More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_6275 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_6275  ABC transporter membrane spanning protein (spermidine/putrescine)  100 
 
 
272 aa  535  1e-151  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2917  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  80.07 
 
 
273 aa  436  1e-121  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2656  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  80.44 
 
 
273 aa  423  1e-117  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193296  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4061  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.4 
 
 
278 aa  352  2.9999999999999997e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.137832  normal  0.901224 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3335  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  68.03 
 
 
278 aa  352  4e-96  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3634  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.03 
 
 
278 aa  349  3e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.189736  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1008  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.76 
 
 
294 aa  322  6e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.547475  hitchhiker  0.001025 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3536  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.22 
 
 
296 aa  320  9.999999999999999e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.279671  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0206  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.19 
 
 
294 aa  316  3e-85  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0399533 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2891  ABC transporter permease  55.9 
 
 
300 aa  311  5.999999999999999e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.183278  normal  0.0672791 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3372  ABC transporter permease protein  57.56 
 
 
295 aa  310  1e-83  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.315041 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3945  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.13 
 
 
295 aa  310  2e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2470  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.14 
 
 
298 aa  305  5.0000000000000004e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5259  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.24 
 
 
301 aa  298  6e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1907  ABC transporter permease  57.46 
 
 
296 aa  298  7e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1359  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  56.21 
 
 
301 aa  294  1e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.818924  normal  0.0399312 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0103  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.84 
 
 
297 aa  293  2e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.111803  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4741  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.21 
 
 
298 aa  293  2e-78  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.226499  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5900  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.36 
 
 
298 aa  289  3e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3271  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.33 
 
 
294 aa  273  2.0000000000000002e-72  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.869934  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7131  ABC transporter membrane spanning protein (spermidine/putrescine)  48.55 
 
 
281 aa  253  2.0000000000000002e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5876  ABC transporter membrane spanning protein (spermidine/putrescine)  40.75 
 
 
281 aa  193  2e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.413281  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0995  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.63 
 
 
283 aa  175  7e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8149  ABC transporter  36.25 
 
 
266 aa  134  1.9999999999999998e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.828592  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1203  ornithine carbamoyltransferase  33.46 
 
 
266 aa  129  6e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4005  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  35.59 
 
 
266 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000178374 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1339  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  35.59 
 
 
266 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1009  ornithine carbamoyltransferase  33.46 
 
 
266 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1400  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  34.75 
 
 
266 aa  125  7e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1201  spermidine/putrescine ABC transporter permease  34.75 
 
 
266 aa  125  7e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.440242  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1179  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  34.75 
 
 
266 aa  125  7e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1181  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  34.75 
 
 
266 aa  125  7e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0752832  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1299  spermidine/putrescine ABC transporter permease  34.75 
 
 
266 aa  125  7e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1377  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  34.75 
 
 
266 aa  125  7e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000768374 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3393  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.56 
 
 
282 aa  119  6e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1644  ornithine carbamoyltransferase  31.54 
 
 
285 aa  117  9.999999999999999e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.574087 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2838  ornithine carbamoyltransferase  30.8 
 
 
286 aa  114  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000365648  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1441  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  34.32 
 
 
266 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0782345  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.77 
 
 
275 aa  112  6e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.586316  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0237  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  33.33 
 
 
276 aa  112  9e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3854  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.39 
 
 
273 aa  110  2.0000000000000002e-23  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.181021  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  32.37 
 
 
269 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.747095  normal  0.464968 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3073  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.65 
 
 
284 aa  109  4.0000000000000004e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.446798  normal  0.0908777 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0343  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  33.33 
 
 
256 aa  109  4.0000000000000004e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0283  polyamine ABC-transporter, inner membrane subunit  29.43 
 
 
274 aa  109  5e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.463421  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.05 
 
 
267 aa  108  1e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1884  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.92 
 
 
277 aa  107  2e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3393  ABC opine/polyamine transporter, inner membrane subunit  32.31 
 
 
264 aa  106  4e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.381224  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3039  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.31 
 
 
264 aa  106  4e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.645477  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5840  ABC transporter membrane spanning protein (putrescine)  31.46 
 
 
265 aa  105  8e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1532  polyamine transport protein PotC  33.76 
 
 
256 aa  105  9e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1567  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.84 
 
 
261 aa  105  1e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.260601  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.45 
 
 
268 aa  105  1e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1088  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.7 
 
 
268 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.466236 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17620  polyamine transport protein PotC  33.76 
 
 
256 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.3 
 
 
279 aa  104  2e-21  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.623194  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4135  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.65 
 
 
268 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2708  ABC transporter membrane spanning protein (polyamine)  29.46 
 
 
264 aa  104  2e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.319241  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4239  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.88 
 
 
268 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.326654  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1482  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.4 
 
 
268 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86825  normal  0.607638 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4294  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.07 
 
 
279 aa  103  3e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.144254  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3949  ornithine carbamoyltransferase  30.24 
 
 
287 aa  103  4e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.551991  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3619  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.34 
 
 
264 aa  103  4e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.646005 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4437  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.16 
 
 
264 aa  103  4e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1543  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  31.64 
 
 
275 aa  102  5e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.414706 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3606  Ornithine carbamoyltransferase  31.8 
 
 
288 aa  102  7e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.129461 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3799  ornithine carbamoyltransferase  29.64 
 
 
260 aa  102  7e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.195582 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1063  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  31.01 
 
 
258 aa  101  1e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000694719  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2125  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.65 
 
 
268 aa  101  1e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.764612  normal  0.80619 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2347  Ornithine carbamoyltransferase  30.04 
 
 
288 aa  101  1e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00485927 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3672  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  28.84 
 
 
256 aa  101  1e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4153  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.12 
 
 
263 aa  100  2e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.829399  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5122  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.48 
 
 
274 aa  100  3e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.026759  normal  0.638371 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.52 
 
 
275 aa  100  3e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.360042  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1582  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  28.29 
 
 
256 aa  100  4e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.147817  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01400  predicted spermidine/putrescine transporter subunit  32.37 
 
 
264 aa  99.8  5e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.37 
 
 
264 aa  99.8  5e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0971316  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01411  hypothetical protein  32.37 
 
 
264 aa  99.8  5e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1527  ABC transporter, permease protein  32.37 
 
 
264 aa  99.8  5e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2216  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.37 
 
 
264 aa  99.8  5e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3639  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.01 
 
 
268 aa  99  7e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.344703 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1731  ABC transporter, permease protein  32.37 
 
 
264 aa  99  8e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000945918 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1622  ABC transporter, permease protein  32.37 
 
 
264 aa  98.6  9e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.05 
 
 
275 aa  98.6  9e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.355956 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1862  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.92 
 
 
272 aa  98.2  1e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.148364  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003483  spermidine putrescine ABC transporter permease component PotC  28.29 
 
 
256 aa  98.2  1e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000000553951  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1119  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.25 
 
 
261 aa  98.2  1e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00123252  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2380  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.14 
 
 
279 aa  97.8  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.576146  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.38 
 
 
264 aa  97.8  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.381273  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.62 
 
 
275 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1549  ornithine carbamoyltransferase  27.92 
 
 
284 aa  96.7  3e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.899373  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4417  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.01 
 
 
268 aa  97.1  3e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.303148  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.71 
 
 
597 aa  96.7  3e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02287  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  27.89 
 
 
256 aa  97.1  3e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1609  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  31.1 
 
 
273 aa  96.7  4e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0392744  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3539  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.76 
 
 
264 aa  96.7  4e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.447694  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1928  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.7 
 
 
259 aa  96.7  4e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.420428  hitchhiker  0.000000201518 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.76 
 
 
264 aa  96.3  4e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.628457 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.62 
 
 
275 aa  96.7  4e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.439073 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8156  ABC transporter  30.74 
 
 
264 aa  96.3  5e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>