More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_4630 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_4630  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 302 aa  598  1e-170  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1615  LysR family transcriptional regulator  46.08 
 
 		 299 aa  258  9e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.979938  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  48.1 
 
 		 294 aa  256  3e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 290 aa  181  1e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 294 aa  177  1e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  35.27 
 
 		 298 aa  169  7e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0902  transcriptional regulator, LysR family  34.31 
 
 		 307 aa  168  8e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 		 293 aa  168  1e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 294 aa  168  1e-40  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 297 aa  166  5.9999999999999996e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3755  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 321 aa  165  6.9999999999999995e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0901244  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  33.95 
 
 		 308 aa  163  3e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0831  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 298 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2695  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 312 aa  160  2e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.537624  normal  0.689503 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  33.91 
 
 		 301 aa  160  3e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  33.91 
 
 		 303 aa  160  3e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  28.26 
 
 		 296 aa  160  4e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 294 aa  159  5e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0269  LysR substrate-binding  32.85 
 
 		 298 aa  157  1e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.670723  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0478  transcriptional regulator, LysR family  31.23 
 
 		 290 aa  157  2e-37  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0101609  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5280  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 297 aa  157  3e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  32.2 
 
 		 297 aa  157  3e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 307 aa  156  5.0000000000000005e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1825  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 302 aa  155  6e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705034  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  36.93 
 
 		 319 aa  155  6e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6402  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 306 aa  155  6e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.356896  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  30.72 
 
 		 316 aa  155  9e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3716  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 297 aa  154  1e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5025  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 297 aa  154  2e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 297 aa  154  2e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 297 aa  154  2e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4402  transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 		 319 aa  154  2e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2523  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 298 aa  153  2.9999999999999998e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0665746  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4465  transcriptional regulator, LysR family  32.57 
 
 		 319 aa  153  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00192923  normal  0.232029 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  31.53 
 
 		 297 aa  152  7e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  33.11 
 
 		 314 aa  151  1e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0142  transcriptional regulator, LysR family  34.18 
 
 		 297 aa  151  1e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1763  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 296 aa  151  1e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4870  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 297 aa  151  2e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1679  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 292 aa  150  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4870  transcriptional regulator, LysR family  32.36 
 
 		 298 aa  150  3e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  31.19 
 
 		 297 aa  150  3e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  31.19 
 
 		 297 aa  150  4e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 318 aa  149  4e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 311 aa  149  7e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  31.79 
 
 		 303 aa  149  8e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5154  transcriptional regulator, LysR family  34.06 
 
 		 309 aa  149  8e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0448  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 297 aa  148  1.0000000000000001e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 297 aa  148  1.0000000000000001e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0701  transcriptional regulator, LysR family  34.66 
 
 		 307 aa  147  2.0000000000000003e-34  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1985  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.94 
 
 		 300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.464368 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0883  transcriptional regulator, LysR family  29.37 
 
 		 291 aa  146  5e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000429967 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0263  transcriptional regulator, LysR family  29.52 
 
 		 322 aa  145  5e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3968  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 322 aa  145  6e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.456128  normal  0.373765 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01751  putative Rubisco transcriptional regulator  32.14 
 
 		 317 aa  144  1e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.348697  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3757  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 316 aa  144  1e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.634887 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  35.22 
 
 		 307 aa  144  2e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0425  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 314 aa  144  2e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2022  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 309 aa  144  2e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0620122  normal  0.0797415 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1443  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 303 aa  144  2e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3723  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 322 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.162461  hitchhiker  0.00150053 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0065  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 296 aa  143  3e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1743  transcriptional regulator, LysR family  31.62 
 
 		 322 aa  143  3e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1631  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 		 310 aa  143  3e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0114  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 294 aa  144  3e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0727  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 298 aa  143  3e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3776  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 		 314 aa  143  4e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.988638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01641  putative Rubisco transcriptional regulator  32.62 
 
 		 314 aa  143  4e-33  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.569388  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 302 aa  143  4e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1855  transcriptional regulator, LysR family  31.21 
 
 		 308 aa  142  5e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  28.87 
 
 		 304 aa  142  7e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2038  transcriptional regulator, LysR family  31.15 
 
 		 305 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.101358  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4969  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 297 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2775  transcriptional regulator, LysR family  32.64 
 
 		 297 aa  141  9.999999999999999e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.332368  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3204  transcriptional regulator, LysR family  32.44 
 
 		 326 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0357264  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2851  transcriptional regulator, LysR family  32.21 
 
 		 314 aa  141  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0171  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 		 305 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0334  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 301 aa  140  1.9999999999999998e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000502074  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5945  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 		 307 aa  140  1.9999999999999998e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.626175  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2178  transcriptional regulator, LysR family  31.15 
 
 		 305 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0149  putative Rubisco transcriptional regulator  32.26 
 
 		 319 aa  141  1.9999999999999998e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0714  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 298 aa  140  1.9999999999999998e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2080  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 295 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  32 
 
 		 308 aa  140  3e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2885  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 298 aa  140  3e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0745668  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  32 
 
 		 308 aa  140  3e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1988  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 311 aa  140  3.9999999999999997e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0141535  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1783  MarR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 302 aa  139  4.999999999999999e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000134706  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1976  transcriptional regulator, LysR family  30.24 
 
 		 294 aa  139  6e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.59481  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1991  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 298 aa  138  8.999999999999999e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000289116  hitchhiker  0.00000179151 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3039  rubisco operon transcriptional regulator  30.85 
 
 		 318 aa  138  1e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.670925  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2401  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 315 aa  138  1e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.38508  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2158  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 298 aa  137  2e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000128289  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  29.67 
 
 		 298 aa  137  2e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1326  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 322 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.138103  normal  0.40975 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4044  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 326 aa  137  2e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 318 aa  137  3.0000000000000003e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01661  putative Rubisco transcriptional regulator  31.9 
 
 		 314 aa  136  4e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2747  transcriptional regulator, LysR family  30.19 
 
 		 305 aa  136  4e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.437645  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1882  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 302 aa  136  4e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0108244  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>