More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_2638 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008390  Bamb_2638  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 294 aa  588  1e-167  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2590  LysR family transcriptional regulator  91.5 
 
 		 294 aa  543  1e-153  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.767848  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1980  LysR family transcriptional regulator  91.5 
 
 		 294 aa  543  1e-153  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.321075  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2614  LysR family transcriptional regulator  90.48 
 
 		 294 aa  535  1e-151  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5921  LysR family transcriptional regulator  90.41 
 
 		 294 aa  531  1e-150  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0707  LysR family transcriptional regulator  85.71 
 
 		 294 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.256747  normal  0.378032 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0086  LysR family transcriptional regulator  69.1 
 
 		 294 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.140278  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0339  LysR family transcriptional regulator  69.1 
 
 		 294 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1042  LysR family transcriptional regulator  69.1 
 
 		 294 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0638  LysR family transcriptional regulator  69.1 
 
 		 294 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.275932  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2473  LysR family transcriptional regulator  69.1 
 
 		 294 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00812964  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0880  LysR family transcriptional regulator  69.1 
 
 		 294 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.803519  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0883  LysR family transcriptional regulator  68.75 
 
 		 294 aa  397  1e-109  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.427217  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2944  putative transcriptional regulator  65.07 
 
 		 297 aa  385  1e-106  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.625117  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34690  LysR family transcriptional regulator  65.74 
 
 		 297 aa  386  1e-106  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0262778  normal  0.106193 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17760  Transcriptional regulator, LysR family  64.38 
 
 		 299 aa  385  1e-106  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3751  transcriptional regulator, LysR family  63.32 
 
 		 298 aa  382  1e-105  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.587681  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35890  Regulatory protein, LysR family  63.67 
 
 		 309 aa  382  1e-105  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3033  LysR family transcriptional regulator  65.4 
 
 		 305 aa  383  1e-105  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0273235  normal  0.89504 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1997  LysR family transcriptional regulator  63.1 
 
 		 298 aa  380  1e-104  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3304  LysR family transcriptional regulator  63.19 
 
 		 313 aa  377  1e-103  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0884385 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3565  transcriptional regulator, LysR family  61.59 
 
 		 298 aa  370  1e-101  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1818  LysR family transcriptional regulator  60.55 
 
 		 297 aa  370  1e-101  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3691  LysR family transcriptional regulator  57.88 
 
 		 299 aa  340  2e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0401  transcriptional regulator, LysR family  58.22 
 
 		 299 aa  338  5.9999999999999996e-92  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0508531  normal  0.660201 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3137  LysR family transcriptional regulator  55.78 
 
 		 323 aa  330  1e-89  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6823  LysR family transcriptional regulator  57.19 
 
 		 308 aa  329  3e-89  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  54.11 
 
 		 298 aa  328  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1454  LysR family transcriptional regulator  54.42 
 
 		 296 aa  319  3.9999999999999996e-86  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.508797  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3196  transcriptional regulator, LysR family  50.68 
 
 		 304 aa  315  5e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00241672  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4908  LysR family transcriptional regulator  52.26 
 
 		 299 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0979  LysR family transcriptional regulator  52.82 
 
 		 307 aa  312  3.9999999999999997e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.039685  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0231  LysR family transcriptional regulator  54.61 
 
 		 300 aa  306  3e-82  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.928007 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4096  transcriptional regulator, LysR family  51.37 
 
 		 308 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  54.27 
 
 		 296 aa  301  8.000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  53.24 
 
 		 296 aa  299  4e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  53.24 
 
 		 294 aa  298  6e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  53.24 
 
 		 294 aa  298  6e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  52.9 
 
 		 294 aa  298  9e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  52.56 
 
 		 294 aa  295  4e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  52.9 
 
 		 294 aa  295  8e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 297 aa  293  3e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2016  LysR family transcriptional regulator  51.88 
 
 		 297 aa  290  2e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1711  transcriptional regulator, LysR family  53.08 
 
 		 300 aa  283  2.0000000000000002e-75  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.530913  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0915  transcriptional regulator, LysR family  45.73 
 
 		 314 aa  260  2e-68  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0459  transcriptional regulator, LysR family  47.6 
 
 		 297 aa  259  3e-68  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  46.28 
 
 		 305 aa  255  5e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  41.64 
 
 		 307 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1688  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 312 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0669222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2719  LysR family transcriptional regulator  45.33 
 
 		 310 aa  212  7e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.170662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 295 aa  206  3e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 319 aa  206  4e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 304 aa  205  9e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2286  LysR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 303 aa  203  2e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2413  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 323 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.605124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  37.88 
 
 		 309 aa  199  3e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 289 aa  199  6e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  34.55 
 
 		 288 aa  199  6e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  40.41 
 
 		 297 aa  198  7.999999999999999e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2679  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 310 aa  198  9e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  34.58 
 
 		 289 aa  197  1.0000000000000001e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1033  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 298 aa  197  1.0000000000000001e-49  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02618  transcription regulator protein  37.8 
 
 		 315 aa  196  3e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.836293 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2660  transcriptional regulator, LysR family  39.12 
 
 		 300 aa  196  3e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.11047 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 302 aa  196  4.0000000000000005e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 289 aa  195  8.000000000000001e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1672  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 288 aa  194  1e-48  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.255647  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  35.03 
 
 		 289 aa  194  1e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 288 aa  194  1e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 297 aa  194  1e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0414  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 334 aa  194  2e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0825  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 334 aa  194  2e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1468  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 334 aa  194  2e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1838  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 334 aa  194  2e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  37.67 
 
 		 293 aa  194  2e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0511  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 334 aa  194  2e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1560  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 307 aa  193  2e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.987371  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2142  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 334 aa  194  2e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  38.36 
 
 		 314 aa  193  4e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.177835 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 292 aa  192  4e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  38.36 
 
 		 314 aa  193  4e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 334 aa  192  6e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 334 aa  192  6e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  36.73 
 
 		 302 aa  192  6e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 334 aa  192  7e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  33.67 
 
 		 289 aa  192  8e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0742  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 300 aa  192  8e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.787719  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6256  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 304 aa  191  9e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42060  LysR family regulatory protein  38.28 
 
 		 295 aa  191  2e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2108  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 334 aa  190  2e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0847237  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4093  transcriptional regulator, LysR family  37.2 
 
 		 344 aa  190  2e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  33.33 
 
 		 289 aa  190  2e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  38.28 
 
 		 305 aa  191  2e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  38.31 
 
 		 306 aa  191  2e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 302 aa  190  2e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00201  predicted DNA-binding transcriptional regulator  35.27 
 
 		 304 aa  190  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0488817  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.82 
 
 		 295 aa  190  2.9999999999999997e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0632  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 299 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.335341  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 334 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00206  hypothetical protein  35.27 
 
 		 304 aa  190  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0410723  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>