More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3780 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3780  transcriptional regulator protein  100 
 
 		 130 aa  264  2.9999999999999995e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.616266  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2130  transcriptional regulator, HxlR family  75.2 
 
 		 147 aa  195  2.0000000000000003e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.987634 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4023  helix-turn-helix HxlR type  44.83 
 
 		 163 aa  92.8  1e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.259288  normal  0.513403 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4392  transcriptional regulator, HxlR family  45.79 
 
 		 163 aa  92  3e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.201066 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0618  HxlR family transcriptional regulator  50 
 
 		 157 aa  88.6  3e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.953045  hitchhiker  0.00866972 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0163  HxlR family transcriptional regulator  45.79 
 
 		 144 aa  88.2  4e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.379253  hitchhiker  0.00857335 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5256  HxlR family transcriptional regulator  47.87 
 
 		 135 aa  86.7  9e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.86161  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4233  transcriptional regulator, HxlR family  42.86 
 
 		 128 aa  85.1  3e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2865  HxlR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 146 aa  85.1  3e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.17139 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2428  transcriptional regulator, HxlR family  41.46 
 
 		 119 aa  84.3  5e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.490851 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2977  transcriptional regulator, HxlR family  40.17 
 
 		 170 aa  84  6e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.369685  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3513  HxlR family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 125 aa  84  7e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000897234  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3327  transcriptional regulator, HxlR family  38.74 
 
 		 126 aa  83.2  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000038683 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0246  putative transcriptional regulator  41.82 
 
 		 160 aa  82  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.868597 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2871  HxlR family transcriptional regulator  42.06 
 
 		 141 aa  82.8  0.000000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.30961 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1615  putative transcriptional regulatory protein  40.37 
 
 		 144 aa  82.4  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0735023  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6178  transcriptional regulator, HxlR family  41.23 
 
 		 135 aa  82  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0462511 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4332  transcriptional regulator, HxlR family  45.71 
 
 		 121 aa  82  0.000000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.101336 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2400  HxlR family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 137 aa  81.6  0.000000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.956461  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2510  transcriptional regulator, HxlR family  41.44 
 
 		 138 aa  82  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4243  transcriptional regulator, HxlR family  40 
 
 		 122 aa  80.5  0.000000000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.216775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0184  HxlR family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 144 aa  79.7  0.00000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4812  HxlR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 180 aa  79.7  0.00000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.14161 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5429  transcriptional regulator, HxlR family  40.43 
 
 		 149 aa  79.7  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5164  transcriptional regulator, HxlR family  42.16 
 
 		 145 aa  79.7  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.68624 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1800  putative transcriptional regulator  36.36 
 
 		 128 aa  79.3  0.00000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3216  transcriptional regulator, HxlR family  44.9 
 
 		 132 aa  80.1  0.00000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05353  hypothetical protein  48.04 
 
 		 137 aa  79.3  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.387591  normal  0.848219 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0208  hypothetical protein  40.35 
 
 		 144 aa  79.3  0.00000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1455  transcriptional regulator, HxlR family  36.21 
 
 		 146 aa  79  0.00000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.250685  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1352  putative transcriptional regulator  37.74 
 
 		 155 aa  79  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000297864  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0278  putative transcriptional regulator  40.38 
 
 		 128 aa  79.3  0.00000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.640242  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1063  transcriptional regulator  42.55 
 
 		 110 aa  78.2  0.00000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0576989  hitchhiker  0.000107529 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2385  transcriptional regulator, HxlR family  42.16 
 
 		 135 aa  78.2  0.00000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4732  transcriptional regulator, HxlR family  40.19 
 
 		 128 aa  78.6  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2619  putative transcriptional regulator  38.32 
 
 		 164 aa  78.2  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.329844  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3552  HxlR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 125 aa  78.2  0.00000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.640344 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5039  putative transcriptional regulatory protein  37.74 
 
 		 125 aa  78.2  0.00000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1971  HxlR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 134 aa  77.8  0.00000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2608  transcriptional regulator, HxlR family  39.81 
 
 		 175 aa  77.8  0.00000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2765  transcriptional regulator, HxlR family  38.74 
 
 		 138 aa  77.8  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.340614  normal  0.683768 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4104  transcriptional regulator, HxlR family  43.27 
 
 		 119 aa  77.4  0.00000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.533713  normal  0.821475 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3369  hypothetical protein  41.41 
 
 		 111 aa  77.8  0.00000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0346683  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1776  putative transcriptional regulator  39.81 
 
 		 134 aa  77.4  0.00000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2124  HxlR family transcriptional regulator  39.82 
 
 		 136 aa  77.4  0.00000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.235971  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0933  transcriptional regulator, HxlR family  35.78 
 
 		 108 aa  77  0.00000000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.973186 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3564  HxlR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 140 aa  77  0.00000000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1179  HxlR family transcriptional regulator  40.17 
 
 		 137 aa  76.6  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.795487 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0313  HxlR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 121 aa  76.3  0.0000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.250935  normal  0.451658 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1021  putative transcriptional regulator  35.59 
 
 		 128 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.247516 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4705  transcriptional regulator, HxlR family  36.29 
 
 		 148 aa  76.3  0.0000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.979262  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6779  transcriptional regulator, HxlR family  39.66 
 
 		 132 aa  76.6  0.0000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.636824 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0264  HxlR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 137 aa  76.6  0.0000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3135  PadR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 148 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0823  hypothetical protein  35.35 
 
 		 104 aa  75.5  0.0000000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1450  hypothetical protein  35.35 
 
 		 104 aa  75.5  0.0000000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2138  hypothetical protein  42 
 
 		 125 aa  75.5  0.0000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.30336  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6638  transcriptional regulator, HxlR family  38.94 
 
 		 134 aa  75.5  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0221  transcriptional regulator, HxlR family  38.24 
 
 		 106 aa  75.5  0.0000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000000012384  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1430  transcriptional regulatory protein  40.37 
 
 		 154 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.240046  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2693  putative transcriptional regulator  37.4 
 
 		 235 aa  75.9  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.863177 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3335  transcriptional regulator, HxlR family  37.84 
 
 		 117 aa  75.9  0.0000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1367  HxlR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 126 aa  75.5  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00269622 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3428  hypothetical protein  35.35 
 
 		 107 aa  75.1  0.0000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.157748  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3438  hypothetical protein  35 
 
 		 107 aa  75.1  0.0000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.166485  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2669  transcriptional regulator, HxlR family  39.22 
 
 		 130 aa  74.7  0.0000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3189  transcriptional regulator, putative  35.59 
 
 		 146 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0929776  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3681  transcriptional regulator, HxlR family  43.82 
 
 		 101 aa  75.1  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2802  transcriptional regulator, HxlR family  42.99 
 
 		 127 aa  75.1  0.0000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0897  PadR family transcriptional regulator  36.44 
 
 		 154 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2016  transcriptional regulator, putative  39.81 
 
 		 171 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3025  HxlR family transcriptional regulator  39.84 
 
 		 131 aa  74.7  0.0000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.29638  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0324  transcriptional regulator protein-like protein  39.8 
 
 		 272 aa  74.7  0.0000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7868  HxlR family transcriptional regulator  40 
 
 		 121 aa  74.7  0.0000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8738  putative transcriptional regulator  34.68 
 
 		 137 aa  74.7  0.0000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2730  PadR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 154 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.42105  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3172  PadR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 174 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.767015  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1879  PadR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 174 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0552  transcriptional regulator, HxlR family  36.44 
 
 		 128 aa  74.3  0.0000000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.328618  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1440  HxlR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 146 aa  74.3  0.0000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5823  transcriptional regulator, HxlR family  37.61 
 
 		 155 aa  73.9  0.0000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0742243  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3282  transcriptional regulator, HxlR family  35.64 
 
 		 125 aa  74.3  0.0000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2706  putative transcriptional regulator  40.43 
 
 		 133 aa  73.9  0.0000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.370277  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3128  transcriptional regulator, HxlR family  36.36 
 
 		 130 aa  73.9  0.0000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2295  transcriptional regulator, HxlR family  37.5 
 
 		 134 aa  73.9  0.0000000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3119  HxlR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 107 aa  73.6  0.0000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0144533  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3621  HxlR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 148 aa  73.6  0.0000000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.18218  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1620  putative transcriptional regulator  40.82 
 
 		 133 aa  73.6  0.0000000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2843  putative transcriptional regulator  40.82 
 
 		 133 aa  73.6  0.0000000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0861419  normal  0.0924063 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9338  transcriptional regulator, HxlR family  40.18 
 
 		 132 aa  73.6  0.0000000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.785405 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1728  HxlR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 135 aa  73.6  0.0000000000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0948  transcriptional regulator, HxlR family  40.62 
 
 		 151 aa  73.6  0.0000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4774  transciprtional regulator  44.32 
 
 		 114 aa  72.8  0.000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3129  MarR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 115 aa  72.8  0.000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.576671  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4794  transciprtional regulator  44.32 
 
 		 114 aa  72.8  0.000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5311  hypothetical protein  44.32 
 
 		 114 aa  72.8  0.000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1819  hypothetical protein  35 
 
 		 107 aa  73.2  0.000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.100816 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3293  putative transcriptional regulator  41.12 
 
 		 119 aa  73.2  0.000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0763403 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09328  hypothetical protein  39.18 
 
 		 103 aa  72.8  0.000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3289  transcriptional regulator, HxlR family  39.64 
 
 		 144 aa  73.2  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0688006  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>