More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4219 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008391  Bamb_4219  type III secretion exporter  100 
 
 
343 aa  688    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.104818  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4741  type III secretion exporter  99.71 
 
 
343 aa  685    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.908956  normal  0.834614 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5440  type III secretion exporter  90.35 
 
 
343 aa  630  1e-180  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.368429  normal  0.0650452 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3750  type III secretion exporter  90.35 
 
 
343 aa  630  1e-179  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0233858 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3522  type III secretion exporter  90.64 
 
 
343 aa  610  1e-173  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4844  type III secretion exporter  90.64 
 
 
343 aa  610  1e-173  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000249034  normal  0.515016 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2412  type III secretion protein, YscU/HrpY family  32.2 
 
 
346 aa  168  1e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03402  type III secretion system protein HrcU  32.76 
 
 
359 aa  167  2.9999999999999998e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3011  YscD family type III secretion protein  32.56 
 
 
346 aa  164  1.0000000000000001e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.859866  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003359  type III secretion inner membrane protein HrpY  31.9 
 
 
351 aa  161  2e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0453  type III secretion system protein HrcU  34.6 
 
 
352 aa  159  7e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.959251  normal  0.0822049 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3899  secretion system apparatus protein SsaU  34.58 
 
 
355 aa  157  2e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3811  secretion system apparatus protein SsaU  34.58 
 
 
356 aa  157  3e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0366  type III secretion system protein  31.25 
 
 
360 aa  155  1e-36  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3926  secretion system apparatus protein SsaU  34.29 
 
 
355 aa  154  2e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01723  Type III secretory pathway, component EscU  30.64 
 
 
349 aa  152  8.999999999999999e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0703  flagellar biosynthetic protein FlhB  28.49 
 
 
354 aa  145  8.000000000000001e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.635027  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1129  flagellar biosynthesis protein FlhB  31.81 
 
 
360 aa  143  3e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16690  flagellar biosynthetic protein FlhB  31.41 
 
 
356 aa  142  6e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1977  secretion system apparatus protein SsaU  30.55 
 
 
349 aa  142  9e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1412  flagellar biosynthetic protein FlhB  28.2 
 
 
363 aa  142  9.999999999999999e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.342211  normal  0.890154 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5071  secretion system apparatus protein SsaU  29.11 
 
 
345 aa  140  3e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.796147  normal  0.0581283 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2393  flagellar biosynthetic protein FlhB  29.68 
 
 
354 aa  140  3e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1749  flagellar biosynthetic protein FlhB  32.54 
 
 
359 aa  139  1e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0864  type III secretion system protein HrcU  31.18 
 
 
357 aa  137  2e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00479024 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2281  secretion system apparatus protein SsaU  30.26 
 
 
349 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0436639  normal  0.672371 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1384  flagellar biosynthesis protein FlhB  32.46 
 
 
360 aa  137  2e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.696508  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0743  flagellar biosynthetic protein FlhB  30.41 
 
 
381 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0427  type III secretion system protein HrcU  33.91 
 
 
352 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0498216  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1904  type III secretion system protein HrcU  33.91 
 
 
352 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1996  type III secretion system protein HrcU  33.91 
 
 
352 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.920837  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3431  flagellar biosynthetic protein FlhB  31.5 
 
 
378 aa  134  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1930  flagellar biosynthetic protein FlhB  31.34 
 
 
363 aa  134  1.9999999999999998e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.922236  normal 
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0048  type III secretion appartus protein YscU  28.32 
 
 
354 aa  134  3e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000158953  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5857  type III secretion system protein HrcU  29.49 
 
 
352 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0242  flagellar biosynthesis protein FlhB  28.57 
 
 
377 aa  133  5e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.33455  normal  0.0187302 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5640  type III secretion system protein HrcU  29.49 
 
 
352 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.122414 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1631  type III secretion system protein HrcU  33.23 
 
 
360 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.882123  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0623  flagellar biosynthesis protein FlhB  28 
 
 
377 aa  131  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5932  type III secretion system protein HrcU  34.2 
 
 
357 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.897512  normal  0.0426598 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2282  type III secretion system protein HrcU  33.23 
 
 
420 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.58403  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0680  type III secretion system protein HrcU  32.93 
 
 
399 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0663628  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2215  type III secretion protein, YscU/HrpY family  30.09 
 
 
359 aa  129  6e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2199  type III secretion system protein HrcU  32.93 
 
 
420 aa  129  6e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.706014  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0634  type III secretion system protein HrcU  33.23 
 
 
420 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1954  type III secretion system protein HrcU  33.23 
 
 
420 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0011  flagellar biosynthetic protein FlhB  26.92 
 
 
355 aa  128  1.0000000000000001e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2955  flagellar biosynthesis protein FlhB  29.26 
 
 
363 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.111273 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2603  flagellar biosynthetic protein FlhB  28.15 
 
 
354 aa  127  3e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.371847  normal  0.56 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2826  flagellar biosynthetic protein FlhB  28.15 
 
 
354 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.986887  normal  0.270742 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0703  flagellar biosynthesis protein FlhB  28.12 
 
 
377 aa  127  4.0000000000000003e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.246065  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0750  type III secretion system protein HrcU  32.84 
 
 
360 aa  126  6e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0905461  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2328  type III secretion exporter  30.41 
 
 
363 aa  126  7e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.645604  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1163  flagellar biosynthesis protein FlhB  29.8 
 
 
351 aa  125  8.000000000000001e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0380  flagellar biosynthesis protein FlhB  25.72 
 
 
362 aa  125  1e-27  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.441846  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0332  flagellar biosynthesis protein FlhB  27.06 
 
 
359 aa  125  1e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2633  flagellar biosynthetic protein FlhB  27.86 
 
 
355 aa  124  2e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.295644  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0669  flagellar biosynthesis protein FlhB  28.45 
 
 
350 aa  124  3e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0757109  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4135  flagellar biosynthetic protein FlhB  32.19 
 
 
350 aa  124  3e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0846766  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0740  type III secretion exporter  32.84 
 
 
381 aa  124  3e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0357  flagellar biosynthesis protein FlhB  25.59 
 
 
368 aa  124  3e-27  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1944  flagellar biosynthetic protein FlhB  30.81 
 
 
381 aa  123  4e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0130  flagellar biosynthesis protein FlhB  30.79 
 
 
406 aa  122  6e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.561684  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2575  flagellar biosynthetic protein FlhB  28.94 
 
 
359 aa  122  9e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.011127 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1547  flagellar biosynthesis protein FlhB  31.2 
 
 
383 aa  122  9.999999999999999e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1674  flagellar biosynthetic protein FlhB  29.91 
 
 
360 aa  122  9.999999999999999e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3698  flagellar biosynthesis protein FlhB  30.9 
 
 
380 aa  121  1.9999999999999998e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0239481 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0713  flagellar biosynthetic protein FlhB  31.67 
 
 
379 aa  120  3e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.31011  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1552  flagellar biosynthesis protein FlhB  31.78 
 
 
379 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00640595  normal  0.373184 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0342  flagellar biosynthesis protein FlhB  26.47 
 
 
357 aa  120  3.9999999999999996e-26  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00837822  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2069  flagellar biosynthesis protein FlhB  30.41 
 
 
383 aa  119  6e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00553621 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0868  flagellar biosynthesis/type III secretory pathway protein  29.46 
 
 
369 aa  119  7e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3804  flagellar biosynthesis protein FlhB  30.21 
 
 
403 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0658  flagellar biosynthetic protein FlhB  28.03 
 
 
353 aa  119  7.999999999999999e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.622115  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1623  flagellar biosynthesis protein FlhB  27.12 
 
 
362 aa  119  9e-26  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1752  secretion system apparatus protein SsaU  27.83 
 
 
352 aa  118  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000000152464  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2074  flagellar biosynthesis protein FlhB  30.41 
 
 
383 aa  119  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000897295 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0379  flagellar biosynthesis protein FlhB  28.95 
 
 
357 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1208  flagellar biosynthesis protein FlhB  30.41 
 
 
383 aa  119  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0981  flagellar biosynthetic protein FlhB  27.86 
 
 
390 aa  119  9.999999999999999e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0800953 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42660  translocation protein in type III secretion  30.92 
 
 
349 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1518  secretion system apparatus protein SsaU  27.75 
 
 
352 aa  118  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00925486  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2129  flagellar biosynthesis protein FlhB  30.41 
 
 
383 aa  118  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000192021 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1330  flagellar biosynthesis protein FlhB  26.86 
 
 
358 aa  118  1.9999999999999998e-25  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1866  flagellar biosynthesis protein FlhB  29.02 
 
 
376 aa  117  1.9999999999999998e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.965675  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1331  flagellar biosynthesis protein FlhB  30.41 
 
 
383 aa  118  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.384239  hitchhiker  0.0000000000516194 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2626  flagellar biosynthesis protein FlhB  32.19 
 
 
368 aa  118  1.9999999999999998e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.447547 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1555  secretion system apparatus protein SsaU  28.7 
 
 
352 aa  117  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1532  secretion system apparatus protein SsaU  28.7 
 
 
352 aa  117  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.371934  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3370  flagellar biosynthesis protein FlhB  30.79 
 
 
398 aa  117  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00184569  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3094  flagellar biosynthesis protein FlhB  28.9 
 
 
353 aa  117  3e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3034  flagellar biosynthetic protein FlhB  30 
 
 
374 aa  117  3e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1921  secretion system apparatus protein SsaU  28.7 
 
 
352 aa  117  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.133432  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1882  type III secretion protein, YscU/HrpY family  29.66 
 
 
361 aa  116  5e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0018  flagellar biosynthetic protein FlhB  26.84 
 
 
374 aa  116  6e-25  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000937461  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1316  flagellar biosynthetic protein FlhB  30.03 
 
 
366 aa  115  6.9999999999999995e-25  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00962  flagellar biosynthesis protein FlhB  31.3 
 
 
376 aa  115  8.999999999999998e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.118534  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06204  flagellar biosynthesis protein FlhB  31.3 
 
 
376 aa  115  8.999999999999998e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.236866  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2447  flagellar biosynthesis protein FlhB  28.95 
 
 
382 aa  115  1.0000000000000001e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2261  type III secretion exporter  31.25 
 
 
365 aa  115  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.242916  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>