More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3369 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3369  hypothetical protein  100 
 
 		 111 aa  226  7e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0346683  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4023  helix-turn-helix HxlR type  56.19 
 
 		 163 aa  127  7.000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.259288  normal  0.513403 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4392  transcriptional regulator, HxlR family  56.19 
 
 		 163 aa  126  9.000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.201066 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1455  transcriptional regulator, HxlR family  58.33 
 
 		 146 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.250685  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4233  transcriptional regulator, HxlR family  56.73 
 
 		 128 aa  122  2e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5256  HxlR family transcriptional regulator  54.9 
 
 		 135 aa  120  5e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.86161  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0278  putative transcriptional regulator  59.05 
 
 		 128 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.640242  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4732  transcriptional regulator, HxlR family  55.77 
 
 		 128 aa  118  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0163  HxlR family transcriptional regulator  55.34 
 
 		 144 aa  117  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.379253  hitchhiker  0.00857335 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2510  transcriptional regulator, HxlR family  50 
 
 		 138 aa  117  6e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1971  HxlR family transcriptional regulator  50.94 
 
 		 134 aa  115  9.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1021  putative transcriptional regulator  52.29 
 
 		 128 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.247516 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0184  HxlR family transcriptional regulator  54.81 
 
 		 144 aa  115  3e-25  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3630  HxlR family transcriptional regulator  56.84 
 
 		 128 aa  115  3e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5545  HxlR family transcriptional regulator  56.84 
 
 		 128 aa  115  3e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.691894  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4737  HxlR family transcriptional regulator  56.84 
 
 		 128 aa  115  3e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00638725 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0208  hypothetical protein  53.85 
 
 		 144 aa  114  6.9999999999999995e-25  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2765  transcriptional regulator, HxlR family  50.96 
 
 		 138 aa  113  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.340614  normal  0.683768 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6178  transcriptional regulator, HxlR family  49.52 
 
 		 135 aa  112  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0462511 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1615  putative transcriptional regulatory protein  53.33 
 
 		 144 aa  112  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0735023  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3513  HxlR family transcriptional regulator  52.38 
 
 		 125 aa  112  2.0000000000000002e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000897234  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1800  putative transcriptional regulator  56.86 
 
 		 128 aa  111  3e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0618  HxlR family transcriptional regulator  56.99 
 
 		 157 aa  110  5e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.953045  hitchhiker  0.00866972 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3743  transcriptional regulator, HxlR family  53.33 
 
 		 151 aa  110  7.000000000000001e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.680438  normal  0.0400276 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0615  transcriptional regulator protein-like protein  53.85 
 
 		 168 aa  108  2.0000000000000002e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2400  HxlR family transcriptional regulator  51.92 
 
 		 137 aa  108  2.0000000000000002e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.956461  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1490  HxlR family transcriptional regulator  49.51 
 
 		 131 aa  107  6e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.263711 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5865  HxlR family transcriptional regulator  52.48 
 
 		 149 aa  106  8.000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.480533  normal  0.03101 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1242  hypothetical protein  53 
 
 		 159 aa  107  8.000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4812  HxlR family transcriptional regulator  51.46 
 
 		 180 aa  105  1e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.14161 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1179  HxlR family transcriptional regulator  50 
 
 		 137 aa  105  2e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.795487 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2221  transcriptional regulator, HxlR family  50 
 
 		 152 aa  105  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.405222  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2865  HxlR family transcriptional regulator  48.04 
 
 		 146 aa  105  2e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.17139 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2619  putative transcriptional regulator  47.57 
 
 		 164 aa  104  4e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.329844  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2650  transcriptional regulator, HxlR family  54.17 
 
 		 130 aa  104  5e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.116917  normal  0.771114 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3552  HxlR family transcriptional regulator  53.47 
 
 		 125 aa  104  5e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.640344 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1296  HxlR family transcriptional regulator  52.75 
 
 		 159 aa  103  6e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0218186  normal  0.682914 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4705  transcriptional regulator, HxlR family  49.04 
 
 		 148 aa  103  7e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.979262  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2124  HxlR family transcriptional regulator  46.08 
 
 		 136 aa  103  7e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.235971  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4845  HxlR family transcriptional regulator  48.11 
 
 		 108 aa  103  1e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.686423  normal  0.136114 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0246  putative transcriptional regulator  52.53 
 
 		 160 aa  102  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.868597 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2792  hypothetical protein  46.67 
 
 		 136 aa  102  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4243  transcriptional regulator, HxlR family  48.08 
 
 		 122 aa  103  1e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.216775  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8738  putative transcriptional regulator  50 
 
 		 137 aa  102  2e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0042  transcriptional regulator, HxlR family  48.45 
 
 		 132 aa  102  2e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0621  HxlR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 140 aa  102  2e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0313  HxlR family transcriptional regulator  51.04 
 
 		 121 aa  101  3e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.250935  normal  0.451658 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0446  transcriptional regulator, HxlR family  48 
 
 		 135 aa  101  4e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2255  HxlR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 156 aa  101  4e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.018064 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2871  HxlR family transcriptional regulator  45.19 
 
 		 141 aa  100  5e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.30961 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4817  HxlR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 133 aa  100  6e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.85164  normal  0.139481 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3327  transcriptional regulator, HxlR family  48.08 
 
 		 126 aa  100  7e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000038683 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1997  transcriptional regulator, HxlR family  49.5 
 
 		 135 aa  100  8e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.271973  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2385  transcriptional regulator, HxlR family  50 
 
 		 135 aa  100  9e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3025  HxlR family transcriptional regulator  43.56 
 
 		 131 aa  100  9e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.29638  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2036  helix-turn-helix HxlR type  49.5 
 
 		 135 aa  99.8  1e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2311  transcriptional regulator, HxlR family  49.5 
 
 		 135 aa  100  1e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.255383  normal  0.225568 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9338  transcriptional regulator, HxlR family  47.62 
 
 		 132 aa  99  2e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.785405 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7868  HxlR family transcriptional regulator  45.71 
 
 		 121 aa  99  2e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2843  putative transcriptional regulator  45.63 
 
 		 133 aa  99  2e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0861419  normal  0.0924063 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1620  putative transcriptional regulator  45.63 
 
 		 133 aa  99  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1728  HxlR family transcriptional regulator  45.63 
 
 		 135 aa  98.6  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0287  transcriptional regulator, HxlR family  51.09 
 
 		 129 aa  98.2  3e-20  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2977  transcriptional regulator, HxlR family  45.63 
 
 		 170 aa  98.2  4e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.369685  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2523  transcriptional regulator  47.17 
 
 		 135 aa  97.8  4e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2876  transcriptional regulator, HxlR family  43.75 
 
 		 133 aa  98.2  4e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0324  transcriptional regulator protein-like protein  48.57 
 
 		 272 aa  98.2  4e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4151  HxlR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 134 aa  97.8  4e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4164  HxlR family transcriptional regulator  53.06 
 
 		 122 aa  98.2  4e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.596618  normal  0.514488 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1135  transcriptional regulator, HxlR family  44.44 
 
 		 111 aa  97.8  5e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0384  HxlR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 128 aa  97.4  5e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5518  putative transcriptional regulatory protein  49.46 
 
 		 124 aa  97.4  6e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.263293  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3282  transcriptional regulator, HxlR family  44.23 
 
 		 125 aa  97.4  6e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03748  transcriptional regulatory protein  50 
 
 		 120 aa  96.7  9e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5823  transcriptional regulator, HxlR family  44.23 
 
 		 155 aa  96.7  1e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0742243  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3220  transcriptional regulator, HxlR family  51.06 
 
 		 131 aa  96.3  1e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5164  transcriptional regulator, HxlR family  47.52 
 
 		 145 aa  96.3  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.68624 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4610  transcriptional regulator, HxlR family  45.45 
 
 		 144 aa  96.3  1e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2243  putative transcriptional regulator  51 
 
 		 150 aa  96.7  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.58782  normal  0.248871 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04084  predicted transcriptional regulator  47.92 
 
 		 126 aa  95.9  2e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.552706  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3781  transcriptional regulator, HxlR family  47.92 
 
 		 126 aa  95.9  2e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5729  putative transcriptional regulator  47.92 
 
 		 126 aa  95.9  2e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0786413  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3391  transcriptional regulator, HxlR family  45.83 
 
 		 125 aa  95.9  2e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0639  transcriptional regulator, HxlR family  48.08 
 
 		 124 aa  95.9  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.601638  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4289  transcriptional regulator, HxlR family  50 
 
 		 144 aa  95.5  2e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0006  HxlR family transcriptional regulator  48.51 
 
 		 137 aa  95.5  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000703871 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4262  transcriptional regulator, HxlR family  46.32 
 
 		 144 aa  95.9  2e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.388354  normal  0.116604 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6779  transcriptional regulator, HxlR family  48.57 
 
 		 132 aa  95.9  2e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.636824 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4753  putative transcriptional regulator  47.92 
 
 		 126 aa  95.9  2e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3794  HxlR family transcriptional regulator  47.92 
 
 		 126 aa  95.9  2e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.437038  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1015  HxlR family transcriptional regulator  50.5 
 
 		 144 aa  95.5  2e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0428333  normal  0.95229 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04047  hypothetical protein  47.92 
 
 		 126 aa  95.9  2e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.725315  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4782  putative transcriptional regulator  47.92 
 
 		 126 aa  95.9  2e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0423531  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4465  putative transcriptional regulator  47.92 
 
 		 126 aa  95.9  2e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.49178  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1227  putative transcriptional regulator  50 
 
 		 119 aa  95.9  2e-19  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.916879  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5290  transcriptional regulator, HxlR family  44.66 
 
 		 127 aa  95.1  3e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4691  putative transcriptional regulator  46.88 
 
 		 126 aa  94.7  4e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1097  transcriptional regulator, HxlR family  47.31 
 
 		 134 aa  94.7  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.199182  normal  0.222478 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2974  transcriptional regulator, HxlR family  46.73 
 
 		 160 aa  94.7  4e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.607542 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3357  hypothetical protein  44.44 
 
 		 129 aa  94.4  4e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.221434  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>