.91 
 
 
357 aa  87.8  3e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000549625  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2730  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.74 
 
 
369 aa  87.8  3e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3929  family 1 extracellular solute-binding protein  21.91 
 
 
363 aa  87.4  4e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.156398  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4388  extracellular solute-binding protein family 1  26.49 
 
 
367 aa  87  5e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.926126  normal  0.244304 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1117  extracellular solute-binding protein  24.29 
 
 
368 aa  87  5e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.661593  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3928  extracellular solute-binding protein  24.22 
 
 
367 aa  86.3  8e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2287  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  25 
 
 
369 aa  85.9  0.000000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1064  extracellular solute-binding protein  24.73 
 
 
373 aa  85.1  0.000000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1556  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  23.96 
 
 
367 aa  85.1  0.000000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2583  extracellular solute-binding protein family 1  21.97 
 
 
349 aa  84.7  0.000000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000231381  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0326  extracellular solute-binding protein family 1  24.81 
 
 
357 aa  84.7  0.000000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00599972  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2162  extracellular solute-binding protein  23.47 
 
 
374 aa  84.3  0.000000000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2095  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 
385 aa  84.3  0.000000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0550638  normal  0.279857 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0869  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein PotD  25.52 
 
 
350 aa  83.6  0.000000000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1612  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein, putative  23.96 
 
 
367 aa  83.6  0.000000000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.875795  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2386  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  25.48 
 
 
369 aa  83.2  0.000000000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6328  extracellular solute-binding protein  25.16 
 
 
364 aa  83.2  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.545502  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1751  extracellular solute-binding protein  25.16 
 
 
364 aa  83.2  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2867  extracellular solute-binding protein  24.41 
 
 
345 aa  82.8  0.000000000000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1018  extracellular solute-binding protein  24.53 
 
 
369 aa  82.8  0.000000000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5050  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  25.16 
 
 
364 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.388938  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0633  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  20.39 
 
 
363 aa  82  0.00000000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.176739  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1509  extracellular solute-binding protein  23.91 
 
 
364 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.168578 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1767  extracellular solute-binding protein  25.16 
 
 
364 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.910155  normal  0.511303 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1703  extracellular solute-binding protein family 1  23.88 
 
 
398 aa  82  0.00000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3377  extracellular solute-binding protein family 1  23.39 
 
 
414 aa  82  0.00000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0107966  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2302  extracellular solute-binding protein  22.22 
 
 
360 aa  81.3  0.00000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0910  extracellular solute-binding protein  26.88 
 
 
360 aa  81.6  0.00000000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0539  extracellular solute-binding protein  22.55 
 
 
358 aa  81.6  0.00000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1048  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  22.64 
 
 
345 aa  82  0.00000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00610599  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1704  extracellular solute-binding protein family 1  23.12 
 
 
354 aa  80.9  0.00000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1166  extracellular solute-binding protein  25.83 
 
 
366 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000290123  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3635  extracellular solute-binding protein  25.95 
 
 
358 aa  81.3  0.00000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.248377 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2276  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  24.77 
 
 
364 aa  80.9  0.00000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.327871  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8157  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  23.08 
 
 
345 aa  80.5  0.00000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0935  extracellular solute-binding protein  26.62 
 
 
375 aa  80.5  0.00000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.458503  normal  0.516167 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>